Modeling flow cytometry data for cancer vaccine immune monitoring

Flow cytometry (FCM) is widely used in cancer research for diagnosis, detection of minimal residual disease, as well as immune monitoring and profiling following immunotherapy. In all these applications, the challenge is to detect extremely rare cell subsets while avoiding spurious positive events. To achieve this objective, it helps to be able to analyze FCM data using multiple markers simultaneously, since the additional information provided often helps to minimize the number of false positive and false negative events, hence increasing both sensitivity and specificity. However, with manual gating, at most two markers can be examined in a single dot plot, and a sequential strategy is often used. As the sequential strategy discards events that fall outside preceding gates at each stage, the effectiveness of the strategy is difficult to evaluate without laborious and painstaking back-gating. Model-based analysis is a promising computational technique that works using information from all marker dimensions simultaneously, and offers an alternative approach to flow analysis that can usefully complement manual gating in the design of optimal gating strategies. Results from model-based analysis will be illustrated with examples from FCM assays commonly used in cancer immunotherapy laboratories

Kaffillari - kahvilapyörän suunnittelu

Opinnäytetyön tavoitteena oli suunnitella polkupyörän päällä toimiva liikkuva kahvila eli kahvilapyörä turkulaissyntyisen yrityksen Kaffillarin käyttöön. Kahvilapyörän piti ulkoasullaan ilmentää Kaffillarin kahvintäyteistä maailmankuvaa sekä kyetä tarjoamaan edellytykset kahvin valmistamiseen itsenäisesti paikasta rippumatta. Suunnittelun tueksi vertailtiin tehtyjä tavarapyörärakennelmia sekä määriteltiin moodboardin avulla tunnelmaa, johon pyrittiin. Suunnittelun pohjaksi kartoitettiin ja määriteltiin mahdollisuuksia ja rajoituksia. Liikkuvaan kahvilatoimintaan tutustuttiin prototyyppien ja havainnoinnin kautta kahvilapyörän oikeassa ympäristössä. 3D-mallintaminen toimi suunnittelun päätyökaluna yhdessä hahmomallien kanssa, joilla näyttöruudun toisinaan harhaanjohtavia mittasuhteita tuotiin fyysiseen maailmaan. Rakenteiden tukevuutta testattiin ja tuotannollisuutta kehitettiin yhdessä valmistajan kanssa. Tuloksena saatiin toimiva prototyyppi, jota käytettiin Kaffillarin toiminnassa ensimmäisellä kesäkaudella sekä valmiit suunnitelmat Kaffillarin ensimmäiseen varsinaiseen tuotannolliseen versioon, jota jo rakennettiin opinnäytetyön loppuvaiheessa.The aim of the thesis was to design a fully functional café bicycle for a company in Turku called Kaffillari. The appearance of the café bicycle should represent the coffee filled worldview of Kaffillari and enable the best ground for making outstanding coffee self-reliantly anywhere. Benchmarking was conducted with already existing cargo bicycle creations and moodboard was used for defining the desired atmosphere. Functional possibilities and limitations were defined for the basis of the design. Prototypes were used to explore and observe the mobile café working in the real future environment of the café bicycle. 3D-modeling was the key tool for the entire project. It was used hand in hand with mock-ups to ensure the real life scale which sometimes may become blurry when only seen in the computer screen. The stability of the structure and producibility was developed with the manufacturer. The end results of the project were a working prototype which was used by Kaffillari for its first high season summer and ready plans for the actual first production model which is already under construction