Arcobacter species isolated from various seafood and watersources; virulence genes, antibiotic resistance genes and molecular characterization

Arcobacter&nbsp;spp. has gained clinical significance as an emerging diarrheagenic pathogen associated with water reservoirs in recent years. The complete clinical significance of&nbsp;Arcobacter&nbsp;remains rather speculative due to the virulence and antibiotic susceptibility of individual strains. This study aimed to assess the prevalence of&nbsp;Arcobacter&nbsp;spp. in fish, water, and shellfish. A total of 150 samples were collected from the Adana, Kayseri and Kahramanmaras provinces in Turkey.&nbsp;Arcobacter&nbsp;spp. was isolated from 32 (21%) of the 150 samples. The most prevalent species was&nbsp;A. cryaerophilus,&nbsp;17 (56%),&nbsp;A. butzleri&nbsp;13 (37%) and&nbsp;A. lacus&nbsp;2 (6%). As a result, the ratios of the&nbsp;mviN, irgA, pldA, tlyA&nbsp;and&nbsp;hecA&nbsp;target genes were found as 17 (51%), 1 (3%), 7 (23%), 7 (23%), 1 (3%), respectively. While&nbsp;bla OXA-61, tetO&nbsp;and&nbsp;tetW&nbsp;were positive in all isolates, were found as&nbsp;mcr1/2/6, mcr3/7,&nbsp;and&nbsp;mcr5,&nbsp;genes %37.5, %25, and %34.3, respectively.&nbsp;Although in&nbsp;A. butzleri&nbsp;was found 10 (58%), 1 (3%), 3 (43%), 2 (28%) (mviN, irgA, pldA, and&nbsp;tlyA, respectively) virulence genes 7 (42%), 4 (57%), 5 (72%), 1 (3%) was found (mviN, irgA, tlyA, and&nbsp;hecA, respectively) virulence genes in&nbsp;A. cryoaerophilus.&nbsp;Moreover, was found for the&nbsp;mcr 1/2/6&nbsp;7 (58%) genes, for the&nbsp;mcr 3/7&nbsp;genes 3 (38%) in&nbsp;A. butzleri. In&nbsp;A. cryoaerophilus&nbsp;was found for the&nbsp;mcr 1/2/6 genes&nbsp;5 (42%), for the&nbsp;mcr 3/7 genes&nbsp;5 (62%), and for the&nbsp;mcr 5&nbsp;gene 10 (100%). Thus, the current study indicated that the existence of&nbsp;Arcobacter&nbsp;spp. isolated from fish and mussel samples may pose a potential risk to public health.</p

KAYSERİ VE CİVARINDA SATIŞA SUNULAN ÇEŞİTLİ GIDA VE SU KAYNAKLARINDA ARCOBACTER VE CAMPYLOBACTER TÜRLERİNİN PREVALANSI KARAKTERİZASYONU VE ANTİBİYOTİK DUYARLILIKLARI*

