Linkage disequilibrium fine mapping of quantitative trait loci: A simulation study

Recently, the use of linkage disequilibrium (LD) to locate genes which affect quantitative traits (QTL) has received an increasing interest, but the plausibility of fine mapping using linkage disequilibrium techniques for QTL has not been well studied. The main objectives of this work were to (1) measure the extent and pattern of LD between a putative QTL and nearby markers in finite populations and (2) investigate the usefulness of LD in fine mapping QTL in simulated populations using a dense map of multiallelic or biallelic marker loci. The test of association between a marker and QTL and the power of the test were calculated based on single-marker regression analysis. The results show the presence of substantial linkage disequilibrium with closely linked marker loci after 100 to 200 generations of random mating. Although the power to test the association with a frequent QTL of large effect was satisfactory, the power was low for the QTL with a small effect and/or low frequency. More powerful, multi-locus methods may be required to map low frequent QTL with small genetic effects, as well as combining both linkage and linkage disequilibrium information. The results also showed that multiallelic markers are more useful than biallelic markers to detect linkage disequilibrium and association at an equal distance

Alternative models for QTL detection in livestock. III. Heteroskedastic model and models corresponding to several distributions of the QTL effect

This paper describes two kinds of alternative models for QTL detection in livestock: an heteroskedastic model, and models corresponding to several hypotheses concerning the distribution of the QTL substitution effect among the sires: a fixed and limited number of alleles or an infinite number of alleles. The power of different tests built with these hypotheses were computed under different situations. The genetic variance associated with the QTL was shown in some situations. The results showed small power differences between the different models, but important differences in the quality of the estimations. In addition, a model was built in a simplified situation to investigate the gain in using possible linkage disequilibrium.Ce papier décrit deux types de modèles alternatifs pour la détection de QTL dans les populations animales : un modèle hétéroscédastique d’une part, et des modèles correspondants à différentes hypothèses sur la distribution de l’effet de substitution du QTL pour chaque mâle : un nombre fixe et limité d’allèles ou au contraire un nombre infini d’allèles. Les puissances des différents tests construits avec ces hypothèses sont calculées dans différentes situations. L’estimation de la variance génétique liée au QTL est donnée dans certaines situations. Les résultats montrent de faibles différences de puissance entre les différents modèles, mais des différences importantes dans la qualité des estimations. De plus, on construit un modèle dans une situation simplifiée pour étudier le gain que l’on peut obtenir en utilisant un éventuel déséquilibre de liaison

Alternative models for QTL detection in livestock. I. General introduction

In a series of papers, alternative models for QTL detection in livestock are proposed and their properties evaluated using simulations. This first paper describes the basic model used, applied to independent half-sib families, with marker phenotypes measured for a two or three generation pedigree and quantitative trait phenotypes measured only for the last generation. Hypotheses are given and the formulae for calculating the likelihood are fully described. Different alternatives to this basic model were studied, including variation in the performance modelling and consideration of full-sib families. Their main features are discussed here and their influence on the result illustrated by means of a numerical exampleDans une série d’articles scientifiques, des modèles alternatifs pour la détection de (QTLs chez les animaux de ferme sont proposés et leurs propriétés sont évaluées par simulation. Ce premier article décrit le modèle de base utilisé, qui concerne des familles indépendantes de demi-germains de père, avec des phénotypes marqueurs mesurés sur deux ou trois générations et des phénotypes quantitatifs mesurés seulement sur la dernière génération. Les hypothèses sont données et l’expression de la vraisemblance décrite en détail. À partir de ce modèle de base, différentes alternatives ont été étudiées, incluant diverses modélisations des performances et la prise en compte de structures familiales avec de vrais germains. Leurs principales caractéristiques sont décrites et une illustration est donné

Detecting Actions of Fruit Flies

In this thesis we describe a system that tracks fruit flies in video and automatically detects and classifies their actions. We introduce Caltech Fly-vs-Fly Interactions, a new dataset that contains hours of video showing pairs of fruit flies engaging in social interactions, and is published with complete expert annotations and articulated pose trajectory features. We compare experimentally the value of a frame-level feature representation with the more elaborate notion of bout features that capture the structure within actions. Similarly, we compare a simple sliding window classifier architecture with a more sophisticated structured output architecture, and find that window based detectors outperform the much slower structured counterparts, and approach human performance. In addition we test the top performing detector on the CRIM13 mouse dataset, finding that it matches the performance of the best published method. </p

