GC content shapes mRNA storage and decay in human cells.

mRNA translation and decay appear often intimately linked although the rules of this interplay are poorly understood. In this study, we combined our recent P-body transcriptome with transcriptomes obtained following silencing of broadly acting mRNA decay and repression factors, and with available CLIP and related data. This revealed the central role of GC content in mRNA fate, in terms of P-body localization, mRNA translation and mRNA stability: P-bodies contain mostly AU-rich mRNAs, which have a particular codon usage associated with a low protein yield; AU-rich and GC-rich transcripts tend to follow distinct decay pathways; and the targets of sequence-specific RBPs and miRNAs are also biased in terms of GC content. Altogether, these results suggest an integrated view of post-transcriptional control in human cells where most translation regulation is dedicated to inefficiently translated AU-rich mRNAs, whereas control at the level of 5' decay applies to optimally translated GC-rich mRNAs

Influence de polymorphismes génétiques à risque dans l'évolution de la maladie de Crohn

NICE-BU Médecine Odontologie (060882102) / SudocSudocFranceF

Interaction entre les Escherichia coli pathogènes et la muqueuse intestinale (mécanismes cellulaires et moléculaires de la réponse immunitaire innée induite par les facteurs de virulence bactériens)

Escherichia coli (E. coli) est la bactérie la plus fréquente du tube digestif. Bien qu'habituellement saprophytes, certaines de ces bactéries peuvent être pathogènes responsables alors de diarrhée aiguë Des souches d'E.coli sont également potentiellement impliquées dans la physiopathologie des maladies inflammatoires chroniques de l'intestin (MICI), essentiellement représentées par la rectocolite ulcérative et la maladie de Crohn. Ces bactéries et/ou l'inflammation chronique qu'elles peuvent déclencher et pérenniser, pourraient jouer un rôle dans la transformation dysplasique puis néoplasique de la muqueuse colique. Cette transformation surviendrait notamment chez certains patients présentant une susceptibilité génétique, et selon des mécanismes moléculaires encore incertains. Le but de ce travail a été d'étudier les différentes conséquences in vitro de l'interaction entre différentes populations cellulaires présentes au niveau de la muqueuse intestinale (cellules épithéliales, lymphocytes et polynucléaires neutrophiles) avec certains groupes d'E. coli pathogènes, les DAEC, ou avec une toxine, le facteur cytotoxique nécrosant ou CNF1, produite par des souches d'E. coli appelées NTEC. Cette étude a montré que l'activation par le CNF1 de la petite protéine G Rho présente au niveau des lymphocytes, augmentait l'adhérence de ces lymphocytes au niveau de l'épithélium intestinal et induisait alors des altérations morphologiques de cet épithélium. Nous avons également observé que le CNF1, via l'activation permanente sur les cellules épithéliales des petites protéines Rho, retarde leur cicatrisation après blessure mécanique. Une deuxième partie de ce travail a permis de montrer que l'adhérence des DAEC au niveau de l'épithélium intestinal induisait le recrutement des polynucléaires neutrophiles. Cette étude a également permis de montrer que la migration des neutrophiles induite par les DAEC conduisait à une augmentation d'expression de leurs récepteurs (DAF-CD55) à la surface des cellules épithéliales, réalisant ainsi une boucle d'amplification positive en potentialisant leur adhérence. Ce travail s'est poursuivi par l'analyse des conséquences de l'infection des polynucléaires neutrophiles par les DAEC, montrant en particulier l'induction de l'apoptose de ces cellules associée à leur agrégation, en l'absence d'internalisation intracytoplasmique. L'ensemble de ces travaux apporte ainsi des éléments nouveaux sur la connaissance de la physiopathologie des infections intestinales induites par certains groupes d'E coli et sur la caractérisation de certains facteurs de virulence produits par ces bactéries.NICE-BU Sciences (060882101) / SudocSudocFranceF

Etiology of Crohn's disease: many roads lead to autophagy

International audienceCrohn's disease is a complex multifactor diseases that occur in individuals with genetic predisposition in whom environmental and microbial triggers cause a deleterious chronic immune response. Susceptibility to Crohn's disease is influenced by common variants at many loci. Genetic studies have emphasized the role of host susceptibility in inflammatory bowel disease onset with the identification of about 100 risk loci, most of which encode proteins involved in immunity, host defense against microbes, and gut homeostasis. In this review, we focus on susceptibility genes related to autophagy in the etiology of Crohn's disease (CD) and their complex interplay with the gut microbiota, as illustrated by the relationship between immunity-related GTPase family M alleles, microRNA, and xenophagy in CD predisposition

Risk predisposition for Crohn disease A "menage a trois" combining IRGM allele, miRNA and xenophagy

International audienceSusceptibility to Crohn disease (CD), an inflammatory bowel disease, is influenced by common variants at many loci like the exonic synonymous IRGM SNP (rs10065172, NM_001145805.1, c.313C>T). We recently showed that miR-196 is overexpressed in the inflammatory intestinal epithelia of individuals with CD and downregulates the IRGM protective (c.313C) but not the risk-associated (c.313T) allele. Eventually, loss of IRGM/miRNA regulation compromises xenophagy. These results highlight a critical "menage a trois" in risk susceptibility combining IRGM allele, miRNA and xenophagy