Des champignons dans les garrigues languedociennes : Historique, diversité et enjeux de conservation

International audienceNombre d’espèces nous sont plus ou moins familières comme de bons génies travaillant de manière totalement gratuite pour notre plus grand bénéfice : pollinisation, production de miel, de pollen, de cire, de soie, lutte biologique en serre ou en plein champ …. De nombreux écologistes ou comportementalistes (Jean- Henri Fabre et bien d’autres) se sont extasiés devant le haut niveau de sophistication du comportement des insectes et la perfection technique de leurs réalisations. Par contre, il faut reconnaître que d’autres (mouches, moustiques, guêpes, cafards, ravageurs des cultures, etc.) ne semblent venus sur Terre que comme de mauvais génies pour nous poser de multiples problèmes. Mais connaissons- nous bien ce monde immense avec des espèces si petites ou si mobiles qu’elles échappent facilement à nos observations ? Et si nous sommes conscients qu’ils représentent une part essentielle de la biodiversité animale spécifique (les trois quarts) dans nos écosystèmes terrestres, nous imaginons la diversité de leurs relations avec les autres êtres vivants et les multiples rôles qu’ils vont jouer notamment dans le recyclage de la matière organique ou comme maillons des chaînes alimentaires

Simple duplex fecal PCR assay that allows identification of false-negative results in Helicobacter sp.-infected mice

International audienceWe designed a simple and sensitive duplex polymerase chain reaction (PCR) assay for detection of false-negative results during routine Helicobacter sp. feces analysis. We took advantage of the various Lactobacillus species that form part of the normal intestinal flora of laboratory rodents to improve our PCR diagnostic assays. Using this one-step PCR assay, we were able to rule out false-negative results without the need of adding internal standard molecules. This is an important quality control for PCR diagnostic tests, since the presence of inhibitors in feces can prevent detection of Helicobacter infections using PCR analysis. Use of this Lactobacillus group-specific PCR assay can be extended to other feces tests used in mouse quality-control programs

Comparison of three longitudinal analysis models for the health-related quality of life in oncology: a simulation study

International audienceBackground: Health-Related Quality of Life (HRQoL) is an important endpoint in oncology clinical trials aiming to investigate the clinical benefit of new therapeutic strategies for the patient. However, the longitudinal analysis of HRQoL remains complex and unstandardized. There is clearly a need to propose accessible statistical methods and meaningful results for clinicians. The objective of this study was to compare three strategies for longitudinal analyses of HRQoL data in oncology clinical trials through a simulation study.Methods: The methods proposed were: the score and mixed model (SM); a survival analysis approach based on the time to HRQoL score deterioration (TTD); and the longitudinal partial credit model (LPCM). Simulations compared the methods in terms of type I error and statistical power of the test of an interaction effect between treatment arm and time. Several simulation scenarios were explored based on the EORTC HRQoL questionnaires and varying the number of patients (100, 200 or 300), items (1, 2 or 4) and response categories per item (4 or 7). Five or 10 measurement times were considered, with correlations ranging from low to high between each measure. The impact of informative missing data on these methods was also studied to reflect the reality of most clinical trials.Results: With complete data, the type I error rate was close to the expected value (5%) for all methods, while the SM method was the most powerful method, followed by LPCM. The power of TTD is low for single-item dimensions, because only four possible values exist for the score. When the number of items increases, the power of the SM approach remained stable, those of the TTD method increases while the power of LPCM remained stable. With 10 measurement times, the LPCM was less efficient. With informative missing data, the statistical power of SM and TTD tended to decrease, while that of LPCM tended to increase.Conclusions: To conclude, the SM model was the most powerful model, irrespective of the scenario considered, and the presence or not of missing data. The TTD method should be avoided for single-item dimensions of the EORTC questionnaire. While the LPCM model was more adapted to this kind of data, it was less efficient than the SM model. These results warrant validation through comparisons on real data

Modèles à effets aléatoires pour l’analyse longitudinale de la qualité de vie relative à la santé dans l’essai randomisé PRODIGE 4/ACCORD 11

