Study of the PGC-1α gene isoforms in muscle development in cattle

Le coactivateur de facteurs de transcription PGC-1a (PPARC1A) est connu pour jouer un rôle clé dans la thermogénèse adaptative ainsi que dans l’homéostasie et la croissance musculaire chez l’homme et la souris. Le gène codant pour PGC-1 est contrôlé par deux promoteurs et est soumis à un épissage alternatif, il en résulte de multiples protéines. Chez le bovin, malgré son implication dans la croissance et dans les caractéristiques du lait relevée par des études de SNP, le gène et les transcrits de PGC-1a restent peu étudiés. Ainsi, notre objectif a été de mettre en évidence la structure et l’expression des transcrits de PGC-1a chez le bovin. Nous avons montré que deux formes longues PGC-1a-a et PGC-1a-b étaient exprimées chez le bovin de même que deux formes tronquées NT-PGC-1a-a et NT-PGC-1a-b (aussi appelé PGC-14). En conditions basales, les formes tronquées sont plus exprimées que les formes longues dans le muscle squelettique. De plus, les transcrits dérivants du promoteur proximal sont prédominants, ce qui suggère que NT-PGC-1a serait la forme prédominante dans le muscle squelettique bovin. Nous avons également créé des lignées cellulaires sur-exprimant indépendamment les formes longues ou tronquées et montré que la sur-expression des isoformes bovins entrainait une différenciation accrue des myoblastes associée à une augmentation de l’expression d’IGF-1 et une sousexpression de la myostatine. La multitude d’isoformes codée par le gène PGC-1a ainsi que leur implication dans la myogenèse positionne PGC-1a en gène d’intérêt dans l’étude de la variabilité phénotypique retrouvé chez certaines races bovines. De plus, les transcrits de PGC-1a semblent être de puissants modulateurs de la masse musculaire. PGC-1a pourrait donc être un gène de plus à étudier lors de la sélection des animaux domestiques présentant une plus grande musculature.The transcriptional co-activator PGC-1α (PPARGC1A) has been reported to play a key role in adaptive thermogenesis and to influence muscle homeostasis and growth in mouse and human. PGC-1α has a complex structure with multiple protein domains whose gene is controlled by two promoters and is subject to alternative splicing events. In cattle, very little is currently known about PGC-1α, despite its implication in growth and milk characteristics revealrd by SNP study. So, the aim of our study was to investigate the presence and the structure of bovine PGC-1α alternative transcripts. We found different transcripts, two full-length isoforms named PGC-1α-a and PGC-1α-b, and two truncated forms, NT-PGC-1α and PGC-1α4. In basal conditions, our results showed that the truncated forms are the most expressed in bovine muscle. In addition, the transcripts derived from the proximal promoter are predominant, suggesting that NT-PGC-1 would be the main form. Finally, we showed that the overexpression of either fulllength or truncated isoforms of bovine PGC-1 enhances myoblasts differentiation. The multiplicity of isoforms resulting from PGC-1α as well as their implication in myogenesismakes PGC-1α as a gene of interest for the study of the muscular phenotypic variability found in different cattle breeds. In addition, PGC-1 transctipts appear to be a strong modulators of muscle mass. So the bovine PGC-1a isoforms could be used to engineer future breeds with higher muscularity

Etude des isoformes du gène PGC-1a dans le développement musculaire chez le bovin

