IGHV3-21 gene expression in patients with b-cell chronic lymphocytic leukemia in Ukraine

The aim of the study was to evaluate the frequency of IGHV3-21 gene usage and its clinical significance for patients with B-cell chronic lymphocytic leukemia (CLL) in Ukraine. Patients and Methods: Immunoglobulin variable heavy chain (IGHV) gene repertoire was studied in 189 CLL patients using reverse transcribed polymerase chain reaction and direct sequence of amplified products. Results: IGHV3-21 gene expression was found in 11 cases (5.8%), and its frequency was intermediate between Scandinavian (11.7%) and Mediterranean CLL (2.9%) cohorts. The most of cases (9 of 11) belonged to subset with heterogeneous HCDR3 (heteroHCDR3 subset), and only 2 cases – to subset with classical short ARDANGMDV motif (homHCDR3 subset). Six IGHV3-21 cases were mutated and 5 cases were unmutated. All unmutated cases (all were from heteroHCDR3 subset) had similarity of their HCDR3s with previously published sequences. The differences in overall (OS), progression-free (PFS) and treatment-free survival (TFS) for IGHV3-21 positive patients in comparison with CLL patients expressing the other IGHV genes were statistically insignificant. These survival parameters were comparable also for CLL patients with mutated IGHV3-21 gene usage and expression the others mutated IGHV genes. But remarkable feature of IGHV3-21 expressing patients was high incidence of solid tumors. They have developed in 4 IGHV3-21 positive cases (36.4%) and in 10 cases with expression of the others IGHV genes (5.6%, p = 0.0002). Furthermore, in small group of 6 patients with mutated IGHV3-21 gene expression, 3 patients had solid tumors and one underwent Richter transformation. Unmutated IGHV3-21 gene expressed patients had worse OS and PFS in comparison with CLL patients that expressed the others unmutated IGHV genes. Conclusion: Presented data are in agrement with the opinion about negative prognostic significance of IGHV3-21 gene expression regardless its mutation status. IGHV3-21 expression was associated with development of secondary solid tumors. Revealed high level of homology in heteroHDR3s subset might suggest about possible antigenic influence also, in addition to homHCDR3 subset that was proposed earlier.Цель: оценить частоту использования гена IGHV3-21 и его клиническое значение для больных B-клеточным хроническим лимфолейкозом (ХЛЛ) в Украине. Больные и методы исследования: репертуар генов вариабельных участков тяжелых цепей иммуноглобулинов (IGHV) изучали у 189 больных с ХЛЛ с помощью полимеразной цепной реакции на базе обратной транскрипции и прямого сиквенса амплифицированных продуктов. Результаты: экспрессия гена IGHV3-21 выявлена у 11 пациентов (5,8%), что занимает промежуточное положение между Скандинавской (11,7%) и Средиземноморской (2,9%) когортами. Большинство случаев (9 из 11) относились к подгруппе с гетерогенным третьим комплементарнымрегионом (heteroHCDR3 подгуппа) и только 2 случая — к подгруппе с коротким классическим ARDANGMDV мотивом (homHCDR уппа). есть IGHV3-21-позитивных случаев были мутированными и 5 — немутированными. Все немутированные случаи (все из heteroHCDR уппы) имели сходство HCDR3 с анее описанными последовательностями. Различия в общей выживаемости (OS), длительности периода до прогрессии заболевания (PFS) и начала лечения (TFS) для IGHV3-21-позитивных больных были статистически незначимы по сравнению с пациентами с ХЛЛ с экспрессией других IGHV-генов. Указанные параметры также сравнивали между больными ХЛЛ с экспрессией мутированных IGHV3-21- и других IGHV-генов. Отличительной чертой пациентов с экспрессией IGHV3-гена была высокая встречаемость солидных опухолей. Они развились в 4 IGHV3-21-позитивных случаях (36,4%) и в 10 случаях с экспрессией других IGHV-генов (5,6%, p = 0,0002). Кроме того, в небольшой группе больных (6) с экспрессией мутированного IGHV3-21-гена у 3 возникли солидные опухоли и 1 пациента — синдром Рихтера. У больных с экспрессией немутированного IGHV3-21-гена определяли худшие показатели OS и PFS по савнению с пациентами с экспрессией других немутированных IGHV-генов. Выводы: представленные данные согласуются с мнением о самостоятельном негативном прогностическом значении для больных с ХЛЛ экспрессии IGHV3-21-гена вне зависимости от его мутационного статуса. IGHV3-21-экспрессия была ассоциирована с развитием вторичных солидных опухолей. Выявленный высокий уровень гомологии в heteroHDR3s-подгруппе может свидетельствовать о возможном антигенном влиянии в дополнение к антигенному влиянию в homHCDR уппе, что было установлено ране

