Frequency of common CYP3A5 gene variants in healthy Polish newborn infants

Cytochrome P450 monooxygenases catalyze the metabolism of approximately 40-60 % of widely used drugs with a A6986G CYP3A5 polymorphism determining expresser (A6986, *1) and reduced- expresser (*3) variants with modified drug metabolism activity. In this report, the allele frequency of CYP3A5 *1 and *3 (A6986 or G6986, respectively) was analyzed by the PCR-RFLP technique in a cohort of 200 Polish newborns from the West Pomeranian region. Of the studied group, 1 % (n = 2/200) proved homozygous for the CYP3A5*1 allele, 89 % (n = 178/200) for the *3 allele, and 10 % (n = 20/200) were heterozygous for *1/*3. Similar frequencies were found in other Caucasian European populations. This study provides basic genetic data related to the metabolism of drugs, with a narrow therapeutic window in a Polish population. Key words: CYP3A5 variants, pharmacogenetics, drug metabolis

Key genetic variants in the renin-angiotensin system and left ventricular mass in a cohort of Polish patients with heart failure

Background: Heart failure (HF) is a complex disease that is under the control of different physiological systems. Left ventricular mass (LVM) is a strong predictor of HF. The renin-angiotensin system (RAS) may contribute to the pathogenesis of HF and LVM.Aims: The aim of this study is to examine the association between RAS genetic variants and HF and LVM in the cohort of Polish patients with HF.Methods: The study included 401 patients with HF. Two-dimensional M-mode echocardiography was used to assess LVM. Genomic DNA was extracted from blood, and genotyping of the angiotensin-converting enzyme (ACE) (rs4646994), angiotensinogen (AGT) (rs5051), and angiotensin II receptor type 1 (AGTR1) (rs5186) polymorphisms was carried out using polymerase chain reaction (PCR).Results: A significant association was found between HF and the genotypes of G(–6)A AGT, and the homozygotes AA of AGT were significantly less common in the HF vs control group.The results of this study did not confirm the relationship between AGT, ACE and AT1R genetic variants with LVM in Polish patients with HF.Conclusions: Our results suggested that AGT polymorphism may play a protective role in the development of HF

Risk of All-Cause Mortality in HIV Infected Patients Is Associated with Clinical, Immunologic Predictors and the CCR5 Δ32 Deletion

OBJECTIVE: Investigation of the interplay between the CCR5 Δ32/wt genotype and demographic, epidemiological, clinical and immunological factors associated with mortality in the cART era. DESIGN: Longitudinal data from 507 HIV-infected patients following the Δ32 allele detection were analyzed. METHODS: Cumulative 15 years mortality was calculated using Kaplan-Meyer methodology. Hazard ratios were estimated using univariate Cox models. Basing on Akakie information criteria and statistical significance multivariate Cox model was constructed and effect plots presenting adjusted hazard ratio time-dependency were drawn. Analysis of the association of all-cause mortality and CCR5 Δ32/wt genotype prior to the antiretroviral treatment (cART) initiation (n = 507) and on the therapy (n = 422) was also performed. RESULTS: A mortality rate of 2.66 (CI 2.57-3.19) per 100 person-years was observed. Univariate analysis factors modifying the risk of death included the CCR5 genotype, gender, history of cART, AIDS diagnosis and also CD4 lymphocyte nadir, zenith, the latest CD4 count and stable levels >500 cells/µl. For multivariate analysis the following predictors were selected: CCR5 genotype (HR for wt/wt 2.53, CI 1.16-5.53, p = 0.02), gender (HR for males 1.91, 95%CI 1.1-3.36, p = 0.023), introduction of combined antiretroviral treatment (HR 4.85, CI 3.0-7.89, if untreated or treated <1 month, p<0.0001) CD4 count of 500 cells/µl for six months or more (HR 4.16, CI 1.95-8.88 if not achieved, p = 0.028), the latest CD4 count (HR 5.44, CI 3.39-8.74 for <100 cells/µl, p<0.0001) and history of AIDS (HR 1.69, CI 1.03-2.79, p = 0.039). Among untreated individuals the Δ32/wt genotype was associated with notably better survival (p = 0.026), while among cART treated individuals the Δ32 mutation did not correlate significantly with higher survival rates (p = 0.23). CONCLUSIONS: The Δ32 CCR5 allele is associated with a reduction of the risk of all-cause mortality in HIV (+) patients alongside clinical and immunologic predictors such as AIDS, history of cART, lymphocyte CD4 cell count and gender

