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Since 2021, 3 variants of concern (VOC) have spread to France, causing successive epidemic waves. To describe the features of Alpha, Delta and Omicron VOC circulation in the Nouvelle-Aquitaine region, France, between February 2021 and February 2022. Data from the three university hospitals (UH) of Nouvelle-Aquitaine were used to describe regional SARS-CoV-2 circulation (RT-PCR positive rates and identified VOC) as well as its consequences (total number of hospitalizations and admissions in intensive care unit). They were analyzed according to the predominant variant and compared with national data. A total of 611,106 SARS-CoV-2 RT-PCR tests were performed in the 3 Nouvelle-Aquitaine UH during the study period. The 37,750 positive samples were analyzed by variant-specific RT-PCR or whole-genome sequencing. In 2021, Alpha VOC was detected from week 5 until week 35. Delta became the most prevalent variant (77.3%) in week 26, reaching 100% in week 35. It was replaced by Omicron, which was initially detected week 48, represented 77% of positive samples in week 52 and was still predominant in February 2022. The RT-PCR positive rates were 4.3, 4.2, and 21.9% during the Alpha, Delta and Omicron waves, respectively. The ratio between intensive care unit admissions and total hospitalizations was lower during the Omicron wave than during the two previous waves due to the Alpha and Delta variants. This study highlighted the need for strong regional cooperation to achieve effective SARS-CoV-2 epidemiological surveillance, in close association with the public health authorities

Analyse de l'impact des conventions entre le centre hospitalier universitaire de Poitiers et le centre hospitalier de Montmorillon sur l'activité et la recomposition de l'offre de soins

Introduction : En regard de l'environnement économique et démographique de plus en plus difficile, le CHU de Poitiers et le CH de Montmorillon ont été amenés à engager de nombreuses coopérations qui doivent être évaluées et suivies afin de pouvoir engager les actions nécessaires à leur pérennisation. Objectif : L'objectif de cette étude est d'estimer, à partir des données du Programme de Médicalisation des Systèmes d'Information (PMSI), l'impact des actions de coopérations engagées depuis 2008 entre le CHU de Poitiers et le CH de Montmorillon en terme d'activité et de recomposition de l'offre de soins. Méthodes : L'analyse de l'activité générée par le partenariat a été effectuée à partir des données d'hospitalisation des deux établissements et des données d'activité externe du CH de Montmorillon. Les séjours ont été chaînés grâce à la clef anonyme générée par la fonction d'occultation des informations nominatives (FOIN) dans les logiciels MAGIC et PREFACE. Les analyses territoriales et d'opportunité d'activité ont été faites sur la base régionale PMSI en médecine, chirurgie et obstétrique (MCO) pour les patients domiciliés dans l'arrondissement de Montmorillon. Les séjours relevant d'une prise en charge de proximité ont été identifiés grâce à l'outil REFREC qui permet d'attribuer à chaque groupe homogène de malades (GHM) un niveau de référence et de recours. Pour faciliter l'analyse de la recomposition de l'offre de soins, un système de production automatisée de cartographies a été mis en place en couplant les logiciels SAS, MapInfo et AutoIt. Résultats : Depuis 2008, la coopération entre les deux établissements a entraîné une situation ambiguë avec une amélioration de l'accès aux soins, un maintien de l'activité, une meilleure qualité des soins, mais un impact variable sur les taux de fuites qui restent importants, notamment en chirurgie. Conclusion : Nous avons développé une méthodologie d'analyse des coopérations engagées entre un hôpital de référence et un hôpital de proximité, à partir des données issues du PMSI. L'analyse a été facilitée par une production automatisée de cartographies de flux. Cependant, un suivi des coopérations sur le long terme se heurtera probablement aux évolutions des logiciels et des nomenclatures.POITIERS-BU Médecine pharmacie (861942103) / SudocSudocFranceF

Gérer les espèces adventices et la flore des linéaires non cultivés une approche fonctionnelle

