Immune Fingerprinting through Repertoire Similarity

Immune repertoires provide a unique fingerprint reflecting the immune history of individuals, with potential applications in precision medicine. However, the question of how personal that information is and how it can be used to identify individuals has not been explored. Here, we show that individuals can be uniquely identified from repertoires of just a few thousands lymphocytes. We present "Immprint," a classifier using an information-theoretic measure of repertoire similarity to distinguish pairs of repertoire samples coming from the same versus different individuals. Using published T-cell receptor repertoires and statistical modeling, we tested its ability to identify individuals with great accuracy, including identical twins, by computing false positive and false negative rates $< 10^{-6}$ from samples composed of 10,000 T-cells. We verified through longitudinal datasets and simulations that the method is robust to acute infections and the passage of time. These results emphasize the private and personal nature of repertoire data

Tuberculose uro-génitale : A propos de 95 cas

Objectif: Préciser les aspects cliniques, iconographiques et thérapeutiques de la tuberculose urogénitale. Patients et méthodes: D’avril 1992 à avril 2007, 95 patients atteints de tuberculose uro-génitale ont été vus. Il s’agissait de 53 hommes et 42 femmes âgés de 18 à 72 ans. Tous nos malades ont bénéficié d’un interrogatoire, avec recherche des antécédents de tuberculose extra urinaire, d’un examen clinique, d’une créatinémie, d’une urographie intra veineuse (UIV), d’une échographie et/ou tomodensitométrie, de la recherche du bacille de Koch (BK) dans les urines, d’un ECBU, d’une cystoscopie, et d’une analyse histologique des fragments biopsiques et/ou de la pièce d’exérèse. Résultats: Le diagnostic était basé sur un faisceau d’arguments cliniques, bactériologiques et radiologiques. L’irritation vésicale représentait la manifestation clinique la plus fréquente (51,5%). L’atteinte génitale isolée était présente chez 17,8% des patients. 16,8% de nos malades avaient une insuffisance rénale inaugurale (créatinine moyenne de 24 mg/l). La recherche de BK a été réalisée chez tous les patients et n’a été positive que dans 9,4% des cas. Les anomalies à l’UIV concernaient 86% des malades avec un rein muet dans 42% des cas. On a traité tous nos patients par une chimiothérapie antibacillaire associée à la chirurgie (85,2%) et/ou à des manoeuvres endo-urologiques (20%). Avec un recul moyen de 3 ans (extrêmes allant de 1 à 9 ans), la plupart de nos patients ont bien évolué sous traitement. L’amélioration clinique a été spectaculaire avec disparition des signes cliniques chez 88% des patients. La fonction rénale a été normalisée chez 70% des cas. Conclusion: La tuberculose reste une maladie grave par son évolution latente et le diagnostic tardif. L’amélioration de son pronostic passe par la prévention et par une bonne prise en charge diagnostique et thérapeutique.Mots clés : Tuberculose uro-génitale, diagnostic, traitemen

Abord trans-symphysaire des ruptures posttramatiques de l’urètre postérieur chez l’adulte

Objectif: Etudier la place de la voie trans-symphysaire dans le traitement des ruptures posttraumatiques de l’urètre postérieur vues tardivement et en évaluer ses résultats. Patients et méthodes: Cinq malades ayant une rupture complète post-traumatique de l’urètre postérieur (> 2,5 cm et/ou échec d’un traitement antérieur) ont été traités dans notre service au stade de sténose urétrale. Tous les patients ont eu une urétrorraphie termino-terminale par voie trans-symphysaire seule. Une description technique et une évaluation clinique et paraclinique des résultats sur le plan mictionnel et sexuel ont été réalisées dans ce travail. Résultats: Les résultats ont été évalués avec un suivi médian de 19 mois. Aucune complication post-opératoire immédiate (saignement, fistule, douleur) n’a été rapportée. Sur le plan mictionnel, on a constaté dans tous les cas une miction satisfaisante, sans troubles de la continence et un cas de dysfonction érectile améliorée par le traitement médical. Aucun patient ne s’est plaint de troubles de la statique pelvienne. Conclusion: La voie trans-symphysaire constitue un excellent abord pour le traitement des lésions complexes de l’urètre postérieur vues tardivement. Cette technique permet d’avoir un abord direct sur l’urètre postérieur et de réaliser une suture termino-terminale sans tension. Les résultats sont satisfaisants et les inconvénients sont plus théoriques que réels.Mots clés : Rupture de l’urètre postérieur, sténose de l’urètre postérieur, urétrorraphie, voie transsymphysair

