Leguminosas invasoras de áreas cultivadas no nordeste do Pará, Brasil.

Plantas invasoras são aquelas que vegetam em locais onde sua presença não é desejada, por provocarem inúmeros efeitos diretos e indiretos nas atividades agropecuárias do homem, mas que podem desempenhar funções ecológicas importantes. Os trabalhos taxonômicos com Leguminosae invasora na Amazônia precisam ser incrementados, e a carência de literatura especializada dificulta a identificação desses vegetais no elenco de plantas invasoras das áreas cultivadas. O trabalho tem como objetivo estabelecer chave de identificação para as espécies de Leguminosae invasoras de cultivos, no município de Terra Alta e região metropolitana de Belém, nordeste do Pará, Brasil, coletando todas as espécies presentes nas áreas. Durante as coletas, foram encontradas dez espécies, agrupadas em oito gêneros. Destes, os mais representativos foram Mimosa L. e Stylosanthes Sw., com duas espécies cada. Quanto ao hábito de crescimento, as espécies mostraram-se em sua maioria como ervas a subarbustos (3 ssp.), e apenas uma espécie arbórea (Senna reticulata (Willd.) H.S. Irwin & Barneby) foi registrada para as áreas estudadas. Em relação ao ciclo de vida, a maioria dos táxons é perene, sendo que todas as espécies coletadas reproduzem-se principalmente por sementes. São fornecidas descrições, comentários, nomes vulgares e ilustrações para as espécies registradas

Biological processes related to ribosome and mitochondrial functions might be involved in the osteochondrosis latens manifestation in gilts.

Abstract: The articular osteochondrosis (OC) is a disturbance of endochondral ossification occurring in humans and livestock animals. In pigs, OC is one of the major causes of leg weakness, leading to economic losses and reducing the animal welfare. The aim of this study was to evaluate the differential gene expression related to OC latens in femoral articular cartilage in swine. Thus, samples of MS115 5-months-old gilts, normal (control group) and affected with OC latens (affected group), were collected and submitted to histopathological and gene expression analysis. A total of 1,734 genes was differentially expressed (DE) between the two groups. Several biological processes (BP) were enriched including those already known as involved with OC, such as hypoxia, cartilage and bone development. Furthermore, new BP related to initiation of transcription and ribosome biogenesis were associated to this condition. The disruption of mitochondria and ribosome functions may contribute to the development of cartilage and bone disorders, including osteochondrosis and osteoarthritis. The activation of transcription factors (TFs), required to the cartilage and chondrocyte maturation since embrionary life, might also affect the expression of many extracellular matrix genes related to cartilage. The downregulation of TFs ATOH8 and SOX5 in the affected group would delay the chondroblast differentiation, hindering the cartilage formation and endochondral ossification. Besides the DE genes, three genes (DAG1, SC16A and SPAG9) had different isoforms expressed between the normal and affected groups. In this study, new genes and biological processes were described to be possibly involved in the manifestation of OC latens in gilts. Resumo: A osteocondrose articular (OC) é uma perturbação da ossificação endocondral que ocorre em humanos e animais de criação. Em suínos, o OC é uma das principais causas de fraqueza nas pernas, levando a perdas econômicas e reduzindo o bem-estar animal. O objetivo deste estudo foi avaliar a expressão gênica diferencial relacionada ao OC latens na cartilagem articular do fêmur em suínos. Assim, amostras de leitoas MS115 com 5 meses de idade, normais (grupo controle) e afetadas com OC latens (grupo afetado), foram coletadas e submetidas à análise histopatológica e de expressão gênica. Um total de 1.734 genes foi diferencialmente expresso (DE) entre os dois grupos. Vários processos biológicos (BP) foram enriquecidos, incluindo aqueles já conhecidos como envolvidos com CO, como hipóxia, cartilagem e desenvolvimento ósseo. Além disso, novas PA relacionadas ao início da transcrição e biogênese do ribossomo foram associadas a essa condição. O rompimento das funções das mitocôndrias e dos ribossomos pode contribuir para o desenvolvimento de doenças cartilaginosas e ósseas, incluindo osteocondrose e osteoartrite. A ativação de fatores de transcrição (TFs), necessários à maturação da cartilagem e dos condrócitos desde a vida embrionária, também pode afetar a expressão de muitos genes da matriz extracelular relacionados à cartilagem. O downregulation dos TFs ATOH8 e SOX5 no grupo afetado atrasaria a diferenciação do condroblast, dificultando a formação da cartilagem e a ossificação endocondral. Além dos genes DE, três genes (DAG1, SC16A e SPAG9) apresentaram diferentes isoformas expressas entre os grupos normal e afetado. Neste estudo, novos genes e processos biológicos foram descritos como possivelmente envolvidos na manifestação de OC latens em leitoas