Prod 2017-296a EA GESTAD INRA AGROSUP Ce livret présente une partie des travaux présentés lors de la journée d’animation conjointe des RMTs FlorAd et AgroforesterieS avec le soutien de la FRB.National audienceLes RMTs FlorAd et AgroforesterieS a organisé une journée thématique sur l’intérêt de l’approche fonctionnelle pour la gestion des plantes adventices et/ou de la végétation des linéaires non cultivés (bords de champs, bandes enherbées) en grandes cultures, vignes et dans les systèmes agroforestiers. La journée a eu pour objectif de faire découvrir l’approche fonctionnelle et ses potentialités, et de réfléchir à la manière dont le développement pourrait s’emparer de cette approche en collaboration avec la recherche. Édito par Sabrina Gaba (Inra) Le 11 décembre 2017 s’est déroulée à l’ACTA une journée d’animation sur l’utilisation de l’approche fonctionnelle pour la gestion de la flore adventice en grande culture et en vigne et la flore des linéaires non cultivés. Pourquoi organiser un tel évènement en plein débat autour de la reconduction de l’herbicide devenu le plus célèbre du monde « le glyphosate » ? Il est tout d’abord important de rappeler ce que sont les flores adventice et des linéaires. Ces flores des milieux cultivés sont constituées d’espèces végétales sauvages (plus de 1400 espèces en France) qui se développent dans les champs de blé, entre les rangs de vigne ou au pied et entre les arbres dans les systèmes en agroforesterie. Parmi les espèces les plus emblématiques, on citera le coquelicot, le bleuet, le pissenlit ou encore le chardon. Alors que pour certains, l’énoncé de ces espèces évoque des souvenirs de « soirs bleus d’été », pour d’autres ces espèces représentent un risque important. En effet, ces plantes ont besoin de ressources telles que l’azote ou la lumière pour croître et produire des graines. Or dans une parcelle agricole ou viticole, ces ressources sont également nécessaires pour la croissance de la culture ou de la vigne. Une réduction de la quantité de ressources pour les plantes de culture signifie une perte de production. C’est pourquoi les agriculteurs et les viticulteurs ont mis en place des stratégies de gestion leur permettant de contrôler l’abondance de ces flores dans leurs parcelles. Ces stratégies de gestion, dont la plus connue est l’application d’herbicides, sont très efficaces, tellement efficaces que de nombreuses espèces sont désormais rares, alors que d’autres ont développé des stratégies pour tolérer ces traitements rendant leur gestion difficile. Pourquoi l’approche fonctionnelle permettrait de répondre aux enjeux associés à la gestion de ces flores ? Avant de répondre à cette question, il est nécessaire de rappeler les enjeux socio-économiques et environnementaux associés à la gestion de la flore adventice. Ces enjeux peuvent paraître triviaux même si on peut déjà entrevoir un possible antagonisme bien connu entre production de bien alimentaire et conservation de la biodiversité: réduire ces flores permet de garantir des productions mais peut engendrer un déclin de la biodiversité végétale. Le système est cependant plus complexe ! En effet, ces flores n’interagissent pas seulement avec les plantes de culture. Elles fournissent des ressources alimentaires sous forme de graines pour de nombreux insectes et oiseaux granivores, de nectar et de pollen pour les insectes pollinisateurs et de la biomasse végétale pour des insectes herbivores. Réduire ces flores, engendre par conséquent une réduction de l’ensemble des organismes qui en dépendent. Vous allez me dire qu’il s’agit toujours d’un problème de conservation. Oui et non ! Prenons un exemple. L’abeille domestique est un des organismes dont la persistance dépend à un moment des espèces adventices, et abeille domestique = miel mais pas seulement, la production de nombreuses cultures comme le colza ou le tournesol dépend de l’abeille domestique pour la pollinisation. Ainsi réduire ces flores sauvages est nécessaire pour la production agricole mais pourrait également entraîner une réduction de la production agricole et apicole ! La gestion de ces flores est donc un casse-tête ! L’approche fonctionnelle comme vous de le découvrirez dans ce livret est une des clés pour trouver une ou des solutions à ce casse-tête. En effet, en s’intéressant aux caractéristiques des espèces (par exemple, leur taille ou leur teneur en nectar), cette approche permet d’appréhender les diverses facettes de ces flores sauvages afin d’acquérir des connaissances sur (i) les liens entre ces flores et les pratiques agricoles, (ii) sur les effets de ces flores sur la production agricole (et viticole) et (iii) sur les rôles de cette flore pour le maintien des autres organismes des milieux agricoles. Ce livret synthétise les travaux de recherche présentés lors de la journée d’animation du 11 décembre 2017 organisée conjointement par les Réseaux Mixtes Technologiques FlorAd et AgroforesterieS et la Fondation pour la Recherche sur la Biodiversité (FRB). Cette journée avait pour objectif de présenter un panorama des applications de l’approche fonctionnelle en grandes cultures, en vignes et dans les systèmes en agroforesterie, c’est également l’objectif de ce livret