Cloning and expression of Human Papilloma virus type 16 L1 capsid protein in bacteria

Latar belakang: Secara alamiah protein kapsid L1 Human Papillomavirus (HPV) tipe 16 dapat mengalami auto assembly untuk membentuk Viral like particle (VLP). Terkait dengan penelitian vaksin HPV, VLP dapat digunakan untuk berbagai keperluan seperti vaksin, pseudovirion atau SpyTag-Spycatcher. Penelitian ini ditujukan untuk mendapatkan plasmid rekombinan yang digunakan untuk produksi protein L1 HPV 16. Metode: Gen penyandi protein L1 HPV 16 diklona ke dalam vector pQE80L, suatu plasmid yang mengandung sistem ekspresi untuk prokariota. DNA penyandi HPV 16 L1 disisipkan pada situs restriksi BamHI dan Hind III plasmid pQE80L. Plasmid rekombinan yang mengandung gen L1 HPV 16dikonfirmasi menggunakan PCR dan analisis enzim restriksi. Lebih lanjut untuk memastikan bahwa gen rekombinan L1 HPV 16 dapat diekspresikan dalam prokariota, plasmid rekombinan ditransformasikan ke bakteri Escherichia coli BL21 (DE3). Bakteri diinduksi dengan Isopropyl β-D-1-thiogalactopyranoside (IPTG) dengan berbagai konsentrasi dan berbagai waktu inkubasi. Hasil: protein rekombinan L1, berat 56 kDa, telah berhasil diekspresikan dalam sistem prokariota. Protein rekombinan L1 dapat dimurnikan menggunakan TalonR dalam kondisi denaturasi. Kesimpulan: gen L1 HPV 16 telah dikloning ke dalam pQE80L dan berhasil diekspresikan dalam sistem prokariota. (Health Science Journal of Indonesia 2019;10(2):82-9) Kata kunci: L1, HPV 16, cervical cancer   Abstract Background: Naturally Human Papillomavirus (HPV) type 16 L1 capsid protein can auto assemble to form Viral like particles (VLP). Concerning to vaccine development for HPV, VLP can be used for a variety of needs such as a vaccine, pseudovirion or SpyTag-Spycatcher. In this study, to obtain a vector expression that can be used in the production of HPV L1 protein, we cloned gene coding HPV 16 L1 protein into pQE80L a plasmid contains an expression system for prokaryote. Methods: The DNA coding HPV 16 L1 was inserted at BamHI and Hind III restriction sites of pQE80L plasmid. The recombinant plasmid containing the HPV L1 gene was confirmed using PCR colony and enzyme restriction. Further to ensure the recombinant HPV 16 L1 gene could be expressed in a prokaryote, the recombinant plasmid was transformed into bacteria Escherichia coli BL21 (DE3). The bacteria were induced with IPTG with various concentrations and various incubation time. Result: L1 recombinant protein, 56 kDa in weight, has successfully been expressed in prokaryote system. L1 recombinant protein can be purified using TalonR under denaturing conditions. Conclusion: L1 HPV 16 gene has been cloned into pQE80L and successfully expressed in prokaryote system. (Health Science Journal of Indonesia 2019;10(2):82-9) Keywords: L1, HPV 16, cervical cance

Konstruksi Plasmid Rekombinan untuk Inisiasi Translasi Enhance Green Fluorescent Protein oleh Internal Ribosomal Entry Site HIV-1