Between Kuma and Kune. Socio-literary readings of the novelistic Laughters in the « Monde noir poche » Series, Hatier 1980-1988

Afin de comprendre la structuration authentique du récit fictionnel africain, on peut détacher délicatement les strates du Sérieux apparent et de la Dérision réaliste de plusieurs mondes en révolution permanente. C’est la mission que s’est fixée cette thèse, au premier sens du terme « symbolique », dans la mesure où elle se confronte d’abord aux grandes théories du rire en littérature, en tant qu’action sociale partant d’une quête ésotérique native. Avançant dans la démystification de l’objet et du sujet écrivant/lisant en fin post-colonialisme trentenaire, on découvre une armature immémoriale de statuts initiés sans cérémonie, faite de princes déchus, de novices aveugles ou de sorcières mal aimées, qui suggèrent avec beaucoup d’autres une tentation : celle de distinguer, sous la page imprimée en coopération, une distribution de tragi-comédie inhumaine, survolée par l’Écrivain noir unique, guidé en ses enfers par un philosophe naturel. Dans cette recherche de l’ironique survie ancestrale, grâce à la risible contingence humaine, l’ordonnancement des signes africains dévoile à son tour la refondation d’un discours vieux comme le Cynisme historique, dévoyé par ses avatars pragmatiques-inertes, vite devenus machiavélismes éternels. À la lumière de cette lanterne romanesque en plein jour sociétal du sous-continent françafricain ténébreux, les rires spontanés ou cultivés, et des éclats plus subtilement enformulés trouvent un chemin à leur démarche supposée commune : promouvoir littérairement individus et collectivités dans un monde noir débarrassé de la barbarie innommable et sans un scrupule d’humour, sinon sadique.So as to unterstand the authentic structuration of the africain fictional story, strata can be gently removed from the patent Serious and the realistic Derision out of several universes on their permanent revolving orbit. It is the mission assumed by this thesis, by the first meaning of the word « symbolic », insofar as it first confronted with the great theories of laughter in literature as a social action coming from an esoteric native quest. Promoting demystification both of the writing and readind object and of the subject at the end of a thirty-year ood period of post-colonialism, an immemorial framework of initiated status can be discovered, made of deposed princes, blind novices or unloved witches. They suggest, along with many others, a temptation : to distinguish, under the page printed by cooperation, the casting of an inhuman tragicomedy overflew by the unique black Writer, guided throught his hells by a natural philosopher. In this research of the ironical ancestral survival, thanks to the risible human contingency, this arrangement of the african signs reveals in its turn the refoundation of a discourse as old as the historical Cynism. This has been misguided by its inert-pragmatic avatars, quickly transformed into permanent machiavellianisms. Under the illumining of this novelistic lantern, in the societal daylight of the dark franco-african subcontinent, the spontaneous or cultured laughters, and the more subtly expressed roarings, find a way for their supposed common approach : to literarily promote individuals and collectivities, in a black world freed from unspeakable barbarity, lacking in the least scruple of humour other than a sadictic one

Selective genotyping for location and estimation of the effect of a quantitative trait locus

18 ref.International audienc

Efficacité génétique, statistique et économique de la sélection génomique dans différents contextes

National audienceLa sélection génétique est organisée de différentes façons selon les espèces animales ou végétales et le contexte économique. La sélection génomique a seulement été mise en oeuvre pour la filière des bovins laitiers. Il est attendu que les manières de mettre en oeuvre la sélection génomique pour les autres espèces soient assez différentes. L'objectif du projet R2D2 est d'étudier l'efficacité statistique et économique de la sélection génomique dans différents contextes, selon les ressources disponibles (populations de référence, capacité de génotypage) et des spécificités de gestion des populations (croisements, multiraciale, pratiques de sélection, caractères choisis, etc.).La première tâche consiste à proposer des méthodes d'évaluation des principaux paramètres génétiques (progrès génétique, précision des estimations, etc.) requis pour les méthodes de sélection génomique. La deuxième tâche consiste à développer une méthode de comparaison de l'efficacité technico-économique des différents schémas de sélection, basée ou non sur la sélection génomique