Новые публикации по судебной экспертизе

 This section presents translated abstracts of selected papers that appeared in the following periodicals: Forensic Science International  [www.elsevier.com/locate/forsciint], Forensic Science International: Digital Investigation [www.elsevier.com/locate/j.fsidi], Journal of Forensic Sciences [www.onlinelibrary.wiley.com] and Science & Justice [www.elsevier.com/locate/ scijus].  Представлены переводы рефератов избранных статей, опубликованных в зарубежных периодических изданиях: Forensic Science International [www.elsevier.com/locate/forsciint], Forensic Science International: Digital Investigation [www.elsevier.com/locate/j.fsidi], Journal of Forensic Sciences [www.onlinelibrary.wiley.com] и Science & Justice  [www.elsevier.com/locate/scijus].

Методологические особенности валидации судебно-экспертных методик

The article reviews and summarizes the experience of validating forensic expert techniques in the Russian Federal Centre of Forensic Science of the Ministry of Justice of the Russian Federation. The authors point out the methodological features of practical implementation of the validation procedure. They demonstrate that the specificity, diversity, and complexity of the objects of expert study require the classification of the applied methods in terms of metrology, identification of the main validation parameters of quantitative and qualitative methods, organization of experiments, and evaluation of validation parameters using mathematical analysis methods. They also propose to divide methods into two types: forensic expert measurement methods (FMT) and forensic expert testing methods (FTT). Based on the generalization of information presented in several regulatory documents and scientific publications, the following parameters are identified for FMT: metrological characteristics or properties of the method (specificity, linearity, sensitivity, range of determined values, detection limit, quantitative determination limit) and quality indicators of the method (precision, correctness, accuracy of the analysis result, or uncertainty). When validating FTT, it is proposed to evaluate the reliability of the method and the competence of the expert.An experiment to assess validation parameters is performed using enough control samples with established characteristics of controlled indicators and with the participation of a sufficient number of experts. Requirements for control samples are provided.The authors also give examples of probabilistic evaluation of validation parameters for two qualitative testing methods: microscopic examination of textile fibers and detection of gunshot residue using scanning electron microscopy and X-ray microanalysis. The reliability of these methods is assessed by calculating the likelihood ratio, and the specificity of interpreting the results of FMT and FTT validation is noted.The decision on compliance with the requirements is made if the interval of the established extended uncertainty for the obtained result does not exceed the tolerance field. In the absence of tolerances, FMT is considered suitable for solving forensic expert tasks if the values of the extended uncertainty of the measurement results of the controlled indicator do not exceed the values established during validation. For FTT, a low probabilistic proportion of false positive and false negative results in determining the presence/absence of controlled indicators, as well as experimentally confirmed competence of the expert during validation, are indicators of the suitability of the method for its intended useВ статье представлен обзор и обобщение опыта валидации судебно-экспертных методик (СЭМ) в ФБУ РФЦСЭ при Минюсте России. Отмечены методологические особенности практической реализации процедуры валидации. Показано, что специфичность, разнообразие и сложность объектов экспертного исследования требуют классификации используемых методик в метрологическом плане, выявления основных параметров валидации количественных и качественных методик, организации эксперимента и оценки параметров валидации с применением математических методов анализа. Предлагается разделять методики на два типа: судебноэкспертные методики измерения (СЭМИ) и судебно-экспертные методики тестирования (СЭМТ). На основании обобщения сведений, представленных в ряде нормативных документов и научных публикаций, для СЭМИ выделены следующие параметры: метрологические характеристики или свойства методики (специфичность, линейность, чувствительность, диапазон определяемых величин, предел обнаружения, предел количественного определения) и показатели качества методики (прецизионность, правильность, точность результата анализа или неопределенность). При валидации СЭМТ предложено оценивать надежность методики и компетентность эксперта.Эксперимент по оценке параметров валидации выполняют с использованием достаточного количества контрольных образцов с установленными характеристиками контролируемых показателей и с участием достаточного числа экспертов. Приведены требования, предъявляемые к контрольным образцам.Разобраны примеры вероятностной оценки параметров валидации для двух качественных методик тестирования: по микроскопическому исследованию текстильных волокон и по обнаружению следов продуктов выстрела с помощью сканирующей электронной микроскопии и рентгеноспектрального микроанализа. Дана оценка надежности этих методик с помощью расчета отношения правдоподобия, отмечена специфика интерпретации результатов валидации СЭМИ и СЭМТ.Решение о соответствии СЭМИ предъявленным требованиям принимается, если интервал установленной расширенной неопределенности для полученного результата не выходит за пределы поля допуска. При отсутствии допусков СЭМИ считается пригодной для решения судебноэкспертных задач, если значения расширенной неопределенности результатов измерений контролируемого показателя не превышают значений, установленных при валидации. Для СЭМТ низкая вероятностная доля ложноположительных и ложноотрицательных результатов установления наличия/отсутствия контролируемых показателей, а также экспериментально подтвержденная компетентность эксперта в ходе валидации являются показателями пригодности методики для цели использовани