Bu çalışmada, Kayseri ve civarında satışa sunulan çeşitli gıda ve su kaynaklarında Arcobacter ve Campylobacter türlerinin prevalansve antibiyotik duyarlılıklarının belirlenmesi amaçlanmıştır. Bu amaçla, 50’şersu, balık ve midye örneği olmak üzere toplam 150örnek materyal olarak kullanılmış ve toplanan örneklerden Campylobacter ve Arcobacterspp. izolasyonu ve identifikasyonuyapılmıştır. Şüpheli izolatlara fenotipik (Gram boyama, oksidaz testi, katalaz testi ve faz-kontrast mikroskobunda hareket testi)ve moleküler testler (multipleks polimeraz zincir reaksiyonu, mPCR) yapılmıştır. İzolatların antibiyotiklere duyarlılıkları diskdifüzyon yöntemiyle, virülens ve antibiyotik dirençlilik genleri ise PCR ile araştırılmıştır. İzolatların klonal yakınlıklarını belirlemekiçin Enterobacterial Repetitive Intergenic Consensus Polymerase Chain Reaction (ERIC-PCR) kullanılmıştır. Elde edilen38 şüpheliArcobacter spp. izolatından 33’ü (%22) fenotipik identifikasyon testleri sonucu Arcobacter spp. pozitif olarak belirlenmiştir. Bunların18 ’i A. cryaerophilus,13’ü A. butzleri ve 2’si A. lacus yönünden pozitif bulunmuştur. Disk difuzyon testine göre izolatların en yüksekdirenç sergiledikleri antibiyotikler Enrofloksasin (%45) ve Eritromisin (%21) olarak belirlenmiştir. İzolatlarda, incelenen virülansgenlerinden mVin (%51, 17/33,), ingA (%3, 1/33), hecA (%3, 1/33), pldA (%21, 7/33), tlyA (%24, 8/33)pozitif olarak bulunmuştur.Ayrıca, 1 (%3), 7 (%21) ve 6 (%18) izolatın sırasıyla mVin/ingA, pldA/tlyA ve mVin/pldA/tlyA genleri olmak üzere birden fazlavirülens geni içerdiği tespit edilmiştir. Antibiyotik dirençlilik genlerinden tetO, tetW ve BlaOXA-61, izolatların tamamında pozitifbulunurken, hiçbir izolatta ERY2074, ERY2075, GZgyrA, cmeB, tespit edilememiştir. ERIC-PCR sonucuna göre izolatlar önemlioranda heterojenite göstermiştir. Patojen olarak bilinen Arcobacter spp. kontaminasyonu açısından gelişen halk sağlığı risklerininbelirlenmesi ve gereken önlemlerin alınması için etkenin virülens özelliklerinin sürekli takip edilmesi, güncel antibiyotiklere karşıdirenç profillerinin ortaya konması etmektedir</p

Biofilm Formationand Antibiotic Resistance Profiles of Water-borne Pathogens

Water sources (surface water, drinking water, rivers, and ponds) are significant reservoirs for transmitting antibiotic-resistant bacteria. In addition, these waters are an important public health problem because they are suitable environments for transferring antibiotic resistance genes between bacterial species. Our study aimed to assess the prevalence of Extended-spectrum beta-lactamase (ESBL) producing isolates in water samples, the susceptibility of the isolates to the specified antibiotics, the determination of biofilm ability, antibiotic resistance genes, and the molecular typing of the isolates. For this purpose, Polymerase chain reaction (PCR) and Matrix-assisted laser desorption ionization-time of flight (MALDI-TOF) analyses were used. Out of 70 isolates, 15 (21%) were ESBL producing, and sent for the MALDI-TOF analysis, where&nbsp;Escherichia coli, Acinetobacter calcoaceticus, Enterobacter bugandensis, Acinetobacter pittii, Pseudomonas aeruginosa, Acinetobacter junii, Pseudomonas oleovorans,&nbsp;and&nbsp;Enterobacter ludwigigii&nbsp;were identified. Moreover, colistin resistance genes (mcr1/2/6, mcr 4, mcr 5, mcr 3/7, and&nbsp;mcr 8), ESBL-encoding genes(blaSHV, blaTEM, and&nbsp;blaCTX-M) and carbapenemase genes (blaNDM,&nbsp;blaOXA-48, and&nbsp;blaKPC) using molecular analysis (PCR) were confirmed. The colistin resistance gene was detected at 80% (12/15) in the isolates obtained. The distribution of these isolates according to resistance genes was found as&nbsp;mcr 1/2/6&nbsp;4 (20%),&nbsp;mcr3/7&nbsp;3 (13%), and&nbsp;mcr 5&nbsp;(40%). Additionally, the isolates harbored&nbsp;blaSHV(6.6%) and&nbsp;blaTEM&nbsp;(6.6%) genes. However,&nbsp;blaNDM,&nbsp;blaOXA-48,&nbsp;blaKPC, and&nbsp;blaCTX-M&nbsp;genes were not detected in any isolates. According to the Congo red agar method, seven (46.6%) isolates showed negative biofilm ability, and eight (53.3%) showed moderate biofilm ability. However, the microplate method detected weak biofilm in 53.3% of the isolates.In conclusion, this study provides evidence for the existence of multidrug-resistant bacteria that co-exist with&nbsp;mcr&nbsp;and ESBL genes in water sources. These bacteria can migrate to other environments and pose increasing threats to public health.</p

