Effet de la stimulation du TLR2 et de la sécrétion d'acétate sur la susceptibilité à l'infection au VIH-1 des lymphocytes T CD4+ primaires

Le virus de l'immunodéficience humaine de type 1 (VIH-1), agent causal du syndrome d'immunodéficience humaine (SIDA), est rapidement devenu pandémique suite à son identification en 1981. Les données statistiques publiées par l'Organisation des Nations Unies pour le Syndrome d'Immunodéficience Acquise (ONUSIDA) démontrent que, parmi les 34,3 à 41,4 millions de cas d'infection recensés en 2014, près de 70 % d'entre eux ont été répertoriés en Afrique subsaharienne et environ 6,5 % en Europe et en Amérique du Nord. L'Agence de la santé publique du Canada estimait, quant à elle, à près de 75 500 le nombre de personnes vivant avec le VIH-1 sur son territoire en 2014, dont environ 18 000 résidant au Québec. Malgré l'avènement de trithérapies contrôlant l'infection, à ce jour, aucune médicamentation n'en permet la guérison. La complexité de la pathogenèse virale menant à l'établissement d'une infection latente et à des comorbidités associées à l'état d'inflammation chronique est si considérable qu'aucun traitement ne peut encore enrayer la maladie. La recherche fondamentale et translationnelle, permettant de mieux comprendre le fonctionnement du système immunitaire en réponse à l'infection et d'associer plus efficacement ces avancées faites en laboratoire à la pratique médicale, sont donc primordiales. Les résultats présentés dans cette thèse abondent dans ce sens, puisqu'ils mènent à une meilleure compréhension du rôle que peut avoir le microbiote sur la susceptibilité à l'infection au VIH-1 des lymphocytes T CD4+ primaires, ce qui pourrait inspirer l'élaboration de composés médicamenteux limitant le dialogue entre les bactéries et les cellules permissives au virus. En effet, l'infection au VIH-1 peut être associée à un désordre du tractus gastro-intestinal menant à une translocation de bactéries de la lumière intestinale vers les muqueuses avoisinantes. Cette migration bactérienne semble influencer la susceptibilité à l'infection des lymphocytes T CD4+, mais encore aujourd'hui, tous les mécanismes ne sont pas parfaitement connus. Les deux études présentées dans ce manuscrit contribuent donc à l'avancement des connaissances dans le domaine puisqu'elles démontrent que 1) l'engagement du TLR2 semble entraîner la production de virus par les lymphocytes T CD4+ activés en favorisant l'activité de NF-B et la réplication virale chez les cellules CCR6+ et que 2) la sécrétion d'acétate (petit acide gras produit par la fermentation de composés non digestibles par les bactéries du tractus gastro-intestinal) semble promouvoir l'activation cellulaire et la diminution de l'activité des HDAC de classe 1 et 2 de sorte à accentuer l'intégration de l'ADN proviral dans le génome des lymphocytes T CD4+

Modélisation par éléments finis de la micro-indentation du tube pollinique : rôles de paramètres géométriques

Mémoire numérisé par la Direction des bibliothèques de l'Université de Montréal

Évaluation du programme de D.E.S.S. en administration scolaire par l'Université de Montréal en partenariat avec la Commission scolaire de Montréal

Mémoire numérisé par la Division de la gestion de documents et des archives de l'Université de Montréal

In-depth sequencing of the siRNAs associated with peach latent mosaic viroid infection