Вероятностная оценка пригодности судебно-экспертной методики «Микроскопическое исследование текстильных волокон»

 The results of validation of the method “Microscopic analysis of textile fibers” used in forensic fiber examination are presented. An attempt is made to estimate reliability of testing of this method numerically by the proportions of right and false results and credibility ratio.The testing method under consideration consists in establishing a set of external characteristics of natural and chemical textile fibers: color, peculiarities of coloration, morphological features, presence/absence of a matting agent. These generic characteristics are used in forensic textile analysis. As the objects of testing fiber samples from comparative collection of a forensic fiber laboratory were used. Four experts participated in the experiment independently examining eleven fiber samples by eleven external characteristics for a week.A low (2,2 %) rate of false results in relation to the total number of tests was established as well as the low (less than 3,0 %) rate of each expert’s false results. The probability of the right results of characteristics’ assessment is 30 times higher than the probability of false results.The results of the experiment permit the conclusion that the method is suitable to be used in forensic fiber examination when dealing with various tasks: classification, identification, situational and diagnostic.  Представлены результаты валидации методики «Микроскопическое исследование текстильных волокон», применяемой при судебно-экспертном исследовании волокнистых материалов. Предпринята попытка определить надежность тестирования этой методики численно: по значениям долей ложных и правильных результатов и отношению правдоподобия.Рассматриваемая методика тестирования заключается в установлении комплекса внешних признаков природных и химических текстильных волокон: цвета, особенности окраски, морфологических особенностей, наличия/отсутствия матирующего агента. Данные родовые признаки используются при судебно-экспертном исследовании текстильных волокон.Объектами тестирования являлись образцы волокон из сравнительной коллекции лаборатории криминалистической экспертизы волокнистых материалов. В эксперименте участвовали четыре эксперта, которые в течение недели независимо исследовали одиннадцать образцов волокон по одиннадцати внешним признакам.Установлен низкий (2,2 %) уровень ложных результатов по отношению к общему числу тестирований, а также низкий (менее 3,0 %) уровень ложных результатов у каждого из экспертов. Вероятность правильных результатов оценки совокупности признаков в 30 раз выше вероятности ложных результатов.Результаты эксперимента позволяют сделать вывод о том, что методика пригодна для использования в судебной экспертизе волокнистых материалов при решении разнообразных задач: классификационных, идентификационных, ситуационно-диагностических.

