Accuracy of genotype imputation with different low density panels in Braford and Hereford cattle.

The main objective of this research was to test alternative low density SNP panels to impute Illumina 50K SNP panel genotypes in Braford and Hereford cattle. Genotypes from 3,768 Hereford, Braford and Nellore animals were used for testing imputation from low density SNP panels (3K, 6K, 8K, 15K and 20K) to the Illumina 50K SNP panel, under four different scenarios: including or not Nellore genotypes in the reference population in combination with the use or not of pedigree information. There were no significant differences in imputation accuracy among these four scenarios within each panel. However, significant differences between panels were found. The best accuracy was given by a customized 15K SNP panel, with an overall genotype concordance rate of 0.977, with 93.3% of the animals imputed with a concordance rate above 0.95. The concordance rates for the other SNP panels were 0.872, 0.952, 0.957 and 0.958 for 3K, 6K, 8K and 20K SNP panel, respectively. Therefore, in the Braford/Hereford population considered in this study, all the alternative panels denser than 3K could be used for imputing to the 50K SNP panel with an overall high imputation accuracy. However, the best results were obtained with the customized 15K SNP instead of the alternative commercial panels. The use of Nellore sire genotypes and pedigree information did not increase accuracy of imputation in this population

Health-promoting effects of Thymus herba-barona, Thymus pseudolanuginosus, and Thymus caespititius decoctions

Thymus herba-barona, Thymus pseudolanuginosus, and Thymus caespititius decoctions were screened for their phenolic constituents, along with their potential antioxidant, anti-inflammatory, and antibacterial activities. The total phenolic compounds in the extracts of the three plants ranged from 236.0 ± 26.6 mgGAE/g (T. caespititus) to 293.0 ± 30.5 mgGAE/g of extract (T. pseudolanuginosus), being particularly rich in caffeic acid derivatives, namely rosmarinic acid and its structural isomers, as well as flavones, such as luteolin-O-glucuronide. The T. pseudolanuginosus extract presented the best DPPH radical scavenging ability (EC 50 = 10.9 ± 0.7 µg/mL), a high reducing power (EC 50 = 32.2 ± 8.2 µg/mL), and effectively inhibited the oxidation of β-carotene (EC 50 = 2.4 ± 0.2 µg/mL). The extracts also showed NO· scavenging activity close to that of ascorbic acid, and thus might be useful as anti-inflammatory agents. In addition, they exhibited antibacterial activity against gram-negative and gram-positive bacteria. Staphylococcus aureus strains were the most sensitive bacteria to thyme extracts, with minimum inhibitory concentration and minimum bactericidal concentration values in the range of 0.6–3.5 mg/mL. Overall, this work is an important contribution for the phytochemical characterization and the potential antioxidant, anti-inflammatory, and antimicrobial activities of these three Thymus species, which have been poorly explored.The authors acknowledge to the Foundation for Science and Technology (FCT), the European Union, the National Strategic Reference Framework (QREN), the European Regional Development Fund (FEDER), and Operational Programme Competitiveness Factors (COMPETE), for funding the Organic Chemistry Research Unit (QOPNA) (project PEst-C/QUI/UI0062/2013; FCOMP-01-0124-FEDER-037296).info:eu-repo/semantics/publishedVersio

Atributos químicos de um Neossolo Quartzarênico sob cultivo de mangueira irrigada na região do Vale do Sub Médio São Francisco.

O trabalho teve o objetivo de avaliar o impacto do cultivo de mangueira irrigada em relação à Caatinga nativa em algumas propriedades químicas de um Neossolo Quartzarênico da região de Petrolina- PE

Comportamento de híbridos comerciais de milho nos cerrados do Sudoeste Piauiense: ano agrícola 2004/2005.

GUIMARAES, P. E. O

Atributos físicos de um Neossolo Quartzarênico sob cultivo de mangueira irrigada na região do Vale do Submédio São Francisco.

A região do Vale do Submédio São Francisco apresenta uma participação muito ativa na produção de manga brasileira. A crescente utilização das terras, sem levar em consideração suas potencial idades e limitações, acarreta em degradação do solo. Mudanças aceleradas do tipo de uso de terra vêm sendo observada no Brasil em que áreas onde antes existia vegetação nativa estão sendo cada vez mais substituídas por diferentes tipos de usos, tal como o cultivo de mangueira. Assim, o presente trabalho teve por objetivo avaliar o impacto do cultivo de mangueira irrigada em relação à caatinga nativa em algumas propriedades físicas de um Neossolo Quartzarên ico da região de Petrolina-PE. Nas áreas sob mangueira irrigada e caatinga nativa foram coletados, em faixas, 10 pontos georeferenciados para cada tratamento nas camadas de 0-10 e 10-20 em. Foi determinada a densidade do solo (OS), densidade das partículas (OP) e poros idade total (Pt). Os dados obtidos foram submetidos à análise descritiva e teste t de Student (p < 0,05). As características físicas do solo avaliadas (OS, OP e Pt) não foram alteradas após 20 anos de cultivo de mangueira irrigada, sendo indicadores poucos sensíveis à mudança de uso do solo em curto prazo. PALAVRAS-CHAVES

Produção Científica da Embrapa Instrumentação Agropecuária, São Carlos, SP: (2004): Livros, Capítulos de Livros, Artigos em Periódicos, Trabalhos Apresentados em Congressos.

bitstream/CNPDIA/10458/1/DOC10_2004.pd