Metallochaperones Are Needed for Mycobacterium tuberculosis and Escherichia coli Nicotinamidase-Pyrazinamidase Activity.

Mycobacterium tuberculosis nicotinamidase-pyrazinamidase (PZAse) is a metalloenzyme that catalyzes conversion of nicotinamide-pyrazinamide to nicotinic acid-pyrazinoic acid. This study investigated whether a metallochaperone is required for optimal PZAse activity. M. tuberculosis and Escherichia coli PZAses (PZAse-MT and PZAse-EC, respectively) were inactivated by metal depletion (giving PZAse-MT-Apo and PZAse-EC-Apo). Reactivation with the E. coli metallochaperone ZnuA or Rv2059 (the M. tuberculosis analog) was measured. This was repeated following proteolytic and thermal treatment of ZnuA and Rv2059. The CDC1551 M. tuberculosis reference strain had the Rv2059 coding gene knocked out, and PZA susceptibility and the pyrazinoic acid (POA) efflux rate were measured. ZnuA (200 μM) achieved 65% PZAse-EC-Apo reactivation. Rv2059 (1 μM) and ZnuA (1 μM) achieved 69% and 34.3% PZAse-MT-Apo reactivation, respectively. Proteolytic treatment of ZnuA and Rv2059 and application of three (but not one) thermal shocks to ZnuA significantly reduced the capacity to reactivate PZAse-MT-Apo. An M. tuberculosis Rv2059 knockout strain was Wayne positive and susceptible to PZA and did not have a significantly different POA efflux rate than the reference strain, although a trend toward a lower efflux rate was observed after knockout. The metallochaperone Rv2059 restored the activity of metal-depleted PZAse in vitro Although Rv2059 is important in vitro, it seems to have a smaller effect on PZA susceptibility in vivo. It may be important to mechanisms of action and resistance to pyrazinamide in M. tuberculosis Further studies are needed for confirmation.IMPORTANCE Tuberculosis is an infectious disease caused by the bacterium Mycobacterium tuberculosis and remains one of the major causes of disease and death worldwide. Pyrazinamide is a key drug used in the treatment of tuberculosis, yet its mechanism of action is not fully understood, and testing strains of M. tuberculosis for pyrazinamide resistance is not easy with the tools that are presently available. The significance of the present research is that a metallochaperone-like protein may be crucial to pyrazinamide's mechanisms of action and of resistance. This may support the development of improved tools to detect pyrazinamide resistance, which would have significant implications for the clinical management of patients with tuberculosis: drug regimens that are appropriately tailored to the resistance profile of a patient's individual strain lead to better clinical outcomes, reduced onward transmission of infection, and reduction of the development of resistant strains that are more challenging and expensive to treat

Utilização do índice de amarelecimento como fator qualitativo em grãos de café armazenados.

O aumento do consumo de café vem sendo perseguido por vários países, sendo a oferta de um produto de maior qualidade uma provável solução a este quadro. Como a qualidade do café é o parâmetro que mais afeta o seu valor econômico, torna-se de grande importância o desenvolvimento de métodos práticos e rápidos para avaliação qualitativa. Desta maneira, objetivou-se com este trabalho monitorar o comportamento do Índice de Amarelecimento (YI) de grãos de café (Coffea arabica L.), através de análises colorimétricas, ao longo do armazenamento, para avaliar a possível utilização deste índice como parâmetro de qualidade do produto. Foram obtidos frutos e grãos de café de três diferentes métodos de preparo, sendo estes secos a duas diferentes temperaturas do ar de secagem. Após seco, o produto foi armazenado em ambiente não-controlado, e as análises colorimétricas foram realizadas a cada quatro meses de armazenamento, juntamente com análise sensorial da bebida. Através da análise do Índice de Amarelecimento juntamente com o comportamento da coordenada L do sistema Hunter de cor e com os resultados de análise de bebida, observou-se uma relação significativa entre o aumento de YI e a perda de qualidade do produto. Logo, a utilização do Índice de Amarelecimento (YI) para análise da qualidade de grãos de café armazenados pode ser uma alternativa viável, sendo necessários estudos mais aprofundados desta relação

Joints in Random Forests

Decision Trees (DTs) and Random Forests (RFs) are powerful discriminative learners and tools of central importance to the everyday machine learning practitioner and data scientist. Due to their discriminative nature, however, they lack principled methods to process inputs with missing features or to detect outliers, which requires pairing them with imputation techniques or a separate generative model. In this paper, we demonstrate that DTs and RFs can naturally be interpreted as generative models, by drawing a connection to Probabilistic Circuits, a prominent class of tractable probabilistic models. This reinterpretation equips them with a full joint distribution over the feature space and leads to Generative Decision Trees (GeDTs) and Generative Forests (GeFs), a family of novel hybrid generative-discriminative models. This family of models retains the overall characteristics of DTs and RFs while additionally being able to handle missing features by means of marginalisation. Under certain assumptions, frequently made for Bayes consistency results, we show that consistency in GeDTs and GeFs extend to any pattern of missing input features, if missing at random. Empirically, we show that our models often outperform common routines to treat missing data, such as K-nearest neighbour imputation, and moreover, that our models can naturally detect outliers by monitoring the marginal probability of input features

Sistema de Controle da Pesca de Mato Grosso do Sul SCPESCA/MS - 9 - 2002.