Валидация методики измерения цвета окрашенных волокон на микроскопе-спектрофотометре МСФУ-К

This work is part of a series of efforts towards validation of methods used in forensic fiber analysis. These efforts address current needs for accreditation of forensic laboratories and quality control in operations.The qualitative testing methodology consists of obtaining absorption spectra with the microscope spectrophotometer MSFU-K and comparing the spectral characteristics of color in fiber samples. The expert determines whether the textile fibers submitted for analysis match in color or not, depending on the results of spectral comparison.The proposed validation experiment algorithm is designed for evaluating uncertainty in optical density measurements and the level of expert competence.In this case uncertainty corresponds to reproducibility standard deviation. To evaluate uncertainty, two operators took readings of absorption spectra of dyed fibers independently in the course of three days, and measured optical density at maximum and minimum absorption wavelengths. To evaluate repeatability, 5 spectra were obtained in a row on each of the three days.The testing was conducted using three samples of polyacrylonitrile (PAN) fibers. Key characteristic points in the samples’ absorption spectra covered a wide range of wavelengths in the visible spectrum. Measurements were taken using the MSFU-K microspectrophotometer, which consists of a microscope with a spectrophotometric add-on unit.Statistical analysis of measurement data demonstrated uncertainty levels between 7,1 % and 22,1 %. Uncertainty values below 30 % are indicative of quantitative measurements and insignificant variance of optical density values, which corresponds to high reproducibility of spectra and allows the expert to make statistically reliable match/non-match conclusions on the color of compared fibers.Expert competence was assessed based on «blind» test results. The experts had to determine which of the three samples were colored with the same dye. Each of the two experts was provided with 3 visually identical samples that were colored with different dyes. The experts were asked to distinguish between fibers treated with the same dye. When analyzing obtained spectra, both experts correctly identified same-color fibers based on matching color spectral characteristics.Positive validation results suggest that the MSFU-K microscope spectrophotometer can be successfully used in forensic fiber analysis for measuring the color of dyed fibers. Статья из серии разработок по валидации методик, применяемых при производстве криминалистической экспертизы волокнистых материалов.Сущность качественной методики тестирования заключается в получении с помощью спектрофотометра МСФУ-К спектра поглощения и сопоставлении спектральных характеристик цвета сравниваемых волокон. На основании сопоставления спектров эксперт решает вопрос, совпадает/не совпадает цвет сравниваемых волокон, представленных на экспертизу.Предложена схема эксперимента валидации, задачами которого являлись оценка неопределенности измерения оптической плотности и уровня компетентности экспертов.В рассматриваемом случае неопределенность совпадает со среднеквадратичным отклонением (СКО) воспроизводимости. Для оценки неопределенности два оператора снимали независимо в течение трех дней спектры поглощения образцов окрашенных волокон и измеряли оптическую плотность в точках максимума и минимума. Повторяемость оценивали, снимая в каждый из трех дней по пять спектров подряд.Для исследования были выбраны три образца окрашенных полиакрилонитрильных волокон (нитрон). Основные характеристические точки спектров поглощения образцов охватывают широкую область длин волн видимого спектра. Измерения выполняли на микроспектрофотометре МСФУ-К, который представляет собой микроскоп со спектрофотометрической насадкой.В результате статистической обработки измерений оптической плотности установлено, что неопределенность варьирует от 7,1 до 22,1 %. Значения неопределенности <30 % указывают на количественный характер измерений, несущественный разброс значений оптической плотности, что соответствует высокой воспроизводимости спектра и позволяет эксперту делать достоверные выводы о совпадении/несовпадении цвета сравниваемых волокон.Компетентность экспертов оценивали по результатам «слепых» испытаний. Эксперты должны были установить, какие из трех образцов волокон окрашены одним красителем. Двум экспертам были предоставлены по три образца, которые по цвету визуально практически не различались, но были окрашены разными красителями. Перед экспертами ставилась задача дифференцировать волокна, окрашенные одним красителем. При анализе полученных спектров каждым экспертом были сделаны правильные выводы об одноцветных волокнах, совпадающих по спектральным характеристикам цвета.На основании положительных результатов валидационного эксперимента сделан вывод о пригодности методики измерения цвета окрашенных волокон на микроскопе-спектрофотометре МСФУ-К для применения в криминалистической экспертизе волокнистых материалов.

