Investigación serológica, molecular y anatomopatológica para leptospirosis en ovinos (Ovis aries) procedentes de un bioterio de cría

Ministério da Saúde. Secretaria de Vigilância em Saúde. Instituto Evandro Chagas. Centro Nacional de Primatas. Ananindeua, PA, Brasil.Ministério da Saúde. Secretaria de Vigilância em Saúde. Instituto Evandro Chagas. Ananindeua, PA, Brasil.Universidade Federal Rural da Amazônia. Laboratório de Investigação e Diagnóstico de Enfermidades Animal. Belém, PA, Brasil.Universidade Federal Rural da Amazônia. Laboratório de Investigação e Diagnóstico de Enfermidades Animal. Belém, PA, Brasil.Ministério da Saúde. Secretaria de Vigilância em Saúde. Instituto Evandro Chagas. Ananindeua, PA, Brasil.The current paper reports an outbreak of leptospirosis in sheep production created with the purpose of blood supply to laboratories for production of growth medium and complement fixation test. Serological, molecular and histopathological analyses were performed. Serologic analysis was performed on 12 samples using the microscopic agglutination test with cutoff point of 100 for the serovars: Leptospira Bataviae, L. Javanica, L. Panama, L. Hebdomadis, L. Castellonis, L. Icterohaemorrhagiae, L. Pyrogenes, L. Cynopteri, L. Serjoe, L. Australis, L. Wolffi, L. Copenhageni, L. Autumnalis, L. Pomona e L. Tarassovi. Anatomopathological examination was performed on only one animal, which was found dead and molecular analyzes were performed in its blood and urine using the qPCR technique. 50% of those animals were reagents to the serological diagnosis, being identified the serovars: L. Copenhageni (1/100 e 1/200), L. Castellonis (1/200 e 1/200), L. Icterohaemorrhagiae (1/200) e L. Cynopteri (1/200). The necropsied animal presented bleeding, jaundice and hemoglobinuria. Molecular analysis showed three positive animals in blood samples and two positive animals in urine samples, with no concomitant positivity for each animal. The identification of Icterohaemorrhagiae and Copenhageni serovars suggests the need for studies aiming the agent isolation in the Brazilian Amazon Region and characterization of its pathogenicity since in Brazil these are the main etiologic agents of leptospirosis cases in humans.O presente trabalho relata um surto de leptospirose ocorrido no plantel de ovinos criados com finalidade de fornecimento de sangue aos laboratórios para produção de meios de cultivos e de testes de fixação de complemento. Foram realizadas análises sorológica, molecular e histopatológica. A análise sorológica foi realizada em 12 amostras utilizando o teste de soroaglutinação microscópica com ponto de corte 100, para os sorovares Leptospira Bataviae, L. Javanica, L. Panama, L. Hebdomadis, L. Castellonis, L. Icterohaemorrhagiae, L. Pyrogenes, L. Cynopteri, L. Serjoe, L. Australis, L. Wolffi, L. Copenhageni, L. Autumnalis, L. Pomona e L. Tarassovi. O exame anatomopatológico foi realizado somente em um dos animais, o qual foi encontrado morto e as análises moleculares foram realizadas no sangue e na urina utilizando a técnica do qPCR. Foram reagentes ao diagnóstico sorológico 50% dos animais, sendo identificados os sorovares L. Copenhageni (1/100 e 1/200), L. Castellonis (1/200 e 1/200), L. Icterohaemorrhagiae (1/200) e L. Cynopteri (1/200). O animal necropsiado apresentou hemorragia, icterícia e hemoglobinúria. A análise molecular demonstrou três animais positivos em amostras de sangue e dois animais positivos em amostras de urina, não havendo positividade concomitante para um mesmo animal. A identificação dos sorovares Icterohaemorrhagiae e Copenhageni sugere a necessidade de estudos, visando o isolamento do agente na região e a caracterização de sua patogenicidade, visto que no Brasil estes são os principais agentes etiológicos dos casos de leptospirose em humanos