Human immunodeficiency virus (HIV) is a virus that causes acquired immunodeficiency virus syndrome (AIDS). The HIV genome has a cap structure at 5’ and polyadenylation at 3’ on mRNA resulting in a translation initiation through scanning at 5'untranslated region (UTR). The Vpr protein produced during viral replication causes the 5'cap scanning to be inhibited so HIV-1 can directly recruit the ribosome at the start codon via internal ribosomal entry site (IRES). IRES activity is high at G2/M phase and highest expression in monocyte cell line (THP-1) and lymphocyte (HPB-ALL). The role of HIV IRES however, is not yet known in infection of nondividing cells by HIV-1. HIV-1 IRES and egfp from pcDNA5FRT/TO were amplified with PCR. The insert DNA (HIV-1 IRES_egfp) and pcDNA3.1(+) were digested with EcoRI and ApaI and then ligated. The verification was performed with PCR colonies, restriction verification, and sequencing. The size of insert DNA is 1067 bp while the vector is 5379 bp. E. coli transformed with DNA ligation produces 70 colonies, control of ligation produces 5 colonies, and negative control didn’t grow. 19 colonies contain recombinant DNA, restriction verification was of the appropriate size, and the sequence verification didn’t find any mutation. Therefore, the subcloning process pcDNA3.1_IRES HIV-1_egfp was successfully performed. Abstrak Human immunodeficiency virus (HIV) merupakan virus penyebab acquired immunodeficiency virus syndrome (AIDS). Genom HIV memiliki struktur cap di 5’ dan poliadenilasi di 3’ mRNA sehingga proses inisiasi translasi melalui pemindaian 5’cap pada struktur untranslated region (UTR) di 5’ mRNA HIV. Protein Vpr yang dihasilkan selama replikasi virus menyebabkan pemindaian melalui 5’cap terhambat sehingga HIV-1 dapat langsung merekrut ribosom pada kodon awal translasi melalui struktur internal ribosomal entry site (IRES). Aktivitas IRES tinggi pada fase G2/M dan ekspresi gen tinggi pada sel line monosit (THP-1) dan limfosit (HPB-ALL). Namun, peran IRES HIV-1 belum diketahui pada sel tidak membelah yang merupakan sel target pada infeksi HIV-1. DNA sekuen IRES HIV-1 dan egfp dari pcDNA5FRT/TO diamplifikasi dengan PCR. DNA sisipan (IRES HIV-1_egfp) dan pcDNA3.1(+) dipotong dengan EcoRI dan ApaI lalu DNA sisipan diligasi dengan pcDNA3.1(+). Verifikasi hasil klona dilakukan dengan PCR koloni, verifikasi restriksi, dan sekuensing. Restriksi DNA sisipan menghasilkan pita berukuran 1067 pb. Restriksi vektor plasmid menghasilkan pita berukuran 5379 pb. E.coli yang ditransformasi DNA ligasi menghasilkan 70 koloni, kontrol ligasi 5 koloni, dan kontrol negatif tidak tumbuh. 19 koloni terverifikasi mengandung DNA rekombinan, verifikasi restriksi memiliki ukuran sesuai, dan verifikasi sekuensing tidak terdapat perubahan basa. Oleh karena itu, proses subkloning pcDNA3.1_IRES HIV-1_egfp berhasil dilakukan

HIV Drug Resistance after Failure of 6 Month First-line Therapy in a Hospital: A Case Series

This is the first report of HIV drug resistance in RSUPN Dr. Cipto Mangunkusumo. We tested We reviewed eleven new cases of HIV patients who had virologic failure after 6 months first-line antiretroviral therapy. With the sequencing method, analysis of gene mutations encoded HIV drug resistance. Genotypic resistance results and HIV-1 subtype were interpreted by Stanford DR database. Of ten plasma samples that were successfully amplified and sequenced, all samples were resistant to at least one antiretroviral drug. Genotypic resistance towards the antiretroviral drugs being used was observed in lamivudine (90%), tenofovir (83%), nevirapine (100%) dan efavirenz (100%). It is interesting that no zidovudine resistance were found, including in four patients receiving zidovudine in their HAART. The common NRTI mutations were M184VI and K65R, while NNRTI mutations were Y181CFGVY, K103N, A98AG, E138GQ and G190AGS. No mayor PI mutations were found. Based on these findings, we supports the need for appropriate virology monitoring and HIV drug resistance survey in clinical practice and access to drug options in case of virology failure