Ocena częstości występowania mutacji genów BRAF, KRas oraz metylacji genu RASSF1A w wolu guzkowym na podstawie badania materiału cytologicznego uzyskanego drogą biopsji aspiracyjnej cienkoigłowej

  Introduction: Standard pre-operative diagnosis of nodular goitre is not always conclusive. The decision about nodular goitre surgery is increasingly based on molecular methods. The aim of the study was to determine BRAF T1799A mutation and KRas proto-oncogene mutation, and the analysis of RASSF1A promoter methylation level in cytological material obtained from FNAB specimens of thyroid nodules. Material and methods: The study population consisted of 85 women and 12 men. The study material was genomic DNA isolated from peripheral blood and thyroid bioptates. Pyrosequencing was used for the evaluation of RASSF1 methylation level. KRas mutation was investigated with Sanger sequencing. BRAF mutation was analysed by standard methods of real-time amplification detection (real-time PCR) with the use of specific starters surrounding the mutated site. Results: A significant positive correlation was demonstrated between mean methylation of four CpG islands of RASSF1A gene and thyroid tumour volume and its largest diameter (p &lt; 0.05). KRas mutation was not detected in any of the 97 patients. In 7/85 subjects (8.2%) BRAF mutation was observed. In 6/7 patients with BRAF mutation, FNAB of thyroid nodules confirmed a benign nature of the lesions; the material was non-diagnostic in one patient, and papillary thyroid cancer was diagnosed on the basis of postoperative histopathology assessment. Conclusions: The results of genetic tests reported in our study indicate that the presence of BRAF mutation or higher RASSF1A methylation levels in FNAB cytology specimens of benign lesions may be useful in the assessment of oncological risk, while the evaluation of KRas proto-oncogene mutation is not a valuable test in pre-operative diagnosis of nodular goitre. (Endokrynol Pol 2015; 66 (5): 384–393)    Wstęp: Na podstawie standardowej przedoperacyjnej diagnostyki wola guzkowego nie zawsze uzyskuje się jednoznaczne rozpoznanie. Coraz częściej w kwalifikacji wola guzkowego do zabiegu operacyjnego wykorzystywane są metody badań molekularnych. Celem pracy było oznaczenie mutacji T1799A genu BRAF i mutacji protoonkogenu KRas oraz analiza stopnia metylacji promotora genu RASSF1A w materiale komórkowym uzyskanym z guzków tarczycy na drodze biopsji aspiracyjnej cienkoigłowej. Materiały i metody: Badaniami objęto 85 kobiet i 12 mężczyzn. Materiał do badań stanowił genomowy DNA wyizolowany z krwi obwodowej pacjentów oraz z bioptatów tarczycy. Do oceny stopnia metylacji genu RASSF1 wykorzystano metodę pirosekwencjonowania. Mutacje genu KRas badano metodą sekwencjonowania Sangera. Do oznaczania mutacji BRAF użyto standardowej metodologii detekcji amplifikacji w czasie rzeczywistym (real-time PCR) z zastosowaniem specyficznych starterów otaczających miejsce zmutowane. Wyniki: Wykazano, że średnia metylacji czterech wysp CpG w genie RASSF1A znamiennie, dodatnio koreluje z objętością guza tarczycy i największym wymiarem guza (p &lt; 0,05). U żadnej z 97 osób nie stwierdzono mutacji Kras. U 7/85 badanych (8,2%) stwierdzono obecność mutacji genu BRAF. U 6/7 osób z obecnością mutacji BRAF, BAC guzków tarczycy wykazała łagodny charakter tych zmian, u jednej osoby otrzymano materiał niediagnostyczny, a na podstawie pooperacyjnego badania histopatologicznego rozpoznano raka brodawkowatego tarczycy. Wnioski: Otrzymane wyniki badań genetycznych wskazują, że obecność mutacji genu BRAF lub wyższego odsetka metylacji genu RASSF1A w materiale cytologicznym z biopsji aspiracyjnej cienkoigłowej zmiany cytologicznie łagodnej może mieć znaczenie w ocenie zagrożenia onkologicznego, podczas gdy ocena mutacji protonkogenu KRas nie jest przydatna w diagnostyce przedoperacyjnej wola guzkowego. (Endokrynol Pol 2015; 66 (5): 384–393)

The I/D ACE gene polymorphism and antihypertensive efficacy of losartan in patients with primary hypertension