Microsporidiose em coelhos de biotério de criação: achados histopatológicos

Ministério da Saúde. Secretaria de Vigilância em Saúde. Instituto Evandro Chagas. Belém, PA, Brasil.Ministério da Saúde. Secretaria de Vigilância em Saúde. Instituto Evandro Chagas. Belém, PA, Brasil.Ministério da Saúde. Secretaria de Vigilância em Saúde. Instituto Evandro Chagas. Belém, PA, Brasil.Universidade Federal Rural da Amazônia. Instituto de Saúde e Produção Animal. Belém, PA, Brasil.A encefalitozoonose é uma microsporidiose zoonótica presente em criações de coelhos e é uma das mais importantes doenças relatadas em coelhos. Trinta coelhos provenientes de criação comercial foram recebidos para quarentena em um biotério de criação para fins científicos e durante o período começaram a apresentar sintomas diversos, como: inapetência, anorexia, torcicolo, conjuntivite mucopurulenta, secreção nasal serosa e abscesso subcutâneo na região do pescoço, vindo alguns a óbito e sendo os restantes eutanasiados após não responderem ao tratamento instituído. Os achados histopatológicos demonstraram lesões nos rins, fígado, baço e cérebro com a presença de cistos semelhantes a Encephalitozoon em parte dos órgãos identificando um surto de microsporidiose em coelhos.Encephalitozoonosis is a zoonotic microsporidiosis present in creations of rabbits and one of the most important diseases reported in rabbits. Thirty rabbits from commercial breeding were received for quarantine in a laboratory animal facility for scientific purposes and during the period showed symptoms as: loss of appetite, anorexia, head tilt, mucopurulent conjunctivitis, nasal serous secretion and subcutaneous abscess in the neck, some came to death and the rest were euthanized after not responding to treatment. The histopathological findings showed lesions in kidneys, liver, spleen and brain with the presence of cysts similar to Encephalitozoon in part of the organs identifying an outbreak of microsporidiosis in rabbits

SÍNDROMES NEUROINVASIVAS E SOROPOSITIVIDADE PARA CAMPYLOBACTER JEJUNI EM UNIDADE SENTINELA NO ESTADO DO PIAUÍ

Introdução: As síndromes neuroinvasivas são monitoradas no Brasil através da vigilância de poliomielite/paralisia flácida aguda (PFA) e da vigilância de doenças neuroinvasivas por arbovírus. Negligenciando a contribuição ocasionadas por outros microrganismos. O Campylobacter jejuni pode causar uma manifestação sistêmica após episódio de gastroenterite, a mais relatada é a Síndrome de Guillian-Barré (SGB). Quando surgem as manifestações neurológicas, geralmente os sintomas e sinais da gastroenterite já desapareceram e não há mais possibilidade de detecção direta. Assim, este estudo foi realizado para investigar a contribuição das infecções prévias por C. jejuni nos casos de síndromes neuroinvasivas. Metodologia: Foram analisados os resultados sorológicos de 359 pacientes cujas amostras foram encaminhadas pela unidade sentinela para síndromes neuroinvasivas do Estado do Piauí para o Laboratório de Zoonoses Bacterianas do Instituto Evandro Chagas (IEC) para realização do teste de ELISA para C. Jejuni IgM e IgG (Kit Serion ELISA) no período de 2017 a 2023. Foi utilizado o programa BioEstat (Teste x2) para análise estatística. Resultados: Dos 359 pacientes analisados, 90 (25%) tiveram resultados reagente para C. jejuni. 50 (55,5%) eram mulheres e 40 (44,4%) eram homens, e estão divididos nas faixas etárias: 16 (17,7%) jovens, 65 (72,2%) adultos, 6 (6,6%) idosos. Anticorpos IgM foi detectado em 73 (81,1%), para IgG em 6 (6,7%) e 11 (12,2%) para ambas (IgM/IgG). Na análise do geral dos pacientes, houve significância estatística em relação a soropositividade para C. jejuni (p: <0,0001). E está associada a presença de indicador sugestivo de infecção recente (IgM). A investigação das síndromes neuroinvasivas demonstrou que a maior parte dos pacientes reagentes para a presença de anticorpos para C. jejunii (IgM/IgG) estavam distribuídos em: 56 (62,2%) SBG, 18 (20%) Encefalite, 3 (3,3%) Mielite e 1 (1,2%) PFA. Conclusão: Nesta investigação, mulheres em idade adulta apresentaram maior soropostividade. Houve prevalência de anticorpo da classe IgM, sugerindo infecção recente. A SGB foi a principal manifestação neuroinvasiva associada a soropositividade a C. jejuni. Demonstrando assim aprovável associação entre a infeção de C.jejuni com o desencadeamento da SGB. Faz-se necessário a discussão de um novo modelo de vigilância no contexto brasileiro das síndromes neuroinvasivas, como a SGB, ocasionada pela infecção prévia por C. jejuni