Probability-Based Validation of the Forensic Method "Microscopic Analysis of Textile Fibers"

The results of validation of the method “Microscopic analysis of textile fibers” used in forensic fiber examination are presented. An attempt is made to estimate reliability of testing of this method numerically by the proportions of right and false results and credibility ratio.The testing method under consideration consists in establishing a set of external characteristics of natural and chemical textile fibers: color, peculiarities of coloration, morphological features, presence/absence of a matting agent. These generic characteristics are used in forensic textile analysis. As the objects of testing fiber samples from comparative collection of a forensic fiber laboratory were used. Four experts participated in the experiment independently examining eleven fiber samples by eleven external characteristics for a week.A low (2,2 %) rate of false results in relation to the total number of tests was established as well as the low (less than 3,0 %) rate of each expert’s false results. The probability of the right results of characteristics’ assessment is 30 times higher than the probability of false results.The results of the experiment permit the conclusion that the method is suitable to be used in forensic fiber examination when dealing with various tasks: classification, identification, situational and diagnostic

Experimental Validation of a Methodology for Determining Soil pH and Specific Electrical Conductance in Samples of Geological and Soil Evidence in Forensic Environmental Investigations in the Absence of Standard Samples

The paper describes an experiment in validation of a forensic methodology for determining the hydrogen potential (pH) and specific conductance (SC) in samples of geological and soil evidence for the purposes of forensic environmental investigation. Validation was aimed at standardizing the conditions of aqueous extract preparation, since the conditions prescribed by corresponding regulations varied significantly. Given the absence of adequate standard samples at the time of the experiment, control samples had to be selected, and reference values of pH and SC in these control samples had to be determined through average values of the overall set of measurements. The experiment consisted of 5 operators independently conducting six parallel analyses of three control samples, each operator working at a different time and using their own assay kits. Both pH and SC values were measured in two different dilutions, each after 5 minutes, 1 hour, and 24 hours of holding time. Statistical calculations of the obtained set of results yielded reference values for target parameters in three control samples for different aqueous extract preparation conditions. It was demonstrated that when the extract is diluted to 1 : 2.5 soil/water ratio, measurements are on average 1.8 times higher for SC, and 0.20 pts lower for pH, compared to 1 : 5 soil/water dilution. Since 1 : 5 is the standard dilution for aqueous extracts, 1 : 2.5 dilutions call for a corresponding adjustment. Acceptable holding time between dilution and measurement has been established to vary between 5 minutes and 1 hour. When re-validated a year later, the obtained mean values of pH and SC in three control samples of soil fit within the uncertainty interval for adopted reference values.The outcomes demonstrate the stability of control sample properties and reliability of the applied methodology

Measuring Dyed Fiber Color with MSFU-K Microscope Spectrophotometer: Methodology Validation

This work is part of a series of efforts towards validation of methods used in forensic fiber analysis. These efforts address current needs for accreditation of forensic laboratories and quality control in operations.The qualitative testing methodology consists of obtaining absorption spectra with the microscope spectrophotometer MSFU-K and comparing the spectral characteristics of color in fiber samples. The expert determines whether the textile fibers submitted for analysis match in color or not, depending on the results of spectral comparison.The proposed validation experiment algorithm is designed for evaluating uncertainty in optical density measurements and the level of expert competence.In this case uncertainty corresponds to reproducibility standard deviation. To evaluate uncertainty, two operators took readings of absorption spectra of dyed fibers independently in the course of three days, and measured optical density at maximum and minimum absorption wavelengths. To evaluate repeatability, 5 spectra were obtained in a row on each of the three days.The testing was conducted using three samples of polyacrylonitrile (PAN) fibers. Key characteristic points in the samples’ absorption spectra covered a wide range of wavelengths in the visible spectrum. Measurements were taken using the MSFU-K microspectrophotometer, which consists of a microscope with a spectrophotometric add-on unit.Statistical analysis of measurement data demonstrated uncertainty levels between 7,1 % and 22,1 %. Uncertainty values below 30 % are indicative of quantitative measurements and insignificant variance of optical density values, which corresponds to high reproducibility of spectra and allows the expert to make statistically reliable match/non-match conclusions on the color of compared fibers.Expert competence was assessed based on «blind» test results. The experts had to determine which of the three samples were colored with the same dye. Each of the two experts was provided with 3 visually identical samples that were colored with different dyes. The experts were asked to distinguish between fibers treated with the same dye. When analyzing obtained spectra, both experts correctly identified same-color fibers based on matching color spectral characteristics.Positive validation results suggest that the MSFU-K microscope spectrophotometer can be successfully used in forensic fiber analysis for measuring the color of dyed fibers

