NanoGalaxy: Nanopore long-read sequencing data analysis in Galaxy

Background: Long-read sequencing can be applied to generate very long contigs and even completely assembled genomes at relatively low cost and with minimal sample preparation. As a result, long-read sequencing platforms are becoming more popular. In this respect, the Oxford Nanopore Technologies–based long-read sequencing “nanopore” platform is becoming a widely used tool with a broad range of applications and end-users. However, the need to explore and manipulate the complex data generated by long-read sequencing platforms necessitates accompanying specialized bioinformatics platforms and tools to process the long-read data correctly. Importantly, such tools should additionally help democratize bioinformatic

11β-HSD1 inhibition in men mitigates prednisolone-induced adverse effects in a proof-of-concept randomised double-blind placebo-controlled trial

Glucocorticoids prescribed to limit inflammation, have significant adverse effects. As 11β-hydroxysteroid dehydrogenase type 1 (11β-HSD1) regenerates active glucocorticoid, we investigated whether 11β-HSD1 inhibition with AZD4017 could mitigate adverse glucocorticoid effects without compromising their anti-inflammatory actions. We conducted a proof-of-concept, randomized, double-blind, placebo-controlled study at Research Unit, Churchill Hospital, Oxford, UK (NCT03111810). 32 healthy male volunteers were randomized to AZD4017 or placebo, alongside prednisolone treatment. Although the primary endpoint of the study (change in glucose disposal during a two-step hyperinsulinemic, normoglycemic clamp) wasn’t met, hepatic insulin sensitivity worsened in the placebo-treated but not in the AZD4017-treated group. Protective effects of AZD4017 on markers of lipid metabolism and bone turnover were observed. Night-time blood pressure was higher in the placebo-treated but not in the AZD4017-treated group. Urinary (5aTHF+THF)/THE ratio was lower in the AZD4017-treated but remained the same in the placebo-treated group. Most anti-inflammatory actions of prednisolone persisted with AZD4017 co-treatment. Four adverse events were reported with AZD4017 and no serious adverse events. Here we show that co-administration of AZD4017 with prednisolone in men is a potential strategy to limit adverse glucocorticoid effects

Phase Behavior of Type-II Superconductors with Quenched Point Pinning Disorder: A Phenomenological Proposal

A general phenomenology for phase behaviour in the mixed phase of type-II superconductors with weak point pinning disorder is outlined. We propose that the ``Bragg glass'' phase generically transforms via two separate thermodynamic phase transitions into a disordered liquid on increasing the temperature. The first transition is into a glassy phase, topologically disordered at the largest length scales; current evidence suggests that it lacks the long-ranged phase correlations expected of a ``vortex glass''. This phase has a significant degree of short-ranged translational order, unlike the disordered liquid, but no quasi-long range order, in contrast to the Bragg glass. This glassy phase, which we call a ``multi-domain glass'', is confined to a narrow sliver at intermediate fields, but broadens out both for much larger and much smaller field values. The multi-domain glass may be a ``hexatic glass''; alternatively, its glassy properties may originate in the replica symmetry breaking envisaged in recent theories of the structural glass transition. Estimates for translational correlation lengths in the multi-domain glass indicate that they can be far larger than the interline spacing for weak disorder, suggesting a plausible mechanism by which signals of a two-step transition can be obscured. Calculations of the Bragg glass-multi-domain glass and the multi-domain glass-disordered liquid phase boundaries are presented and compared to experimental data. We argue that these proposals provide a unified picture of the available experimental data on both high-T$_c$ and low-T$_c$ materials, simulations and current theoretical understanding.Comment: 70 pages, 9 postscript figures, modified title and minor changes in published versio