Neste boletim encontram-se as informações sobre a pesca profissional e esportiva coletadas e analisadas pelo Sistema de Controle da Pesca de Mato Grosso do Sul (SCPESCA/MS), para o ano de 2002. Os dados obtidos foram provenientes do pescado capturado em toda a Bacia do Alto Paraguai em Mato Grosso do Sul e vistoriado pela Polícia Militar Ambiental/MS. Foi registrado um total de 686 t de pescado, do qual 312 t (45%) foram capturados pela pesca profissional e 374 t (55%) pela pesca esportiva. As espécies mais capturadas foram pintado Pseudoplatystoma corruscans (145 t, 27%), pacu Piaractus mesopotamicus (125 t, 24%), cachara Pseudoplatystoma fasciatum (54 t, 10%) e piavuçu Leporinus macrocephalus (41 t, 8%). Os rios que mais contribuíram foram Paraguai (253 t, 48%) e Miranda (125 t, 24%). Um total de 29.683 pescadores esportivos visitaram o Estado, provenientes, principalmente, de São Paulo (62%) com pico de ocorrência no mês de setembro. O número total de pescadores profissionais registrados foi de 1.272. Em mediana, mensalmente, os pescadores profissionais realizaram viagens com duração de 8 a 12 dias capturando entre 61,2 e 100,3 kg/pescador.viagem, com rendimento entre 7,35 e 13,22 kg/pescador.dia. Os pescadores esportivos, por sua vez, realizaram viagens com duração de 4 a 5 dias capturando entre 9,0 e 13,2 kg/pescador.viagem, com rendimento entre 2,12 e 2,97 kg/pescador.dia. De maneira geral, os dados de 2002 indicaram a mesma tendência observada nos anos anteriores em relação à diminuição na captura do dourado Salminus maxillosus pela pesca total, o que levou ao aumento do tamanho mínimo de captura para esta espécie, a vigorar a partir de 2004.bitstream/item/37403/1/BP47.pd

Cria e recria de fêmeas leiteiras: passo a passo.

bitstream/item/65395/1/COT-30-Cria-e-recria-de-femeas-leiteiras.pd

Fundamentos econômicos da formação do preço internacional de açucar e dos preços domésticos de açucar e etanol.

O objetivo deste estudo foi investigar os fatores que afetam o comportamento do etanol no mercado interno e os preços do açúcar nos mercados doméstico e internacional. Três ordens de fatores explicativos são considerados para o preço internacional: (a) índice geral de preços das commodities CRB Spot, (b) macro-fatores (taxa de câmbio, juros, liquidez) (c) fatores idiossincráticos relacionados ao mercado mundial de açúcar. Os fatores explicativos para os preços brasileiros de açúcar e etanol são: (a) preço internacional do açúcar, (b) macro fatores nacionais e internacionais (c) fatores idiossincráticos (clima, produtividade). O preço internacional é previsto principalmente pelo índice CRB e preços do petróleo. Relacionado ao mercado interno, o preço do açúcar foi previsto pelos preços internacionais e taxa de câmbio do real. Os erros de previsão permaneceram na faixa de 20%. No caso dos preços de etanol, os preços internacionais e domésticos do açúcar foram os principais preditores, embora os erros tenham atingido 40%. Como o etanol é commodity menos negociadas no exterior, seus preços são mais sensíveis a fatores idiossincráticos. No entanto, permanece a conclusão geral de que o comportamento dos preços do açúcar e etanol no mercado brasileiro é bastante coerente com o mercado global de commodities

Leaf-, panel- and latex-expressed sequenced tags from the rubber tree (Hevea brasiliensis) under cold-stressed and suboptimal growing conditions: the development of gene-targeted Functional markers for stress response.

Hevea brasiliensis is a native species of the Amazon Basin of South America and the primary source of natural rubber worldwide. Due to the occurrence of South American Leaf Blight disease in this area, rubber plantations have been extended to suboptimal regions. Rubber tree breeding is time-consuming and expensive, but molecular markers can serve as a tool for early valuation, thus reducing time and costs. In this work, we constructed six different cDNA libraries with the aim of developing gene-targeted molecular markers for the rubber tree. A total of 8,263 reads were assembled, generating 5,025 unigenes that were analyzed; 912 expressed sequence tags (ESTs) represented new transcripts, and two sequences were highly up-regulated by cold stress. These unigenes were scanned for microsatellite (SSR) regions and single nucleotide polymorphisms (SNPs). In total, 169 novel EST-SSR markers were developed; 138 loci were polymorphic in the rubber tree, and 98 % presented transferability to six other Hevea species. Locus duplication was observed in H. brasil-iensis and other species. Additionally, 43 SNP markers in 13 sequences that showed similarity to proteins involved in stress response, latex biosynthesis and developmental processes were characterized. cDNA libraries are a rich source of SSR and SNP markers and enable the identification of new transcripts. The new markers developed here will be a valuable resource for linkage mapping, QTL identification and other studies in the rubber tree and can also be used to evaluate the genetic variability of other Hevea species, which are valuable assets in rubber tree breeding

Soil Fertility of Tropical Intensively Managed Forage System for Grazing Cattle in Brazil

In Brazil the predominant beef and dairy cattle production systems are based mostly on grazing and rely on native and cultivated pastures, which are grazed by continuous stocking all year round and are the main source of animal feed