SIĞIR KARKASLARINDAN ARCOBACTER SPP. İZOLASYONU, İZOLATLARIN MOLEKÜLER TİPLENDİRİLMESİ VE ANTİBİYOTİK DUYARLILIKLARI

Arcobacter cinsi insanların gastroenteritis olguları ile hayvanlarda abortus, enterit, septisemi, mastitisgibi çeşitli hastalık tablolarıyla ilişkilendirilmiş önemli mikrobiyal tehlikelerden birisidir. Bumikroorganizmalar su ve gıda kökenli bakteriler olarak tanımlanmaktadır. Cins içerisindeenteropatojenik ve potansiyel zoonotik karakterleriyle dikkati çeken A. butzleri, A. cyaerophilus ve A.skirrowii insan sağlığını tehdit eden önemli patojenlerdir. Bu çalışmada; Kayseri’de çeşitlimezbahanelerde kesim sonrası sığırlardan 100 adet karkas sıvap örneği alınarak sığır karkaslarındanArcobacter spp.’nin izolasyonu, izolatların moleküler tekniklerle tiplendirilmesi ve belirlenenantibiyotiklere karşı direnç durumunun tespiti amaçlanmıştır. Etken izolasyonunda membran filtrasyonyönteminden yararlanılmış ve izolasyon sonucu 22 (%22) karkas örneğinden Arcobacter spp. izolatıelde edilmiştir. Yapılan multipleks (mPCR) PCR sonucu bu izolatların 13’ü A. cryaerophilus, 6’sı A.butzleri ve 3’ü A. skirrowii olarak identifiye edilmiştir. Antibiyotik duyarlılıkları belirlemek için yapılandisk difüzyon yöntemi sonunda izolatların 18 (%81)’inin rifampine, 15 (%68)’inin ampisiline,11(%50)’inin sefuroksim sodyuma ve amoksisillin/klavulanik asite, 10 (%45.45)’unun danafloksasineve azitromisine, 9 (%40)’unun neomisine, 8 (%36)’inin eritromisine, 7 (%31)’sinin gentamisine vetetrasikline, 6 (%27)’sının enrofloksasine ve 5 (%22.72)’inin ise streptomisine dirençli olduğu tespitedilmiştir. ERIC-PCR sonucunda izolatlar 8 ana grup (A, B, C, D, E, F, G ve H), bir adet (h1) alt grupve üç adet (I-III) singleton oluşturmuştur. Oniki A. cryoaerophilus izolatı A, B, D, E, F ve H gruplarındayer alırken, bir A. cryoaerophilus izolatının single tone (I) oluşturduğu; 5 A. butzleri izolatı C, F ve Hgruplarında yer alırken, bir adet A. butzleri izolatının single tone (III) oluşturduğu ve 3 A. skirrowiiizolatının ise D, E ve G gruplarında yer aldığı görülmüştür. Sonuç olarak sığır karkaslarınınarkobakterlerle kontamine olması hayvan sağlığı kadar insan sağlığı açısından da bir risk&nbsp;oluşturmaktadır. Dolayısıyla Arcobacter spp.’nin sığır karkaslarına primer bulaşının önlenmesi vesonrasında gıdaların üretimi, işlenmesi, depolanması ve satışı sırasında çapraz kontaminasyonunengellenmesi ve ilgili personelin eğitilmesinin, özellikle halk sağlığı açısından önemli rol oynayacağıdüşünülmektedir.&nbsp;</div

