Virtualização com o Xen: instalando e configurando o ambiente.

O documento descreve o processo de instalação de ambientes virtuais para servidores, utilizando o hypervisor Xen e tendo-se um sistema Linux Ubuntu (Lucid release) como Dom0. Descreve-se o processo de instalação do Xen 3.3 e 4.0 e também a instalação de hóspedes HVM (totalmente virtualizados) e PV (paravirtualizados). São apresentados também alguns testes comparando o desempenho de sistemas rodando em máquinas reais e em máquinas virtuais.bitstream/item/31526/1/ct102-10.pd

Computational investigations in eukaryotes genome de novo assembly using short reads.

Recently news technologies in molecular biology enormously improved the sequencing data production, making it possible to generate billions of short reads totalizing gibabases of data per experiment. Prices for sequencing are decreasing rapidly and experiments that were impossible in the past because of costs are now being executed. Computational methodologies that were successfully used to solve the genome assembler problem with data obtained by the shotgun strategy, are now inefficient. Efforts are under way to develop new programs. At this moment, a stabilized condition for producing quality assembles is to use paired-end reads to virtually increase the length of reads, but there is a lot of controversy in other points. The works described in literature basically use two strategies: one is based in a high coverage[1] and the other is based in an incremental assembly, using the made pairs with shorter inserts first[2]. Independently of the strategy used the computational resources demanded are actually very high. Basically the present computational solution for the de novo genome assembly involves the generation of a graph of some kind [3], and one because those graphs use as node whole reads or k-mers, and considering that the amount of reads is very expressive; it is possible to infer that the memory resource of the computational system will be very important. Works in literature corroborate this idea showing that multiprocessors computational systems with at least 512 Gb of principal memory were used in de novo projects of eukaryotes [1,2,3]. As an example and benchmark source it is possible use the Panda project, which was executed by a research group consortium at China and generated de novo genome of the giant Panda (Ailuropoda melanoleura) . The project initially produced 231 Gb of raw data, which was reduced to 176 Gb after removing low-quality and duplicated reads. In the de novo assembly process just 134 Gb were used. Those bases were distributed in approximately 3 billions short reads. After the assembly, 200604 contigs were generated and 5701 multicontig scaffolds were obtained using 124336 contigs. The N50 was respectively . 36728 bp and 1.22 Mb for contigs and scaffolds. The present work investigated the computational demands of de novo assembly of eukaryotes genomes, reproducing the results of the Panda project. The strategy used was incremental as implemented in the SOAPdenovo software, which basically divides the assembly process in four steps: pre-graph to construction of kmer-graph; contig to eliminate errors and output contigs, map to map reads in the contigs and scaff to scaffold contigs. It used a NUMA (non-uniform memory access) computational system with 8 six-core processors with hyperthread tecnology and 512 Gb of RAM (random access memory), and the consumption of resources as memory and processor time were pointed for every steps in the process. The incremental strategy to solve the problem seems practical and can produce effective results. At this moment a work is in progress which is investigating a new methodology to group the short reads together using the entropy concept. It is possible that assemblies with better quality will be generated, because this methodology initially uses more informative reads. References [1] Gnerre et. al.; High-quality draft assemblies of mammalian genomes from massively parallel sequence data, Proceedings of the National Academy of Sciences USA, v. 108, n. 4, p. 1513-1518, 2010 [2] Li et. al.; The sequence and de novo assembly of the giant panda genome, Nature, v. 463, p. 311-317, 2010 [3] Schatz et. al.; Assembly of large genomes using second-generation sequencing, Genome Research, v. 20, p. 1165-1173, 2010X-MEETING 2011

Uma proposta para a virtualização de servidores utilizando Xen.

O documento descreve uma proposta de virtualização para servidores que utilizam redundância de máquinas físicas e, por esse motivo, apresentam-se bastante resiliente a falhas. É descrito o processo de instalação de ambientes virtuais para servidores, utilizando o hypervisor Xen 4.1 e tendo-se um sistema Linux Ubuntu (Natty release) como Dom0. Com relação ao DomU, dá-se ênfase para máquinas virtuais paravirtualizadas (PV) que apresentam maior desempenho e flexibilidade em relação às máquinas totalmente virtualizadas (HVM).bitstream/item/56765/1/ComTec111.pd

Métodos, procedimentos e técnicas utilizadas na construção de AgroTIC.

Arquiteturas computacionais aplicáveis a problemas científicos. Arquitetura altamente escalável

Avaliação do sistema radicular de citros submetidos às práticas de manejo agroecológico.

