A multilocus assay reveals high nucleotide diversity and limited differentiation among Scandinavian willow grouse (Lagopus lagopus)

<p>Abstract</p> <p>Background</p> <p>There is so far very little data on autosomal nucleotide diversity in birds, except for data from the domesticated chicken and some passerines species. Estimates of nucleotide diversity reported so far in birds have been high (~10^-3) and a likely explanation for this is the generally higher effective population sizes compared to mammals. In this study, the level of nucleotide diversity has been examined in the willow grouse, a non-domesticated bird species from the order Galliformes, which also holds the chicken. The willow grouse (<it>Lagopus lagopus</it>) has an almost circumpolar distribution but is absent from Greenland and the north Atlantic islands. It primarily inhabits tundra, forest edge habitats and sub-alpine vegetation. Willow grouse are hunted throughout its range, and regionally it is a game bird of great cultural and economical importance.</p> <p>Results</p> <p>We sequenced 18 autosomal protein coding loci from approximately 15–18 individuals per population. We found a total of 127 SNP's, which corresponds to 1 SNP every 51 bp. 26 SNP's were amino acid replacement substitutions. Total nucleotide diversity (<it>π</it>_<it>t</it>) was between 1.30 × 10^-4and 7.66 × 10^-3(average <it>π</it>_{<it>t </it>}= 2.72 × 10^-3± 2.06 × 10^-3) and silent nucleotide diversity varied between 4.20 × 10^-4and 2.76 × 10^-2(average <it>π</it>_{<it>S </it>}= 9.22 × 10^-3± 7.43 × 10^-4). The synonymous diversity is approximately 20 times higher than in humans and two times higher than in chicken. Non-synonymous diversity was on average 18 times lower than the synonymous diversity and varied between 0 and 4.90 × 10^-3(average <it>π</it>_{<it>a </it>}= 5.08 × 10^-4± 7.43 × 10³), which suggest that purifying selection is strong in these genes. <it>F</it>_STvalues based on synonymous SNP's varied between -5.60 × 10^-4and 0.20 among loci and revealed low levels of differentiation among the four localities, with an overall value of <it>F</it>_ST= 0.03 (95% CI: 0.006 – 0.057) over 60 unlinked loci. Non-synonymous SNP's gave similar results. Low levels of linkage disequilibrium were observed within genes, with an average r²= 0.084 ± 0.110, which is expected for a large outbred population with no population differentiation. The mean per site per generation recombination parameter (ρ) was comparably high (0.028 ± 0.018), indicating high recombination rates in these genes.</p> <p>Conclusion</p> <p>We found unusually high levels of nucleotide diversity in the Scandinavian willow grouse as well as very little population structure among localities with up to 1647 km distance. There are also low levels of linkage disequilibrium within the genes and the population recombination rate is high, which is indicative of an old panmictic population, where recombination has had time to break up any haplotype blocks. The non-synonymous nucleotide diversity is low compared with the silent, which is in agreement with effective purifying selection, possibly due to the large effective population size.</p

The ecology of the European badger (Meles meles) in Ireland: a review

peer-reviewedThe badger is an ecologically and economically important species. Detailed knowledge of aspects of the ecology of this animal in Ireland has only emerged through research over recent decades. Here, we review what is known about the species' Irish populations and compare these findings with populations in Britain and Europe. Like populations elsewhere, setts are preferentially constructed on south or southeast facing sloping ground in well-drained soil types. Unlike in Britain, Irish badger main setts are less complex and most commonly found in hedgerows. Badgers utilise many habitat types, but greater badger densities have been associated with landscapes with high proportions of pasture and broadleaf woodlands. Badgers in Ireland tend to have seasonally varied diets, with less dependence on earthworms than some other populations in northwest Europe. Recent research suggests that females exhibit later onset and timing of reproductive events, smaller litter sizes and lower loss of blastocysts than populations studied in Britain. Adult social groups in Ireland tend to be smaller than in Britain, though significantly larger than social groups from continental Europe. Although progress has been made in estimating the distribution and density of badger populations, national population estimates have varied widely in the Republic of Ireland. Future research should concentrate on filling gaps in our knowledge, including population models and predictive spatial modelling that will contribute to vaccine delivery, management and conservation strategies.Department of Agriculture, Fisheries and FoodTeagasc Walsh Fellowship Programm