Genomic Analysis of <i>Klebsiella pneumoniae</i> ST258 Strain Coproducing KPC-2 and CTX-M-14 Isolated from Poultry in the Brazilian Amazon Region

This study aimed to characterize a Klebsiella pneumoniae strain (KP411) recovered from the stool samples of poultry (Gallus gallus) in the Brazilian Amazon Region. The whole-genome sequencing of KP411 revealed the presence of an important arsenal of antimicrobial resistance genes to β-lactams (blaCTX-M-14, blaTEM-1B, blaKPC-2, blaSVH-11), aminoglycosides [aph(3″)- Ib, aph(6)-Id, aph(3′)-Ia], sulfonamides (sul1, sul2), quinolones (oqxAB), fosfomycin (fosAKP), and macrolides [mph(A)]. Furthermore, our analyses revealed that the KP411 strain belongs to the ST258 clonal lineage, which is one of the main epidemic clones responsible for the dissemination of KPC-2 worldwide. Our data suggest that food-producing animals may act as reservoirs of multidrug-resistant K. pneumoniae belonging to the ST258 clone, and, consequently, contribute to their dissemination to humans and the environment

Large scale genome-centric metagenomic data from the gut microbiome of food-producing animals and humans

Bill & Melinda Gates Foundation [INV-00764] and CNPq/DECIT [443805/2018-0]; Fundação Carlos Chagas Filho de Amparo a Pesquisa do Estado do Rio De Janeiro (FAPERJ) E-26/201.046/2022; Conselho Nacional de Desenvolvimento Cientifico e Tecnologico (CNPQ) 307145/2021-2; 312066/2019-8 Coordenacao de Aperfeicoamento de Pessoal de Nivel Superior (CAPES)National Laboratory of Scientific Computing. Bioinformatics Laboratory. Rio de Janeiro, RJ, BrazilNational Laboratory of Scientific Computing. Bioinformatics Laboratory. Rio de Janeiro, RJ, BrazilUniversidade Federal de São Paulo. Escola Paulista de Medicina. Department of Internal Medicine. Division of Infectious Diseases. Laboratório Alerta. São Paulo, SP, BrazilUniversidade Federal de São Paulo. Escola Paulista de Medicina. Department of Internal Medicine. Division of Infectious Diseases. Laboratório Alerta. São Paulo, SP, BrazilUniversidade Federal de São Paulo. Escola Paulista de Medicina. Department of Internal Medicine. Division of Infectious Diseases. Laboratório Alerta. São Paulo, SP, BrazilRegional University of Blumenau. Blumenau, SC, BrazilNational Laboratory of Scientific Computing. Bioinformatics Laboratory. Rio de Janeiro, RJ, BrazilNational Laboratory of Scientific Computing. Bioinformatics Laboratory. Rio de Janeiro, RJ, BrazilMinistério da Saúde. Secretaria de Vigilância em Saúde. Instituto Evandro Chagas. Ananindeua, PA, BrasilMinistério da Saúde. Secretaria de Vigilância em Saúde. Instituto Evandro Chagas. Ananindeua, PA, BrasilFederal University of Ceará. Postgraduate Program in Medical Microbiology. Group of Applied Medical Microbiology. Fortaleza, CE, Brazil.Regional University of Blumenau. Blumenau, SC, Brazil.Universidade Federal de São Paulo. Escola Paulista de Medicina. Department of Internal Medicine. Division of Infectious Diseases. Laboratório Alerta. São Paulo, SP, Brazil / Universidade Federal de São Paulo. Instituto de Ciências Ambientais, Químicas e Farmacêuticas. Departamento de Ciências Biológicas. Laboratório de Imunologia e Bacteriologia. Setor de Biologia Molecular, Microbiologia e Imunologia. Diadema, SP, BrazilFederal University of Ceará. Postgraduate Program in Medical Microbiology. Group of Applied Medical Microbiology. Fortaleza, CE, Brazil.Universidade Federal da Grande Dourados. Laboratório de Pesquisa em