Compressing Proteomes: The Relevance of Medium Range Correlations

We study the nonrandomness of proteome sequences by analysing the correlations that arise between amino acids at a short and medium range, more specifically, between amino acids located 10 or 100 residues apart; respectively. We show that statistical models that consider these two types of correlation are more likely to seize the information contained in protein sequences and thus achieve good compression rates. Finally, we propose that the cause for this redundancy is related to the evolutionary origin of proteomes and protein sequences

Evidence for the Concerted Evolution between Short Linear Protein Motifs and Their Flanking Regions

BACKGROUND: Linear motifs are short modules of protein sequences that play a crucial role in mediating and regulating many protein-protein interactions. The function of linear motifs strongly depends on the context, e.g. functional instances mainly occur inside flexible regions that are accessible for interaction. Sometimes linear motifs appear as isolated islands of conservation in multiple sequence alignments. However, they also occur in larger blocks of sequence conservation, suggesting an active role for the neighbouring amino acids. RESULTS: The evolution of regions flanking 116 functional linear motif instances was studied. The conservation of the amino acid sequence and order/disorder tendency of those regions was related to presence/absence of the instance. For the majority of the analysed instances, the pairs of sequences conserving the linear motif were also observed to maintain a similar local structural tendency and/or to have higher local sequence conservation when compared to pairs of sequences where one is missing the linear motif. Furthermore, those instances have a higher chance to co-evolve with the neighbouring residues in comparison to the distant ones. Those findings are supported by examples where the regulation of the linear motif-mediated interaction has been shown to depend on the modifications (e.g. phosphorylation) at neighbouring positions or is thought to benefit from the binding versatility of disordered regions. CONCLUSION: The results suggest that flanking regions are relevant for linear motif-mediated interactions, both at the structural and sequence level. More interestingly, they indicate that the prediction of linear motif instances can be enriched with contextual information by performing a sequence analysis similar to the one presented here. This can facilitate the understanding of the role of these predicted instances in determining the protein function inside the broader context of the cellular network where they arise

Opiniones de la comunidad académica sobre la revisión de la coherencia entre el título y el contenido curricular del programa: el cumplimiento de una actividad autoreflexiva.

La reflexión constante acerca de los contenidos que enseñamos, así como la manera en la cual lo hacemos, es una actividad que como docentes ronda nuestra cabeza en el día a día en las aulas de clase. Ahora bien, aplicar a procesos como el de Acreditación hace que pensemos en la responsabilidad con la que dicha práctica es ejercida. La labor docente está regulada por leyes, decretos y resoluciones emanadas de la entidad nacional encargada de la educación, el Ministerio de Educación Nacional3. Esta red reglamentaria está sujeta a cambios según las variaciones en las concepciones del mundo, se moderniza constantemente y en consecuencia, los programas que ella vigila deben hacerlo también

Polycentrism in the Spanish metropolitan system: an analysis for 7 metro areas

Polycentrism is becoming one of the dominant structures in contemporary metropolises. Concentrated decentralization and the integration of formerly independent cities by the reduction of travel time are behind of such a process. In this paper, the spatial structure of the seven biggest metro areas in Spain is depicted. By analyzing employment density and travel-to-work data the polycentric structure of them is detected at the time that the functional borders are delimited. Results suggest a very heterogeneous image where Barcelona and Bilbao emerge as the most polycentric areas at the time that Madrid, Seville and Zaragoza have a structure more orientated towards monocentrism. Clearly polycentric structure seems to be influenced by the orographic nature in which each metropolitan area lays in.

A tree-based conservation scoring method for short linear motifs in multiple alignments of protein sequences

<p>Abstract</p> <p>Background</p> <p>The structure of many eukaryotic cell regulatory proteins is highly modular. They are assembled from globular domains, segments of natively disordered polypeptides and short linear motifs. The latter are involved in protein interactions and formation of regulatory complexes. The function of such proteins, which may be difficult to define, is the aggregate of the subfunctions of the modules. It is therefore desirable to efficiently predict linear motifs with some degree of accuracy, yet sequence database searches return results that are not significant.</p> <p>Results</p> <p>We have developed a method for scoring the conservation of linear motif instances. It requires only primary sequence-derived information (e.g. multiple alignment and sequence tree) and takes into account the degenerate nature of linear motif patterns. On our benchmarking, the method accurately scores 86% of the known positive instances, while distinguishing them from random matches in 78% of the cases. The conservation score is implemented as a real time application designed to be integrated into other tools. It is currently accessible via a Web Service or through a graphical interface.</p> <p>Conclusion</p> <p>The conservation score improves the prediction of linear motifs, by discarding those matches that are unlikely to be functional because they have not been conserved during the evolution of the protein sequences. It is especially useful for instances in non-structured regions of the proteins, where a domain masking filtering strategy is not applicable.</p

Obtención de ácidos grasos a partir de biomasa microalgal cultivada bajo diferentes condiciones de iluminación

