Compressing Proteomes: The Relevance of Medium Range Correlations

We study the nonrandomness of proteome sequences by analysing the correlations that arise between amino acids at a short and medium range, more specifically, between amino acids located 10 or 100 residues apart; respectively. We show that statistical models that consider these two types of correlation are more likely to seize the information contained in protein sequences and thus achieve good compression rates. Finally, we propose that the cause for this redundancy is related to the evolutionary origin of proteomes and protein sequences

Opiniones de la comunidad académica sobre la revisión de la coherencia entre el título y el contenido curricular del programa: el cumplimiento de una actividad autoreflexiva.

La reflexión constante acerca de los contenidos que enseñamos, así como la manera en la cual lo hacemos, es una actividad que como docentes ronda nuestra cabeza en el día a día en las aulas de clase. Ahora bien, aplicar a procesos como el de Acreditación hace que pensemos en la responsabilidad con la que dicha práctica es ejercida. La labor docente está regulada por leyes, decretos y resoluciones emanadas de la entidad nacional encargada de la educación, el Ministerio de Educación Nacional3. Esta red reglamentaria está sujeta a cambios según las variaciones en las concepciones del mundo, se moderniza constantemente y en consecuencia, los programas que ella vigila deben hacerlo también

Polycentrism in the Spanish metropolitan system: an analysis for 7 metro areas

Polycentrism is becoming one of the dominant structures in contemporary metropolises. Concentrated decentralization and the integration of formerly independent cities by the reduction of travel time are behind of such a process. In this paper, the spatial structure of the seven biggest metro areas in Spain is depicted. By analyzing employment density and travel-to-work data the polycentric structure of them is detected at the time that the functional borders are delimited. Results suggest a very heterogeneous image where Barcelona and Bilbao emerge as the most polycentric areas at the time that Madrid, Seville and Zaragoza have a structure more orientated towards monocentrism. Clearly polycentric structure seems to be influenced by the orographic nature in which each metropolitan area lays in.

A tree-based conservation scoring method for short linear motifs in multiple alignments of protein sequences

<p>Abstract</p> <p>Background</p> <p>The structure of many eukaryotic cell regulatory proteins is highly modular. They are assembled from globular domains, segments of natively disordered polypeptides and short linear motifs. The latter are involved in protein interactions and formation of regulatory complexes. The function of such proteins, which may be difficult to define, is the aggregate of the subfunctions of the modules. It is therefore desirable to efficiently predict linear motifs with some degree of accuracy, yet sequence database searches return results that are not significant.</p> <p>Results</p> <p>We have developed a method for scoring the conservation of linear motif instances. It requires only primary sequence-derived information (e.g. multiple alignment and sequence tree) and takes into account the degenerate nature of linear motif patterns. On our benchmarking, the method accurately scores 86% of the known positive instances, while distinguishing them from random matches in 78% of the cases. The conservation score is implemented as a real time application designed to be integrated into other tools. It is currently accessible via a Web Service or through a graphical interface.</p> <p>Conclusion</p> <p>The conservation score improves the prediction of linear motifs, by discarding those matches that are unlikely to be functional because they have not been conserved during the evolution of the protein sequences. It is especially useful for instances in non-structured regions of the proteins, where a domain masking filtering strategy is not applicable.</p

The Eukaryotic Linear Motif Resource (ELM): Regulatory Sites in Proteins

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Revisión metodológica de la delimitación metropolitana: un análisis para el sistema metropolitano español

Esta comunicación forma parte de un proyecto de investigación mayor, cuyo objetivo es verificar hasta qué punto en las 7 principales áreas metropolitanas españolas (Madrid, Barcelona, Valencia, Bilbao, Sevilla, Málaga y Zaragoza) se está generando un sistema policéntrico, así como estudiar la influencia de los mismos sobre algunos indicadores de la eficiencia de la urbanización, como la movilidad, el consumo del suelo y la renta del suelo. Para ello, es imprescindible realizar una delimitación y definir el ámbito de estudio. En esta comunicación se muestran los avances realizados en tal sentido, a través de los siguientes objetivos: 1) Se hace una revisión de las principales metodologías de delimitación funcional utilizadas por la literatura especializada y sus aplicaciones en las 7 áreas metropolitanas en estudio, 2) se detalla las características de la metodología finalmente adoptada para este estudio, que recoge fundamentalmente los aportes de la metodología desarrollada por Roca, Marmolejo & Moix que se basa en el estudio de las relaciones funcionales encontradas en un territorio a partir de las matrices de movilidad por trabajo, 3) Con esta metodología final, se comparan las áreas metropolitanas delimitadas según los siguientes criterios: a) concentración de población y población ocupada residente (POR), b) concentración lugares de trabajo localizado (LTL) y c)consumo de suelo urbano. El documento está organizado de la siguiente forma: 1) en primer lugar se aborda conceptualmente la definición de área metropolitana y las metodologías de delimitación, 2) en segundo lugar se exponen las metodologías de delimitación funcional revisadas, 3) en tercer lugar se explica brevemente la metodología que se utilizará para la delimitación de las áreas metropolitanas en estudio, 4) y finalmente se presentan los primeros resultados y conclusiones obtenidas, en materia de la caracterización de las áreas estudiadas.Peer Reviewe

Efecto de la temperatura y del medio de cultivo en la productividad de dos generaciones hijas de un cruce dihibrido en drosophila melanogaster

En el presente estudio se analiza la productividad obtenida por un cruce dihíbrido +//+ e//e x vg//vg +//+ y su recíproco, llevados hasta la segunda generación, bajo dos condiciones ambientales: dos medios de cultivo (maíz y banano), y dos temperaturas de cultivo (23 y 26ºC). Las diferencias estadísticamente significativas corresponden a: la temperatura de cultivo en la primera generación filial, al medio de cultivo y a la línea parental en la segunda. Sin embargo a nivel global, es decir al ana-lizar de manera conjunta las dos generaciones hijas y cada uno de los tres factores evaluados: medio de cultivo, temperatura y línea parental, los únicos factores significativos son la temperatura y el medio de cultivo; aparentemente los efectos genotípicos introducidos por la línea parental se equilibran y se enmascaran al considerarlos resultados a este nivel. En todos los casos se registró la mayor productividad para la temperatura de 26ºC y el medio de cultivo de maíz.In the present study we analize the productivity of the dihybrid cross +//+ e//e x vg//vg +//+ and its reciprocal, carried on up to the second generation under different environmental conditions: two culture media (maize and banana) and two temperatures (23 and 26ºC). The differences were shown to be statistically significantfor the temperature in the first generation, the culture medium and the parental line in the second generation. At a general level, the significant factors were the temperature and the culture medium. Perhaps the genotipic effects caused by the parental line are balanced and masked, when considered at this level. The temperature of 26ºC and the culture media of maize showed always the best productivity