Wstęp Polimorfizm insercyjno/delecyjny (I/D) genu ACE kodującego konwertazę angiotensyny I jest najchętniej analizowanym i najlepiej przebadanym wariantem sekwencji w genomie. Jego istotne znaczenie czynnościowe sprawia, że jest częstym obiektem badań typu analizy związku w odniesieniu do praktycznie wszystkich chorób układu sercowo-naczyniowego i ich powikłań. Trwają badania dotyczące związku polimorfizmu I/D genu ACE z pierwotnym nadciśnieniem tętniczym oraz farmakogenetyką leków hipotensyjnych, w tym antagonistów receptora angiotensyny II (ARB). Celem niniejszej pracy była ocena związku pomiędzy polimorfizmem I/D genu ACE a działaniem hipotensyjnym losartanu (podawanego przez 8 tygodni) u chorych na pierwotne nadciśnienie tętnicze. Materiał i metody Do badania włączono 50 osób (40 mężczyzn i 10 kobiet) w wieku średnio 47 &plusmn; 8 lat, z nadciśnieniem tętniczym (stopień I-II wg ESH/ /ESC, 2007). Wszyscy chorzy przez 8 tygodni byli poddawani leczeniu antagonistą receptora angiotensyny II - losartanem w dawce 50 mg raz na dobę. W przypadku braku normalizacji ciśnienia (< 140/90 mm Hg) po 4 tygodniach zwiększano dawkę leku do 100 mg raz na dobę. U wszystkich osób włączonych do badania wykonywano pomiary ciśnienia tętniczego metodą tradycyjną (przed oraz po 4 i 8 tygodniach leczenia), całodobową rejestrację ciśnienia tętniczego (ABPM) i podstawowe badania biochemiczne przed i po 8 tygodniach leczenia; oznaczano też stężenia angiotensyny II w osoczu i aktywność reninową osocza (ARO) w warunkach podstawowych oraz po 8 tygodniach terapii. Genotypy I/D ACE określano metodą łańcuchowej reakcji polimerazy (PCR). Wyniki W badanej grupie chorych stwierdzono: 10 homozygot II (20%), 25 heterozygot ID (50%) oraz 15 homozygot DD (30%). Częstość występowania allelu I wynosiła 45%, a allelu D - 55%. Pomiędzy pacjentami o różnych genotypach nie stwierdzono istotnych różnic w zakresie wieku, płci, wskaźnika masy ciała, parametrów przemiany lipidowej oraz wyjściowych wartości skurczowego (SBP) i rozkurczowego (DBP) ciśnienia tętniczego. Po 8 tygodniach leczenia u wszystkich pacjentów stwierdzono istotne obniżenie zarówno SBP, jak i DBP w pomiarach tradycyjnych oraz ABPM. Dawkę losartanu zwiększono do 100 mg u 23 osób, w tym u 7 (70%) z genotypem II, 12 z genotypem ID (48%) i 4 z genotypem DD (27%). Po 8 tygodniach leczenia wartość DBP poniżej 90 mm Hg osiągnięto u wszystkich chorych z genotypem DD. Zarówno wartości SBP,jak i DBP po 8 tygodniach leczenia były istotnie niższe u osób z genotypem DD niż u pacjentów z allelem I (ID lub II). Wnioski Wyniki badania wskazują na związek pomiędzy polimorfizmem I/D genu ACE a działaniem hipotensyjnym wywieranym przez antagonistę receptora angiotensyny II - losartan. Nadciśnienie Tętnicze 2007, tom 11, nr 6, strony 498-504.Background The insertion/deletion (I/D) ACE gene polymorphism seems the most widely studied sequence variant of human genome. Although evidence implicates the linkage of ACE locus and the risk for arterial hypertension, there are confounding data regarding association of ACE gene polymorphism with blood pressure (BP) response to antihypertensive therapy in patients with essential hypertension. Therefore the aim of our study was to evaluate the association between I/D ACE polymorphism and antihypertensive efficacy of an angiotensin II receptor blocker - losartan. Material and methods Fifty patients (mean age 47 &plusmn; 8 years) with essential hypertension (stage I-II , ESH/ESC, 2007) were included into the study. The patients were treated with losartan starting from dose of 50 mg once daily. The dose could be increased up to 100 mg once daily if there was no normalization of blood pressure after 4 weeks of treatment. The ambulatory BP measurements (ABPM), clinic BP measurements as well as evaluation of plasma renin activity and serum angiotensin II concentration measurements were performed before and after 8 weeks of treatment. The ACE genotypes were identified by PCR method. Results The frequency distribution of ACE genotypes were as follows: 20% II homozygotes, 50% ID heterozygotes and 30% DD homozygotes. There were no significant differences in clinic characteristics and baseline BP levels among II, ID or DD patients. After 8 weeks of treatment significant decrease of BP levels both in clinic measurements and ABPM was noted regardless of ACE genotype. Losartan dose was titrated in 7 patients with II genotype (70%), 12 patients with ID genotype (48%) and in 4 patients with DD genotype (27%). Patients with DD genotype were characterized by lower systolic and diastolic BP levels after 8 weeks of treatment as compared with carriers of the I allele (ID or II). Conclusions Our results suggest the association between I/D ACE gene polymorphism and the hypotensive effect of losartan.Arterial Hypertension 2007, vol. 11, no 6, pages 498-504

