zt: A Sofware Tool for Simple and Partial Mantel Tests

Different methods of data analysis (e.g. clustering and ordination) are based on distance matrices. In some cases, researchers may wish to compare several distance matrices with one another in order to test a hypothesis concerning a possible relationship between these matrices. However, this is not always self-evident. Usually, values in distance matrices are, in some way, correlated and therefore the usual assumption of independence between objects is violated in the classical tests approach. Furthermore, often, spurious correlations can be observed when comparing two distances matrices. A classic example is the comparison between genetic and environmental distances. Colonies that are in close proximity of each other tend to have similar environments and therefore there will be a positive correlation between environmental and geographical distances. Such colonies will also be more likely to exchange migrants so that genetic distances will be positively correlated with spatial distances. The consequence is that an observed positive association between genetic and environmental distances may be simply due to spatial effects. The most widely used method to account for distance correlations is a procedure known as the Mantel test (Mantel,'67; Mantel and Valand,'70 following the pioneering work of Daniels,'44 ; Daniels and Kendall'47). The simple Mantel test considers two matrices while an extension known as the partial Mantel test considers three matrices. These tools are widely used in different fields of research such as population genetics, ecology, anthropology, psychometrics and sociology.

Crystal plasticity and phenomenological approaches for the simulation of deformation behavior in thin copper alloy sheets

In the expanding context of device miniaturization, forming processes of ultra thin sheet metals are gaining importance. Numerical simulation of these processes requires accurate material modeling. In this study, both the phenomenological modeling approach and the crystal plasticity finite element method (CPFEM) are considered. Theoretical definitions of both models, numerical implementation as well as their parameter identification procedures are outlined. Subsequently they are compared on a one to one basis, mainly with regards to their ability to predict mechanical responses for a variety of strain loading paths.Agence Nationale de la Recherche, ANR-12-RMNP-0009-0

L'azote comme élément mineur dans les macromolécules organiques chondritiques et cométaires (simulations expérimentales contraintes par les cosmomatériaux)

Le travail réalisé au cours de ma de thèse avait pour but de placer de nouvelles contraintes sur la composition du ou des précurseurs organiques présents dans la nébuleuse proto-solaire. Des expériences de thermodégradation ont été mises en place en utilisant des matériaux modèles riches en azote. La spectrométrie de masse à haute résolution (Orbitrap) à été utilisée afin de mieux caractériser les polymères de HCN, autre matériau modèle. Ce travail apporte de nouvelles informations sur la diversité moléculaire de tels matériaux, ainsi que de nouvelles informations sur leur structure. Les expériences de thermodégradation proprement dites ont ensuite été réalisées, afin de mieux comprendre le comportement de l'azote dans les matériaux organiques macromoléculaires, et ainsi apporter de nouvelles contraintes sur l'origine de la matière organique présente dans les différentes classes de cosmomatériaux (chondrites carbonées, IDPs et UCAMMs). Cette série d'expériences nous a permis de mettre en évidence une probable différence de précurseur entre la matière carbonée des IOMs et celle des IDPs et UCAMMs.The aim of my PhD work was to add some new constraints on the organic precursors compositions in the early solar system. Thermal degradation experiments have been performed, using N-rich analog materials. High resolution mass spectrometry gives us the possibility to better characterize the HCN polymers another type of analog materials. This part of the study provides us new informations about the molecular diversity of HCN polymers and also new constraints on their structure. The thremal degradation experiments were then performed. The aim of this study was to provide some new constraints on the composition of the organic precursors present in the early solar system and incorporated in the different bodies (carbonaceous chondrites, IDPs, UCAMMs). We can conclude that the organic precursor of the IOMs was poor in nitrogen while the organic matter accreted by the parent bodies of IDPs and UCAMMs was probably nitrogen rich.SAVOIE-SCD - Bib.électronique (730659901) / SudocGRENOBLE1/INP-Bib.électronique (384210012) / SudocGRENOBLE2/3-Bib.électronique (384219901) / SudocSudocFranceF