Ciências da Saúde. Dourados, MS, BrazilUniversity São Francisco. Laboratory of Molecular Biology of Microorganisms. Bragança Paulista, SP, BrazilMinistério da Saúde. Secretaria de Vigilância em Saúde. Instituto Evandro Chagas. Ananindeua, PA, BrasilUniversidade Federal da Grande Dourados. Laboratório de Pesquisa em Ciências da Saúde. Dourados, MS, BrazilUniversidade Federal de São Paulo. Escola Paulista de Medicina. Department of Internal Medicine. Division of Infectious Diseases. Laboratório Alerta. São Paulo, SP, BrazilUniversidade Federal de São Paulo. Escola Paulista de Medicina. Department of Internal Medicine. Division of Infectious Diseases. Laboratório Alerta. São Paulo, SP, BrazilUniversidade Federal da Grande Dourados. Laboratório de Pesquisa em Ciências da Saúde. Dourados, MS, BrazilUniversity São Francisco. Laboratory of Molecular Biology of Microorganisms. Bragança Paulista, SP, BrazilMinistério da Saúde. Secretaria de Vigilância em Saúde. Instituto Evandro Chagas. Ananindeua, PA, BrasilUniversidade Federal de São Paulo. Escola Paulista de Medicina. Department of Internal Medicine. Division of Infectious Diseases. Laboratório Especial de Microbiologia Clínica. São Paulo, SP, BrazilUniversidade Federal de São Paulo. Escola Paulista de Medicina. Department of Internal Medicine. Division of Infectious Diseases. Laboratório Alerta. São Paulo, SP, Brazil / Universidade Federal de São Paulo. Instituto de Ciências Ambientais, Químicas e Farmacêuticas. Departamento de Ciências Biológicas. Laboratório de Imunologia e Bacteriologia. Setor de Biologia Molecular, Microbiologia e Imunologia. Diadema, SP, Brazil.Universidade Federal de São Paulo. Escola Paulista de Medicina. Department of Internal Medicine. Division of Infectious Diseases. Laboratório Alerta. São Paulo, SP, Brazil / Universidade Federal de São Paulo. Escola Paulista de Medicina. Department of Internal Medicine. Division of Infectious Diseases. Laboratório Especial de Microbiologia Clínica. São Paulo, SP, BrazilNational Laboratory of Scientific Computing. Bioinformatics Laboratory. Rio de Janeiro, RJ, BrazilThe One Health concept is a global strategy to study the relationship between human and animal health and the transfer of pathogenic and non-pathogenic species between these systems. However, to the best of our knowledge, no data based on One Health genome-centric metagenomics are available in public repositories. Here, we present a dataset based on a pilot-study of 2,915 metagenome-assembled genomes (MAGs) of 107 samples from the human (N = 34), cattle (N = 28), swine (N = 15) and poultry (N = 30) gut microbiomes. Samples were collected from the five Brazilian geographical regions. Of the draft genomes, 1,273 were high-quality drafts (>= 90% of completeness and = 50% of completeness and <= 10% of contamination). Taxonomic predictions were based on the alignment and concatenation of single-marker genes, and the most representative phyla were Bacteroidota, Firmicutes, and Proteobacteria. Many of these species represent potential pathogens that have already been described or potential new families, genera, and species with potential biotechnological applications. Analyses of this dataset will highlight discoveries about the ecology and functional role of pathogens and uncultivated Archaea and Bacteria from food-producing animals and humans. Furthermore, it also represents an opportunity to describe new species from underrepresented taxonomic groups