A região dos Tabuleiros Costeiros no Estado de Sergipe recebe destaque na sua área centro-sul, devido ao seu potencial citrícola no país. Devido ao mau uso do solo aliado as condições climáticas da região contribuem para a redução de matéria orgânica essencial para manutenção e qualidade da planta. Desta forma, faz-se necessário a adoção de práticas culturais que minimizem as perdas de água durante o período de seca, aproveitando os resíduos orgânicos na forma de compostagem laminar e vermicompostagem. O presente trabalho tem como desígnio analisar o desenvolvimento do sistema radicular de laranjeiras, submetido á prática de compostagem laminar e vermicompostagem. O experimento foi desenvolvido no Assentamento Mangabeiras, Umbaúba-SE, a aplicação da compostagem laminar será feita na zona de coroamento da laranjeira até o limite da projeção da copa As minhocas serão provenientes de minhocário sendo a espécie utilizada minhoca vermelha da Califórnia (Eisenia fétida/Andrei). Foram testados os seguintes tratamentos no experimento: húmus de minhoca, compostagem laminar, compostagem laminar + adubação NPK, adubação NPK, húmus de minhoca + adubação NPK. O Húmus de minhoca proporcionou maior concentração de raízes em relação à compostagem laminar e ao tratamento com adubação química. A avaliação do sistema radicular foi utilizada o método da trincheira cuja metodologia para avaliação da distribuição lateral e em profundidade das raízes será baseada utilizouse a técnica de processamento e análise de imagens de raízes fotografadas com câmara digital em quadrículas de 0,20 x 0,20 m, dispostas sobre as das paredes da trincheira; para tratamento das imagens utilizou-se o software livre SAFIRA, que analise individualmente as imagens por quadricula gerando resultados equivalentes a comprimento, volume e área de cada perfil analisado

Educação Positiva: satisfação com o trabalho, forças de caráter e bem-estar psicológico de professores escolares.

A Educação Positiva desponta no empenho de aplicar a Psicologia Positiva às instituições educacionais que, além do ensino de competências acadêmicas, passa a ter como objetivo também o ensino de competências para o bem-estar, promovendo o florescimento dos indivíduos e dessas instituições. No modelo desenvolvido pela Geelong Grammar School (Austrália), a Educação Positiva é implementada em toda a escola, enfatizando a importância de incorporar a Psicologia Positiva de forma ampla na comunidade escolar (professores, funcionários, estudantes e seus familiares), o que possibilita maior alcance e sustentabilidade dos resultados. Partindo deste referencial, o presente trabalho pretendeu mapear, por meio da realização de uma revisão sistemática da literatura, a produção científica nacional e internacional sobre Educação Positiva (Estudo 1) e investigar a relação entre a satisfação com o trabalho de professores escolares, as forças de caráter que consideram importantes para ser um bom professor e as que os descrevem como professores, e o bem-estar psicológico desses docentes (Estudo 2). No Estudo 1, foram selecionados artigos científicos, teóricos ou empíricos, indexados nas bases de dados SciELO, ERIC, PsycINFO e Redalyc, que atendessem aos critérios de inclusão/exclusão. A revisão encontrou 75 artigos, a maioria (53,3%) de ensaios teóricos; publicados principalmente nos Estados Unidos (44,0%) e na Austrália (16,0%); e os conceitos mais abordados foram o bem-estar (N=16) e as forças de caráter (N=11). Verificou-se, também, uma baixa frequência e ausência no Brasil de publicações que identifiquem diretamente a Educação Positiva, bem como a escassez de estudos realizados com professores, especialmente professores escolares. O Estudo 2 contou com a participação de 115 professores de Ensino Fundamental e Médio, das redes de ensino pública e privada do Brasil, que responderam um questionário estruturado contendo os seguintes instrumentos: Questionário Sociodemográfico e Profissional, Escala de Prosperidade Psicológica, Questionário de Satisfação do Professor com o Trabalho, Escala de Importância e Percepção das Forças de Caráter para Professores, WHOQoL-Abreviado e Escala de Bem-estar Afetivo no Trabalho. As análises de correlação, realizadas por meio do software SPSS versão 18, mostraram relações significativas entre grande parte das dimensões dos construtos estudados. Os professores participantes apresentaram, ainda, nível mediano a alto de bem-estar psicológicos e nível mediano de satisfação com o trabalho, além de uma forte correlação entre esses dois construtos. Os resultados encontrados evidenciam a importância de investimentos no bem-estar e na satisfação com o trabalho dos professores para propiciar um processo de ensino-aprendizagem de qualidade, que vá além da capacitação acadêmica e promova o florescimento de toda a comunidade escolar. Palavras-chave: Educação positiva, Psicologia positiva, Bem-estar psicológico, Satisfação com o trabalho, Professores escolares

Distribuição de raízes de coqueiro anão verde sob sistemas de irrigação localizada em solo dos tabuleiros costeiros.

Um dos principais problemas no agronegócio do coqueiro anão verde no Distrito de Irrigação Platô de Neópolis, em Sergipe, está relacionado às características físicas e hídricas dos solos dos tabuleiros costeiros. Por serem pobres em nutrientes, apresentarem baixa capacidade de armazenamento de água e, muitas vezes, forte adensamento nas camadas subsuperficiais, esses solos têm grande influência na distribuição do sistema radicular das plantas, sendo esta variável das mais importantes para a definição de sistemas de irrigação eficientes e ajustados ao meio ambiente. O experimento foi conduzido em parceria com a Empresa União, em cuja propriedade é cultivado, entre outras fruteiras, o coqueiro anão verde para produção de água de coco. Foram selecionadas 18 plantas para avaliação do sistema radicular, após 4 anos de aplicação de sistemas de irrigação localizada por gotejamento, gotejamento enterrado e microaspersão. Os resultados do estudo permitiram concluir que os sistemas gotejamento superficial e enterrado são potencialmente mais promissores do que a microaspersão quanto à possibilidade de aprofundamento do sistema radicular do coqueiro anão verde.bitstream/item/33959/1/bp-06.pd