Construction automatique d'une interface syntaxe / sémantique utilisant des ressources de large couverture en langue anglaise

International audienceWe describe here a manner to transform a syntactic structure (generated by a syntactic parser of English) into a semantic form (in the form of predicates). We then show that the construction of such an interface can be automated. Our approach is based on the interoperability between several resources, covering syntactical (Link Grammar Parser), lexical (WordNet) and semantic (VerbNet) aspects of English. The joint use of these broad-coverage resources leads to a lexical and syntactical disambiguation (at least partially).Nous décrivons ici une approche pour passer d'une représentation syntaxique (issue d'une analyse grammaticale) à une représentation sémantique (sous forme de prédicats). Nous montrons ensuite que la construction de cette interface est automatisable. Nous nous appuyons sur l'interopérabilité de plusieurs ressources couvrant des aspects d'ordre syntaxique (Link Grammar Parser), lexical (WordNet) et syntaxico-sémantique (VerbNet) de la langue anglaise. L'utilisation conjointe de ces ressources de large couverture permet d'obtenir une désambiguïsation syntaxique et lexicale au moins partielle

Extraction de paraphrases désambiguïsées à partir d'un corpus d'articles encyclopédiques alignés automatiquement

International audienceWe describe here how to automatically import encyclopedic articles into WordNet. This process makes it possible to create new entries, attached to their appropriate hypernym. In addition, the preexisting entries of WordNet can get enriched with complementary descriptions. Reiterating this process on several encyclopedias makes it possible to constitute a corpus of comparable articles; we can then automatically extract paraphrases from the couples of articles that have been created. The paraphrases components can finally be disambiguated, by means of a similarity measure (using the verbs WordNet hierarchy).Nous décrivons ici comment enrichir automatiquement WordNet en y important des articles encyclopédiques. Ce processus permet de créer des nouvelles entrées, en les rattachant au bon hyperonyme. Par ailleurs, les entrées préexistantes de WordNet peuvent être enrichies de descriptions complémentaires. La répétition de ce processus sur plusieurs encyclopédies permet de constituer un corpus d'articles comparables. On peut ensuite extraire automatiquement des paraphrases à partir des couples d'articles ainsi créés. Grâce à l'application d'une mesure de similarité, utilisant la hiérarchie de verbes de WordNet, les constituants de ces paraphrases peuvent être désambiguïsés

ANTELOPE - Une plateforme industrielle de traitement linguistique

International audienceThe Antelope linguistic platform, inspired by Meaning-Text Theory, targets the syntactic and semantic analysis of texts, and can handle large corpora. Antelope integrates several pre-existing (parsing) components as well as broad-coverage linguistic data originating from various sources. Efforts towards integration of all components nonetheless make for a homogeneous platform. Our direct contribution deals with components for semantic analysis, and the formalization of a unified text analysis model. This paper introduces the platform and compares it with state-of-the-art projects. It offers to the NLP community a feedback from a software company, by underlining the architectural measures that should be taken to ensure that such complex software remains maintainable.La plate-forme de traitement linguistique Antelope, en partie basée sur la Théorie Sens-Texte (TST), permet l'analyse syntaxique et sémantique de textes sur des corpus de volume important. Antelope intègre plusieurs composants préexistants (pour l'analyse syntaxique) ainsi que des données linguistiques à large couverture provenant de différentes sources. Un effort d'intégration permet néanmoins d'offrir une plate-forme homogène. Notre contribution directe concerne l'ajout de composants d'analyse sémantique et la formalisation d'un modèle linguistique unifié. Cet article présente la plate-forme et la compare à d'autres projets de référence. Il propose un retour d'expérience d'un éditeur de logiciel vers la communauté du TAL, en soulignant les précautions architecturales à prendre pour qu'un tel ensemble complexe reste maintenable

La polysémie régulière dans WordNet

International audienceThis paper presents an analysis and modeling of polysemy in the WordNet English lexical database. It exploits the concepts hierarchy (constituted by synsets), and the gloss defining each of these concepts. The result consists of rules set which enabled us to identify in a largely automated way, with a precision close to 91%, more than 2100 synsets pairs, connected by a regular polysemy relation. Our method also allows a partial word sense disambiguation of the definition associated with these synsets.Cette étude propose une analyse et une modélisation des relations de polysémie dans le lexique électronique anglais WordNet. Elle exploite pour cela la hiérarchie des concepts (représentés par des synsets), et la définition associée à chacun de ces concepts. Le résultat est constitué d'un ensemble de règles qui nous ont permis d'identifier d'une façon largement automatisée, avec une précision voisine de 91%, plus de 2100 paires de synsets liés par une relation de polysémie régulière. Notre méthode permet aussi une désambiguïsation lexicale partielle des mots de la définition associée à ces synsets

Capping Protein Insulates Arp2/3-Assembled Actin Patches from Formins.