Tavuk Etlerinde Arcobacter spp. Varlığı, İzolatların Antibiyotik Duyarlılıkları ve Moleküler Tiplendirilmesi

Bu çalışmada; Kayseri ilinde satışa sunulan tavuk eti örneklerinden Arcobacter spp’nin izolasyonu, identifikasyonu ve elde edilen izolatların antibiyotik duyarlılıklarının belirlenmesi ve moleküler tiplendirilmesi amaçlanmıştır. Bu amaçla, tavuk eti satış noktalarından toplanan toplam 100 adet tavuk eti örneği materyal olarak kullanıldı. Arcobacter spp.’lerin izolasyonu amacıyla ön zenginleştirme ve membran filtrasyon metodundan yararlanıldı. Elde edilen Arcobacter spp. izolatlarının identifikasyonu fenotipik testler ve Multipleks Polimeraz Zincir Reaksiyonu (mPZR) ile gerçekleştirildi. Arco- bacter spp. izolatların eritromisin azitromisin, enrofloksasin, tetrasiklin, ampisilin, trimetoprim-sulfametoksazol, amoksi- silin-klavulanik asit, gentamisin, streptomisin, neomisin antibiyotiklerine karşı duyarlılıklarının saptanması amacıyla disk difüzyon testi yönteminden yararlanıldı. Arcobacter spp. izolatlarının genotiplendirilmesi Enterobacterial Repetitive Intergenic Consensus-Polymerase Chain Reaction (ERIC-PCR) ile gerçekleştirildi. Bu çalışmada, izolasyon işlemi so- nucunda toplanan 100 adet tavuk eti örneğinin 23’ü (%23) Arcobacter spp. yönünden pozitif bulundu. Moleküler identi- fikasyon sonucunda, elde edilen, 23 Arcobacter spp. izolatının 3’ü Arcobacter cryaerophilus, 20’si ise Arcobacter butzleri olarak tanımlandı. Antibiyotik duyarlılık testi sonucunda, Arcobacter spp. izolatlarının sırasıyla 12’sinin (% 52.17) eritromisine, 13’ünün (%56.52) amoksisilin-klavulanik asite, 20’sinin (%86.95) trimetoprim/sülfametaksazole, 20’sinin (%86.95) ampisiline, 8’inin (%34.78) enrofloksasine, 2’sinin (%8.69) tetrasikline, 5’inin (%21.73) streptomisine, 16’sının (%69.56) azitromisine ve 21’inin (%91.3) de neomisine dirençli olduğu tespit edildi. Ayrıca tüm izolatların gen- tamisine duyarlı olduğu belirlendi. Sonuç olarak, çoklu antibiyotik dirençli olduğu belirlenen Arcobacter spp.’nin yaygın olarak tüketilen kanatlı etinde bulunması, insanlarda gastroenterit ve bağırsak dışı hastalıklara neden olan bu etkenle- rin halk sağlığı açısından risk oluşturabileceğini göstermektedir. Bu nedenle kanatlı karkaslarının etken ile kontaminas- yonun önlenmesi ve gıdaların üretimi, işlenmesi, depolanması ve satışı hakkında personelin eğitilmesinin, kanatlı etle- rinden kaynaklanan hastalıkları engellemekte önemli rol oynayacağı düşünülmektedir.In this study; the isolation and identification of Arcobacter spp from chicken meat samples sold in Kayseri province and to determine the antibiotic susceptibility and molecular typing of the obtained isolates were aimed. For this purpose, a total of 100 chicken meat samples collected from chicken meat sales points were used as material. Pre- enrichment and membrane filtration methods were used for the isolation of Arcobacter spp. For the identification of the obtained Arcobacter spp, isolates were performed by means of phenotype tests and multiplex Polymerase Chain Reac- tion (m PCR). The disk diffusion test method was used to determine the susceptibility of Arcobacter spp. isolates to erythromycin, azithromycin, enrofloxacin, tetracycline, ampicillin, trimethoprim-sulfamethoxazole, amoxicillin-clavulanic acid, gentamicin, streptomycin, neomycin antibiotics. For genotyping Arcobacter spp. Isolates were performed with Enterobacterial Repetitive Intergenic Consensus Polymerase Chain Reaction (ERIC-PCR). In this study, 23 (23%) of 100 chicken meat samples collected as a result of the isolation process were found to be positive for Arcobacter spp. As a result of the molecular identification tests, 3 of 23 Arcobacter spp. isolates were identified as Arcobacter cryaer- ophilus and 20 isolates were as Arcobacter butzleri. Antibiotic susceptibility test revealed that 12 (52.17%) of Arcobac- ter spp isolates were resistant to erythromycin, 13 (56.52%) to amoxicillin-clavulanic acid, 20 (86.95%) to trimethoprim/ sulfamethoxazole and ampicillin, 8 (86.95%) to enrofloxacin, 2 (8.69%) to tetracycline, 5 (21.73%) to streptomycin, 16 (69.56% to azithromycin, and 21 (91.3%) to neomycin. In addition, it was determined that all isolates were susceptible to gentamicin. As a result, the presence of Arcobacter spp, which has been determined to be multi-antibiotic resistant, in widely consumed poultry meat, indicates that these agents, which cause gastro enteritis and extra intestinal diseas- es in humans, may pose a risk to public health. For this reason, it is thought that preventing contamination of poultry carcasses with the agent and training the food handlers pre venting diseases caused by poultry meat

