Study protocol for the multicentre cohorts of Zika virus infection in pregnant women, infants, and acute clinical cases in Latin America and the Caribbean: The ZIKAlliance consortium

Background: The European Commission (EC) Horizon 2020 (H2020)-funded ZIKAlliance Consortium designed a multicentre study including pregnant women (PW), children (CH) and natural history (NH) cohorts. Clinical sites were selected over a wide geographic range within Latin America and the Caribbean, taking into account the dynamic course of the ZIKV epidemic. Methods: Recruitment to the PW cohort will take place in antenatal care clinics. PW will be enrolled regardless of symptoms and followed over the course of pregnancy, approximately every 4 weeks. PW will be revisited at delivery (or after miscarriage/abortion) to assess birth outcomes, including microcephaly and other congenital abnormalities according to the evolving definition of congenital Zika syndrome (CZS). After birth, children will be followed for 2 years in the CH cohort. Follow-up visits are scheduled at ages 1-3, 4-6, 12, and 24 months to assess neurocognitive and developmental milestones. In addition, a NH cohort for the characterization of symptomatic rash/fever illness was designed, including follow-up to capture persisting health problems. Blood, urine, and other biological materials will be collected, and tested for ZIKV and other relevant arboviral diseases (dengue, chikungunya, yellow fever) using RT-PCR or serological methods. A virtual, decentralized biobank will be created. Reciprocal clinical monitoring has been established between partner sites. Substudies of ZIKV seroprevalence, transmissio

HIV-1 transmitted drug resistance mutations in recently diagnosed antiretroviral-naive patients in Belém, Pará, Northern Brazil

Universidade Federal do Pará. Instituto de Ciências Biológicas. Programa de Pós-Graduação em Biologia de Agentes Infecciosos e Parasitários. Belém, PA, Brazil / Universidade Federal do Pará. Instituto de Ciências Biológicas. Laboratório de Virologia. Belém, PA, Brazil.Universidade Federal do Pará. Instituto de Ciências Biológicas. Programa de Pós-Graduação em Biologia de Agentes Infecciosos e Parasitários. Belém, PA, Brazil / Universidade Federal do Pará. Instituto de Ciências Biológicas. Laboratório de Virologia. Belém, PA, Brazil.Universidade Federal do Pará. Instituto de Ciências Biológicas. Programa de Pós-Graduação em Biologia de Agentes Infecciosos e Parasitários. Belém, PA, Brazil / Universidade Federal do Pará. Instituto de Ciências Biológicas. Laboratório de Virologia. Belém, PA, Brazil.Universidade Federal do Pará. Instituto de Ciências Biológicas. Programa de Pós-Graduação em Biologia de Agentes Infecciosos e Parasitários. Belém, PA, Brazil / Universidade Federal do Pará. Instituto de Ciências Biológicas. Laboratório de Virologia. Belém, PA, Brazil.Universidade Federal do Pará. Instituto de Ciências Biológicas. Laboratório de Virologia. Belém, PA, Brazil.Ministério da Saúde. Secretaria de Vigilância em Saúde. Instituto Evandro Chagas. Ananindeua, PA, Brasil.Universidade Federal do Pará. Instituto de Ciências Biológicas. Laboratório de Virologia. Belém, PA, Brazil.Universidade Federal do Pará. Instituto de Ciências Biológicas. Laboratório de Virologia. Belém, PA, Brazil.Universidade Federal do Pará. Instituto de Ciências Biológicas. Laboratório de Virologia. Belém, PA, Brazil.Universidade Federal do Pará. Instituto de Ciências Biológicas. Programa de Pós-Graduação em Biologia de Agentes Infecciosos e Parasitários. Belém, PA, Brazil / Universidade Federal do Pará. Instituto de Ciências Biológicas. Laboratório de Virologia. Belém, PA, Brazil

Low prevalence of HIV-1 integrase resistance among antiretroviral-naive patients newly diagnosed with HIV-1 from Belém, Pará, Amazon region of Brazil

Universidade Federal do Pará. Instituto de Ciências Biológicas. Programa de Pós-graduação em Biologia de Agentes Infecciosos e Parasitários. Belém, PA, Brazil.Universidade Federal do Pará. Instituto de Ciências Biológicas. Programa de Pós-graduação em Biologia de Agentes Infecciosos e Parasitários. Belém, PA, Brazil.Universidade Federal do Pará. Instituto de Ciências Biológicas. Programa de Pós-graduação em Biologia de Agentes Infecciosos e Parasitários. Belém, PA, Brazil.Universidade Federal do Pará. Instituto de Ciências Biológicas. Programa de Pós-graduação em Biologia de Agentes Infecciosos e Parasitários. Belém, PA, Brazil.Universidade Federal do Pará. Instituto de Ciências Biológicas. Programa de Pós-graduação em Biologia de Agentes Infecciosos e Parasitários. Belém, PA, Brazil.Universidade Federal do Pará. Instituto de Ciências Biológicas. Programa de Pós-graduação em Biologia de Agentes Infecciosos e Parasitários. Belém, PA, Brazil.Ministério da Saúde. Secretaria de Vigilância em Saúde. Instituto Evandro Chagas. Laboratório de Bioinformática. Ananindeua, PA, Brasil.Ministério da Saúde. Secretaria de Vigilância em Saúde. Instituto Evandro Chagas. Laboratório de Bioinformática. Ananindeua, PA, Brasil.Ministério da Saúde. Secretaria de Vigilância em Saúde. Instituto Evandro Chagas. Laboratório de Bioinformática. Ananindeua, PA, Brasil.Universidade Federal do Pará. Instituto de Ciências Exatas e Naturais. Laboratório de Bioinformática e Computação de Alto Desempenho. Belém, PA, Brazil.Ministério da Saúde. Secretaria de Vigilância em Saúde. Instituto Evandro Chagas. Ananindeua, PA, Brasil.Universidade Federal do Pará. Instituto de Ciências Biológicas. Programa de Pós-graduação em Biologia de Agentes Infecciosos e Parasitários. Belém, PA, Brazil / Universidade Federal do Pará. Instituto de Ciências Biológicas. Laboratório de Virologia. Belém, PA, Brazil.We described the HIV-1 subtypes and the frequency of resistance mutations in HIV-1 integrase region among antiretroviral-naive patients with HIV/AIDS from Belém, Pará, Amazon region of Brazil. The partial integrase gene sequence of 59 antiretroviral-naive HIV-1 infected patients was amplified and sequenced. Genotypic analyses revealed the absence of major resistance-associated mutations to integrase but minor polymorphic mutations were present in 44.1% of patients and M50I polymorphism was the more prevalent