Genetic Polymorphisms that Playing Role in Development of Hypertrophic Cardiomyopathy

Hypertrophic cardiomyopathy (HCM) is a complex heart disease with various physiopathological, morphological, functional, and clinical features. In this disease, HCM is known to be an autosomal genetic disease in more than half of the cases. Mutations in sarcomeric genes are thought to play an important role in the pathogenesis of the disease. Modifying genes and environmental factors also together affect the phenotypic expression and severity of HCM. The phenotypic expression of HCM is determined by causal sarcomeric gene mutations and the regulatory genetic basis of genes. HCM, a multi-factorial disease, involves the effects of many environmental gene modifiers and the sarcomeric/cytoskeletal genes. The single nucleotide polymorphisms occurring in the human genome differ in terms of susceptibility to disease in various populations. Therefore, the determination of genetic polymorphisms involved in the development of HCM disease is very important for the diagnosis of the disease

The Relationship between Alpha-Synuclein (SNCA) Gene Polymorphisms and Development Risk of Parkinson’s Disease

Parkinson’s disease (PD) is a neurodegenerative disorder affecting the motor system and occurring in the central nervous system. One of the symptoms of PD is accumulation of Lewy bodies and Lewy neurites. The alpha-synuclein (SNCA) gene is part of the protein complex called Lewy body. The SNCA gene encoding a presynaptic protein product is thought to play a role in PD-related important pathways. It is suggested that there is a relationship between the risk of PD development and SNCA levels, and it is suggested that SNCA level is an important marker in PD diagnosis. Various polymorphisms have been identified in the 5′ and/or 3′ UTR regions of the SNCA gene, and as a result of these polymorphisms, changes occur in the binding of transcription factors. The identification of the roles of SNCA gene polymorphisms in PD development may enable the development of new methods for the treatment of PD

Calcitonin-Related Polypeptide Alpha Gene Polymorphisms and Related Diseases

Calcitonin gene-related peptide (CGRP) is a neuropeptide containing 37 amino acids. CGRP is a potent vasodilator neuropeptide, which has protective mechanisms in physiological and pathological conditions. When released, CGRP is a peptide that is active in the cerebral circulation and interacts with the sympathetic nervous system. CGRP is very important in the treatment of cardiovascular diseases. In addition, CGRP, which is also associated with pain processes, has an important role in inflammation. Calcitonin-associated polypeptide alpha (CALCA), one of the isoforms of CGRP, functions through the wide CGRP receptors. Polymorphisms occurring in the CALCA gene are associated with diseases such as ischemic stroke, Parkinson’s disease, ovarian cancer, bone mineral density, migraine, schizophrenia, manic depression, and essential hypertension. In this section, the information was given about CALCA gene, which is one of its isoforms of CGRP. In addition, CALCA gene polymorphisms and diseases associated with these gene polymorphisms have also been addressed

Gene Polymorphisms Associated with Atrial Fibrillation

Atrial fibrillation (AF), which causes severe health problems, is a multi-factor disorder and is increasing day by day. AF is known to be one of the most common cardiac arrhythmias in clinical practice. AF can also be described as a cardiac dysrhythmia that causes severe cardiovascular morbidity and mortality. AF is known as an independent risk factor for death and it occurs a significant risk of morbidity due to stroke. There are many diseases that contribute to the development of AF. Diseases such as aging, heart failure, heart valve disorders, myocardial infarction, hypertension and diabetes mellitus are important factors in the development of structural AF. It is a known fact that AF prevalence increases with age. The mechanism underlying of AF is not fully understood, but genetic factors play an important role in the pathogenesis of this disease. There have been many studies aimed at investigating the genetic basis of AF, especially in recent years. In these studies, many mutations and variants have emerged which are identified as genetic risk factors in the development of AF. Identification of gene polymorphisms that play a role in the development of AF will be an important guide in the development of new therapies for the treatment of this condition

