Near real-time surveillance of the SARS-CoV-2 epidemic with incomplete data

When responding to infectious disease outbreaks, rapid and accurate estimation of the epidemic trajectory is critical. However, two common data collection problems affect the reliability of the epidemiological data in real time: missing information on the time of first symptoms, and retrospective revision of historical information, including right censoring. Here, we propose an approach to construct epidemic curves in near real time that addresses these two challenges by 1) imputation of dates of symptom onset for reported cases using a dynamically-estimated "backward" reporting delay conditional distribution, and 2) adjustment for right censoring using the NobBS software package to nowcast cases by date of symptom onset. This process allows us to obtain an approximation of the time-varying reproduction number (Rt) in real time. We apply this approach to characterize the early SARS-CoV-2 outbreak in two Spanish regions between March and April 2020. We evaluate how these real-time estimates compare with more complete epidemiological data that became available later. We explore the impact of the different assumptions on the estimates, and compare our estimates with those obtained from commonly used surveillance approaches. Our framework can help improve accuracy, quantify uncertainty, and evaluate frequently unstated assumptions when recovering the epidemic curves from limited data obtained from public health systems in other locations.PMD was supported by the fellowship Ramón Areces Foundation. JAH was funded by the National Institute of General Medical Sciences, Award U54GM088558, and the National Institutes of Health Director’s Early Independence, Award DP5-OD028145. ML was supported by the Morris-Singer Fund and by a subcontract from the Carnegie Mellon University under an award from the US Centers for Disease Control and Prevention, Award U01IP001121). MS was supported by the National Institute Of General Medical Sciences, Award R01GM130668-02. The funders had no role in study design, data collection and analysis, decision to publish, or preparation of the manuscript.S

Coverage and predictors of influenza vaccination in patients with cystic fibrosis in a campaign with a mobile phone text messaging intervention

Annual influenza vaccination is considered the best protection against influenza infection. We analyzed the influenza vaccine coverage (IVC) in cystic fibrosis (CF) patients and evaluated the factors associated with the IVC, including the effect of text-message/SMS reminders. We performed a cross-sectional study in the Community of Madrid (Spain) in 2015. The target population was people with CF older than 6 months of age at the beginning of the flu vaccination campaign. The IVC was calculated according to the study variables. A total of 445 CF patients were analyzed. In 2015, IVC reached 67.9% and was higher in children and women. The main factor associated with flu vaccination was having been vaccinated in the previous campaign (aOR 14.36; IC95%: 8.48–24.32). The probability of being vaccinated after receiving the SMS was more than twice than for those who did not receive it, although no statistical significance was reached. In conclusion the IVC of patients with CF is high, but it still has room for improvement. SMS reminders sent to CF patients might improve influenza vaccine uptake

Características epidemiológicas de la pluripatología y su influencia en la utilización de servicios sanitarios a partir de una Encuesta de Salud. Madrid, 2007

Fundamentos: La acumulación de patologías crónicas en un mismo paciente es cada vez más frecuente, por lo que se está convirtiendo en un problema de salud pública. Los objetivos de este estudio son describir la prevalencia de pluripatología en la población, sus características epidemiológicas y su influencia en la utilización de servicios sanitarios a partir de la Encuesta Regional de Salud de Madrid (ERSM2007) y comparar dos indicadores de pluripatología. Métodos: Estudio descriptivo transversal. Se analizó la ERSM2007 (n=12.190 mayores de 15 años). Se elaboraron dos indicadores: la presencia de 2 o más Problemas Crónicos (PC) y la existencia de 2 o más categorías clínicas afectadas según una definición de Paciente Pluripatológico (PP). Otras variables analizadas fueron: sexo, edad, clase social, nivel de estudios, índice de masa corporal, actividad física, consumos de alcohol y de tabaco, y la utilización de servicios sanitarios. Se realizó un análisis descriptivo, bivariado y multivariado mediante regresión logística con el cálculo de odds ratios (OR) e intervalos de confianza del 95%. Resultados: La prevalencia de pluripatología medida con PC fue 23,7% en hombres y 37,3% en mujeres y con PP fue 5,4% y 8,0% respectivamente. La pluripatología aumentó con la edad, con el bajo nivel educativo (OR=2,0; 1,4-2,8, en mujeres sin estudios o primarios respecto a universitarios), con la obesidad (OR=2,6; 1,9-3,3, en obesas respecto a mujeres de peso normal), y con el consumo previo de alcohol y de tabaco. La mayor asociación se observó con PP y el ingreso hospitalario (OR=4,1 ; 3,0-5,5 en hombres y OR=3,3 ; 2,6-4,3 en mujeres). Conclusiones: La prevalencia de pluripatología fue mayor en mujeres, en personas de mayor edad, con menor nivel de estudios o en clases sociales más desfavorecidas. Se asoció con la obesidad, con consumos previos de tabaco o alcohol. La utilización de los servicios sanitarios aumentó con la pluripatología. Estos indicadores pueden ser complementarios, por su diferente asociación con cada nivel asistencial