KOYUN, SIĞIR VE TAVUK SAKATATLARINDA CAMPYLOBACTER SPP. VARLIĞI, İZOLATLARIN ANTİBİYOTİKLERE DUYARLILIKLARI VE KLONAL İLİŞKİLERİN BELİRLENMESİ

Kampilobakter türleri, insanlarda ve hayvanlarda başta gastroenterit olmak üzere çeşitli hastalıklara neden olan zoonotik, gıda kaynaklı bir patojendir. Bu çalışmada, Kayseri ilindeki farklı market ve satış yerlerinden toplanan sakatatlarda Campylobacter spp. varlığı, izolatların antibiyotiklere duyarlılıkları ve moleküler tiplendirilmesi amaçlanmıştır. Bu amaçla, toplam 150 adet koyun, sığır ve tavuk sakatat örneği materyal olarak kullanılmıştır. Toplanan örneklerden Campylobacter spp. izolasyonu ve identifikasyonu yapılmıştır. Şüpheli izolatlara fenotipik (Gram boyama, oksidaz testi, katalaz testi ve faz-kontrast mikroskobunda hareket testi) ve moleküler testler (multipleks polimeraz zincir reaksiyonu, mPCR) yapılmıştır. İzolatların antibiyotiklere duyarlılıkları, disk difüzyon yöntemi ile, virülens ve antibiyotik dirençlilik genleri ise PCR ile araştırılmıştır. İzolatların klonal yakınlıklarını belirlemek için Enterobacterial Repetitive Intergenic Consensus Polymerase Chain Reaction (ERIC-PCR) kullanılmıştır. Çalışma sonunda toplam 150 adet koyun, sığır ve tavuk sakatat örneğinden 19’u (%12.6) fenotipik testlerle Campylobacter spp. yönünden pozitif olarak tespit edilmiştir. Yapılan mPCR testleri sonunda, izolatların tamamı konfirme edilmiş ve 11 (%57.9)’i C. jejuni, 7 (%36.8)’si C. coli ve 1 (%5.3)’i ise C. fetus olarak identifiye edilmiştir. Disk difuzyon testine göre en yüksek duyarlılık oranları amoksisilin-klavulanik asite %94.7, eritromisine %78.9, gentamisine %68.4, azitromisin ve streptomisine ise %63.2 olarak, izolatların tamamı (%100) ise trimetoprimsulfametoksazole dirençli bulunmuştur. Çalışmada, 19 izolatın 17 (%89.5)’sinde çoklu antibiyotik direncine rastlanmıştır. İncelenen virülans genlerinden virB11, cdtA, cdtC, ceuE, cadF ve flaA izolatların hiçbirinde tespit edilememiş, izolatların 7’sinde iam geni ve 5’inde cdtB bulunmuş ve iki izolatta ise hem iam hem de cdtB geni gösterilmiştir. Antibiyotik dirençlilik genlerinden ERY2075, 14 izolatta pozitif iken, hiçbir izolatta ERY2074, tetO, GZgyrA, cmeB, BlaOXA-61 tespit edilememiştir. ERIC-PCR sonucuna göre izolatlar önemli oranda heterojenite göstermiştir. Çalışma sonucunda insanlar tarafından sıklıkla tüketilen sakatatlarda güncel antibiyotiklere karşı çoklu ilaç direnci gösteren, virülen özelliklere sahip kampilobakterlerin varlığının ortaya konması halk sağlığı açısından önem arz etmektedir. HACCP prensipleri doğrultusunda, ürünün kontamisyon kaynakları düşünülerek, eldesinden sofraya kadar her aşamada hijyenik tedbirlerin titizlikle yerine getirilmesi gerekmektedir.&nbsp;</p