<p>Abstract</p> <p>Background</p> <p>It has been observed that following viroid infection, there is an accumulation of viroid-derived siRNAs in infected plants. Some experimental results suggest that these small RNAs may be produced by the plant defense system to protect it from infection, indicating that viroids can elicit the RNA-silencing pathways. The objective of this study is to identify in the peach latent mosaic viroid (PLMVd), a model RNA genome, the regions that are most susceptible to RNA interference machinery.</p> <p>Results</p> <p>The RNA isolated from an infected tree have been used to sequence in parallel viroid species and small non-coding RNA species. Specifically, PLMVd RNAs were amplified, cloned and sequenced according to a conventional approach, while small non-coding RNAs were determined by high-throughput sequencing. The first led to the typing of 18 novel PLMVd variants. The second provided a library of small RNAs including 880 000 sequences corresponding to PLMVd-derived siRNAs, which makes up 11.2% of the sequences of the infected library. These siRNAs contain mainly 21-22 nucleotide RNAs and are equivalently distributed between the plus and the minus polarities of the viroid. They cover the complete viroid genome, although the amount varies depending on the regions. These regions do not necessarily correlate with the double-stranded requirement to be a substrate for Dicer-like enzymes. We noted that some sequences encompass the hammerhead self-cleavage site, indicating that the circular conformers could be processed by the RNA-silencing machinery. Finally, a bias in the relative abundance of the nature of the 5' nucleotides was observed (A, U >> G, C).</p> <p>Conclusions</p> <p>The approach used provided us a quantitative representation of the PLMVd-derived siRNAs retrieved from infected peach trees. These siRNAs account for a relatively large proportion of the small non-coding RNAs. Surprisingly, the siRNAs from some regions of the PLMVd genome appear over-represented, although these regions are not necessarily forming sufficiently long double-stranded structures to satisfy Dicer-like criteria for substrate specificity. Importantly, this large library of siRNAs gave several hints as to the components of the involved silencing machinery.</p

Development of a highly optimized procedure for the discovery of RNA G-quadruplexes by combining several strategies

Abstract : RNA G-quadruplexes (rG4s) are non-canonical secondary structures that are formed by the selfassociation of guanine quartets and that are stabilized by monovalent cations (e.g. potassium). rG4s are key elements in several post-transcriptional regulation mechanisms, including both messenger RNA (mRNA) and microRNA processing, mRNA transport and translation, to name but a few examples. Over the past few years, multiple high-throughput approaches have been developed in order to identify rG4s, including bioinformatic prediction, in vitro assays and af nity capture experiments coupled to RNA sequencing. Each individual approach had its limits, and thus yielded only a fraction of the potential rG4 that are further con rmed (i.e., there is a signi cant level of false positive). This report aims to bene t from the strengths of several existing approaches to identify rG4s with a high potential of being folded in cells. Brie y, rG4s were pulled-down from cell lysates using the biotinylated biomimetic G4 ligand BioTASQ and the sequences thus isolated were then identi ed by RNA sequencing. Then, a novel bioinformatic pipeline that included DESeq2 to identify rG4 enriched transcripts, MACS2 to identify rG4 peaks, rG4-seq to increase rG4 formation probability and G4RNA Screener to detect putative rG4s was performed. This work ow uncovers new rG4 candidates whose rG4-folding was then con rmed in vitro using an array of established biophysical methods. Clearly, this work ow led to the identi cation of novel rG4s in a highly specic and reliable manner

Beyond the Pixel: a Photometrically Calibrated HDR Dataset for Luminance and Color Prediction

Light plays an important role in human well-being. However, most computer vision tasks treat pixels without considering their relationship to physical luminance. To address this shortcoming, we introduce the Laval Photometric Indoor HDR Dataset, the first large-scale photometrically calibrated dataset of high dynamic range 360{\deg} panoramas. Our key contribution is the calibration of an existing, uncalibrated HDR Dataset. We do so by accurately capturing RAW bracketed exposures simultaneously with a professional photometric measurement device (chroma meter) for multiple scenes across a variety of lighting conditions. Using the resulting measurements, we establish the calibration coefficients to be applied to the HDR images. The resulting dataset is a rich representation of indoor scenes which displays a wide range of illuminance and color, and varied types of light sources. We exploit the dataset to introduce three novel tasks, where: per-pixel luminance, per-pixel color and planar illuminance can be predicted from a single input image. Finally, we also capture another smaller photometric dataset with a commercial 360{\deg} camera, to experiment on generalization across cameras. We are optimistic that the release of our datasets and associated code will spark interest in physically accurate light estimation within the community. Dataset and code are available at https://lvsn.github.io/beyondthepixel/

