Additional file 2: Figure S2. of The MarR-like protein PchR (YvmB) regulates expression of genes involved in pulcherriminic acid biosynthesis and in the initiation of sporulation in Bacillus subtilis

Effect of iron starvation on the expression of cypX and yvmB. The BFA815 (cypX::lacZ) and BSAS108 (pyvmB’-lacZ) strains were cultivated in LB medium until OD600 of 1. Samples of 2 ml of the cultures were spread onto solid LB medium containing 20 μg.ml−1 X-gal. A drop of 10 μl 10 mM bipyridyl was deposited at the center of each plate. Blue rings corresponded to expression of the fusion in cells around the inhibition zone of bipyridyl drops. (PDF 75 kb

Contributions maternelles et zygotiques à la reprogrammation des enhancers chez les embryons bovins pré-implantoires

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Impact d’un environnement diabétique sur le développement embryonnaire précoce

International audienceDiabète et obésité, de prévalence croissante, ont un abaissement de l’âge de survenue. Les 1ers signes affectent désormais les femmes en âge de procréer. De nombreuses grossesses sont alors affectées par une hyperglycémie associée à une hyperinsulinémie compensatrice en période péri-conceptionnelle sans en connaître les conséquences sur la descendance (1). Des perturbations de l’environnement in utero peuvent programmer un risque accru de développer ces mêmes pathologies métaboliques à l’âge adulte (2-3). Nous étudions l’effet d’une supplémentation en glucose (15mM) et/ou en insuline (1,7µM) sur le développement in vitro d’embryon de lapin. Les embryons, collectés au stade 1 cellule, sont mis en culture jusqu‘au stade blastocyste, stade composé de deux compartiments, la masse cellulaire interne (individu) et le trophectoderme (placenta). Les transcriptomes ont été réalisés par RNA-Seq. Un développement en présence de glucose induit un nombre de gène différentiellement exprimé (DEG) plus important dans le trophectoderme que dans la masse cellulaire interne (104vs35), gènes impliqués dans la prolifération, l’apoptose, la différenciation et le remodelage de la chromatine. Après un développement en présence de glucose et d’insuline, le nombre DEG est plus faible dans le trophectoderme que dans la masse cellulaire interne (15vs104). Les voies dérégulées sont impliquées dans la prolifération, la différenciation, la transcription, la phosphorylation oxydative et le stress oxydant. Dans les deux conditions, les embryons présentent une augmentation dans la masse cellulaire interne de l’expression de gènes impliqués dans la différenciation du trophectoderme. Nous montrons qu’un développement de l’embryon en condition (pré)-diabétique induit une dérégulation de voies impliquées dans le métabolisme énergétique, la prolifération et la différenciation avec une altération de l’allocation des cellules au placenta, organe clé dans la médiation de la programmation. La dérégulation des gènes impliqués dans le remodelage de la chromatine suggère un impact au niveau de la régulation épigénétique de l’expression des gènes

Epigenetic programming of the rabbit preimplantation embryo in a diabetic context

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Epigenetic biomarkers for environmental enrichment and parity in pregnant sows

Session 10. Impact of epigenetics and genetics in determining animal physiologyInternational audienceChanges in the blood cells’ epigenome, such as variations in DNA methylation, have been proposed as markers of the long-term effects of various factors in humans and in livestock. Therefore, this study aimed to identify pan-genomic DNA methylation variations in association with the well-being of animals submitted to contrasted welfare states. Pregnant sows of mixed parities (low parity (LP) – 2nd and 3rd gestation and high parity (HP) – 4th gestation or higher) were housed in two contrasting conditions throughout gestation (0 to 105 days): in a conventional system on a slatted floor (C: LP, n=9 and HP, n=6) or in an enriched system on accumulated straw with additional space per sow (E: LP, n=6 and HP, n=7). At gestation day 98, pan-genomic DNA methylation from the sows’ blood mononuclear cells was analysed by reduced representation bisulphite sequencing (RRBS), following the lab’s protocol. Only CpGs sites covered by at least 10 uniquely mapped reads (CpG10) were retained and filtered out using a list of 105,171 known Single Nucleotide Polymorphisms (SNPs). Methylation percentages at each CpG10 were calculated and cluster analyses were conducted. Differentially methylated cytosines (DMCs) were identified using methylKit v1.0. (Δmeth≥25% and adjusted P-value <1%) considering the following comparisons: [LPvsHP]C and [LPvsHP]E (parity effect); [CvsE]LP and [CvsE]HP (system effect). Cluster analyses revealed a clear separation corresponding to parity groups. [LPvsHP] displayed more DMC in C (5,391) than in E (3,886) with a similar loss of methylation (53 and 55% in C and E, respectively). Regarding the housing effect, the contrast [CvsE] displayed more DMCs in HP (2,769) than in LP sows (2,183), with an equal number of hypo and hyper DMCs. DMC-targeted genes were mostly associated with cell migration and adhesion, and other immune processes. Taken together, these results suggest that parity has a stronger effect on the immune cells’ methylome than the housing system