Perioperative factors influencing the mortalit

WSTĘP: Tętniaki aorty brzusznej są uznaną przyczyną zwiększonej śmiertelności w populacji europejskiej. Dlatego ważna jest identyfikacja śródoperacyjnych czynników ryzyka zgonu w okresie okołooperacyjnym. MATERIAŁ I METODY: Prospektywnym badaniem obserwacyjnym, przeprowadzonym w Klinice Chirurgii Naczyniowej Pomorskiego Uniwersytetu Medycznego w Szczecinie, objęto grupę 95 pacjentów z tętniakiem aorty brzusznej w odcinku podnerkowym. Na podstawie kryteriów TASC pacjentów zakwalifikowano do implantacji protezy naczyniowej. Analizowano wpływ czynników hemodynamicznych i metabolicznych na śmiertelność okołooperacyjną. Obserwację badanej populacji prowadzono przez 28 dni. WYNIKI: Wykazano, że wzrost stężenia mleczanów, potasu oraz spadek wartości pH szczególnie w pierwszych minutach po odklemowaniu aorty były zasadniczymi czynnikami zwiększającymi śmiertelność w okresie okołooperacyjnym. Ponadto ryzyko zgonu było zwiększone, jeśli poza znieczuleniem ogólnym nie zastosowano znieczulenia regionalnego. Poza tym nie wykazano istotnego wpływu pozostałych badanych czynników. WNIOSKI: Zastosowanie znieczulenia zewnątrzoponowego u pacjentów poddawanych operacjom tętniaków aorty brzusznej jest istotnym, niezależnym czynnikiem zmniejszającym śmiertelność we wczesnym okresie pooperacyjnym. Natomiast zmniejszenie wartości pH, wzrost stężenia potasu i mleczanów w pierwszych minutach po odklemowaniu aorty może być przydatnym wskaźnikiem służącym do identyfikacji pacjentów zagrożonych zwiększonym ryzykiem zgonu we wczesnym okresie pooperacyjnym.INTRODUCTION: Abdominal aorta aneurysm is a recognized cause of death for the European population. The identification of intra-operative risk factors for perioperative death is of crucial importance for the society. MATERIAL AND METHODS: A prospective observational study was conducted in the Vascular Surgery Department of the Pomeranian Medical University in Szczecin, Poland. The study group consisted of 95 patients, diagnosed with abdominal aorta aneurysm in the sub-renal region scheduled for an operative procedure of straight vascular graft implantation. Patient qualification was fulfilled according to TASC criteria. The influence of preoperative factors, hemodynamic and metabolic parameters on the risk of death in the study population was analyzed. Postoperatively, observation was continued for 28 days. RESULTS: In this study group an increase of lactate, potassium levels or pH decrease during the first minute post cross-clamp release were significant risk factors for perioperative death. The importance of metabolic parameters is a recognized risk factor, however their statistical significance within the first minute post cross-clamp release is in our opinion of crucial importance. Additionally, significantly higher mortality was reported among patients without epidural anaesthesia. No importance of other analyzed parameters was found. CONCLUSIONS: Epidural anaesthesia is an independent factor decreasing mortality in the early postoperative period in patients undergoing abdominal aorta aneurysm repair. A decrease of pH value and increase of lactate and K+ levels within the first minute after aortic cross-clamp release may be a valuable tool in identifying patients with an increased risk of perioperative death after abdominal aorta prosthesis implantation

rs67047829 genotypes of ERV3-1/ZNF117 are associated with lower body mass index in the Polish population

