Comet-FISH for the evaluation of plant DNA damage after mutagenic treatments

The aim of this study was to perform a comparative investigation of the actions of three mutagens that are widely used in plant mutagenesis using the comet-FISH technique. The comet-FISH technique was used for the analysis of DNA damage and the kinetics of repair within specific DNA sequences. FISH with rDNA and telomeric/centromeric DNA probes was applied to comets that were obtained from an alkaline/neutral comet assay. Migration within specific DNA sequences was analysed after treatment with two chemical mutagens-maleic hydrazide (MH) and N-nitroso-N-methylurea (MNU), and γ-rays. Barley was used as a model plant in this study. The possible utility of specific DNA sequences in a comparative assessment of the distribution of DNA damage within a plant genome was evaluated. This study proved that the comet-FISH technique is suitable for a detailed quantification of DNA damage and repair within specific DNA sequences in plant mutagenesis. The analysis of FISH signals demonstrated that the involvement of specific DNA sequences in DNA damage was different and was dependent on the mutagen used. We showed that 5S rDNA and telomeric DNA sequences are more sensitive to mutagenic treatment, which was expressed by a stronger fragmentation and migration in comparison to the other probes used in the study. We found that 5S rDNA and telomeric DNA probes are more suitable for testing the genotoxicity of environmental factors. A comparison of the involvement of specific chromosome domains in direct DNA breakage/repair and in chromosome aberration formation after mutagen treatment indicates the compatibility of the results

The EU-ToxRisk method documentation, data processing and chemical testing pipeline for the regulatory use of new approach methods

Hazard assessment, based on new approach methods (NAM), requires the use of batteries of assays, where individual tests may be contributed by different laboratories. A unified strategy for such collaborative testing is presented. It details all procedures required to allow test information to be usable for integrated hazard assessment, strategic project decisions and/or for regulatory purposes. The EU-ToxRisk project developed a strategy to provide regulatorily valid data, and exemplified this using a panel of > 20 assays (with > 50 individual endpoints), each exposed to 19 well-known test compounds (e.g. rotenone, colchicine, mercury, paracetamol, rifampicine, paraquat, taxol). Examples of strategy implementation are provided for all aspects required to ensure data validity: (i) documentation of test methods in a publicly accessible database; (ii) deposition of standard operating procedures (SOP) at the European Union DB-ALM repository; (iii) test readiness scoring accoding to defined criteria; (iv) disclosure of the pipeline for data processing; (v) link of uncertainty measures and metadata to the data; (vi) definition of test chemicals, their handling and their behavior in test media; (vii) specification of the test purpose and overall evaluation plans. Moreover, data generation was exemplified by providing results from 25 reporter assays. A complete evaluation of the entire test battery will be described elsewhere. A major learning from the retrospective analysis of this large testing project was the need for thorough definitions of the above strategy aspects, ideally in form of a study pre-registration, to allow adequate interpretation of the data and to ensure overall scientific/toxicological validity.Toxicolog

Lerarenopleiders en onderzoek : Een historisch perspectief op de relatie

Lerarenopleiders en onderzoek hebben een relatie die niet altijd zonder problemen is. Dat is zeker voor een deel te verklaren vanuit de geschiedenis. In het overzicht dat Van Essen schrijft over 200 jaar leraren opleiden voor het basisonderwijs, noemt ze één constante. Er wordt al die tijd gezocht naar een gewenst evenwicht tussen theorie en praktijk (Van Essen, 1994; 2006). In dit hoofdstuk wordt vanuit een beknopt historisch overzicht de relatie tussen de onderwijs-/lerarenopleidingspraktijk en (onderwijs)onderzoek beschreven; de relatie tussen de praktijk van het opleiden en kennis als opbrengst van onderzoek. Uitgangspunt is dat een historisch overzicht een breder en meer genuanceerd perspectief biedt op de huidige verhouding tussen praktijk en theorie/onderzoek binnen de lerarenopleidingen en deze daardoor verheldert. In een korte inleidende paragraaf worden eerst de termen onderzoek(sopbrengsten) en opleidingspraktijk belicht. In de vervolgparagrafen wordt beschreven hoe onderzoek en de opbrengsten daarvan enerzijds en de praktijk waarin leraren worden opgeleid anderzijds zich altijd op enige wijze tot elkaar verhouden hebben. De tweede paragraaf gaat over het bijna vanzelfsprekend samengaan van praktijk en theorie in de negentiende eeuw. Als in de twintigste eeuw de roep om meer theorie in de opleidingen toeneemt, vindt men in de praktijk de dan aanwezige theorie niet altijd bruikbaar. Dat lijkt samen te vallen met de erkenning van pedagogiek als wetenschap in Nederland aan het begin van de twintigste eeuw en de behoefte en ook noodzaak zich als wetenschap in ontwikkeling afgezonderd van de praktijk te ontwikkelen. Theorie en praktijk groeien uit elkaar (paragraaf drie). In paragraaf vier wordt gerapporteerd over de ervaren noodzaak en behoefte aan het weer tot elkaar komen van onderzoek en opleidingspraktijk. Het verlangen daartoe leidt nog niet tot realisering. In een laatste paragraaf wordt vanuit het perspectief van de opleidingspraktijk beschreven hoe onderzoek daarin een definitieve en geïntegreerde plek kan krijgen

Praktijkgericht onderzoek

Het belang van praktijkgericht onderzoek is zowel voor het onderwijsveld, als voor de lerarenopleidingen sinds de eeuwwisseling sterk toegenomen. Over de term praktijkgericht onderzoek en de positionering ervan, bestaat echter veel onduidelijkheid. In dit hoofdstuk maken we onderscheid tussen praktijkgericht onderzoek, onderzoek gericht op het verbeteren van de brede onderwijspraktijk en praktijkonderzoek, (docent-)onderzoek gericht op de verbetering van het onderwijs op de eigen school of opleiding. Bij praktijkgericht onderzoek onderscheiden we vier stappen: vraagarticulatie, kennisproductie, kennistransfer en kennisgebruik. Bij praktijkonderzoek belichten we drie functies van onderzoek in de school, de feedbackfunctie, de dialoogfunctie en de ontwerpfunctie. Voor beide typen onderzoek benoemen we diverse condities die gerealiseerd moeten zijn, voordat er sprake kan zijn van daadwerkelijke impact in de onderwijspraktijk. Een van de voorwaarden is een onderzoekende houding van leraren. Voor de ontwikkeling van een onderzoekende houding van aankomende leraren is de voorbeeldrol van opleidingsdocenten cruciaal