Innovative methods and techniques for education:A bull's-eye view?

Dit artikel behandelt de aanloop, de ambitie en de uitwerking van het IMTO project. Geconcludeerd wordt dat het statistiek- en methodenonderwijs er beter voorstaat dan bij de start, maar dat verdere invulling nodig is. Bijdrage aan Liber Amicorum voor dr. Hans van Buuren ter gelegenheid van zijn afscheid als hoofddocent statistiek en methoden en technieken van onderzoek aan de Open Universiteit

Innovative methods and techniques for education:A bull's-eye view?

Dit artikel behandelt de aanloop, de ambitie en de uitwerking van het IMTO project. Geconcludeerd wordt dat het statistiek- en methodenonderwijs er beter voorstaat dan bij de start, maar dat verdere invulling nodig is. Bijdrage aan Liber Amicorum voor dr. Hans van Buuren ter gelegenheid van zijn afscheid als hoofddocent statistiek en methoden en technieken van onderzoek aan de Open Universiteit

Extraction of soil solution by drainage centrifugation-effects of centrifugal force and time of centrifugation on soil moisture recovery and solute concentration in soil moisture of loess subsoils.

The solute concentration in the subsoil beneath the root zone is an important parameter for leaching assessment. Drainage centrifugation is considered a simple and straightforward method of determining soil solution chemistry. Although several studies have been carried out to determine whether this method is robust, hardly any results are available for loess subsoils. To study the effect of centrifugation conditions on soil moisture recovery and solute concentration, we sampled the subsoil (1.5-3.0 m depth) at commercial farms in the loess region of the Netherlands. The effect of time (20, 35, 60, 120 and 240 min) on recovery was studied at two levels of the relative centrifugal force (733 and 6597g). The effect of force on recovery was studied by centrifugation for 35 min at 117, 264, 733, 2932, 6597 and 14,191g. All soil moisture samples were chemically analysed. This study shows that drainage centrifugation offers a robust, reproducible and standardised way for determining solute concentrations in mobile soil moisture in silt loam subsoils. The centrifugal force, rather than centrifugation time, has a major effect on recovery. The maximum recovery for silt loams at field capacity is about 40%. Concentrations of most solutes are fairly constant with an increasing recovery, as most solutes, including nitrate, did not show a change in concentration with an increasing recovery

The electronic learning environment

Studienet is de online elektronische leeromgeving (elo) van de Open Universiteit Nederland. Het biedt studenten een webomgeving waar allerlei informatie over cursussen en programma’s te vinden is, waar - volgens het onderwijsconcept - voor elke cursus de aansturing van het studieproces plaatsvindt en waar studenten via discussiegroepen met elkaar en met docenten kunnen communiceren. Dit hoofdstuk schetst hoe Studienet zich heeft ontwikkeld en welke perspectieven er bestaan voor het doorontwikkelen ervan tot een stabiele voorziening waarmee kan worden ingespeeld op wensen van nieuwe doelgroepen en nieuwe didactiek. De geschiedenis van Studienet start in 1997, het jaar waarin de Open Universiteit met trots haar eerste online leeromgeving lanceert. Dit Studienet bestaat uit een eigen ontwikkelde kern met daaraan gekoppeld allerlei componenten, zoals discussiegroepen. In de tweede helft van 2002 wordt aan Studienet de applicatie Edubox toegevoegd, een revolutionair platform dat toelaat om het onderwijs verregaand aan te passen aan individuele studenten. Anno 2009 heeft het ‘oude’ Studienet plaatsgemaakt voor Studienet 2.0 en is Edubox uitgefaseerd. Studienet 2.0 is opgezet rond Blackboard, een commercieel programma dat ook elders in het hoger onderwijs breed wordt toegepast. De opkomst van Web 2.0, met als belangrijk paradigma ‘de gebruiker centraal’, en de toenemende vraag naar maatwerk voor individuele studenten en specifieke doelgroepen zetten de houdbaarheid van Studienet 2.0 onder druk. De Open Universiteit staat voor de uitdaging uitwerking te geven aan het concept van de Persoonlijke Leer- en Werkomgeving (PLWO), waarmee specifieke dienstverlening naar verschillende doelgroepen mogelijk wordt en waarbij studenten in staat worden gesteld hun leer- en werkomgeving maximaal naar eigen voorkeur in te richten

The electronic learning environment

Studienet is de online elektronische leeromgeving (elo) van de Open Universiteit Nederland. Het biedt studenten een webomgeving waar allerlei informatie over cursussen en programma’s te vinden is, waar - volgens het onderwijsconcept - voor elke cursus de aansturing van het studieproces plaatsvindt en waar studenten via discussiegroepen met elkaar en met docenten kunnen communiceren. Dit hoofdstuk schetst hoe Studienet zich heeft ontwikkeld en welke perspectieven er bestaan voor het doorontwikkelen ervan tot een stabiele voorziening waarmee kan worden ingespeeld op wensen van nieuwe doelgroepen en nieuwe didactiek. De geschiedenis van Studienet start in 1997, het jaar waarin de Open Universiteit met trots haar eerste online leeromgeving lanceert. Dit Studienet bestaat uit een eigen ontwikkelde kern met daaraan gekoppeld allerlei componenten, zoals discussiegroepen. In de tweede helft van 2002 wordt aan Studienet de applicatie Edubox toegevoegd, een revolutionair platform dat toelaat om het onderwijs verregaand aan te passen aan individuele studenten. Anno 2009 heeft het ‘oude’ Studienet plaatsgemaakt voor Studienet 2.0 en is Edubox uitgefaseerd. Studienet 2.0 is opgezet rond Blackboard, een commercieel programma dat ook elders in het hoger onderwijs breed wordt toegepast. De opkomst van Web 2.0, met als belangrijk paradigma ‘de gebruiker centraal’, en de toenemende vraag naar maatwerk voor individuele studenten en specifieke doelgroepen zetten de houdbaarheid van Studienet 2.0 onder druk. De Open Universiteit staat voor de uitdaging uitwerking te geven aan het concept van de Persoonlijke Leer- en Werkomgeving (PLWO), waarmee specifieke dienstverlening naar verschillende doelgroepen mogelijk wordt en waarbij studenten in staat worden gesteld hun leer- en werkomgeving maximaal naar eigen voorkeur in te richten