There is now substantial evidence that zinc-finger proteins are implicated in adiposity. Aims were to datamine for high-frequency (near-neutral selection) pretermination-codon (PTC) single-nucleotide polymorphisms (SNPs; n = 141) from a database with > 550,000 variants and analyze possible association with body mass index in a large Polish sample (n = 5757). BMI was regressed (males/females together or separately) against genetic models. Regression for rs67047829 uncovered an interaction-independent association with BMI with both sexes together: mean ± standard deviation, kg/m2: [G];[G], 25.4 ± 4.59 (n = 3650); [G](;)[A], 25.0 ± 4.28 (n = 731); [A];[A], 23.4 ± 3.60 (n = 44); additive model adjusted for age and sex: p = 4.08 × 10–5; beta: − 0.0458, 95% confidence interval (CI) − 0.0732 : − 0.0183; surviving Bonferroni correction; for males: [G];[G], 24.8 ± 4.94 (n = 1878); [G](;)[A], 24.2 ± 4.31 (n = 386); [A];[A], 22.4 ± 3.69 (n = 23); p = 4.20 × 10–4; beta: − 0.0573, CI − 0.0947 : − 0.0199. For average-height males the difference between [G];[G] and [A];[A] genotypes would correspond to ~ 6 kg, suggesting considerable protection against increased BMI. rs67047829 gives a pretermination codon in ERV3-1 which shares an exonic region and possibly promoter with ZNF117, previously associated with adiposity and type-2 diabetes. As this result occurs in a near-neutral Mendelian setting, a drug targetting ERV3-1/ZNF117 might potentially provide considerable benefits with minimal side-effects. This result needs to be replicated, followed by analyses of splice-variant mRNAs and protein expression.The POPULOUS database was the outcome of the project TESTOPLEK which was funded by the Innovative Economy Operational Programme provided by the European Regional Development Fund 2007–2013. This source had no involvement in the study other than funding for the database

Analysis for genotyping Duffy blood group in inhabitants of Sudan, the Fourth Cataract of the Nile

<p>Abstract</p> <p>Background</p> <p>Genetic polymophisms of the Duffy antigen receptor for the chemokines (DARC) gene successfully protected against blood stage infection by <it>Plasmodium vivax </it>infection. The Fy (a-, b-) phenotype is predominant among African populations, particularly those originating from West Africa, and it is rare among non-African populations. The aim of this study was to analyse the frequency of four Duffy blood groups based on SNPs (T-33C, G125A, G298A and C5411T) in two local tribes of Sudanese Arabs, the <it>Shagia </it>and <it>Manasir</it>, which are both from the region of the Fourth Nile cataract in Sudan.</p> <p>Methods</p> <p>An analysis of polymorphisms was performed on 217 individuals (126 representatives of the <it>Shagia </it>tribe and 91 of the <it>Manasir)</it>. Real-time PCR and TaqMan Genotyping Assays were used to study the prevalence of alleles and genotypes.</p> <p>Results</p> <p>The analysis of allelic and genotype frequency in the T-33C polymorphisms demonstrated a significant dominance of the <it>C </it>allele and <it>CC </it>genotype (OR = 0.53 [0.32-0.88]; p = 0.02) in both tribes. The G125A polymorphism is associated with phenotype Fy(a-, b-) and was identified in 83% of <it>Shagia </it>and 77% of <it>Manasir</it>. With regard to G298A polymorphisms, the genotype frequencies were different between the tribes (p = 0,002) and no single <it>AA </it>homozygote was found. Based on four SNPs examined, 20 combinations of genotypes for the <it>Shagia </it>and <it>Manasir </it>tribes were determined. The genotype <it>CC/AA/GG/CT </it>occurred most often in <it>Shagia </it>tribe (45.9%) but was rare in the <it>Manasir </it>tribe (6.6%) (p < 0.001 <it>Shagia </it>versus <it>Manasir</it>). The <it>FY*A^ES</it>allele was identified in both analysed tribes. The presence of individuals with the <it>FY*A/FY*A </it>genotype was demonstrated only in the <it>Shagia </it>tribe.</p> <p>Conclusion</p> <p>This is probably the first report showing genotypically Duffy-negative people who carry both <it>FY*B^ES</it>and <it>FY*A^ES</it>. The identification of the <it>FY*A^ES</it>allele in both tribes may be due to admixture of the non-African genetic background. Taken as a whole, allele and genotype frequencies between the <it>Shagia </it>and the <it>Manasir </it>were statistically different. However, the presence of individuals with the <it>FY*A/FY*A </it>genotype was demonstrated only in the <it>Shagia </it>tribe.</p