Construction of plasmids expressing recombinant B cell epitopes of PD1

Latar Belakang: Pengobatan kanker di Indonesia umumnya menggunakan pengobatan dengan kemoterapi atau dengan operasi. Efek samping dari pengobatan ini antara lain adalah kerontokan rambut, mual dan penurunan berat badan. Saat ini sedang berkembang alternatif terapi kanker dengan menggunakan immunoterapi. Kemampuan sel kanker untuk menghindar dari sistem imun disebabkan adanya protein PD-1 pada sel T yang berikatan dengan ligannya PD-L1. Metode: Penelitian ini merupakan penelitian awal yaitu pembuatan rekombinan PQE PD-1 dan menggunakan bagian soluble dari PD-1 yang disebut dengan EP2PD1 yang akan digunakan untuk pembuatan antibodi monoklonal dan sistem pendeteksi antibodi monoklonal. Metode pembuatan rekombinan PD-1 dan EP2PD1 dengan cara penentuan sekuens epitop sel B yang paling imunogenik dilanjutkan dengan amplifikasi sekuen tersebut dengan PCR dan diligasi ke vektor pengekspresi PQE80. Hasil: Telah terbentuk konstruksi rekombinan PQE80 PD-1 dan PQEEP2PD1 yang diverifikasi menggunakan PCR koloni, pemotongan enzimatik dan sekuensing. Hasil penelitian menunjukkan bahwa epitop PD1 telah terklona ke PQE 80 dan tidak ditemukan mutasi dalam urutan asam amino. Kesimpulan: Konstruksi yang dibuat tidak mempunya mutasi dan dapat dilanjutkan untuk pembuatan antibodi monoklonal.  Kata Kunci: PD1, Epitop, Kanker, Immunotherapy   Abstract Background: Medications on cancer to date in Indonesia is mostly by surgical or chemotherapy, this type of medications is not always curing the patients. The side effect of the chemotherapy drugs sometimes more challenging such as hair loss, nausea and lost weight. One of the promising targets for cancer is using immune therapy. Cancer cells can avoid immune response by surprising immunity through activation of specific inhibitory signalling pathways, referred to as immune checkpoints. Immune check points like PD-1, PD-L1 are breakthrough therapies in oncology and this monoclonal antibody have been approved by the FDA for treatment. In this research we develop full PD-1 and part of PD1 sequence as an insert then we construct with plasmid PQE80L. This recombinant called PQE PD-1 and PQEEP2PD1. The aim of this study is to make recombinant which would be used to detect PD1 full clone monoclonal antibodies. Methods: In this study, we designed our recombinants using Indonesian HLA and others using in silico models, this prototype will not only cover Indonesian patients but also other country. Results: The result showed that the epitope sequence of PD1 has been clone to PQE 80 wt and verified using colony PCR, Enzyme Digestion and Sanger Sequencing. The Clone than will be expressed and injected to animal model to produce antibody. Conclusion: Construction of recombinant PQE PD-1 and PQE EP2PD1 are constructed without any mutation in the sequence, this recombinant can be used in the next study for protein expression of PQE PD-1 and PQE EP2PD1.  Keywords: PD1, Epitope , Cancer, Immunotherapy &nbsp

THE EXPRESSION AND PURIFICATION OF OCTA-ARGININE APOPTIN AND ITS ABILITY TO KILL CANCER CELLS

Objective: In this research, chicken anemia virus apoptin optimized genetically for expression in Escherichia coli and also modified using (His)6 tag, (Arg)8 tag, and HlyA tag intended for purification needs, penetration enhancement, and secretion from bacterial host to the growth media.Methods: The modified apoptin gene was optimized using an Integrated DNA Technology (IDT). The gene (606 bp) then ordered and synthesized by Eurofins. The apoptin gene was expressed using E. coli BL21 CodonPlus as host, in cultivation temperature of 37 °C, and 25 °C and purified using Ni-NTA agarose beads. The addition of (His) 6 tag enabled the apoptin to be purified in only one step by using nickel column. The expression and purification data analyzed qualitatively as well as quantitatively using SDS-PAGE. MTT assay was used to identify the antitumor effect of octa arginine-apoptin to two kinds of cancer cells, cervix HeLa cancer cell and colon Widr cancer cell. The viability of cell was analyzed when the cell incubated in the variation concentration protein for 72 h.Results: The constructed apoptin gene were expressed in E. coli successfully. The MTT assay indicated that Octaarginin-Apoptin was able to induce apoptosis of HeLa and Widr cells lines in a dose-dependent manner. The recombinant apoptin without tagging with octa-arginine, have no ability to induce apoptosis of HeLa and Widr cells lines. Conclusion: This octa arginine-apoptin may in the future allow the development of a therapeutic protein that is able to kill cancer cells specifically