Практика валидации методики определения pH и удельной электропроводности в объектах почвенно-геологического происхождения для производства судебно-экологической экспертизы при отсутствии стандартных образцов

The paper describes an experiment in validation of a forensic methodology for determining the hydrogen potential (pH) and specific conductance (SC) in samples of geological and soil evidence for the purposes of forensic environmental investigation. Validation was aimed at standardizing the conditions of aqueous extract preparation, since the conditions prescribed by corresponding regulations varied significantly. Given the absence of adequate standard samples at the time of the experiment, control samples had to be selected, and reference values of pH and SC in these control samples had to be determined through average values of the overall set of measurements. The experiment consisted of 5 operators independently conducting six parallel analyses of three control samples, each operator working at a different time and using their own assay kits. Both pH and SC values were measured in two different dilutions, each after 5 minutes, 1 hour, and 24 hours of holding time. Statistical calculations of the obtained set of results yielded reference values for target parameters in three control samples for different aqueous extract preparation conditions. It was demonstrated that when the extract is diluted to 1 : 2.5 soil/water ratio, measurements are on average 1.8 times higher for SC, and 0.20 pts lower for pH, compared to 1 : 5 soil/water dilution. Since 1 : 5 is the standard dilution for aqueous extracts, 1 : 2.5 dilutions call for a corresponding adjustment. Acceptable holding time between dilution and measurement has been established to vary between 5 minutes and 1 hour. When re-validated a year later, the obtained mean values of pH and SC in three control samples of soil fit within the uncertainty interval for adopted reference values.The outcomes demonstrate the stability of control sample properties and reliability of the applied methodology.Представлено описание эксперимента по валидации методики определения водородного показателя (pH) и удельной электропроводности (УЭП) в объектах почвенно-геологического происхождения для производства судебно-экологической экспертизы. Задачей валидации была унификация условий приготовления водной вытяжки из исследуемых объектов, поскольку в соответствующих регламентирующих нормативных документах условия существенно различались. В связи с отсутствием на текущий момент времени необходимых стандартных образцов возникла необходимость подбора контрольных образцов и оценки в них опорных значений pH и УЭП как средних значений совокупности результатов измерений. В эксперименте участвовали пять операторов, которые независимо друг от друга проводили по шесть параллельных анализов трех контрольных образцов, каждый оператор - в разное время, со своим набором реактивов и оборудования. Измерения pH и УЭП выполняли для двух разведений, каждое через 5 мин, 1 час и 24 часа. На основании статистических расчетов полученной совокупности результатов приняты опорные значения определяемых показателей в трех контрольных образцах при разных условиях приготовления водной вытяжки. Показано, что при разведении вытяжки в соотношении почва/вода 1 :2,5 в среднем результаты определения УЭП выше в 1,8 раза, а pH ниже на 0,20 ед. в сравнении с разведением почва/вода 1 : 5. Поскольку для водной вытяжки общепринятым является разведение 1 : 5, необходимо вводить поправку при разведении 1 : 2,5. В отношении времени выдерживания вытяжки до измерения установлено, что оно может варьироваться от 5 мин до 1 часа. При повторной валидации через год найденные средние значения pH и УЭП в трех контрольных образцах почвенных объектов находились в пределах интервала неопределенности принятых опорных значений. Полученные результаты свидетельствуют об устойчивости свойств контрольных образцов и надежности использованной методики