Charakterisierung der strukturellen und funktionellen Interaktion zwischen dem Foamyvirus-Bet-Protein und dem zellulären APOBEC3-Protein

Die Analyse der genomischen APOBEC3-Region der Hauskatze (F. catus) ergab, dass sich die chromosomale APOBEC3-Loci von Primaten, Nagetieren und Hunden wesentlich unterscheiden (Münk et al., 2008). Drei Kopien des feA3C-Genes wurden auf dem Chromosom B4 lokalisiert. Sie codieren für drei feA3C-Isoformen, die sich in 6 bzw. 7 Aminosäuren voneinander unterscheiden. Neben dem Nachweis von drei sehr ähnlichen feA3C-Genen und einem feA3H-Gen wird post- transkriptionell durch alternatives Spleißen ein zwei-Domänen feA3CH-Protein als Fusionsgen gebildet. Diese feA3-Proteinfamilie bildet als Teil der angeborenen Immunantwort einen entscheidenden antiviralen Abwehrmechanismus und inhibiert die Replikation Bet-defizienten felinen Foamyvirus sowie Vif-defizienten Katzenimmundefizienzvirus. Ein elementarer Bestandteil der Arbeit war die Untersuchung der Expression endogener feA3-Proteine in Katzenzellen sowie die Analyse ihrer antiviralen Aktivität und der Interaktion mit foamyviralen Bet- und Gag-Proteinen. Die Expression des zwei-Domänen feA3CH-Proteins wurde in CrFK- und Mya- Zellen nachgewiesen, während feA3C- und -H-Proteine nur in CrFK-Zellen nachweisbar waren. Die spezifische antivirale Aktivität der einzelnen feA3-Hauptformen gegen Bet-deletiertes FFV sowie ihre Interaktionen mit FFV-Bet und FIV-Vif zeigen, dass Vif die proteasomale Degradation aller feA3s induziert während Bet lediglich an alle feA3-Proteine bindet. Die Bet-feA3-Komplexbildung inhibiert die Inkorporation der feA3C und -CH-Proteine in FFV-Partikel. Dabei korreliert die Interaktion der C-Domäne der feA3-Formen mit FFV-Gag mit der Inkorporation in Virionen Bet-defizienter FFV-Genome. Offen ist ob Bet die Komplexbildung mit feA3 sequestriert, die Gag-feA3-Bindungsstelle maskiert oder der Nicht-Inkorporationsphänotyp von Bet auf das gebundene feA3 übertragen wird. Ein intaktes strukturelles Zentrum von feA3C-a ist essentiell für den antiviralen Effekt während die Veränderung des katalytischen Zentrums die Inkorporation verhindert. Sowohl die Mutation des katalytischen Zentrums als auch einer strukturell wichtigen Aminosäure im feA3C-a haben einen Verlust der antiviralen Aktivität gegen Bet-defizientes FFV zur Folge. Die Aminosäuren des katalytischen Zentrums von feA3C-a sind für die Interaktion mit FFV-Gag essentiell. Die funktionelle Komplementarität der viralen Abwehrfaktoren Bet und Vif zur Wiederherstellung des foamyviralen Titers führten zur Konstruktion eines chimären pCF7-Vif-Vektors, der durch in vitro- Selektion optimiert wurde. Durch seinen stabilen Titer in seriellen Langzeitpassagen bildet dieser Vektor eine geeignete Grundlage für die Entwicklung eines Vakzinevirus gegen FIV. In dieser Arbeit wurde der foamyvirale Abwehrmechanismus gegen ein Protein der angeborenen Immunantwort auf molekularer Ebene aufgeklärt. Aufbauend auf diesen funktionellen Grundlagenstudien wurde ein chimäres Vakzinevirus entwickelt, das das FIV-Vif-Immunogen und (weitere Antigene) im Kontext des apathogenen FFV Vektorgenoms exprimieren kann

Molecular and functional interactions of cat APOBEC3 and feline foamy and immunodeficiency virus proteins: Different ways to counteract host-encoded restriction

AbstractDefined host-encoded feline APOBEC3 (feA3) cytidine deaminases efficiently restrict the replication and spread of exogenous retroviruses like Feline Immunodeficiency Virus (FIV) and Feline Foamy Virus (FFV) which developed different feA3 counter-acting strategies. Here we characterize the molecular interaction of FFV proteins with the diverse feA3 proteins. The FFV accessory protein Bet is the virus-encoded defense factor which is shown here to bind all feA3 proteins independent of whether they restrict FFV, a feature shared with FIV Vif that induces degradation of all feA3s including those that do not inactivate FIV. In contrast, only some feA3 proteins bind to FFV Gag, a pattern that in part reflects the restriction pattern detected. Additionally, one-domain feA3 proteins can homo- and hetero-dimerize in vitro, but a trans-dominant phenotype of any of the low-activity feA3 forms on FFV restriction by one of the highly-active feA3Z2 proteins was not detectable

Functions, structure, and read-through alternative splicing of feline APOBEC3 genes

APOBEC3 (A3, Apolipoprotein B mRNA-editing catalytic polypeptide 3) genes in the genome of domestic cat (Felis catus) were identified and characterize

TA : Rancang Bangun Pakan Udang Otomatis Menggunakan Multi Sensor Berat Hx711 Berbasis Mikrokontroler