Rapport de la campagne Equalis à bord du NO Alis pendant la période d'observations intensives de l'opération Coare du 3 novembre au 12 décembre 1992

La campagne océanographique EQUALIS est une opération commune aux programmes internationaux JGOFS (Joint Global Ocean Flux Study) et TOGA-COARE (Tropical Ocean and Global Atmosphere - Coupled Ocean Atmosphere Response Experiment) organisée par le groupe FLUPAC (Flux dans l'Ouest du Pacifique Equatorial) du Centre ORSTOM de Nouméa, Nouvelle-Calédonie, avec la participation ou la collaboration de chercheurs japonais et australiens. Elle a eu lieu du 3 novembre au 12 décembre 1992 à bord du navire océanographique de l'ORSTOM, l' ALIS, et a consisté en deux points fixes à 156°15E, 1°30S (10 jours) et 156°10E, 1°45S (8 jours), interrompus par une journée d'intercomparaison de mesures météorologiques avec un navire océanographique australien... Ce rapport présente le déroulement de la campagne, le matériel et les méthodes employés et les premiers résultats obtenus. (D'après résumé d'auteur

Le lymphome du manteau

peer reviewedLe lymphome du manteau représente 3 à 10% des lymphomes non hodgkiniens (LNH). Il est caractérisé par la translocation chromosomique t(11;14) (q13;32), qui est responsable d'une surexpression de la cycline D1. Cette dernière participe à l'oncongenèse en favorisant la progression du cycle cellulaire. L'âge médian au moment du diagnostic est compris entre 60 et 70 ans et le pronostic est assez sombre puisque la survie médiane est estimée à 4 ans. Chez la plupart des patients, le diagnostic est posé à un stade avancé de la maladie. Des sites extra-ganglionnaires sont souvent atteints. Le traitement actuel de première ligne est basé sur de la poly-chimiothérapie suivie, chez les patients jeunes, par une autogreffe de cellules souches hématopoïétiques. L'allogreffe de cellules souches hématopoïétiques après un conditionnement non-myéloablateur pourrait jouer un rôle chez les patients en rechute après autogreffe.Mantle cell lymphoma comprises 3 to 10% of non-Hodgkin's lymphomas. Cyclin D1 expression due to t(11;14) (q13;32) is considered as a hallmark of this lymphoma and plays a pivotal role in the pathophysiology of lymphoma transformation. Median age at diagnosis ranges from 60 to 70 years, and diagnosis is often made at an advances stage with widespread lymphadenopathy and extranodular (particularly bone marrow and gastrointestinal) infiltration. First line treatment consists of combination chemotherapy followed with autologous hematopoietic cell transplantation (HCT) in younger patients, while allogeneic HCT following non-myeloablative conditioning might have a role inpatients relapsing after autologous HCT

Erythropoietin therapy after allogeneic hematopoietic cell transplantation : a prospective randomized trial

We conducted a prospective randomized trial to assess hemoglobin (Hb) response to recombinant human erythropoietin (rhEPO) therapy after hematopoietic cell transplantation (HCT). Patients (n=131) were randomized (1:1) between no treatment (control arm) or erythropoietin (Neorecormon®) at 500 U/kg/week (EPO arm). Patients were also stratified in 3 cohorts: patients undergoing myeloablative HCT with rhEPO to start on day 28, patients given nonmyeloablative HCT (NMHCT) with rhEPO to start on day 28, and patients also given NMHCT but with rhEPO to start on day 0. The proportion of complete correctors (i.e. achieving Hb ≥ 13 g/dL) before day 126 post-transplant (primary endpoint) was 8.1% in the control arm (median not reached) and 63.1% in the EPO arm (median time 90 days) (p<0.001). Hb levels were higher and transfusions requirements decreased (p<0.001) in the EPO arm, but not during the first month in the nonmyeloablative cohort starting rhEPO on day 0. There was no difference in rates of thrombo-embolic events or other complications between the 2 arms. This is the first randomized trial to demonstrate that rhEPO therapy hastens erythroid recovery and decreases transfusion requirements when started one month after allogeneic HCT. There was no benefit to start rhEPO earlier after NMHCT