Rovvilt og Samfunn (RoSa). Det skandinaviske ulveprosjektet – SKANDULV. Oversikt over gjennomførte aktiviteter i 2000-2004

Pedersen, H.C., Wabakken, P., Arnemo, J.M., Brainerd, S.M., Brøseth, H., Gundersen, H., Hjeljord, O., Liberg, O., Sand, H., Solberg, E.J., Storaas, T., Strømseth, T.H., Wam, H. & Zimmermann, B. 2005. Rovvilt og Samfunn (RoSa). Det skandinaviske ulveprosjektet - SKANDULV. Oversikt over gjennomførte aktiviteter i 2000-2004. - NINA Rapport 117. 78 s. Denne rapporten oppsummerer kort hovedaktivitetene vi har hatt i perioden 2000-2004 i forbindelse med ulveforskning gjennom prosjektet Rovvilt og Samfunn (RoSa). Prosjektet har mottatt økonomisk støtte fra Norges forskningsråd, Direktoratet for naturforvaltning, Fylkesmennene i Hedmark, Oslo/Akershus og Østfold, Stor-Elvdal, Åmot, Trysil, Elverum, Våler, Åsnes, Grue, Kongsvinger og Eidskog kommuner, Borregaard Skoger AS, Glommen Skogeierforening, Norges Skogeierforbund, Norskog, Åmot Utmarksråd, Sve-Nor-Älg og TRÅ elgregioner. Rapporten er først og fremst en tilbakerapportering til disse. Etter at ulvebestanden vokste utover på 1990-tallet ble det stadig mer aktuelt å starte opp mer koordinert ulveforskning både i Norge og Sverige. Fordi den norsk-svenske riksgrensa skjærer tvert gjennom ulvebestandens kjerneområde, og problemer knyttet til ulv finnes på begge sider av grensa, innså man at påbegynt ulveforskning i de to landene burde samordnes og styrkes. I 2000 opprettet man derfor Det skandinaviske ulveforskningsprosjektet, med kortnavnet SKANDULV. Forskere fra 7 ulike vitenskapelige institusjoner arbeider innen SKANDULV; Norsk institutt for naturforskning, Høgskolen i Hedmark, Universitetet for miljø- og biovitenskap, Norges teknisk-naturvitenskapelige universitet, Grimsö forskningsstation, Universitetet i Uppsala og Universitetet i Lund. Det overordnede mål med SKANDULVs virksomhet er å framskaffe faktaunderlag for en opti-mal forvaltning av ulv i Norge og Sverige, samt å bidra til spredning av informasjon om ulvens biologi og forvaltning til et bredt publikum. En del av resultatene som har framkommet i dette prosjektet ble rapportert i forbindelse med utarbeidelse av ny rovviltmelding i 2003 (jf. St. meld. Nr. 15 (2003-2004) Rovvilt i norsk natur). Mye innsamlet data er ennå ikke ferdig analysert og flere av konklusjonene som framkommer her vil derfor ikke være endelige. Selv om mye feltarbeid videreføres også utover 2004, har 2005 vært preget av oppsummering og analysering av allerede tilgjengelig data. Dette vil gjenspeiles i en økende publiseringstakt av vitenskapelige og mer populærvitenskapelig artikler i årene som kommer.© Norsk institutt for naturforskning Publikasjonen kan siteres fritt med kildeangivels

Rovvilt og Samfunn (RoSa). Det skandinaviske ulveprosjektet – SKANDULV. Oversikt over gjennomførte aktiviteter i 2000-2004