Situación epidemiológica y de los factores de riesgo de transmisión de Leishmania infantum en España

En España la leishmaniasis es una zoonosis endémica presente en la mayor parte del territorio peninsular e Islas Baleares. El parásito que se detecta es la Leishmania infantum y el principal reservorio es el perro. Los vectores competentes para transmitir el parásito son los flebotomos, de los que existen dos especies distribuidas por todo el territorio peninsular e Islas Baleares. En este artículo se revisa la situación actual y el comportamiento de la leishmaniasis en España. Se analiza y compara la información sobre la enfermedad procedente de las altas hospitalarias y de la Red Nacional de Vigilancia Epidemiológica así como los factores de riesgo identificados en estudios anteriores que facilitan la transmisión. Desde 2009 está teniendo lugar un brote en el suroeste de la Comunidad de Madrid, destacando el elevado número de casos, cerca de 400 y la detección de un nuevo reservorio, la liebre. Las condiciones que pueden incrementar la incidencia de la leishmaniasis están asociadas al aumento del número de vectores infectados, al de la densidad del flebotomo, al de hospedadores o la aparición de nuevos reservorios en un área geográfica. Esta infección tiene una dinámica de transmisión compleja y para responder oportunamente a los brotes debe estar previamente desarrollado un plan de acción integral y multisectorial en el que participen todas las instituciones involucradas.Ante un brote, es importante estudiar los factores que condicionan la transmisión del lugar y adaptar el plan de acción a sus características específicas

Hepatitis B virus infection and vaccine-induced immunity in Madrid (Spain)

Objective: To estimate the prevalence of hepatitis B virus (HBV) infection and vaccine-induced immunity in the region of Madrid, and to analyze their evolution over time. Methods: An observational, analytical, cross-sectional study was carried out in the population aged 16–80 years between 2008 and 2009. This was the last of four seroprevalence surveys in the region of Madrid. The prevalence of HBV infection and vaccine-induced immunity was estimated using multivariate logistic models and were compared with the prevalences in the 1989, 1993 and 1999 surveys. Results: In the population aged 16–80 years, the prevalence of HBV infection was 11.0% (95% CI: 9.8–12.3) and that of chronic infection was 0.7% (95% CI: 0.5–1.1). The prevalence of vaccine-induced immunity in the population aged 16–20 years was 73.0% (95% CI: 70.0–76.0). Compared with previous surveys, there was a decrease in the prevalence of HBV infection. Conclusions: Based on the prevalence of chronic infection (<1%), Madrid is a region with low HBV endemicity. Preventive strategies against HBV should especially target the immigrant population

Transmisión comunitaria de gripe pandémica (H1N1) 2009 a partir de brotes en centros escolares de la Comunidad de Madrid. Mayo-junio de 2009

Fundamentos: El primer caso confirmado de gripe pandémica (H1N1) 2009 adquirida en la Comunidad de Madrid (CM) se detectó el 20 de mayo, siendo el caso índice del primer brote escolar de la CM. Los objetivos son describir los brotes escolares ocurridos en la primavera de 2009, las medidas de control implementadas, así como el inicio de la transmisión comunitaria de este virus en la región. Métodos: Estudio observacional descriptivo de los brotes escolares de gripe pandémica (H1N1) 2009 ocurridos en la CM entre el 20 de mayo y el 27 de junio de 2009, y de los casos totales estudiados en ese periodo. Se utiliza la definición de agrupación de casos de gripe adoptada a nivel nacional (3 o más casos). Se analizan los datos clínicos, epidemiológicos y microbiológicos de los casos. Resultados: Se investigaron 1.349 casos asociados a 77 centros escolares de la CM con tres o más casos de gripe notificados durante la primavera de 2009, 47,4% del total de casos en ese periodo (n=2.844). Se detectaron 36 brotes en Leganés (más de un tercio de los centros del municipio), generando las mayores tasas de incidencia acumulada en la Zona Básica de referencia. Se detectaron diferencias en la sintomatología según la edad. Se analizaron 949 muestras por RT-PCR, resultando positivas 555 (58,5%). Conclusiones: La transmisión del virus pandémico en la CM ocurrió de manera sostenida durante la primavera de 2009 a consecuencia de los brotes en centros escolares, significando el inicio de la transmisión comunitaria en España