Recombinant human erythropoietin therapy after allogeneic hematopoietic cell transplantation with a nonmyeloablative conditioning regimen: low donor chimerism predicts for poor response.

peer reviewedPURPOSE: After allogeneic hematopoietic stem cell transplantation with nonmyeloablative conditioning (NMHCT), many patients experience prolonged anemia and require red blood cell (RBC) transfusions. We enrolled 60 consecutive patients undergoing NMHCT in a phase II trial to determine the optimal utilization of recombinant human erythropoietin (rHuEPO) therapy in this setting. PATIENTS AND METHODS: The first 14 NMHCT recipients did not receive rHuEPO (control group). Nineteen patients were scheduled to start rHuEPO on day 0 (EPO group 2) and 27 patients on day 28 after the transplant (EPO group 1). RHuEPO was administered subcutaneously once weekly at a dose of 500 U/kg/wk with the aim of achieving hemoglobin (Hb) levels of 13 g/dL. The 3 groups were well balanced for major characteristics. RESULTS: During the first month (p < 0.0001) as well as days 30 to 100 (p < 0.0001) and days 100 to 180 (p < 0.0001), Hb values were higher in patients receiving rHuEPO compared to those not receiving it. However, transfusion requirements were significantly decreased only in the first month in EPO group 2 (p = 0.0169). T-cell chimerism above 60% on day 42 was the best predictor of Hb response (p < 0.0001) or Hb correction (p = 0.0217), but myeloid chimerism above 90% also predicted for Hb response (p = 0.0069). Hb response was also decreased in patients receiving CD8-depleted grafts and increased in the few patients not receiving TBI, but only in univariate analysis. CONCLUSIONS: Anemia after NMHCT is sensitive to rHuEPO therapy, but less so than after conventional allogeneic HCT. RHuEPO decreases transfusion requirements only in the first 30 days posttransplant. T-cell chimerism below 60% on day 42 impaired Hb response, suggesting possible inhibition of donor erythropoiesis by residual recipient lymphocytes. A prospective randomized trial should be performed with rHuEPO starting on the day of transplantation to assess its clinical benefit in terms of transfusion requirements and quality of life

Flux d'oxygène et de sels nutritifs à l'interface eau-sédiment dans le lagon sud-ouest de Nouvelle-Calédonie : enrichissements en ammonium et action d'un inhibiteur de la photosynthèse : méthodes et recueil des données

Le présent document regroupe les méthodes utilisées et les résultats obtenus lors de la mission effectuée par le N.O. ALIS dans le lagon sud-ouest de Nouvelle-Calédonie, du 9 juillet au 10 août 1990. Des enceintes d'incubation ont été mises en oeuvre pour : 1-évaluer le métabolisme aérobie et calculer les flux de sels nutritifs à l'interface eau-sédiment; 2-estimer les flux d'ammonium après enrichissement du milieu; 3-juger de l'action d'un inhibiteur de la photosynthèse, le DCMU (Dichlorophenyl-dimethylurée). La concencration en oxygène de chaque enceinte a été mesurée par une sonde polarographique (YSI 58) reliée à un oxymètre protégé dans un caisson étanche. Au total, 15 stations réparties sur les trois types de fonds reconnus dans le lagon (fonds envasés, fonds de sables gris et fonds de sables blancs) ont été échantillonnées. En premier lieu, trois incubations ont été réalisées à l'obscurité pendant deux heures sur chaque station, pour mesurer les flux d'oxygène et de sels nutritif