Analisis Gen Haemagglutinin pada Virus Campak Liar

Penyakit Campak disebabkan oleh virus campak yang termasuk genus Morbilivirus dan Family Paramyxoviridae. Penyakit campak masih menjadi masalah kesehatan karena masih ditemukan Kejadian Luar Biasa (KLB) di Indonesia. Salah satu penyebab terjadinya KLB tersebut diduga sebagaiakibat perbedaan antigenesitas antara strain vaksin yang digunakan dengan strain virus campak liar yang beredar di Indonesia. Penelitian ini bertujuan mendapatkan gambaran tentang karakteristik genetik gen Haemagglutinin virus campak liar yang ada di Indonesia. Spesimen yang digunakan sebanyak 27 isolat virus penyebab KLB dari 17 propinsi selama periode tahun 2003-2010. Isolat virus dilakukan pemeriksaan secara RT-PCR dan sekuensing dengan metode Sanger. Hasil sekuensing dianalisis dengan menggunakan perangkat lunak Bioedit 7.0 dan MEGA 4.0. Hasil penelitian didapatkan perbedaan 10 asam amino antara virus campak strain vaksin CAM-70 dan virus campak liar pada posisi D416N; K424T; V451M; N455T; V466I; I473T; F476L; Y481S atau Y481N; H495N; G505D. Kesimpulan penelitian ini adalah terdapat perbedaan karakteristik genetik antara virus campak liar di Indonesia berbeda dengan strain virus vaksin CAM-70.Kata kunci : Campak, Analisis Molekuler, Hemagglutinin, CD46AbstractMeasles is caused by virus belonging to the genus Morbilivirus and Family Paramyxoviridae. Measles is still a public health problem because outbreak of measles still found in Indonesia. Outbreak is suspected as a result of differences in antigenicity between vaccine strains used with wild-type measles virus strains circulating in Indonesia. This study aims to get genetic characteristics of wild-type measles virus haemagglutinin gene in Indonesia. The specimens were used 27 viral isolates from 17 provinces period 2003-2010. Viral isolates examined by RT-PCR and sequencing with Sanger method. Sequencing analysis were conducted using Bioedit 7.0 and MEGA 4.0 software. The results showed 10 amino acid differences between the vaccine strain measles virus CAM-70 and wild-type measles virus in position D416N; K424T; V451M; N455T; V466I; I473T; F476L; Y481S or Y481N; H495N; G505D. Conclusion: There is a difference between the genetic characteristics of wild-type measles virus in Indonesia and vaccine strain CAM-70.Keywords : Measles, Molecular Analisys, Haemagglutinin, CD4

Pelaksanaan Program Penelitian Implementasi Kebijakan MBKM dan Pengabdian Kepada Masyarakat Berbasis Hasil Penelitian dan Purwarupa PTS

Implementasi program dan kebijakan pemerintah tentang pelaksanaan Merdeka Belajar Kampus Merdeka (MBKM) di setiap perguruan tinggi telah mengubah paradigma sistem proses dan pembelajaran ke arah lebih revolusioner, walaupun masih terdapat ketimpangan sistem sosialisasi terhadap perguruan tinggi selama ini. Pro dan kontra adalah kewajaran karena ilmu pengatahuan memang di lahirkan untuk menemukan pembaharuan dan pembenaran dari suatu sistem untuk menemukan hasil yang dapat bermanfaat bagi kehidupan manusia dan alamnya. Salah satu yang menjadi acuan ketepatan dalam pelaksanaan program MBKM tersebut maka perlu dilakukannya sebuah kerangka kerja yang dapat di lakukan mengenai evaluasi, pemahaman, kesiapan, dan pelaksanaan MBKM pada perguruan tinggi. Program studi Desain Grafis Fakultas Desain Komunikasi Visual Universitas Widyatama telah melakukan kegiatan sosialisasi berupa survei dengan cara daring yang disesuaikan dengan format dari Direktorat Jenderal Pendidikan Tinggi pada beberapa hari yang lalu. Sehubungan dengan pelaksanaan Pemeriksaan Kinerja atas Penyelenggaraan Pendidikan Vokasi Berbasis Kerja Sama Industri dan Dunia Kerja dalam Rangka Mewujudkan Sumber Daya Manusia Berkualitas dan Berdaya Saing TA 2020 s.d. Semester I 2021. Maka program studi Desain grafis telah melakukan permintaan pengisian kuesioner melalui google form kepada para stake holder dimana kami telah menyelenggarakan program diploma dan sarjana terapan serta industri yang bekerja sama dengan perguruan tinggi dalam rangka penyelenggaraan pendidikan vokasi. Sedangkan Target responden survei tersebut adalah Wakil Rektor Bidang Akademik, Dekan, Ketua Program Studi, Dosen, serta Para Mahasiswa dari perguruan tinggi di bawah naungan Direktorat Jenderal Pendidikan Tinggi Kementerian Pendidikan dan Kebudayaan. Tujuan dari pengisian survei ini adalah untuk menunjukan hasil pelaksanaan dan kesuksesan program MBKM pada program studi sebagai bahan evaluasi dan kemajuan dari program tersebut ke masa akan datang.  Adapun tahapan pengisian quisoner ini dilakukan dengan cara daring dengan tautan http://spadadikti.id/survey yang mana telah dilakukan tersebut. Tahapan berikutnya melakukan analisis data dari hasil kuesioner serta dilaporkan dalam bentuk diagram infografis juga penjelasan berupa deskripsi untuk memberikan suatu gambaran mengenai pelaksanaan MBKM di program studi yang kami jalankan selama ini. Diharapkan dengan kegiatan pengisian mengenai quesoner ini, maka dapat terukur, evaluasi dan perbaikan mengenai tingkat pelaksanaan program MBKM yang sudah, sedang dan akan dijalankan menuju arah perbaikan dan pengembangan program tersebut pada semester berikutnya