How actin structures of distinct identities and functions coexist within the same environment is a critical self-organization question. Fission yeast cells have a simple actin cytoskeleton made of four structures: Arp2/3 assembles actin patches around endocytic pits, and the formins For3, Cdc12, and Fus1 assemble actin cables, the cytokinetic ring during division, and the fusion focus during sexual reproduction, respectively. The focus concentrates the delivery of hydrolases by myosin V to digest the cell wall for cell fusion. We discovered that cells lacking capping protein (CP), a heterodimer that blocks barbed-end dynamics and associates with actin patches, exhibit a delay in fusion. Consistent with CP-formin competition for barbed-end binding, Fus1, F-actin, and the linear filament marker tropomyosin hyper-accumulate at the fusion focus in cells lacking CP. CP deletion also rescues the fusion defect of a mutation in the Fus1 knob region. However, myosin V and exocytic cargoes are reduced at the fusion focus and diverted to ectopic foci, which underlies the fusion defect. Remarkably, the ectopic foci coincide with Arp2/3-assembled actin patches, which now contain low levels of Fus1. We further show that CP localization to actin patches is required to prevent the formation of ectopic foci and promote efficient cell fusion. During mitotic growth, actin patches lacking CP similarly display a dual identity, as they accumulate the formins For3 and Cdc12, normally absent from patches, and are co-decorated by the linear filament-binding protein tropomyosin and the patch marker fimbrin. Thus, CP serves to protect Arp2/3-nucleated structures from formin activity

ANTELOPE - Une plateforme industrielle de traitement linguistique

International audienceThe Antelope linguistic platform, inspired by Meaning-Text Theory, targets the syntactic and semantic analysis of texts, and can handle large corpora. Antelope integrates several pre-existing (parsing) components as well as broad-coverage linguistic data originating from various sources. Efforts towards integration of all components nonetheless make for a homogeneous platform. Our direct contribution deals with components for semantic analysis, and the formalization of a unified text analysis model. This paper introduces the platform and compares it with state-of-the-art projects. It offers to the NLP community a feedback from a software company, by underlining the architectural measures that should be taken to ensure that such complex software remains maintainable.La plate-forme de traitement linguistique Antelope, en partie basée sur la Théorie Sens-Texte (TST), permet l'analyse syntaxique et sémantique de textes sur des corpus de volume important. Antelope intègre plusieurs composants préexistants (pour l'analyse syntaxique) ainsi que des données linguistiques à large couverture provenant de différentes sources. Un effort d'intégration permet néanmoins d'offrir une plate-forme homogène. Notre contribution directe concerne l'ajout de composants d'analyse sémantique et la formalisation d'un modèle linguistique unifié. Cet article présente la plate-forme et la compare à d'autres projets de référence. Il propose un retour d'expérience d'un éditeur de logiciel vers la communauté du TAL, en soulignant les précautions architecturales à prendre pour qu'un tel ensemble complexe reste maintenable

Condensation of the fusion focus by the intrinsically disordered region of the formin Fus1 is essential for cell-cell fusion.

Secretory vesicle clusters transported on actin filaments by myosin V motors for local secretion underlie various cellular processes, such as neurotransmitter release at neuronal synapses, <sup>1</sup> hyphal steering in filamentous fungi, <sup>2</sup> <sup>,</sup> <sup>3</sup> and local cell wall digestion preceding the fusion of yeast gametes. <sup>4</sup> During fission yeast Schizosaccharomyces pombe gamete fusion, the actin fusion focus assembled by the formin Fus1 concentrates secretory vesicles carrying cell wall digestive enzymes. <sup>5-7</sup> The position and coalescence of the vesicle focus are controlled by local signaling and actin-binding proteins to prevent inappropriate cell wall digestion that would cause lysis, <sup>6</sup> <sup>,</sup> <sup>8-10</sup> but the mechanisms of focusing have been elusive. Here, we show that the regulatory N terminus of Fus1 contains an intrinsically disordered region (IDR) that mediates Fus1 condensation in vivo and forms dense assemblies that exclude ribosomes. Fus1 lacking its IDR fails to concentrate in a tight focus and causes cell lysis during attempted cell fusion. Remarkably, the replacement of Fus1 IDR with a heterologous low-complexity region that forms molecular condensates fully restores Fus1 focusing and function. By contrast, the replacement of Fus1 IDR with a domain that forms more stable oligomers restores focusing but poorly supports cell fusion, suggesting that condensation is tuned to yield a selectively permeable structure. We propose that condensation of actin structures by an IDR may be a general mechanism for actin network organization and the selective local concentration of secretory vesicles