SYNDROME DE L’ARTERE POPLITEE PIEGEE : UNE CAUSE RARE DE CLAUDICATION INTERMITTENTE DU SUJET JEUNE

The syndrome of the trapped pop1ity artery appears in the young adult like a limping of the calf and or foot. Anatomical anomalies relating to insertions of the internai Twin muscle primarily. The diagnosis is suspect on Doppler echography, showing positional compression, change of direction of the poplitée artery, or only the existence of an abnormal fascicule of muscle fibres between artery and poplity vein. Angio IRM can replace the conventional assessment arteriographic. The treatment of extrinsic compression must avoid the constitution of parietal lesions and thromboses if they are installed, the suppression of the anatomical anomaly must be associated a segmentary revascularisation in autogenous venous material. Our patient is a young patient who consulted for an intermittent limping of effort of the right calf. The peripheral pulses were present, just as arterial the Doppler echo and the angio scanner of the hollow poplity showed the insertion of a beam of the internal  twin between the artery and the vein poplity. The arterial échodoppler and the IRM are according to certain authors the only essential examinations with the positive and differential diagnosis of the syndrome of the trapped pop1ity artery and will make it possible to eliminate from other differential diagnoses: pop1ity athéromating and the early athérome, disease of Burger or thromboangéite obliterating, the aneurisms poplities and the cysts adventitiels of the poplity artery. The treatment is always surgical and must be early. It includes/understands the lifting of the trap associated with the need with an arterial gesture of revascularisation. For the authors, the permeability to short and long-term was better for the patients among whom one practised a section of the musculo-tendineux beam being wrong compared to the patient which profited from a gesture of  vascular restoration.Le syndrome de l’artère poplitée piégée se manifeste chez l’adulte jeune comme une claudication du mollet et ou du pied. Les anomalies anatomiques concernant essentiellement les insertions du muscle Jumeau interne. Le diagnostic est suspecté sur l’échographie doppler, montrant la compression positionnelle, le changement de direction de l’artère poplitée, ou seulement l’existence d’un faisceau musculaire anormal entre artère et veine poplitée. L’angio IRM peut remplacer le bilan artériographique conventionnel. Le traitement de la compression extrinsèque doit éviter la constitution de lésions pariétales et de thromboses si elles sont installées, la suppression de l’anomalie anatomique doit être associée à une revascularisation segmentaire en matériel veineux autogène. Notre patient est un malade jeune qui a consulté pour une claudication intermittente d’effort du mollet droit. Les pouls périphérique étaient présents, de même que l’écho doppler artériel et l’angio scanner du creux poplité montraient l’insertion d’un faisceau du jumeau interne entre l’artère et la veine poplité. L’échodoppler artériel et l’IRM sont selon certains auteurs les seuls examens indispensables au diagnostic positif et différentiel du syndrome de l’artère poplitée piégée et vont permettre d’éliminer d’autres diagnostics différentiels : poplitée athéromateuse et l’athérome précoce, maladie de Buerger ou thromboangéite oblitérante, les anévrysmes poplités et les kystes adventitiels de l’artère poplitée. . Le traitement est toujours chirurgical et doit être précoce. Il comprend la levée du piège associé au besoin à un geste de revascularisation artériel. Pour les auteurs, la perméabilité a court et à long terme était meilleure pour les malades chez qui on a pratiqué une section du faisceau musculo-tendineux aberrant par rapport au patient qui ont bénéficié d’un geste de restauration vasculaire

Cervicovaginal mucus barrier properties during pregnancy are impacted by the vaginal microbiome

IntroductionMucus in the female reproductive tract acts as a barrier that traps and eliminates pathogens and foreign particles via steric and adhesive interactions. During pregnancy, mucus protects the uterine environment from ascension of pathogens and bacteria from the vagina into the uterus, a potential contributor to intrauterine inflammation and preterm birth. As recent work has demonstrated the benefit of vaginal drug delivery in treating women’s health indications, we sought to define the barrier properties of human cervicovaginal mucus (CVM) during pregnancy to inform the design of vaginally delivered therapeutics during pregnancy.MethodsCVM samples were self-collected by pregnant participants over the course of pregnancy, and barrier properties were quantified using multiple particle tracking. 16S rRNA gene sequencing was performed to analyze the composition of the vaginal microbiome.ResultsParticipant demographics differed between term delivery and preterm delivery cohorts, with Black or African American participants being significantly more likely to delivery prematurely. We observed that vaginal microbiota is most predictive of CVM barrier properties and of timing of parturition. Lactobacillus crispatus dominated CVM samples showed increased barrier properties compared to polymicrobial CVM samples.DiscussionThis work informs our understanding of how infections occur during pregnancy, and directs the engineering of targeted drug treatments for indications during pregnancy

Cervicovaginal mucus barrier properties during pregnancy are impacted by the vaginal microbiome

Introduction Mucus in the female reproductive tract acts as a barrier that traps and eliminates pathogens and foreign particles via steric and adhesive interactions. During pregnancy, mucus protects the uterine environment from ascension of pathogens and bacteria from the vagina into the uterus, a potential contributor to intrauterine inflammation and preterm birth. As recent work has demonstrated the benefit of vaginal drug delivery in treating women’s health indications, we sought to define the barrier properties of human cervicovaginal mucus (CVM) during pregnancy to inform the design of vaginally delivered therapeutics during pregnancy. Methods CVM samples were self-collected by pregnant participants over the course of pregnancy, and barrier properties were quantified using multiple particle tracking. 16S rRNA gene sequencing was performed to analyze the composition of the vaginal microbiome. Results Participant demographics differed between term delivery and preterm delivery cohorts, with Black or African American participants being significantly more likely to delivery prematurely. We observed that vaginal microbiota is most predictive of CVM barrier properties and of timing of parturition. Lactobacillus crispatus dominated CVM samples showed increased barrier properties compared to polymicrobial CVM samples. Discussion This work informs our understanding of how infections occur during pregnancy, and directs the engineering of targeted drug treatments for indications during pregnancy