Caractérisation des trajectoires de différenciation des cellules germinales au cours de la différenciation de l'ovaire fœtal chez le lapin

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Programmation épigénétique de l’embryon pré-implantatoire en situation diabétique : approche multi-omique chez le lapin

International audienceDes perturbations de l’environnement pendant des périodes clés du développement du mammifère affectent le développement de l’embryon et ont un impact sur le phénotype adulte. Il est actuellement suggéré une médiation de ces effets par des mécanismes épigénétiques. Afin d’identifier les mécanismes impliqués dans la sensibilité de l’embryon pré-implantatoire face aux variations métaboliques de son micro-environnement, nous développons des approches multi-omiques sur l’embryon de lapin. Dans ce travail, nous nous intéressons aux conséquences d’un environnement péri-conceptionnel riche en glucose et en insuline, caractéristiques des 1ers signes du diabète dont la prévalence chez des femmes de plus en plus jeunes est accrue. Nous émettons l’hypothèse qu’un environnement hyperglycémique/hyperinsulinémique dans les 1ers jours de développement dérégule les mécanismes épigénétiques conduisant à une programmation à long terme. Pour tester cette hypothèse, nous déterminons l'impact d'une supplémentation en glucose et/ou en insuline sur le transcriptome et l’épigénome de l’embryon de lapin développé in vitro. Les transcriptomes de la masse cellulaire interne (futur individu) et du trophectoderme (futur placenta) ont été obtenus par RNA-Seq. Les toutes 1ères analyses montrent une sensibilité plus importante du trophectoderme face à une culture en présence de glucose et/ou d’insuline, comparativement à la masse cellulaire interne. Dans le trophectoderme, le glucose dérégule l’expression de gènes impliqués dans le cycle cellulaire, la phosphorylation oxydative mais également dans la méthylation des histones. Ces altérations sont moindres lors d’une culture en présence de glucose et d’insuline. Une analyse approfondie des gènes candidats est en cours. Nous déterminerons ensuite le méthylome de la masse cellulaire interne et du trophectoderme de ces embryons par RRBS (Reduced Representation Bisulfite Sequencing). Le profil de méthylation des CpG sera analysé afin de déterminer les régions différentiellement méthylés (DMR) dont l'emplacement permettra d'identifier les gènes candidats. Afin de déterminer le lien entre altération de l’expression des gènes et modifications épigénétiques, nous intègrerons les données de transcriptome et de méthylome. Selon les résultats obtenus, nous effectuerons un profilage métabolomique par 1H RMN des milieux de culture ayant contenu les embryons. Nous envisageons également de déterminer les profils métabolomiques de la masse cellulaire interne et du trophectoderme. L’établissement d’un spectre RMN sur petite quantité de matériel est en cours de mise au point (CI-EndoMetaBryo-2019). L’intégration de ces données omiques nous permettra d’identifier les voies altérées par le glucose et l’insuline au sein des deux compartiments embryonnaires

Single-cell RNA Transcriptome Atlas of the Developing Fetal Rabbit Ovary

International audienceIn mammals, the formation of the ovary begins early during fetal development by the differentiation of gonadal supporting cells into ovarian pre-granulosa cells. Subsequently, female germ cells differentiate and acquire the ability to enter meiosis. Meiosis initiation is a crucial step for the production of functional haploid gametes. The onset of meiosis is driven by interactions between somatic cells and germ cells and it is controlled by a strict transcriptomic program. While this process occurs almost synchronically in the mouse ovary, germ cells enter meiosis between 24- and 28-days post-conception (7 to 3 days before birth) and coexist with proliferating germ cells in the rabbit ovary. The asynchrony of the transition from mitosis to meiosis results in heterogeneity in the female ovarian cell populations, which make difficult the study of the mechanisms involved in meiosis initiation and progression. To further understand the process of ovarian differentiation at the level of the individual cell populations, we used the 10X Genomics single-cell RNA-seq technology (scRNA-seq) and analyzed the transcriptional profiles of two independent replicates of 8 000 single ovarian cells collected from 24 and 28-days dpc rabbit fetal ovaries. Hierarchical clustering analysis of our data set revealed 14 distinct clusters at both stage. To classify each cell population, we analyzed the transcriptional profiles of established cell type–specific markers. Among them, we listed WNT6 and LGR5 as pre-granulosa cells markers, CYP17A1 as steroidogenic cells marker, NR2F2 as mesenchymal cells marker, DDX4 and POU5F1 as germ cells markers, STRA8 and REC8 as early meiotic germ cells markers and SPO11 and SYCP3 as late meiotic germ cell markers. These findings provide the first global view of cellular differentiation in a window of time which correspond to the onset of meiosis in the rabbit ovary

Identification of the Inner Cell Mass and the Trophectodermtranscriptomic and epigenomic responses after an in vitro exposure to glucose and insulin during the preimplantation period in the rabbit embryo

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The Transcription Factor DMRT1 Regulates Germ Cell Differentiation and Meiosis in the Rabbit Fetal Ovary

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