Examination of the potential roles of IL-10 and IL-10 (-1082G/A) gene variation in ARDS complication of COVID-19 infection ARDS complication of COVID-19 and IL-10 gene variation

COVID-19 yeni koronavirüs hastalığı olarak bilinmektedir ve COVID-19 enfeksiyonundan kaynaklanan komplikasyonlar yaş, cinsiyet ve komorbiditeler gibi çeşitli faktörlere bağlı olarak değişmektedir. Tüm yaş gruplarını etkileyebilen COVID-19 enfeksiyonu etkilenen popülasyonların bireysel özelliklerine bağlı olarak doğrulanmış vakaların bir kısmında ciddi rahatsızlık ve ölüm nedeni olarak ortaya çıkabilmektedir. Bu enfeksiyon özellikle yaşlı bireylerde ve hipertansiyon, diabetes mellitus, astım gibi komorbiditelere sahip kişilerde daha şiddetli seyretmektedir. Ancak COVID-19 enfeksiyonunun oldukça genç olan bireylerde de görülebileceği bildirilmiştir. Bu yüzden doku proteinlerinin ekspresyon düzeyleri gibi intrinsik faktörlerin yanısıra, genetik varyasyonlar gibi genetik faktörler de enfeksiyon patogenezine katkıda bulunabilmektedir. COVID-19 hastalarının yarısından fazlasında en sık görülen komplikasyonlardan biri yoğun bakım tedavisi gerektiren ARDS (Akut Solunum Sıkıntısı Sendromu) dir. COVID-19’da viral enfeksiyona yanıt olarak İnterlökin-10 (IL-10) gibi sitokinler salınmaktadır. COVID-19 enfeksiyonu sırasında gelişen sitokin fırtınası kontrolsüz inflamasyona neden olmaktadır. Böylece çoklu organ yetmezlikleri gelişebilmekte ve ARDS ile ilişkili sendromlar indüklenebilmektedir. Sitokin fırtınası COVID-19 hastalarında anlamlı derecede artmış IL10 düzeyleri ile ilişkilendirilmiştir. ARDS patogenezinde inflamasyon önemli bir belirteçtir. Proinflamatuar ve antiinflamatuar sitokinler arasındaki dengesizlik sonucunda ARDS gelişebilmektedir. IL-10 geninin promotör bölgelerindeki genetik varyasyonlar sonucunda IL-10 mRNA ve protein düzeylerinde değişiklikler ortaya çıkmaktadır. IL-10’un patolojik proinflamatuar işlevi engelleyerek COVID-19 enfeksiyonundaki mortalitenin azalmasına katkı sağlayabileceği düşünülmektedir. ARDS gelişen COVID-19 hastalarında IL-10 geninin promotör bölgesinde tanımlanan IL-10 (-1082G/A) gen varyasyonu genotip dağılımlarına göre IL-10 ekspresyon düzeylerinin belirlenmesi, ARDS’nin patolojik mekanizmalarının daha iyi anlaşılabilmesi ve ARDS’ye yönelik terapötik stratejilerin geliştirilebilmesi bakımından oldukça önemlidir. Bu derlemede COVID-19 enfeksiyonunda gelişen ARDS komplikasyonunda IL-10 ve IL-10 (-1082G/A) gen varyasyonlarının rolünün incelenmesi amaçlanmıştır.COVID-19 is known as the novel coronavirus disease and complications proceed from COVID-19 infection vary depending on various factors such as age, gender and comorbidities. COVID-19 infection which can affect all age groups may occur as a cause of serious illness and death in some of the confirmed cases, depending on the individual characteristics of the affected populations. Therefore, besides intrinsic factors such as the expression levels of tissue proteins, genetic factors such as genetic variations may also contribute to the pathogenesis of the infection. One of the most common complications in COVID-19 patients is ARDS (Acute Respiratory Distress Syndrome). In COVID-19, cytokines such as IL-10 are released in response to viral infection. Cytokine storm that develops during COVID-19 infection causes uncont rolled inflammation. Thus, multiple organ failure can develop and ARDS-related syndromes can be induced. Cytokine storm has been asso ciated with significantly increased IL-10 levels in COVID-19 patients. Changes occur in IL-10 mRNA and protein levels as a result of gene tic variations in the promoter regions of the IL-10 gene. It is thought that IL-10 can contribute to the reduction of mortality in COVID-19 infection by preventing pathological proinflammatory function. Determining IL-10 expression levels according to IL-10 (-1082G/A) gene variation genotype distributions defined in the promoter region of IL-10 gene in COVID-19 patients with ARDS very important in terms of better understanding of the pathological mechanisms and developing of therapeutic strategies. In this review, it is aimed to examine the role of IL-10 and IL-10 (-1082G/A) gene variation in ARDS complication of COVID-19 infection