Detection and identification of human Plasmodium species with real-time quantitative nucleic acid sequence-based amplification

BACKGROUND: Decisions concerning malaria treatment depend on species identification causing disease. Microscopy is most frequently used, but at low parasitaemia (<20 parasites/μl) the technique becomes less sensitive and time consuming. Rapid diagnostic tests based on Plasmodium antigen detection do often not allow for species discrimination as microscopy does, but also become insensitive at <100 parasites/μl. METHODS: This paper reports the development of a sensitive and specific real-time Quantitative Nucleic Acid Sequence Based Amplification (real-time QT-NASBA) assays, based on the small-subunit 18S rRNA gene, to identify the four human Plasmodium species. RESULTS: The lower detection limit of the assay is 100 – 1000 molecules in vitro RNA for all species, which corresponds to 0.01 – 0.1 parasite per diagnostic sample (i.e. 50 μl of processed blood). The real-time QT-NASBA was further evaluated using 79 clinical samples from malaria patients: i.e. 11 Plasmodium. falciparum, 37 Plasmodium vivax, seven Plasmodium malariae, four Plasmodium ovale and 20 mixed infections. The initial diagnosis of 69 out of the 79 samples was confirmed with the developed real-time QT-NASBA. Re-analysis of seven available original slides resolved five mismatches. Three of those were initially identified as P. malariae mono-infection, but after re-reading the slides P. falciparum was found, confirming the real-time QT-NASBA result. The other two slides were of poor quality not allowing true species identification. The remaining five discordant results could not be explained by microscopy, but may be due to extreme low numbers of parasites present in the samples. In addition, 12 Plasmodium berghei isolates from mice and 20 blood samples from healthy donors did not show any reaction in the assay. CONCLUSION: Real-time QT-NASBA is a very sensitive and specific technique with a detection limit of 0.1 Plasmodium parasite per diagnostic sample (50 μl of blood) and can be used for the detection, identification and quantitative measurement of low parasitaemia of Plasmodium species, thus making it an effective tool for diagnostic purposes and useful for epidemiological and drug studies

Phase II Evaluation of Sensitivity and Specificity of PCR and NASBA Followed by Oligochromatography for Diagnosis of Human African Trypanosomiasis in Clinical Samples from D.R. Congo and Uganda

Diagnosis plays a central role in the control of human African trypanosomiasis (HAT) whose mainstay in disease control is chemotherapy. However, accurate diagnosis is hampered by the absence of sensitive techniques for parasite detection. Without concentrating the blood, detection thresholds can be as high as 10,000 trypanosomes per milliliter of blood. The polymerase chain reaction (PCR) and nucleic acid sequence-based amplification (NASBA) are promising molecular diagnostics that generally yield high sensitivity and could improve case detection. Recently, these two tests were coupled to oligochromatography (OC) for simplified and standardized detection of amplified products, eliminating the need for electrophoresis. In this study, we evaluated the diagnostic accuracy of these two novel tests on blood specimens from HAT patients and healthy endemic controls from D.R. Congo and Uganda. Both tests exhibited good sensitivity and specificity compared to the current diagnostic tests and may be valuable tools for sensitive and specific parasite detection in clinical specimens. These standardized molecular test formats open avenues for improved case detection, particularly in epidemiological studies and in disease diagnosis at reference centres

Four-Gene Pan-African Blood Signature Predicts Progression to Tuberculosis.

Rationale: Contacts of patients with tuberculosis (TB) constitute an important target population for preventive measures because they are at high risk of infection with Mycobacterium tuberculosis and progression to disease.Objectives: We investigated biosignatures with predictive ability for incident TB.Methods: In a case-control study nested within the Grand Challenges 6-74 longitudinal HIV-negative African cohort of exposed household contacts, we employed RNA sequencing, PCR, and the pair ratio algorithm in a training/test set approach. Overall, 79 progressors who developed TB between 3 and 24 months after diagnosis of index case and 328 matched nonprogressors who remained healthy during 24 months of follow-up were investigated.Measurements and Main Results: A four-transcript signature derived from samples in a South African and Gambian training set predicted progression up to two years before onset of disease in blinded test set samples from South Africa, the Gambia, and Ethiopia with little population-associated variability, and it was also validated in an external cohort of South African adolescents with latent M. tuberculosis infection. By contrast, published diagnostic or prognostic TB signatures were predicted in samples from some but not all three countries, indicating site-specific variability. Post hoc meta-analysis identified a single gene pair, C1QC/TRAV27 (complement C1q C-chain / T-cell receptor-α variable gene 27) that would consistently predict TB progression in household contacts from multiple African sites but not in infected adolescents without known recent exposure events.Conclusions: Collectively, we developed a simple whole blood-based PCR test to predict TB in recently exposed household contacts from diverse African populations. This test has potential for implementation in national TB contact investigation programs