Genome-Wide Association and Linkage Analysis of Quantitative Traits: Comparison pf Likelihood-Ratio Test and Conditional Score Statistic

Over the past decade, genetic analysis has shifted from linkage studies, which identify broad regions containing putative trait loci, to genome-wide association studies, which detect the association of a marker with a specific phenotype. Because linkage and association analysis provide complementary information, developing a method to combine these analyses may increase the power to detect a true association. In this paper we compare a linkage score and association score test as well as a newly proposed combination of these two scores with traditional linkage and association methods.National Institutes of Health (National Institute of General Medical Sciences R01 GM031575, National Center for Research Resources Shared Instrumentation grant 1S10RR163736-01A1

Les processus favorisant le développement de la maîtrise de l’anxiété dans une situation de choix de carrière au sein d’un groupe de counseling lors de l’adolescence

Cette recherche porte sur les processus favorisant la maîtrise des émotions au sein d’un groupe de counseling, plus précisément l’anxiété en situation de choix de carrière. Confrontées à l’augmentation de l’anxiété chez les élèves du secondaire au Québec et à ses effets délétères (Therriault et al., accepté; Traoré et al., 2018), les personnes conseillères d’orientation en milieu scolaire sont amenées à la considérer dans leurs interventions, qui peuvent notamment se décliner sous forme groupale. La recension des écrits présentée au chapitre 1, permet de dégager que l’intervention groupale pour la prévention de l’anxiété – plus particulièrement celle en petit groupe – a fait ses preuves en termes d’efficacité (Corrieri et al., 2014; Werner-Seidler et al., 2017), mais la recension de ces interventions révèle certaines limites relatives à : 1) la conceptualisation des émotions, 2) les processus d’apprentissage et de développement au sein des groupes et 3) l’activité des groupes de counseling. De plus, il n’existe pas de programme d’intervention adressant spécifiquement l’anxiété en situation de choix de carrière lors de l’adolescence. Ces constatations ont mené au développement d’une intervention en counseling de carrière groupal dans une perspective culturelle-historique. Cette perspective a été choisie comme cadre théorique pour la place centrale qu’elle accorde aux processus d’apprentissage et de développement, mais aussi sa conceptualisation dialectique des émotions (Vygotski, 1931/2014). Elle sert ainsi d’assise au programme d’intervention développé et à son analyse. Le programme a été implanté auprès de trois groupes de 6 ou 7 participantes, dans deux écoles secondaires du Québec. Les groupes ont été animés à raison d’une rencontre de 120 minutes aux deux semaines, pour un total de six rencontres. Les sources de données mobilisées sont : 1) les traces écrites des activités réalisées, 2) les journaux de bord complétés par l’étudiante-chercheuse et les personnes participantes, et la transcription 3) des enregistrements vidéo des rencontres, 4) des groupes de discussion à la suite de l’intervention et 5) des entrevues individuelles, menées entre trois mois après la fin de l’intervention. Ces données ont fait l’objet d’une analyse thématique, et d’un découpage hebdomadaire pour déconstruire, puis reconstruire à rebours le développement des capacités des participantes à maîtriser leurs émotions et à réaliser un choix de carrière qu’elles ont des raisons de valoriser. L’analyse des données permet de décrire l’activité des groupes, notamment en mettant de l’avant les instruments de systématisation de l’expérience transmis et les moyens culturels d’intervention mobilisés. Elle permet également de mettre de l’avant la façon dont se formalisent les processus d’apprentissage et de développement des participantes, plus particulièrement à l’égard de leur capacité à maîtriser leurs émotions et à réaliser un choix de carrière. Il est ensuite question des conditions à réunir dans ce type de programme pour favoriser le développement de ces capacités à agir : la création d’un espace-temps spécifique, la formation d’un lien émotionnel avec l’intervenante, le soutien de la part du groupe et la critique sociale du contexte culturel-historique pour comprendre l’anxiété en situation de choix de carrière. Les résultats obtenus sont ensuite discutés au regard de ce qui a été présenté précédemment dans la thèse, en réalisant un retour sur le phénomène de l’anxiété en situation de choix de carrière et sa prévention, sur la psychologie historique du développement culturel de Vygotski – et la perspective culturelle qui en découle – et sur le dispositif méthodologique mis en place

Étude des propriétés psychométriques de l’échelle affective du Questionnaire de maturité vocationnelle