Investigation of The Effects of Serum Iron and Copper Levels in Ischemic Stroke Disease Development

INTRODUCTION: Ischemic stroke is characterized by loss of focal cerebral function due to impaired of brain-blood flow. Environmental factors and genetic factors may be effective together in the pathogenesis of ischemic stroke. Trace elements are important components of the biological structure, and toxic effects may occur when these trace elements are taken in more than the amount required for biological functions. The risk of neurological diseases such as ischemic stroke may increase as a result of imbalances in trace element levels. Therefore, the aim of this study is to investigate the effects of serum iron and copper levels in the development of ischemic stroke disease. METHODS: Our study consisted of 20 ischemic stroke patients and 36 healthy controls. Serum iron and copper levels measurements were performed using atomic absorption spectrophotometer method. RESULTS: Serum iron and copper levels were detected significantly lower in the patient group with ischemic stroke compared to the healthy control group (p<0.05). However, the significant difference was not determined in comparison of serum copper and iron levels according to gender between patient with ischemic stroke and healthy control groups (p>0.05). DISCUSSION AND CONCLUSION: In our study, it was determined that serum iron and copper levels may be effective risk factors for ischemic stroke disease. Thus, it was concluded that serum iron and copper trace element levels may be important biomarkers that may be evaluated in the diagnosis, prognosis and treatment of ischemic strok

Angiotensinogen m235t/t174m gene polymorphism in patients with hypertension

Genetik ve çevre faktörleriyle tetiklenen hipertansiyon Trakya bölgesinin büyük bir halk sağlığı problemidir. Son zamanlarda genetik yöntemleri kullanılarak hipertansiyon gelişmesinde olası rolü düşünülen aday genleri tespit edilmeye başlanmıştır. Anjiyotensinojen geni; Renin Anjiyotensin Sistemi'nde hipertansiyona sebep olduğu düşünülen ilk güçlü aday gendir. Anjiyotensinojendeki değişiklikler, güçlü bir damar daraltıcı etkisine sahip hormon olan anjiyotensin II ile plazmadaki anjiyotensinojen seviyelerinin değişmesine sebep olur. Bu çalışmanın amacı anjiyotensinojen genindeki M235T ve T174M polimorfizmlerinin; Türkiye'de Trakya bölgesindeki hipertansiyon olgularında; hipertansiyon gelişmesindeki rolünü tespit etmektir. Çalışmamızda M235T için 75'i hipertansiyon hastası ve 40 sağlıklı normotensif olmak üzere toplam 115 vaka incelenmiş, T174M polimorfizmi için 78'i hipertansiyon hastası ve 40 normotensif olmak üzere toplam 118 vaka incelenmiştir. Anjiyotensinojen geninin M235T ve T174M polimorfizmleri için allel spesifik polimeraz zincir reaksiyonu ve Restriksiyon Fragman Uzunluk Polimorfizmi yöntemleri kullanılmıştır. M235T ve T174M için genotip ve allel dağılımı hipertansiyon hastalarında ve ve normotensiflerde ki test değerlendirme sonucu aynı bulunmuştur. Anjiyotensinojen geninin M235T ve T174M polimorfizmlerinin hipertansiyonla ilişkisi bulunamamıştır. Anahtar Kelimeler: Anjiyotensinojen, M235T, T174M, Hipertansiyon, Polimorfizm Hypertension, which is a disease multifactorially triggered by genetic and environmental factors, is a major public health concern in Trakya Region in Turkey. Recent advances in genetic determination of human essential hypertension are discussed by reviewing the candidate genes. Angiotensinogen gene in renin angiotensin system was first described as a strong candidate associated with the onset of hypertension. Variation in the angiotensinogen, which is the precursor of potent vasoaktive hormone angiotensin II, has been associated with variation in plasma angiotensinogen levels. The aim of this study was to investigate the correlation between the M235T and T174M polymorphisms of the angiotensinogen gene and their roles in developing of essential hypertension in Turkish subjects in Trakya region. Our study involved 115 subjects, 75 hypertensive and 40 age matched normotensive for M235T gene polymorphism and 118 subjects, 78 hypertensive and 40 age matched normotensive for T174M gene polymorphism. Consents were obtained from all the participated subjects. M235T and T174M polymorphisms of the angiotensinogen gene was investigated using allele specific polymerase chain reaction assay and restriction fragment length polymorphism . The genotype and allele distribution of the M235T and T174M variant was same in hypertensives and age matched normtensives. The M235T and T174M variant of the angiotensinogen is not associated with essential hypertension. Key words: Angiotensinogen, M235T, T174M, Hypertension, Polymorphis