Geometry of the energy landscape and folding transition in a simple model of a protein

A geometric analysis of the global properties of the energy landscape of a minimalistic model of a polypeptide is presented, which is based on the relation between dynamical trajectories and geodesics of a suitable manifold, whose metric is completely determined by the potential energy. We consider different sequences, some with a definite protein-like behavior, a unique native state and a folding transition, and the others undergoing a hydrophobic collapse with no tendency to a unique native state. The global geometry of the energy landscape appears to contain relevant information on the behavior of the various sequences: in particular, the fluctuations of the curvature of the energy landscape, measured by means of numerical simulations, clearly mark the folding transition and allow to distinguish the protein-like sequences from the others.Comment: to appear in Physical Review

Complexity Characterization in a Probabilistic Approach to Dynamical Systems Through Information Geometry and Inductive Inference

Information geometric techniques and inductive inference methods hold great promise for solving computational problems of interest in classical and quantum physics, especially with regard to complexity characterization of dynamical systems in terms of their probabilistic description on curved statistical manifolds. In this article, we investigate the possibility of describing the macroscopic behavior of complex systems in terms of the underlying statistical structure of their microscopic degrees of freedom by use of statistical inductive inference and information geometry. We review the Maximum Relative Entropy (MrE) formalism and the theoretical structure of the information geometrodynamical approach to chaos (IGAC) on statistical manifolds. Special focus is devoted to the description of the roles played by the sectional curvature, the Jacobi field intensity and the information geometrodynamical entropy (IGE). These quantities serve as powerful information geometric complexity measures of information-constrained dynamics associated with arbitrary chaotic and regular systems defined on the statistical manifold. Finally, the application of such information geometric techniques to several theoretical models are presented.Comment: 29 page

Genes Col16A1 e ANGPT4 são menos expressos em suínos afetados com osteocondrose latens.

Os problemas locomotores estão entre os principais fatores que resultam em perdas econômicas para a suinocultura industrial (1,2). Entre os principais prejuízos, está a diminuição da produtividade (3) e a preocupação com bem-estar animal, já que esses animais sentem dor e muitas vezes não conseguem ter acesso à água e alimentação. Ademais, nas últimas décadas, houve um aumento na condenação de carcaças em abatedouros devido às artrites, sendo que se for considerada apenas as assépticas, a osteocondrose é a mais frequente (4). Diferenças encontradas na prevalência dessa desordem entre diferentes raças e linhagens de suínos indicam fortemente que há um componente genético envolvido na ocorrência de osteocondrose (5). No Brasil, as informações disponíveis sobre a prevalência e prejuízos causados pela osteocondrose são escassas, assim como os estudos de análise de expressão gênica tentando entender a etiologia desta condição (6). No entanto, sabe-se que grande parte das linhagens de suínos utilizadas no Brasil é proveniente de raças que apresentam susceptibilidade de desenvolver lesões de osteocondrose (6, 12). Dessa maneira, mais estudos são necessários visando entender os fatores envolvidos no aparecimento dessa doença. Neste sentido, objetivou-se neste trabalho avaliar a expressão dos genes Col16A1 (colágeno 16 cadeia A1) e ANGPT4 (angiopoietina 4) em marrãs MS115 normais e afetadas com osteocondrose latens

Solos da Terra Indígena Kaxinawá Nova Olinda, Feijó, Estado do Acre, Brasil.