Exploring the bacteriome and resistome of humans and food-producing animals in Brazil

National Council for Science and Technological Development (CNPq) and the Bill & Melinda Gates Foundation (process numbers 402659/2018-0, 443805/2018-0, and OPP1193112); Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES); CNPq (process number 312066/2019-8), CNPq (307145/2021-2); FAPERJ (E-26/201.046/2022)National Laboratory of Scientific Computing. Bioinformatics Laboratory. Rio de Janeiro, RJ, Brazil.Universidade Federal de São Paulo. Escola Paulista de Medicina. Department of Internal Medicine. Division of Infectious Diseases. Laboratório Alerta. São Paulo, SP, Brazil.Universidade Federal de São Paulo. Escola Paulista de Medicina. Department of Internal Medicine. Division of Infectious Diseases. Laboratório Alerta. São Paulo, SP, Brazil.Regional University of Blumenau. Blumenau, SC, Brazil.National Laboratory of Scientific Computing. Bioinformatics Laboratory. Rio de Janeiro, RJ, Brazil.National Laboratory of Scientific Computing. Bioinformatics Laboratory. Rio de Janeiro, RJ, Brazil.Ministério da Saúde. Secretaria de Vigilância em Saúde. Instituto Evandro Chagas. Ananindeua, PA, Brasil.Universidade Federal de São Paulo. Escola Paulista de Medicina. Department of Internal Medicine. Division of Infectious Diseases. Laboratório Alerta. São Paulo, SP, Brazil.Ministério da Saúde. Secretaria de Vigilância em Saúde. Instituto Evandro Chagas. Ananindeua, PA, Brasil.Federal University of Ceará. Postgraduate Program in Medical Microbiology. Group of Applied Medical Microbiology. Fortaleza, CE, Brazil.Regional University of Blumenau. Blumenau, SC, Brazil.Universidade Federal de São Paulo. Escola Paulista de Medicina. Department of Internal Medicine. Division of Infectious Diseases. Laboratório Alerta. São Paulo, SP, Brazil / Universidade Federal de São Paulo. Instituto de Ciências Ambientais, Químicas e Farmacêuticas. Departamento de Ciências Biológicas. Setor de Biologia Molecular, Microbiologia e Imunologia. Laboratório de Imunologia e Bacteriologia. Diadema, SP, Brazil.Federal University of Ceará. Postgraduate Program in Medical Microbiology. Group of Applied Medical Microbiology. Fortaleza, CE, Brazil.Universidade Federal da Grande Dourados. Laboratório de Pesquisa em Ciências da Saúde. Dourados, MS, Brazil.National Laboratory of Scientific Computing. Bioinformatics Laboratory. Rio de Janeiro, RJ, Brazil.University São Francisco. Laboratory of Molecular Biology of Microorganisms. Bragança Paulista, SP, Brazil.Ministério da Saúde. Secretaria de Vigilância em Saúde. Instituto Evandro Chagas. Ananindeua, PA, Brasil.Universidade Federal da Grande Dourados. Laboratório de Pesquisa em Ciências da Saúde. Dourados, MS, Brazil.Universidade Federal de São Paulo. Escola Paulista de Medicina. Department of Internal Medicine. Division of Infectious Diseases. Laboratório Alerta. São Paulo, SP, Brazil / Universidade Federal de São Paulo. Instituto de Ciências Ambientais, Químicas e Farmacêuticas. Departamento de Ciências Biológicas. Setor de Biologia Molecular, Microbiologia e Imunologia. Laboratório de Imunologia e Bacteriologia. Diadema, SP, Brazil.Universidade Federal de São Paulo. Escola Paulista de Medicina. Department of Internal Medicine. Division of Infectious Diseases. Laboratório Alerta. São Paulo, SP, Brazil.Universidade Federal da Grande Dourados. Laboratório de Pesquisa em Ciências da Saúde. Dourados, MS, Brazil.University São Francisco. Laboratory of Molecular Biology of Microorganisms. Bragança Paulista, SP, Brazil.Ministério da Saúde. Secretaria de Vigilância em Saúde. Instituto Evandro Chagas. Ananindeua, PA, Brasil.Universidade Federal de São Paulo. Escola Paulista de Medicina. Department of Internal Medicine. Division of Infectious Diseases. Laboratório