It is considered that microalgae fatty acids have the potential to be used as raw material for the production of biofuels such as biodiesel or food supplements. The experimental treatment consisted in the exposure of the microalgae to different light color and photoperiod. For each treatment, microalgae Chlorella sp was cultivated from a 0.5 ml inoculum and escalated to 5 liters; the growth speed of the microalgae was determined, and the composition of fatty acids of one of the treatments was established. The treatment of red light under a photoperiod of twelve hours of light and twelve of dark showed the highest growth rate of 2.339 cells/day; the fatty acids obtained showed an important quantity of oleic acid, indicating a strong potential of the microalgae biomass for its use in alimentary industry.Se considera que los ácidos grasos provenientes de la biomasa microalgal tienen el potencial de ser utilizados como materia prima para la producción de biocombustibles como el biodiesel o para suplementos alimenticios. El tratamiento experimental consistió en cultivar las microalgas bajo diferentes parámetros de luz, incluidos el fotoperiodo y la longitud de onda. Para cada tratamiento, se cultivó la microalga Chlorella sp desde 0.5 ml y se escaló hasta 5 litros; se determinó la velocidad decrecimiento de cada microalga, y la composición de ácidos grasos de uno de los tratamientos fue establecida. El tratamiento de luz roja bajo un fotoperiodo de doce horas luz y doce horas oscuridad presentó la mayor tasa de crecimiento de 2.339 células/día;los ácidos grasos obtenidos mostraron una importante cantidad de ácido oleico, indicando un fuerte potencial de la biomasa de las microalgas paraser utilizadas en la industria alimentici

The Eukaryotic Linear Motif Resource (ELM): Regulatory Sites in Proteins

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Plan de prevención para enfermedades de origen psicosocial en docentes de la Institución Educativa Hogar Infantil Colón.

Establecer un plan de prevención para riesgos psicosociales dirigido a las docentes de la institución educativa “Hogar Infantil Colón” para el 2019.En una sociedad consumista, acelerada y globalizada como la de hoy se ha perdido de vista aspectos importantes como el bienestar social y la calidad de vida de las personas y/o profesionales de las organizaciones, los docentes por su lado, son el foco de muchos estudios, por la importancia de sus labores y compromisos con la sociedad, pero también por lo cercanos que se encuentran a estar expuestos a algunos riesgos en diferentes aspectos (desgaste físico, mental, psicológico y emocional), lo cual puede afectar el desarrollo de su labor. El objetivo principal del presente proyecto es elaborar un plan de prevención de enfermedades de origen psicosocial en los docentes del Hogar Infantil Colón, institución educativa cofinanciada con el ICBF. Dando respuesta a la siguiente pregunta de investigación: ¿Cuáles son los factores de riesgo psicosocial a los que se encuentran expuestas las docentes del Hogar Infantil Colón y cómo deben ser intervenidos para prevenir y controlar las enfermedades desarrolladas en ellas? Pregunta que se resuelve por medio de la recopilación de información adquirida mediante instrumentos como: matriz de riesgos, batería psicosocial, registro fotográfico del área de trabajo, encuestas a las docentes, exámenes de ingreso del personal docente, estudio de incapacidades del año 2017 y 2018. Brindados por la institución. Al igual que la investigación del marco teórico y conceptual de la literatura presente sobre la misma problemática y/o análisis estadístico. A partir de lo anterior, se propuso un plan de prevención de enfermedades de riesgo psicosocial para el Hogar Infantil Colón

Plan de prevención para enfermedades de origen psicosocial en docentes de la Institución Educativa Hogar Infantil Colón.

Establecer un plan de prevención para riesgos psicosociales dirigido a las docentes de la institución educativa “Hogar Infantil Colón” para el 2019.En una sociedad consumista, acelerada y globalizada como la de hoy se ha perdido de vista aspectos importantes como el bienestar social y la calidad de vida de las personas y/o profesionales de las organizaciones, los docentes por su lado, son el foco de muchos estudios, por la importancia de sus labores y compromisos con la sociedad, pero también por lo cercanos que se encuentran a estar expuestos a algunos riesgos en diferentes aspectos (desgaste físico, mental, psicológico y emocional), lo cual puede afectar el desarrollo de su labor. El objetivo principal del presente proyecto es elaborar un plan de prevención de enfermedades de origen psicosocial en los docentes del Hogar Infantil Colón, institución educativa cofinanciada con el ICBF. Dando respuesta a la siguiente pregunta de investigación: ¿Cuáles son los factores de riesgo psicosocial a los que se encuentran expuestas las docentes del Hogar Infantil Colón y cómo deben ser intervenidos para prevenir y controlar las enfermedades desarrolladas en ellas? Pregunta que se resuelve por medio de la recopilación de información adquirida mediante instrumentos como: matriz de riesgos, batería psicosocial, registro fotográfico del área de trabajo, encuestas a las docentes, exámenes de ingreso del personal docente, estudio de incapacidades del año 2017 y 2018. Brindados por la institución. Al igual que la investigación del marco teórico y conceptual de la literatura presente sobre la misma problemática y/o análisis estadístico. A partir de lo anterior, se propuso un plan de prevención de enfermedades de riesgo psicosocial para el Hogar Infantil Colón