International audienceINTRODUCTION La qualité de vie relative à la santé (QdV) est devenue un des objectifs prioritaires des essais cliniques en cancérologie pour évaluer l'efficacité d'une prise en charge. Cependant, l'analyse longitudinale de ce critère reste difficile de par la nature des données. En effet, on observe à la fois des réponses multiples, répétées et ordinales. L'objectif de ce travail est de proposer une méthode alternative pour l'analyse longitudinale de la QdV fondée sur les observations brutes des questionnaires standards développés par l'EORTC. Le modèle a été appliqué aux données de QdV de l'essai PRODIGE 4 / ACCORD11/0102 qui est un essai clinique randomisé mené sur 342 patients traités par FOLFIRINOX ou Gemcitabine pour un cancer du pancréas métastatique. METHODES La QdV n'est pas directement mesurable et est considérée comme un trait latent accessible par l'intermédiaire des réponses aux items. Différentes théories existent pour l'analyse des dimensions des questionnaires de QdV. On différencie la théorie classique (Classical Test Theory, CTT) de la théorie moderne de réponse à l'item (Item ResponseTheory, IRT). La CTT se fonde sur les observations d'un score qui correspond à la moyenne pondérée des réponses aux items. Le score qui est considéré comme une variable continue se substitue alors à l'utilisation des observations brutes. Sous ces conditions, le modèle linéaire mixte (L2M) est le plus utilisé pour l'analyse longitudinale de la QdV. Les modèles issus de l'IRT sont proposés comme une alternative au premier. Ces modèles peuvent être vus comme des modèles linéaires mixtes généralisés pour données ordinales et supposent l'existence d'un modèle probabiliste liant les réponses aux items au trait latent représentant la QdV. Pour l'analyse longitudinale, nous avons étendu le modèle PCM proposé par Master (1982) afin de prendre en compte des covariables cliniques et les caractéristiques des données. La réponse cachée continue inobservable suit alors un modèle de régression linéaire incorporant des effets fixes et aléatoires. Les deux modèles proposés ont été implémentés sous le logiciel SAS avec les procédures mixed et nlmixed. RESULTATS Les modèles L2M et PCM longitudinal (LPCM) ont été utilisés pour analyser la perception de la QdV des patients sur l'ensemble des dimensions du questionnaire QLQ-C30 afin de comparer l'effet des deux traitements en considérant les évaluations à l'inclusion, à 15 jours, puis à 1, 2, 4, 6, 8 et 10 mois. La perception de la QdV est similaire entre les deux bras de traitement pour les modèles L2M et LPCM. Par contre, son évolution au cours d

La mycologie en Languedoc : Que faire de deux siècles d’archives ?

International audiencecommunication oral

La mycologie en Languedoc : Que faire de deux siècles d’archives ?

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Deficiency in OGG1 Protects against Inflammation and Mutagenic Effects Associated with H. pylori Infection in Mouse

International audienceBackground: Helicobacter pylori infection is associated with gastric cancer. Study with the Big Blue mouse model has reported a mutagenic effect associated with the H. pylori infection, as a result in part of oxidative DNA damage. The present work investigates the consequences of a deficiency in the OGG1 DNA glycosylase, responsible for the excision of 8-oxo guanine, on the inflammatory and genotoxic host response to the infection.Materials and Methods: Big Blue Ogg1–/– C57BL/6 mice were orally inoculated with H. pylori strain SS1 or vehicle only, and sacrificed after 1, 3, or 6 months. The serologic response, histologic lesions, mutant frequency, and spectra of mutations were assessed in the stomach and compared to what observed in the wild-type (Wt) context.Results: Inflammatory lesions induced in the gastric mucosa of H. pylori-infected mice, corresponding to a moderate gastritis, were less severe in Ogg1–/– than in Wt Big Blue mice. Analysis of antimicrobial humoral immunity exhibited a lower IgG2a serum level (Th1 response) after 6 months of infection in Ogg1–/– than in the Wt mice. In these conditions, the H. pylori-SS1 infection in the Ogg1–/– mice did not induce a mutagenic effect at the gastric epithelial cells level, either after 3 or 6 months.Conclusions: The inactivation of the OGG1 DNA glycosylase in mouse leads to less severe inflammatory lesions and abolished the mutagenic effect at the gastric epithelial cells level, induced by the H. pylori infection. These data suggest for the OGG1deficiency a protective role against inflammation and genotoxicity associated to the H. pylori infection