On the thermodynamic properties of the generalized Gaussian core model

We present results of a systematic investigation of the properties of the generalized Gaussian core model of index n. The potential of this system interpolates via the index n between the potential of the Gaussian core model and the penetrable sphere system, thereby varying the steepness of the repulsion. We have used both conventional and self-consistent liquid state theories to calculate the structural and thermodynamic properties of the system; reference data are provided by computer simulations. The results indicate that the concept of self-consistency becomes indispensable to guarantee excellent agreement with simulation data; in particular, structural consistency (in our approach taken into account via the zero separation theorem) is obviously a very important requirement. Simulation results for the dimensionless equation of state, βP/%, indicate that for an indexvalue of 4 a clustering transition, possibly into a structurally ordered phase might set in as the system is compressed.Ми представляємо результати системного дослідження властивостей узагальненої моделі гаусового кора з індексом n. Потенціал такої системи з допомогою індексу n, що визначає крутизну притягання, дозволяє інтерполювати взаємодії від моделі гаусового кора до системи проникних сфер. Для розрахунку структурних і термодинамічних властивостей нами використовувалися як традиційні, так і самоузгоджені версії теорії рідкого стану, а система відліку бралася з комп’ютерного експерименту. Результати показують, що для отримання доброго узгодження з даними моделювання концепція самоузгодження стає обов’язковою; зокрема структурне узгодження, яке у нашому підході проводиться через теорему нульового розділення, є надзвичайно важливою вимогою. Результати моделювання для обезрозміреного рівняння стану, βP/%, вказують на те, що для моделі з індексом 4 може виникати структурно впорядкована фаза (перехід кластерування) при стисканні системи

Generation of defects and disorder from deeply quenching a liquid to form a solid

We show how deeply quenching a liquid to temperatures where it is linearly unstable and the crystal is the equilibrium phase often produces crystalline structures with defects and disorder. As the solid phase advances into the liquid phase, the modulations in the density distribution created behind the advancing solidification front do not necessarily have a wavelength that is the same as the equilibrium crystal lattice spacing. This is because in a deep enough quench the front propagation is governed by linear processes, but the crystal lattice spacing is determined by nonlinear terms. The wavelength mismatch can result in significant disorder behind the front that may or may not persist in the latter stage dynamics. We support these observations by presenting results from dynamical density functional theory calculations for simple one- and two-component two-dimensional systems of soft core particles.Comment: 25 pages, 11 figure

On the thermodynamic properties of the generalized Gaussian core model

We present results of a systematic investigation of the properties of the generalized Gaussian core model of index n. The potential of this system interpolates via the index n between the potential of the Gaussian core model and the penetrable sphere system, thereby varying the steepness of the repulsion. We have used both conventional and self-consistent liquid state theories to calculate the structural and thermodynamic properties of the system; reference data are provided by computer simulations. The results indicate that the concept of self-consistency becomes indispensable to guarantee excellent agreement with simulation data; in particular, structural consistency (in our approach taken into account via the zero separation theorem) is obviously a very important requirement. Simulation results for the dimensionless equation of state, βP/%, indicate that for an indexvalue of 4 a clustering transition, possibly into a structurally ordered phase might set in as the system is compressed.Ми представляємо результати системного дослідження властивостей узагальненої моделі гаусового кора з індексом n. Потенціал такої системи з допомогою індексу n, що визначає крутизну притягання, дозволяє інтерполювати взаємодії від моделі гаусового кора до системи проникних сфер. Для розрахунку структурних і термодинамічних властивостей нами використовувалися як традиційні, так і самоузгоджені версії теорії рідкого стану, а система відліку бралася з комп’ютерного експерименту. Результати показують, що для отримання доброго узгодження з даними моделювання концепція самоузгодження стає обов’язковою; зокрема структурне узгодження, яке у нашому підході проводиться через теорему нульового розділення, є надзвичайно важливою вимогою. Результати моделювання для обезрозміреного рівняння стану, βP/%, вказують на те, що для моделі з індексом 4 може виникати структурно впорядкована фаза (перехід кластерування) при стисканні системи

Genomic and phenotypic characterization of a broad panel of patient-derived xenografts reflects the diversity of glioblastoma

Purpose: Glioblastoma is the most frequent and lethal primary brain tumor. Development of novel therapies relies on the availability of relevant preclinical models. We have established a panel of 96 glioblastoma patient-derived xenografts (PDX) and undertaken its genomic and phenotypic characterization. Experimental Design: PDXs were established from glioblastoma, IDH-wildtype (n \ubc 93), glioblastoma, IDH-mutant (n \ubc 2), diffuse midline glioma, H3 K27M-mutant (n \ubc 1), and both primary (n \ubc 60) and recurrent (n \ubc 34) tumors. Tumor growth rates, histopathology, and treatment response were characterized. Integrated molecular profiling was performed by whole-exome sequencing (WES, n \ubc 83), RNA-sequencing (n \ubc 68), and genome-wide methylation profiling (n \ubc 76). WES data from 24 patient tumors was compared with derivative models. Results: PDXs recapitulate many key phenotypic and molecular features of patient tumors. Orthotopic PDXs show characteristic tumor morphology and invasion patterns, but largely lack microvascular proliferation and necrosis. PDXs capture common and rare molecular drivers, including alterations of TERT, EGFR, PTEN, TP53, BRAF, and IDH1, most at frequencies comparable with human glioblastoma. However, PDGFRA amplification was absent. RNA-sequencing and genome-wide methylation profiling demonstrated broad representation of glioblastoma molecular subtypes. MGMT promoter methylation correlated with increased survival in response to temozolomide. WES of 24 matched patient tumors showed preservation of most genetic driver alterations, including EGFR amplification. However, in four patient-PDX pairs, driver alterations were gained or lost on engraftment, consistent with clonal selection. Conclusions: Our PDX panel captures the molecular heterogeneity of glioblastoma and recapitulates many salient genetic and phenotypic features. All models and genomic data are openly available to investigators