Prevalencia de enfermedades crónicas diagnosticadas en población inmigrante y autóctona Prevalence of diagnosed chronic disorders in the inmigrant and native population

Objetivo: Estimar la prevalencia de problemas de salud crónicos en inmigrantes y compararla con la de la población autóctona, utilizando la historia clínica electrónica (HCE) de atención primaria (AP). Métodos: Estudio descriptivo transversal con pacientes de 16 y más años incluidos en el sistema sanitario público de la Comunidad de Madrid. Se estimaron prevalencias ajustadas por edad para cada sexo y nacionalidad (agrupada en regiones) a partir de los episodios de atención registrados en la HCE de AP con alguna anotación en 2005 o 2006. Resultados: El 36,8% de la población inmigrante presentaba alguna enfermedad crónica (55,3% de autóctonos) tras ajustar por edad, con más frecuencia en mujeres y en población de origen africano y latinoamericano. Las enfermedades más prevalentes en los extranjeros fueron las alergias (tasa cruda: 10,2%), las lumbalgias (9,1%), problemas crónicos de piel (6,8%) y trastornos mentales (6,4%). Conclusiones: La prevalencia de enfermedades crónicas es menor en la población extranjera y varía según el sexo y la procedencia.<br>Objective: To estimate the prevalence rates of chronic disorders in immigrants and to compare them with those in the native population, based on electronic clinical records in primary care (ECRPC). Methods: We performed a descriptive cross-sectional study in patients aged 16 and over included in the Madrid Regional Public Health System. Age-adjusted prevalence rates for each sex and region were estimated on the basis of medically examined cases registered in the ECRPC with any new data entry made in 2005 or 2006. Results: After age-adjustment, a total of 36.8% immigrants had some chronic health problem (vs. 55.3% natives). These disorders were more frequent among women and among the population from Africa and Latin America. The highest overall prevalence rates in the foreign population were allergy (10.2% crude rate), low-back pain (9.1%), chronic skin problems (6.8%) and mental disorders (6.4%). Conclusions: The prevalence rate of chronic disease is lower in the foreign population and differs according to sex and country of origin

Vigilancia diaria de la gripe pandémica (H1N1) 2009 mediante registros de la historia clínica electrónica de atención primaria en la Comunidad de Madrid

Fundamentos: La pandemia de gripe A(H1N1) supuso la puesta en marcha en la Comunidad de Madrid (CM) de nuevas estrategias de vigilancia epidemiológica que diesen respuesta a las necesidades de inmediatez y exhaustividad. Los objetivos de este estudio son describir las características de los casos recogidos por este sistema así como mostrar las posibilidades de desagregación geográfica de estos datos. Métodos: Estudio descriptivo transversal entre el 1 de mayo de 2009 y el 22 de mayo de 2010. Se recabaron diariamente todos los episodios registrados y declarados como gripe en las historias clínicas electrónicas de Atención Primaria del Sistema Sanitario Público de la CM. Se analizaron los datos por fecha, edad, sexo y zonificación sanitaria, desagregando hasta profesional sanitario. Resultados: Se registraron 165.492 episodios de gripe (53,8% en mujeres). El mayor número de casos fue en el grupo de 25 a 49 años (70.691) y el grupo de 5 a 14 años alcanzó la mayor tasa de incidencia semanal (1.618,65 por 100.000 en la semana 43). La tasa total semanal máxima fue 458,47 por 100.000 (semana 44). Los pediatras tuvieron el máximo de casos atendidos y de tasas acumuladas (12 de ellos atendieron a más del 20% de su cupo). Conclusiones: La vigilancia de la gripe pandémica (H1N1) 2009 mediante la captura automática diaria de datos de las historias clínicas electrónicas de Atención Primaria fue una fuente de información de especial utilidad en el seguimiento de la evolución de la pandemia y la toma de decisiones estratégicas