Pemberian pakan udang harus seimbang dan juga pada waktu yang tepat, tidak terlalu banyak (overfeeding) atau kurang (underfeeding), karena jika tidak diperhatikan juga akan mempengaruhi kualitas produksi. Pada penelitian ini, penulis memfokuskan pada peningkatan akurasi pakan pada pakan udang otomatis. Dalam pengelolaan pada tambak udang Hal tersebut sangat penting untuk meningkatkan suatu proses pertumbuhan bagi udang supaya produksi udang di tambak dapat berjalan lebih baik dan memenuhi harapan pembudidayanya. Penulis telah melakukan sebuah penelitian tentang Rancang Bangun Pakan Udang Otomatis Menggunakan Multi Sensor Berat Otomatis HX711 Berbasis Mikrokontroler. Penerapan sensor berat Loadcell HX711 yaitu berada pada ujung bawah pipa jalur pakan udang dengan posisi 2 sensor berat yang bersebelahan. Kemudian bagian atas dan bawah pada sensor berat di tutup dengan plastik mika sebagai ruang datar untuk memudahkan pembacaan sensor berat. Dari penelitian tersebut, didapatkan hasil yaitu waktu pada RTC (real time clock) lebih lambat kurang lebih sekitar 43 detik lebih lama dari waktu pembanding pada handphone dan pengaplikasian multi sensor berat pada alat pakan udang otomatis yang dipasang pada pipa dapat diketahui hasil dari pembacaan multi sensor tersebut dengan pembanding berat 200 gram mendapatkan rata-rata nilai error sebesar 2.2 %

LKP : Pembuatan Website Dinas Pemberdayaan Masyarakat dan Desa Kabupaten Sumenep

Di samping menjalankan tugas pokoknya dalam penyelenggaraan kewenangan bidang pemberdayaan masyarakat desa, Dinas Pemberdayaan Masyarakat dan Desa Kabupaten Sumenep membuat sebuah program kerja baru untuk membantu memberi informasi pada semua masyarakat tentang Dinas Pemberdayaan Masyarakat dan Desa Kabupaten Sumenep. Maka dari itu, sangat di perlukannya sebuah website untuk memberikan informasi dan akses pada masyarakat. Dengan adanya website nantinya dapat nyaman dilihat dan mudah untuk digunakan oleh masyarakat untuk dapat mengetahui informasi seputar Dinas Pemberdayaan Masyarakat dan Desa Kabupaten Sumenep. Tujuan dalam melakukan pembuatan website ini adalah untuk memberikan Informasi tentang Dinas Pemberdayaan Masyarakat dan Desa agar lebih efisien dalam pemberian informasi kepada masyarakat sehingga dapat meminimalisir biaya pendanaan dinas. Dengan adanya fitur dashboard Tentunya hal ini sangat berguna sehingga masyarakat dengan mudah untuk menggunakan website tersebut. Penggunaan untuk membuat Website ini menggunakan bahasa HTML dan CSS sangat cocok dalam hal ini, karena dinilai lebih mudah untuk digunakan dalam membuat suatu website

Comparison of the nucleotide coding and amino acid sequences of the feline A3C genes

Pairwise comparison of the domestic cat A3 cDNA to the predicted A3Ca, A3Cb and A3Cc genomic coding sequences and the predicted amino acid sequences. Amino acid sequence alignment of A3C cDNA and the predicted proteins for A3C genes. Highlighted in yellow are amino acid residues different between the A3Cs based on the genomic sequence, whereas amino acid sites displaying non-synonymous amino acid substitutions are boxed in blue and red for A3Cb and A3Cc, respectively, as identified by SNP genotyping of eight domestic cat breeds for exons 2-4 of A3Ca, A3Cb and A3Cc (for more details see Table 4 in Additional data file 2). Arrows indicate exonic junctions. Below the alignments, variant amino acids are boxed in red for A3Cc (for example, W65R) and blue for A3Cb with respect to the breed from which they were identified: Turkish van (VAN), Egyptian mau (MAU), Sphynx (SPH), Birman (BIR) and Japanese bobtail (BOB). A dash indicates the amino acid is identical to genomic sequence. Numbers adjacent to breed identifiers refer to alleles 1 and 2 identified by clonal sequence analysis of the PCR products that are in phase for exons 3 and 4, but not for exon 2 (1/2). The residue corresponding to functionally significant amino acid replacement identified in human A3G (D128K) is highlighted by an asterisk (see text).<p><b>Copyright information:</b></p><p>Taken from "Functions, structure, and read-through alternative splicing of feline APOBEC3 genes"</p><p>http://genomebiology.com/2008/9/3/R48</p><p>Genome Biology 2008;9(3):R48-R48.</p><p>Published online 3 Mar 2008</p><p>PMCID:PMC2397500.</p><p></p

Cat A3 proteins selectively inhibit the infectivity of different retroviruses

A3 expression in the transfected 293T cells was detected by immunoblotting with anti-HA monoclonal antibody. Wild-type (wt) or ΔFFV wild type (b), wild-type FIV-Luc, Δvif FIV-Luc + Vif expression plasmid (vif.V5) and ΔFIV luciferase reporter vector particles (c), FeLV/GFP (d), and ΔSIVagm luciferase viruses (e) were produced in 293T cells in the presence or absence of the indicated APOBEC3s.<p><b>Copyright information:</b></p><p>Taken from "Functions, structure, and read-through alternative splicing of feline APOBEC3 genes"</p><p>http://genomebiology.com/2008/9/3/R48</p><p>Genome Biology 2008;9(3):R48-R48.</p><p>Published online 3 Mar 2008</p><p>PMCID:PMC2397500.</p><p></p