Elucidation of the structures of all members of the Avsunviroidae family

Abstract: Viroids are small single-stranded RNA pathogens which cause significant damage to plants. As their nucleic acids do not encode for any proteins, they are dependant solely on their structure for their propagation. The elucidation of the secondary structures of viroids has been limited because of the exhaustive and timeconsuming nature of classic approaches. Here, the method of high-throughput selective 2'-hydroxyl acylation analysed by primer extension (hSHAPE) has been adapted to probe the viroid structure. The data obtained using this method were then used as input for computer-assisted structure prediction using RNAstructure software in order to determine the secondary structures of the RNA strands of both (+) and (–) polarities of all Avsunviroidae members, one of the two families of viroids. The resolution of the structures of all of the members of the family provides a global view of the complexity of these RNAs. The structural differences between the two polarities, and any plausible tertiary interactions, were also analysed. Interestingly, the structures of the (+) and (–) strands were found to be different for each viroid species. The structures of the recently isolated grapevine hammerhead viroid-like RNA strands were also solved. This species shares several structural features with the Avsunviroidae family, although its infectious potential remains to be determined. To our knowledge, this article represents the first report of the structural elucidation of a complete family of viroids

Effet de l'écrouissage sur la propagation d'une fissure à partir d'un trou chargé dans des alliages d'aluminium 2024-T351 et 7474-T7351

Facteur d'intensité de contrainte (k) -- Écrouissage du trou -- Matériaux utilisés et leurs propriétés de base -- Échantillons de fatigue et assemblage -- Procédures d'écrouissage -- Usinage par électro-érosion -- Programme d'essais en fatigue-propagation -- Suivi de la longueur des fissures -- Étude par éléments finis du champ de contraintes après écrouissage et chargement. -- Calcul de vie en propagation

Étude de l'immunogénicité d'une formulation vaccinale contre le VIH-1 composée de pseudoparticules virales modifiées ayant incorporé la molécule CD40L

Bien que plus de 40 millions d'individus aient été infectés depuis la description du virus en 1983, aucun vaccin efficace n'a encore été développé contre l'agent étiologique du syndrome d'immunodéficience acquise (SIDA). Les échecs encourus lors des essais cliniques antérieurs résultent, entre autres, de la présence de réservoirs viraux, de la grande diversité du virus de l'immunodéficience de type 1 (VIH-1) et de sa capacité à s'évader de la réponse immunitaire. Mon projet de recherche vise à analyser la capacité d'une nouvelle préparation vaccinale à générer une réponse humorale anti-VIH. Cette stratégie est basée sur l'utilisation de pseudoparticules virales (VLPs, Virus-like particles) du VIH-1 constituées des polyprotéines virales Gag et Pol, de la protéine d'enveloppe virale, la gpl20 et de la protéine d'origine humaine CD40 ligand (CD40L). Le concept de cette nouvelle stratégie vaccinale est fondé sur des études antérieures démontrant l'efficacité de la molécule CD40L, lorsqu'additionnée au virus de l'immunodéficience simienne, à stimuler la production d'anticorps neutralisants et la sécrétion d'interleukine-12 (IL-12) laquelle induit l'activation des cellules dendritiques. L'hypothèse principale de ce projet est que l'incorporation de la molécule CD40L à la surface des VLPs du VIH-1 induit une réponse immunitaire spécifique plus forte contre le virus que les préparations vaccinales utilisant des pseudoparticules virales classiques. Les objectifs sont de produire efficacement des VLPs de VIH-1 ayant incorporées, ou non, le CD40L et d'analyser la capacité de ces différents types de pseudoparticules virales à stimuler les lymphocytes B. Malgré que la théorie sur laquelle est basé le projet supporte l'idée que les VLPs porteuses de CD40L stimulent efficacement la voie humorale de l'immunité en activant les lymphocytes B, les résultats obtenus n'ont pas permis de supporter cette hypothèse. En effet, les VLPs produites par transfection calcium-phosphate en cellules 293T n'ont pas incorporé de façon optimale la molécule CD40L à leur surface vu un assemblage intracellulaire déficient probable et n'ont subséquemment pas permis une stimulation efficace des lymphocytes B