The transcriptional co-activator PGC-1α (PPARGC1A) has been reported to play a key role in adaptive thermogenesis and to influence muscle homeostasis and growth in mouse and human. PGC-1α has a complex structure with multiple protein domains whose gene is controlled by two promoters and is subject to alternative splicing events. In cattle, very little is currently known about PGC-1α, despite its implication in growth and milk characteristics revealrd by SNP study. So, the aim of our study was to investigate the presence and the structure of bovine PGC-1α alternative transcripts. We found different transcripts, two full-length isoforms named PGC-1α-a and PGC-1α-b, and two truncated forms, NT-PGC-1α and PGC-1α4. In basal conditions, our results showed that the truncated forms are the most expressed in bovine muscle. In addition, the transcripts derived from the proximal promoter are predominant, suggesting that NT-PGC-1 would be the main form. Finally, we showed that the overexpression of either fulllength or truncated isoforms of bovine PGC-1 enhances myoblasts differentiation. The multiplicity of isoforms resulting from PGC-1α as well as their implication in myogenesismakes PGC-1α as a gene of interest for the study of the muscular phenotypic variability found in different cattle breeds. In addition, PGC-1 transctipts appear to be a strong modulators of muscle mass. So the bovine PGC-1a isoforms could be used to engineer future breeds with higher muscularity.Le coactivateur de facteurs de transcription PGC-1a (PPARC1A) est connu pour jouer un rôle clé dans la thermogénèse adaptative ainsi que dans l’homéostasie et la croissance musculaire chez l’homme et la souris. Le gène codant pour PGC-1 est contrôlé par deux promoteurs et est soumis à un épissage alternatif, il en résulte de multiples protéines. Chez le bovin, malgré son implication dans la croissance et dans les caractéristiques du lait relevée par des études de SNP, le gène et les transcrits de PGC-1a restent peu étudiés. Ainsi, notre objectif a été de mettre en évidence la structure et l’expression des transcrits de PGC-1a chez le bovin. Nous avons montré que deux formes longues PGC-1a-a et PGC-1a-b étaient exprimées chez le bovin de même que deux formes tronquées NT-PGC-1a-a et NT-PGC-1a-b (aussi appelé PGC-14). En conditions basales, les formes tronquées sont plus exprimées que les formes longues dans le muscle squelettique. De plus, les transcrits dérivants du promoteur proximal sont prédominants, ce qui suggère que NT-PGC-1a serait la forme prédominante dans le muscle squelettique bovin. Nous avons également créé des lignées cellulaires sur-exprimant indépendamment les formes longues ou tronquées et montré que la sur-expression des isoformes bovins entrainait une différenciation accrue des myoblastes associée à une augmentation de l’expression d’IGF-1 et une sousexpression de la myostatine. La multitude d’isoformes codée par le gène PGC-1a ainsi que leur implication dans la myogenèse positionne PGC-1a en gène d’intérêt dans l’étude de la variabilité phénotypique retrouvé chez certaines races bovines. De plus, les transcrits de PGC-1a semblent être de puissants modulateurs de la masse musculaire. PGC-1a pourrait donc être un gène de plus à étudier lors de la sélection des animaux domestiques présentant une plus grande musculature

Performance Characteristics of Oncomine Focus Assay for Theranostic Analysis of Solid Tumors, A (21-Months) Real-Life Study

International audienceNext generation sequencing analysis is crucial for therapeutic decision in various solid tumor contexts. The sequencing method must remain accurate and robust throughout the instrument lifespan allowing the biological validation of patients’ results. This study aims to evaluate the long-term sequencing performances of the Oncomine Focus assay kit allowing theranostic DNA and RNA variants detection on the Ion S5XL instrument. We evaluated the sequencing performances of 73 consecutive chips over a 21-month period and detailed the sequencing data obtained from both quality controls and clinical samples. The metrics describing sequencing quality remained stable throughout the study. We showed that an average of 11 × 106 (±0.3 × 106) reads were obtained using a 520 chip leading to an average of 6.0 × 105 (±2.6 × 105) mapped reads per sample. Of 400 consecutive samples, 95.8 ± 16% of amplicons reached the depth threshold of 500X. Slight modifications of the bioinformatics workflow improved DNA analytical sensitivity and allowed the systematic detection of expected SNV, indel, CNV, and RNA alterations in quality controls samples. The low inter-run variability of DNA and RNA—even at low variant allelic fraction, amplification factor, or reads counts—indicated that our method was adapted to clinical practice. The analysis of 429 clinical DNA samples indicated that the modified bioinformatics workflow allowed detection of 353 DNA variants and 88 gene amplifications. RNA analysis of 55 clinical samples revealed 7 alterations. This is the first study showing the long-term robustness of the Oncomine Focus assay in clinical routine practice

Integrating genetic variants into clinical models for hepatocellular carcinoma risk stratification in cirrhosis.

Identifying individuals at higher risk of developing hepatocellular carcinoma (HCC) is pivotal to improve the performance of surveillance strategies. Herein, we aimed to evaluate the ability of single nucleotide polymorphisms (SNPs) to refine HCC risk stratification.info:eu-repo/semantics/publishe