Association of CYP1A1, GSTM1 gene polymorphisms and serum trace elements with colorectal cancer

Doktora TeziTrakya Bölgesi’ndeki kolorektal kanserli hastalar üzerinde yaptığımız çalışmada CYP1A1, GSTM1 gen polimorfizmlerinin eser elementlerle (demir, bakır, çinko, selenyum) ilişkisinin olası etkilerini belirlemeyi amaçladık. Çalışma 165 kolorektal kanserli hasta ve 171 sağlıklı kontrol grubundan oluşturuldu. CYP1A1 ve GSTM1 gen polimorfizmleri için Gerçek Zamanlı Polimeraz Zincir Reaksiyonu kullanıldı, serum eser element düzeyleri Atomik Absorbsiyon Spektrofotometresi ile plazmada lipit peroksidasyonu ise spektrofotometrik yöntemle değerlendirildi. Hipertansiyon, diyabet, sigara, alkol tüketimi ve aile kanser öyküleri hastalık aleyhinde risk faktörleri olabilir. Bu çalışmada GSTM1 (rs:12068997) gen polimorfizmindeki GG genotipleri kolorektal kanserli hastalar için genetik risk oluşturabilir. Kolorektal kanserli grupta serum çinko, bakır düzeyleri, bakır/çinko oranı ve malondialdehit anlamlı derecede yüksek ve serum selenyum düzeyleri düşük bulundu. CYP1A1’in (rs:2605345), (rs:1048943) ve (rs:1799814) ile GSTM1’in (rs:11278559), (rs:12068997) polimorfizmlerinin genotipleri ile serum bakır, çinko, bakır/çinko oranları hasta grubunda daha yüksek olacak şekilde anlamlı farklar bulundu. Ancak bu genotipler ile serum demir düzeyleri arasında ilişki bulunmadı. Serum selenyum düzeyleri kolorektal kanserli grupta anlamlı derecede düşük bulundu. Bulgularımıza göre CYP1A1 veya GSTM1 genotipleri, serum eser elementlerin (bakır, çinko, selenyum, bakır/çinko) düzeyleri arasındaki ilişkiyi önemli ölçüde değiştirebilir ve bu kolorektal kanserin ilginç patogenezini gösterebilir.AbstractWe aimed to determine the possible effects of the relationship between trace elements (iron, copper, zinc, selenium) of CYP1A1, GSTM1 gene polymorphisms in the study we carried out on patients with colorectal cancer in Trakya Region. The study was consisted of 165 patients with colorectal cancer and 171 control group with healthy. Real Time Polimerase Chain Reaction method was used for CYP1A1 and GSTM1 gene polymorphisms, serum trace element levels were evaluated by Atomic Absorption Spectrophotometer, lipid peroxidation in the plasma were assessed by spectrophotometric method . Hypertension, diabetes, smoking, consumption of alcohol and family cancer history may be negative risk factors for the disease. In this study, GG genotypes in GSTM1 (rs:12068997) gene polymorphism may constitute a genetic risk for patients with colorectal cancer. In patient with colorectal cancer, serum zinc, copper levels, copper/zinc ratio and malondialdehyde were found as significantly high and serum selenium levels were found low. CYP1A1 (rs:2605345), (rs:1048943) and (rs:1799814) polymorphisms and (rs:11278559), (rs:12068997) polymorphisms genotypes of GSTM1 and serum copper, zinc, copper/zinc rates were found significantly high especially in patient group. But no relationship was found between these genotypes and serum iron levels. Serum selenium levels were found significantly low in colorectal cancer grou