DETEKSI MUTASI GEN KATG MYCOBACTERIUM TUBERCULOSIS DENGAN METODE PCR (POLYMERASE CHAIN REACTION) - HIBRIDISASI DOT BLOT MENGGUNAKAN PELACAK OLIGONUKLEOTIDA BERTANDA 32

Penanganan dan pengendalian penyakit tuberkulosis (TB), penyakit yang disebabkan kuman M. tuberculosis, menjadi semakin sulit dengan meningkatnya kasus resistensi kuman penyebab terhadap obat anti tuberkulosis (oat) sepertiisoniazid. Resistensi dapat terjadi karena penggunaan obat yang tidak tepat dan tidak teratur, sehingga menimbulkan mutasi pada gen yang mengkode/menyandi target oatseperti gen katG (katalase peroxidase G) untuk isoniazid. Teknik biologi molekuler seperti PCR dilanjutkan dengan hibridisasi dot blot dengan pelacak oligonukleotida berlabel radioisotop merupakan teknik deteksi cepat adanya mutasi pada gen tersebut. Percobaan ini bertujuan menerapkan teknik PCR-hibridisasi dot blot dengan pelacak oligonukleotida bertanda radioisotop (32P) untuk mendeteksi adanya mutasigen katG pada kodon 315 yang menyebabkan M. tuberculosis resisten terhadap isoniazid. Dalam penelitian ini digunakan 89 contoh sputum dan kuman standar M. tuberculosis H37Rv. Ekstraksi DNA dilakukan dengan menggunakan metode BOOMuntuk contoh sputum dan metode fenol kloroform untuk kuman standar. Primer oligonukleotida yang dipakai untuk proses PCR adalah Pt8 & Pt9 untuk mendeteksi Mycobacterium penyebab tuberkulosis dan RTB 59 & RTB36 untuk mendeteksi keberadaan gen katG, yang masing-masing dirancang dari daerah pada sekuens sisipan IS6110 dan gen katG M. tuberculosis. Hasil PCR dideteksi dengan teknik elektroforesis gel agarosa. Metode hibridisasi dot blot dengan pelacak oligonukleotida 315 mu bertanda radioisotop 32P, dilaksanakan untuk mengetahui adanya mutasi gen katG dari hasil PCR dengan primer RTB59 & RTB36. Proses PCR dengan primer Pt8dan Pt9 menunjukkan hasil positif untuk semua contoh sputum yang menyatakan sputum mengandung Mycobacterium penyebab tuberkulosis. Hasil proses hibridisasi dot blot dengan pelacak oligonukleotida 315 mu bertanda 32P, memperlihatkan, 11 strain dari 89 strain M. tuberculosis pada contoh sputum, mengalami mutasi pada kodon 315 dari gen katG. Berdasarkan hasil tersebut, dapat dinyatakan bahwa teknik PCR-hibridisasi dot blot dengan pelacak oligonukleotida bertanda 32P adalah metode yang cepat, spesifik, dan sensitif untuk mendeteksi adanya mutasi gen katG M. tuberculosis yang berkaitan dengan resistensinya terhadap isoniazid

Prevalensi Antibodi IgG dan DNA Cytomegalovirus pada darah donor di unit transfusi darah Provinsi DKI Jakarta

Indonesia has not conduct regular screening test of CMV infection due to the lack of seropositive prevelance data information. However, seronegative CMV results is not an indicator of safe blood for transfusion, so that another test that serves as confirmation test for CMV DNA is required.  The aim of this study is to obtain prevalence data of CMV IgG antibody positive, the prevalence of CMV DNA positive and to determine the effect of CMV IgG titers against CMV DNA in blood donors in UTD PMI DKI Jakarta. Cross-sectional method was used to test 113 blood donor samples which have met inclusion criteria. Screening for CMV IgG antibody was held using indirect method chemiluminescence immunoassay (ChLIA) by Liason® XL 10050 Chemiluminescence Analyzer and CMV DNA analysis using qPCR method for the detection of CMV UL 54 with a tool Roche Light Cycler 480 II. Results indicate positive prevalence of IgG CMV in 111 samples (98.23%),  and negative CMV IgG in  2 samples (1.77%).  Prevalence of CMV DNA positive donors is one sample (0.88%), 112 negative CMV DNA samples (99.12%) and Fisher's test results {P (0.982)> α (0.05)} showed no significant association between CMV IgG status with CMV DNA.  CONCLUSIONS: UTD DKI Jakarta has a high prevalence of CMV IgG with low prevalence of CMV DNA