Hayvansal Kökenli Gıdalarda Listeria monocytogenes Prevalansının Meta-Analizi

Bu çalışmanın amacı, Türkiye'de farklı hayvansal kaynaklı gıdalarda Listeria monocytogenes prevalansını belirlemektir. Araştırmalar neticesinde 1998-2020 yılları arasında yayımlanmış 51700 adet yayın belirlenmiştir. Çalışmalar arasındaki heterojenliği sağlamak için süt ve süt ürünleri, kırmızı et ve ürünleri, kanatlı eti ve ürünleri ile Tüketime Hazır Gıdalar (THG) üzerinde alt grup ve meta-regresyon analizleri yapılmıştır. Alt grup analizlerinin sonuçlarına göre Türkiye'de gıda türlerinde L. monocytogenes'in en düşük ve en yüksek prevalansı THG ve kanatlı eti ve ürünleri için sırasıyla 0.042 (0.018-0.095) ve 0.161 (0.134-0.192) olarak hesaplanmıştır. L. monocytogenes'in özellikle THG’larda ve diğer ürünlerde bulunması halk sağlığı için potansiyel bir risk oluşturabilmektedir.</p

From cattle to pastirma: Contamination source of methicillin susceptible and resistant Staphylococcus aureus (MRSA) along the pastirma production chain

This study was designed to determine the prevalence of Methicillin Susceptible S. aureus (MSSA) and MethicillinResistant S. aureus (MRSA) and their source of contamination in the pastirma production chain. Additionally, this study was focused on the antimicrobial resistance, virulence profiles, biofilm-forming capabilities and phylogenetic relationships of obtained isolates. A total of 400 samples were analyzed and from which 105 (26.25%) were found positive for coagulase-positive with Staphylococci (CPS). Within the 105 CPS samples, 36 (9%) were identified as S. aureus, from which 8 (2%) were MRSA. Four (11.1%) of 36 S. aureus isolates, of which 3 (37.5%) were MRSA, had a multidrug resistance (MDR), and 6 MRSA strains were found positive for one or more SEs genes (seb, sed, and see). According to the ERIC-PCR analysis, only two S. aureus strains (one with personnel origin and one with carcass origin) were genetically identical. This study highlights the detection frequency of S. aureus in samples analyzed observed, while low, can be a significant public health problem, especially due to the identification of MRSA harboring some enterotoxin genes and having MDR