Characterization of Xanthomonas axonopodis pv. phaseoli isolates

A simple, quick and easy protocol was standardized for extraction of total DNA of the bacteria Xanthomonas axonopodis pv. phaseoli. The DNA obtained by this method had high quality and the quantity was enough for the Random Amplified Polymorphic DNA (RAPD) reactions with random primers, and Polymerase Chain Reaction (PCR) with primers of the hypersensitivity and pathogenicity gene (hrp). The DNA obtained was free of contamination by proteins or carbohydrates. The ratio 260nm/380nm of the DNA extracted ranged from 1.7 to 1.8. The hrp gene cluster is required by bacterial plant pathogen to produce symptoms on susceptible hosts and hypersensitive reaction on resistant hosts. This gene has been found in different bacteria as well as in Xanthomonas campestris pv. vesicatoria (9). The primers RST21 and RST22 (9) were used to amplify the hrp gene of nine different isolates of Xanthomonas axonopodis pv. phaseoli from Botucatu, São Paulo State, Brazil, and one isolate, "Davis". PCR amplified products were obtained in all isolates pathogenic to beans.

Stability of Citrus tristeza virus protective isolates in field conditions Estabilidade de isolados protetores contra Citrus tristeza virus em condições de campo

The objective of this work was to monitor the maintenance of Citrus tristeza virus (CTV) protective isolates stability in selected clones of 'Pêra' sweet orange (Citrus sinensis), preimmunized or naturally infected by the virus, after successive clonal propagations. The work was carried out in field conditions in the north of Paraná State, Brazil. Coat protein gene (CPG) analysis of 33 isolates collected from 16 clones of 'Pêra' sweet orange was performed using single strand conformational polymorphism (SSCP). Initially, the isolates were characterized by symptoms of stem pitting observed in clones. Then viral genome was extracted and used as template for the amplification of CPG by reverse transcription polimerase chain reaction (RTPCR). RTPCR products electrophoretic profiles were analyzed using the Jaccard coefficient and the UPGMA method. The majority of the clones had weak to moderate stem pitting symptoms and its CTV isolates showed alterations in the SSCP profiles. However, the stability of the protective complex has been maintained, except for isolates from two analised clones. Low genetic variability was observed within the isolates during the studied years.<br>O objetivo deste trabalho foi monitorar a manutenção da estabilidade de isolados protetores contra Citrus tristeza virus (CTV) em clones selecionados de laranja 'Pêra' (Citrus sinensis) pré-imunizados ou infectados naturalmente pelo vírus, após sucessivas propagações clonais. O trabalho foi realizado em condições de campo, no norte do Estado do Paraná. A análise do gene da capa protéica (GPC) de 33 isolados, coletados de 16 clones de laranjeira 'Pêra', foi realizada com o uso da técnica polimorfismo conformacional da fita simples (SSCP). Inicialmente, os isolados foram caracterizados por meio de sintomas de caneluras observados nos clones. Em seguida, o genoma viral foi extraído e utilizado como molde para a amplificação do GCP com uso da transcrição reversa da reação em cadeia da polimerase (RTPCR). Os perfis eletroforéticos dos produtos da RTPCR foram analisados com emprego do coeficiente de Jaccard e do método UPGMA. A maioria dos clones apresentou sintomas fracos a moderados de caneluras, bem como alterações nos perfis dos isolados de CTV. Contudo, a estabilidade dos complexos protetores foi mantida, com exceção dos isolados presentes em dois dos clones analisados. Foi observada baixa variabilidade genética nos isolados durante os anos avaliados

Characterization of Citrus tristeza virus isolates from grapefruit (Citrus paradisi Macf.) accessions of Citrus Active Germplasm Bank Caracterização de isolados do vírus da tristeza dos citros de acessos de pomelos (Citrus paradisi Macf.) do Banco Ativo de Germoplasma de Citros

Citrus tristeza virus (CTV) isolates from 35 grapefruit accessions belonging to Citrus Active Germplasm Bank of the "Instituto Agronômico de Campinas" located at the "Centro APTA Citros Sylvio Moreira", Cordeirópolis, São Paulo state, Brazil, were characterized and evaluated through symptoms in the trees, biological indexing, immunological diagnosis with different monoclonal antibodies and SSCP analysis (single-strand conformation polymorphism) of the coat protein gene. Symptomatology indicated that, in general, the group of plants with smaller canopy volume and severe stem pitting differed significantly from the group that presented greater vegetative development and mild to moderate stem pitting. However, the isolates from most of the accessions induced mild reaction on Mexican lime. The serological evaluation through the DAS-ELISA using monoclonal antibodies did not reveal any association between virus titer in the plant tissue and symptoms. The reaction with different monoclonal antibodies and the distinct electrophoresis patterns obtained through SSCP showed that there is a high degree of diversity among the isolates that infect these grapefruit accessions. High complexity within the same isolate was also observed in the SSCP profiles. This finding indicates that the CTV isolates from these plants are a complex mixture of CTV haplotypes. Similar SSCP banding patterns were observed among some plants with strong stem pitting symptoms, and among some plants with weak or moderate stem pitting symptoms.<br>Isolados do vírus da tristeza dos citros (CTV) de 35 acessos de pomelos que fazem parte do Banco Ativo de Germoplasma de Citros, localizado no Centro APTA Citros Sylvio Moreira, Cordeirópolis, São Paulo, Brasil, pertencente ao Instituto Agronômico de Campinas (IAC), foram caracterizados através dos sintomas observados nas árvores, indexação biológica, diagnóstico imunológico e análise SSCP (polimorfismo de conformação de fita simples) do gene da proteína do capsídeo. O grupo de plantas que, em geral, apresentou menor volume de copa e severo sintoma de canelura diferenciou-se significativamente do grupo com maior desenvolvimento vegetativo e fraco a moderado sintoma de canelura. No entanto, a maioria dos isolados de CTV das plantas de ambos os grupos induziu fraca reação em limão galego e nenhuma relação entre títulos do vírus nos tecidos e sintomatologia foi observada na avaliação sorológica conduzida por DAS-ELISA. A reação com diferentes anticorpos monoclonais e os distintos padrões eletroforéticos obtidos por SSCP demonstraram que há uma grande diversidade entre os isolados de CTV que infectam os acessos de pomelos. Alta complexidade de bandas dentro de um mesmo isolado foi também observada nos perfis SSCP, demonstrando que cada isolado é constituído por uma mistura de diferentes haplótipos de CTV. Padrões SSCP semelhantes foram observados entre algumas plantas com fortes sintomas de caneluras e entre algumas plantas com sintomas fracos ou moderados de caneluras