Especial de Microbiologia Clínica. São Paulo, SP, Brazil.Universidade Federal de São Paulo. Escola Paulista de Medicina. Department of Internal Medicine. Division of Infectious Diseases. Laboratório Especial de Microbiologia Clínica. São Paulo, SP, Brazil.Universidade Federal de São Paulo. Escola Paulista de Medicina. Department of Internal Medicine. Division of Infectious Diseases. Laboratório Alerta. São Paulo, SP, Brazil / Universidade Federal de São Paulo. Instituto de Ciências Ambientais, Químicas e Farmacêuticas. Departamento de Ciências Biológicas. Setor de Biologia Molecular, Microbiologia e Imunologia. Laboratório de Imunologia e Bacteriologia. Diadema, SP, Brazil.National Laboratory of Scientific Computing. Bioinformatics Laboratory. Rio de Janeiro, RJ, Brazil.Universidade Federal de São Paulo. Escola Paulista de Medicina. Department of Internal Medicine. Division of Infectious Diseases. Laboratório Alerta. São Paulo, SP, Brazil / Universidade Federal de São Paulo. Escola Paulista de Medicina. Department of Internal Medicine. Division of Infectious Diseases. Laboratório Especial de Microbiologia Clínica. São Paulo, SP, Brazil.The epidemiology of antimicrobial resistance (AMR) is complex, with multiple interfaces (human-animal-environment). In this context, One Health surveillance is essential for understanding the distribution of microorganisms and antimicrobial resistance genes (ARGs). This report describes a multicentric study undertaken to evaluate the bacterial communities and resistomes of food-producing animals (cattle, poultry, and swine) and healthy humans sampled simultaneously from five Brazilian regions. Metagenomic analysis showed that a total of 21,029 unique species were identified in 107 rectal swabs collected from distinct hosts, the highest numbers of which belonged to the domain Bacteria, mainly Ruminiclostridium spp. and Bacteroides spp., and the order Enterobacterales. We detected 405 ARGs for 12 distinct antimicrobial classes. Genes encoding antibiotic-modifying enzymes were the most frequent, followed by genes related to target alteration and efflux systems. Interestingly, carbapenemase-encoding genes such as blaAIM-1, blaCAM-1, blaGIM-2, and blaHMB-1 were identified in distinct hosts. Our results revealed that, in general, the bacterial communities from humans were present in isolated clusters, except for the Northeastern region, where an overlap of the bacterial species from humans and food-producing animals was observed. Additionally, a large resistome was observed among all analyzed hosts, with emphasis on the presence of carbapenemase-encoding genes not previously reported in Latin America. IMPORTANCE Humans and food production animals have been reported to be important reservoirs of antimicrobial resistance (AMR) genes (ARGs). The frequency of these multidrug-resistant (MDR) bacteria tends to be higher in low- and middle-income countries (LMICs), due mainly to a lack of public health policies. Although studies on AMR in humans or animals have been carried out in Brazil, this is the first multicenter study that simultaneously collected rectal swabs from humans and food-producing animals for metagenomics. Our results indicate high microbial diversity among all analyzed hosts, and several ARGs for different antimicrobial classes were also found. As far as we know, we have detected for the first time ARGs encoding carbapenemases, such as blaAIM-1, blaCAM-1, blaGIM-2, and blaHMB-1, in Latin America. Thus, our results support the importance of metagenomics as a tool to track the colonization of food-producing animals and humans by antimicrobial-resistant bacteria. In addition, a network surveillance system called GUARANI, created for this study, is ready to be expanded and to collect additional data