Les conseillers d’orientation (c.o.) en milieu scolaire ont plusieurs rôles à remplir auprès des élèves, entre autres la réponse aux demandes des élèves, le maintien de l’accès à une documentation pertinente et l’accompagnement dans une meilleure connaissance de soi et du monde du travail (Dupont, Gingras et Marceau, 2002a). Pour ce faire, plusieurs moyens sont à leur disposition, dont l’évaluation psychométrique (OCCOQ, 2013). Un concept qui pourrait utile de mesurer auprès des adolescents est la maturité vocationnelle (Jordaan et Heyde, 1979). Des instruments de mesure évaluant la maturité vocationnelle existent déjà, mais aucun d’entre eux ne semble convenir parfaitement à la réalité du Québec, emmenant la création d’un nouvel outil, le Questionnaire de maturité vocationnelle (QMV). L’objectif de ce mémoire est de vérifier les propriétés psychométriques de l’échelle affective du QMV. Les participants de l’étude sont 1 164 adolescents québécois âgés entre 14 et 18 ans (moyenne : 15,30 ans), provenant de 14 écoles secondaires. Pour ce qui est du niveau scolaire des participants, 511 (43,9 %) sont en 3e secondaire, 303 (26 %) sont en 4e secondaire et 350 (30,1 %) sont en 5e secondaire. Les résultats obtenus appuient la fidélité et la validité de l’instrument de mesure

Genome-wide association and linkage analysis of quantitative traits: comparison of likelihood-ratio test and conditional score statistic

Over the past decade, genetic analysis has shifted from linkage studies, which identify broad regions containing putative trait loci, to genome-wide association studies, which detect the association of a marker with a specific phenotype. Because linkage and association analysis provide complementary information, developing a method to combine these analyses may increase the power to detect a true association. In this paper we compare a linkage score and association score test as well as a newly proposed combination of these two scores with traditional linkage and association methods

Comparison of statistical approaches to rare variant analysis for quantitative traits

With recent advances in technology, deep sequencing data will be widely used to further the understanding of genetic influence on traits of interest. Therefore not only common variants but also rare variants need to be better used to exploit the new information provided by deep sequencing data. Recently, statistical approaches for analyzing rare variants in genetic association studies have been proposed, but many of them were designed only for dichotomous outcomes. We compare the type I error and power of several statistical approaches applicable to quantitative traits for collapsing and analyzing rare variant data within a defined gene region. In addition to comparing methods that consider only rare variants, such as indicator, count, and data-adaptive collapsing methods, we also compare methods that incorporate the analysis of common variants along with rare variants, such as CMC and LASSO regression. We find that the three methods used to collapse rare variants perform similarly in this simulation setting where all risk variants were simulated to have effects in the same direction. Further, we find that incorporating common variants is beneficial and using a LASSO regression to choose which common variants to include is most useful when there is are few common risk variants compared to the total number of risk variants

Statistiques de l'enseignement supérieur /

Édition 2013

Incorporating biological knowledge in the search for gene × gene interaction in genome-wide association studies

We sought to find significant gene × gene interaction in a genome-wide association analysis of rheumatoid arthritis (RA) by performing pair-wise tests of interaction among collections of single-nucleotide polymorphisms (SNPs) obtained by one of two methods. The first method involved screening the results of the genome-wide association analysis for main effects p-values < 1 × 10-4. The second method used biological databases such as the Gene Ontology and Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes to define gene collections that each contained one of four genes with known associations with RA: PTPN22, STAT4, TRAF1, and C5. We used a permutation approach to determine whether any of these SNP sets had empirical enrichment of significant interaction effects. We found that the SNP set obtained by the first method was significantly enriched with significant interaction effects (empirical p = 0.003). Additionally, we found that the "protein complex assembly" collection of genes from the Gene Ontology collection containing the TRAF1 gene was significantly enriched with interaction effects with p-values < 1 × 10-8 (empirical p = 0.012)

ProxECAT: Proxy External Controls Association Test. A new case-control gene region association test using allele frequencies from public controls.

A primary goal of the recent investment in sequencing is to detect novel genetic associations in health and disease improving the development of treatments and playing a critical role in precision medicine. While this investment has resulted in an enormous total number of sequenced genomes, individual studies of complex traits and diseases are often smaller and underpowered to detect rare variant genetic associations. Existing genetic resources such as the Exome Aggregation Consortium (>60,000 exomes) and the Genome Aggregation Database (~140,000 sequenced samples) have the potential to be used as controls in these studies. Fully utilizing these and other existing sequencing resources may increase power and could be especially useful in studies where resources to sequence additional samples are limited. However, to date, these large, publicly available genetic resources remain underutilized, or even misused, in large part due to the lack of statistical methods that can appropriately use this summary level data. Here, we present a new method to incorporate external controls in case-control analysis called ProxECAT (Proxy External Controls Association Test). ProxECAT estimates enrichment of rare variants within a gene region using internally sequenced cases and external controls. We evaluated ProxECAT in simulations and empirical analyses of obesity cases using both low-depth of coverage (7x) whole-genome sequenced controls and ExAC as controls. We find that ProxECAT maintains the expected type I error rate with increased power as the number of external controls increases. With an accompanying R package, ProxECAT enables the use of publicly available allele frequencies as external controls in case-control analysis