Chirurgische behandeling van obesitas

Waar gaat deze richtlijn over?Deze richtlijn beschrijft de overwegingen en invulling van zorg rondom de chirurgische behandeling van obesitas. De richtlijn begint daar waar de patiënt verwezen wordt naar de chirurg. Het gaat hier over patiënten met een sterk verhoogd gezondheidsrisico, bij wie er een mogelijke indicatie is voor een operatie.In deze richtlijn is uitgezocht hoe om te gaan met de indicatiestelling voor chirurgie, de selectie van patiënten, de overwegingen voor de keuze van operatie en welke voor- en nazorg (bijvoorbeeld pre- en postoperatieve leefstijl) een patiënt moet krijgen ter voorbereiding op metabole chirurgie en als nabehandeling. Voor het eerst is in de richtlijn meegenomen de overwegingen bij de indicatiestelling en keuze voor type metabole chirurgie bij vrouwen in de fertiele leeftijd. In deze richtlijn is niet uitgezocht welke conservatieve behandelingen het meest effectief zijn voor de bredere groep patiënten met obesitas.De indicatiestelling van een metabole operatie bij patiënten jonger dan 18 jaar is in de richtlijn: ‘Behandeling van kinderen met obesitas’ uitgewerkt. De keuze voor het type chirurgische ingreep als er een indicatie is gesteld voor een metabole operatie bij een patiënt jonger dan 18 jaar is wel in de richtlijn ‘Chirurgische behandeling van obesitas’ opgenomen.Deze herziene richtlijn richt zich op de operatieve behandeling van obesitas in alle gradaties. In de huidige praktijk gaat het daarbij om: de gastric bypass (RYGB), de sleeve gastrectomie (SG), de one anastomosis gastric bypass (OAGB) en de Single Anastomosis Duodenal-Ileal bypass (SADI). De maagband is in Nederland als standaardbehandeling verlaten en om die reden wordt in deze richtlijn de maagband niet langer meegenomen als vergelijkende operatie. Voor wie is deze richtlijn bedoeld?Deze richtlijn is geschreven voor alle leden van de beroepsgroepen die betrokken zijn bij de zorg voor patiënten met obesitas. Voor patiëntenDe richtlijn gaat over maagverkleiningen. Een maagverkleining is een operatie die helpt om voor langere tijd veel gewicht te verliezen bij ernstig overgewicht (obesitas). De chirurg maakt uw maag kleiner. Daardoor kunt u nog maar kleine porties eten. Ook heeft u minder honger. Hierdoor valt u af.Er zijn verschillende operaties om de maag kleiner te maken. De meest uitgevoerde zijn de gastric bypass, gastric sleeve en de One Anastomosis Gastric Bypass (mini-gastric bypass). U bespreekt met de chirurg welke operatie het beste bij u past. In deze richtlijn is beschreven hoe de zorg rondom een maagverkleining eruit moet zien. Voor meer informatie zie Thuisarts.nl Hoe is de richtlijn tot stand gekomen?De oude richtlijn Morbide Obesitas van de Nederlandse Vereniging voor Heelkunde stamt uit 2011. Het was het eerste document dat voor de Nederlandse situatie adviezen en aanbevelingen gaf voor de chirurgische behandeling van patiënten met ernstige obesitas (morbide obesitas). De aanbevelingen in deze richtlijn waren logischerwijs gebaseerd op de literatuur van de jaren voor publicatie, dat wil zeggen van voor 2010. De huidige herziening van de richtlijn richt zich op patiënten met obesitas bij wie er mogelijk een indicatie aanwezig is voor chirurgische behandeling. Voor deze herziening is in 2018 is een multidisciplinaire werkgroep ingesteld. Status van de richtlijnDe richtlijn is modulair opgebouwd en is gereed om op modulaire wijze te onderhouden. Per module is aangegeven wanneer herbeoordeling van de actualiteit gewenst is

Clinical evaluation of mandibular overdentures supported by multiple-bar fabrication : a follow-up study of two implant systems

Contains fulltext : 21701.PDF (publisher's version ) (Open Access

The relationship between organizational culture of nursing staff and quality of care for residents with dementia: questionnaire surveys and systematic observations in nursing homes.

Contains fulltext : 87757.pdf (publisher's version ) (Closed access)BACKGROUND: Since the 1990s, several studies have shown that organizational culture is an important characteristic in long-term care. However, at the moment little is known about organizational culture and its relationship with quality of care. OBJECTIVES: In this study, the relationship between organizational culture and quality of care in long-term care was investigated using the competing values framework. Thereto, two independent measurements of quality of care were applied: the perceived quality of care by nursing staff of dementia units and the observed quality of care on the units by researchers. DESIGN: The study used a cross-sectional design. SETTINGS: Data were collected on 11 dementia units in 11 Dutch nursing homes. PARTICIPANTS: All nursing staff on the units were asked to complete a questionnaire, of whom 248 staff members responded. The average response rate on the 11 units was 63%. METHODS: Data were collected during two days of field-work on each unit. Systematic observations were performed, and questionnaires were distributed among nursing staff. Data were analyzed using multilevel analyses. RESULTS: Organizational culture was related to both perceived and observed quality of care on the units. Units that are characterized by a clan culture provide better quality of care, both in the eyes of the nursing staff as in the eyes of outsiders. Market culture, compared to clan culture, is negatively related to quality of care in this sample. CONCLUSIONS: The results indicate that organizational culture in long-term dementia care is important for organizational performance.1 oktober 201