Bayesçi Yapısal Kırılma Testi ile Akaryakıt Tedarik Zincirindeki Bir Süreç Yeniden Yapılandırma Projesinin Etkinliğinin Analizi

Endüstriyel pazarlar için akaryakıt dağıtım süreçleri, oldukça karmaşık ilişkileri barındıran entegre bir tedarik zinciri üzerinden işlemektedir. Bu tedarik zincirinde, satış noktasından odak firmaya doğru gerçek zamanlı bir veri akışının sağlanmasında en önemli unsurlardan biri müşteri, bayi ve ana dağıtıcının teknolojik olarak iyi entegre olmasıdır. Koordinasyon bozuklukları ve çeşitli sebeplerle bilgi akışlarında yaşanan kesintiler tedarik zincirinin performansını düşürmekte, doğrudan ve dolaylı maliyetlere yol açmaktadır. Ancak tedarik zincirinin karmaşıklığı nedeniyle bu maliyetlerin ölçülmesi kolay olmamaktadır. Bu çalışmada, bayi katmanındaki yukarı yönlü veri akışında gözlemlenen kesintileri azaltmayı amaçlayan bir süreç yenileme projesi tanıtılmış ve bu projenin etkinliği test edilmiştir. Bahsi geçen proje, akaryakıt sektöründe faaliyet gösteren, Türkiye'nin önde gelen akaryakıt firmalarından birinde 2019 ve 2020 yılları arasında yürütülmüştür. BT ekibi tarafından hazırlanan veri kümesinde, fiili olarak gerçekleşmesine rağmen sehven sisteme yansıtılmayan satışların günlük bazda 300 birimlik sayım verileri yer almaktadır. Oluşturulan modelde sisteme yansımayan satışların bir Poisson süreci izlediği varsayılmıştır. Kırılma noktası ise birinci ve sonuncu günler sınır değerler olmak kaydıyla düzgün dağılıma sahip bir rastgele değişken olarak tanıtılmıştır. Sonsal parametrelerMarkov Zinciri Monte Carlo simülasyonu ile tahmin edilmiştir. Elde edilen sonuçlar, bir kırılma noktasının varlığını ve bir noktadan sonra yansımayan satışların anlamlı bir şekilde azaldığını göstermektedir. Üstelik bu kırılma noktasının proje başlangıç tarihiyle örtüştüğü görülmektedir. Bu sonuçlar odak firmada yürütülen süreç yeniden yapılandırma projesinin başarıya ulaştığını ispatlamaktadır. Bu çalışmadan elde edilen sonuçlar, Bayesçi yöntemlerin akaryakıt dağıtımı gibi karmaşıklığın ve belirsizliğin yüksek olduğu tedarik zincirlerinde daha fazla problem üzerinde uygulanması gerektiğini göstermektedir