Denne rapporten oppsummerer kort hovedaktivitetene vi har hatt i perioden 2000-2004 i for-bindelse med ulveforskning gjennom prosjektet Rovvilt og Samfunn (RoSa). Prosjektet har mottatt økonomisk støtte fra Norges forskningsråd, Direktoratet for naturforvaltning, Fylkes-mennene i Hedmark, Oslo/Akershus og Østfold, Stor-Elvdal, Åmot, Trysil, Elverum, Våler, Ås-nes, Grue, Kongsvinger og Eidskog kommuner, Borregaard Skoger AS, Glommen Skogeierfo-rening, Norges Skogeierforbund, Norskog, Åmot Utmarksråd, Sve-Nor-Älg og TRÅ elgregioner. Rapporten er først og fremst en tilbakerapportering til disse. Etter at ulvebestanden vokste utover på 1990-tallet ble det stadig mer aktuelt å starte opp mer koordinert ulveforskning både i Norge og Sverige. Fordi den norsk-svenske riksgrensa skjærer tvert gjennom ulvebestandens kjerneområde, og problemer knyttet til ulv finnes på begge sider av grensa, innså man at påbegynt ulveforskning i de to landene burde samordnes og styrkes. I 2000 opprettet man derfor Det skandinaviske ulveforskningsprosjektet, med kortnavnet SKANDULV. Forskere fra 7 ulike vitenskapelige institusjoner arbeider innen SKANDULV; Norsk institutt for naturforskning, Høgskolen i Hedmark, Universitetet for miljø- og biovitenskap, Norges teknisk-naturvitenskapelige universitet, Grimsö forskningsstation, Universitetet i Uppsa-la og Universitetet i Lund. Det overordnede mål med SKANDULVs virksomhet er å framskaffe faktaunderlag for en opti-mal forvaltning av ulv i Norge og Sverige, samt å bidra til spredning av informasjon om ulvens biologi og forvaltning til et bredt publikum. En del av resultatene som har framkommet i dette prosjektet ble rapportert i forbindelse med utarbeidelse av ny rovviltmelding i 2003 (jf. St. meld. Nr. 15 (2003-2004) Rovvilt i norsk natur). Mye innsamlet data er ennå ikke ferdig analysert og flere av konklusjonene som framkommer her vil derfor ikke være endelige. Selv om mye feltarbeid videreføres også utover 2004, har 2005 vært preget av oppsummering og analysering av allerede tilgjengelig data. Dette vil gjen-speiles i en økende publiseringstakt av vitenskapelige og mer populærvitenskapelig artikler i årene som kommer

Failure to coordinate management in transboundary populations hinders the achievement of national management goals: The case of wolverines in Scandinavia

Large carnivores are expanding in Europe, and their return is associated with con- flicts that often result in policies to regulate their population size through culling. Being wide-ranging species, their populations are often distributed across several jurisdictions, which may vary in the extent to which they use lethal control. This creates the conditions for the establishment of source-sink dynamics across bor- ders, which may frustrate the ability of countries to reach their respective man- agement objectives. 2. To explore the consequences of this issue, we constructed a vec-permutation pro- jection model, applied to the case of wolverines in south-central Scandinavia, shared between Norway (where they are culled) and Sweden (where they are pro- tected). We evaluated the effect of compensatory immigration on wolverine pop- ulation growth rates, and if the effect was influenced by the distance to the national border. We assessed to what extent compensatory immigration had an influence on the number of removals needed to keep the population at a given growth rate. 3. In Norway, the model estimated a stable trend, whereas in Sweden it produced a 10% annual increase. The effect of compensatory immigration corresponded to a 0.02 reduction in population growth rate in Sweden and to a similar increase in Norway. This effect was strong closer to the Norwegian-Swedish border, but weakwhenmovingawayfromit.Anaverageof33wolverineswasshotperyear in the Norwegian part of the study area. If no compensatory immigration from Sweden had occurred, 28 wolverines shot per year would have been sufficient to achievethesamegoal.About15.5%ofalltheindividualsharvestedinNorway between 2005 and 2012 were compensated by immigrants, causing a decrease in population growth rate in Sweden. 4. Synthesis and applications. When a population is transboundary, the consequences of management decisions are also transboundary, even though the political bodies in charge of those decisions, the stakeholders who influence them, and the tax- payers who finance them are not. It is important that managers and citizens be informed that a difference in management goals can reduce the efficiency, and increase the costs, of wildlife management.acceptedVersio