Neste trabalho o objetivo foi analisar a gênese dos solos da Terra Indígena Kaxinawá Nova Olinda em diferentes geoambientes, bem como avaliar as características das ordens, que ocorrem a partir da estruturação de uma base de dados de perfis, que permita a gestão da informação para indicativos de uso.bitstream/item/209163/1/26945.pd

GG-Strands

A $G$-strand is a map $g(t,{s}):\,\mathbb{R}\times\mathbb{R}\to G$ for a Lie group $G$ that follows from Hamilton's principle for a certain class of $G$-invariant Lagrangians. The SO(3)-strand is the $G$-strand version of the rigid body equation and it may be regarded physically as a continuous spin chain. Here, $SO(3)_K$-strand dynamics for ellipsoidal rotations is derived as an Euler-Poincar\'e system for a certain class of variations and recast as a Lie-Poisson system for coadjoint flow with the same Hamiltonian structure as for a perfect complex fluid. For a special Hamiltonian, the $SO(3)_K$-strand is mapped into a completely integrable generalization of the classical chiral model for the SO(3)-strand. Analogous results are obtained for the $Sp(2)$-strand. The $Sp(2)$-strand is the $G$-strand version of the $Sp(2)$ Bloch-Iserles ordinary differential equation, whose solutions exhibit dynamical sorting. Numerical solutions show nonlinear interactions of coherent wave-like solutions in both cases. ${\rm Diff}(\mathbb{R})$-strand equations on the diffeomorphism group $G={\rm Diff}(\mathbb{R})$ are also introduced and shown to admit solutions with singular support (e.g., peakons).Comment: 35 pages, 5 figures, 3rd version. To appear in J Nonlin Sc

Identificação de mecanismos genéticos envolvidos na oesteocondrose latens em suínos.

Resumo: A osteocondrose (OC) é uma das principais causas de claudicação em suínos, afetando até 80% dos animais reprodutores e de produção, levando a perdas econômicas e reduzindo o bem estar. Com o objetivo de identificar genes e mecanismos genéticos envolvidos em estágios iniciais de OC em suínos, amostras da cartilagem articular distal do fêmur de 3 marrãs normais (controle) e 3 afetadas com OC latens foram coletadas, submetidas a análise histológica e extração total do RNA. As bibliotecas de RNA foram preparadas e sequenciadas em equipamento HiSeq 2500 (2x100pb). As sequências foram submetidas ao controle de qualidade e 98% delas foram mapeadas no genoma do suíno (Ensembl 84). A expressão diferencial foi obtida utilizando-se o EdgeR e a anotação funcional foi realizada com a ferramenta DAVID. Um total de 11.231 genes foi expresso na cartilagem do fêmur e 2.019 genes foram diferencialmente expressos, sendo 1.040 mais expressos e 979 menos expressos no grupo afetado com OC, incluindo genes codificantes, lincRNA e miRNAs. Considerando a análise funcional, diversos processos biológicos foram encontrados, tais como regulação da matriz extracelular, ossificação, ativação endotelial e estresse oxidativo. Novos mecanismos envolvidos na manifestação da OC latens foram evidenciados, contribuindo para o melhor entendimento desta condição em suínos e outras espécies de mamíferos que apresentam problemas locomotores como similares a osteocondrose. Abstract: Osteochondrosis (OC) is a major cause of lameness in sows and finisher pigs, affecting up to 80% of the animals, leading to economic losses and reducing the animal welfare. Aiming to identify genes and genetic mechanisms involved in the early stage of OC in pigs, samples of the distal femoral articular cartilage of 3 gilts (5 months of age) with OC latens and 3 normal gilts (control) were collected, submitted to histological analysis and total RNA extraction. RNA-Seq libraries were prepared and sequenced in HiSeq 2500 equipment (2x100pb). The reads were processed, cleaned and 98% were mapped to the pig genome (Ensembl 84). Differential expression (DE) was obtained using EdgeR and functional annotation was performed with the DAVID database. A total of 11.231 genes was expressed in femoral cartilage and 2.019 were DE, being 1.040 upregulated and 979 downregulated in the OC group, including coding genes, lincRNA and miRNAs. Considering the functional analysis, several biological processes were found, such as those related to regulation of extracellular matrix, ossification, endothelial activation and oxidative stress. We demonstrated novel pathways involved with OC latens contributing to the understanding of its pathophysiology in swine and other mammalian species