Regular Polysemy in WordNet

International audienceThe importance of describing regular polysemy in a lexicon has often been outlined, especially in the field of natural language processing (for a good overview of this issue, see (Ravin and Leacock, 2000)). Unfortunately, no existing broad-coverage semantic lexicon has been built following this relatively recent advice. And since producing a broad coverage semantic lexicon is a very time-consuming task, one has to put this idea into practice on existing lexicons. WordNet is an appropriate lexical semantic resource for running this experiment as it is machine readable and has a wide coverage (Fellbaum, 1998). In this paper, we introduce a method to create regular polysemy patterns from WordNet data and to automatically detect their occurrences in the lexicon

SARGOS : Système d'Alerte et Réponse Graduée Off Shore

National audienceLe projet SARGOS propose de répondre au fort besoin émergeant de sécurisation des infrastructures offshore civiles vulnérables aux actions de malveillance, de piraterie ou de terrorisme menées à partir de la mer. L'objectif du projet est de développer un système global d'alerte et de réponse graduée, prenant en charge l'ensemble du processus de protection de l'infrastructure depuis la détection d'une menace potentielle jusqu'à la mise en oeuvre de la réaction. SARGOS apporte une réponse nouvelle et innovante dans ce domaine de la sécurité maritime pour lequel il n'existe pas aujourd'hui de système opérationnel. Un enjeu fort est mis sur la prise en compte des modes de fonctionnement de l'infrastructure et des contraintes règlementaires et juridiques. L'aspect novateur réside en premier lieu dans le caractère global de l'approche retenue, et ensuite dans son articulation dans les trois niveaux suivants : a) Le niveau d'une détection sûre d'un objet marin de faible dimension dans un périmètre de protection rapproché par mer agitée en utilisant des formes d'ondes radar continues innovantes couplées à de nouveaux algorithmes de traitement de signal ; b) Le niveau d'élaboration d'un plan de réaction vis-à-vis de l'intrusion décelée, prenant en compte l'enrichissement progressif de la connaissance et de la nature de l'objet détecté par des attributs de caractérisation de celui-ci. Le processus d'acquisition de la connaissance employé permet le déclenchement au moment approprié de réponses graduées prenant en compte le contexte de la crise (règles de sécurité en vigueur sur la plate-forme, environnement géopolitique, aspects juridiques) ; c) Le niveau de gestion de la panoplie des moyens de réaction, soit internes à la plate-forme offshore (mise en sécurité), soit externes pour riposter à la menace (injonction, intimidation, activation de moyens non létaux) et diffuser l'alerte vers les autorités locales

A toolbox of stable integration vectors in the fission yeast Schizosaccharomyces pombe

Schizosaccharomyces pombe is a widely used model organism to study many aspects of eukaryotic cell physiology. Its popularity as an experimental system partially stems from the ease of genetic manipulations, where the innate homology-targeted repair is exploited to precisely edit the genome. While vectors to incorporate exogenous sequences into the chromosomes are available, most are poorly characterized. Here we show that commonly used fission yeast vectors, which upon integration produce repetitive genomic regions, yield unstable genomic loci. We overcome this problem by designing a new series of Stable Integration Vectors (SIV) that target four different prototrophy genes. SIV produce non-repetitive, stable genomic loci and integrate predominantly as single copy. Additionally, we develop a set of complementary auxotrophic alleles that preclude false-positive integration events. We expand the vector series to include antibiotic resistance markers, promoters, fluorescent tags and terminators, and build a highly modular toolbox to introduce heterologous sequences. Finally, as proof of concept, we generate a large set of ready-to-use, fluorescent probes to mark organelles and cellular processes with a wide range of applications in fission yeast research