Methodology proposal for the location of microsatellites in the equine genome

We present a relatively simple methodology for the detection of microsatellite sequences in partial genetic libraries in plasmids, consisting mainly in a new DNA extraction protocol and the use of a probe (TG)7T to locate different types of microsatellites.Se presenta una metodología relativamente sencilla para la detección de secuencias microsatélites a partir de genotecas parciales en plásmidos, que consiste fundamentalmente en un nuevo protocolo de extracción de DNA y el empleo de una sonda (TG)7T para localizar diferentes tipos de microsatélites

Analysis of genetic markers in a sample of uruguayan criollo horses

The aim of this work is to charaterize at least tentatively the Criollo Horses of Uruguay through blood genetic markers. This breed, whose origin goes back to horses brought to Rio de la Plata in 1538 from Spain, nowadays, after more than four centuries in its environment, owns unique zootechnical traits and well developed rusticity. We have studied 7 systems of blood groups (A, C, D, K, P, Q and U) and 6 of biochemical polymorphisms (A1B, Al, Tf, alk-Es, PGD, PGM) in a sample of 99 Criollo Horses of Uruguay. The most polymorphic loci were the D blood group system with 13 alleles, Ddelo, Dadl and Ddkl being the 3 most frequent ones, and the Tf locus, that displayed 7 alleles, D and F2 having the highest frequency. The genetic variability of the sample was estimated through the average heterozigosity that reached a value of 0.435. Concerning the origin of the breed, we have to stress the presence in our sample of TfJ and Dcfgk, breed allele markers of the Spanish Pure Breed Horse. We conclude from these results that the present days Criollo Horses of Uruguay have preserved some blood genetic traits of its ancestors that differentiate them from the other Criollo Horses, displaying at the same time an important amount of genetic variability as shown by the high value of average heterozigosity.En esta comunicación preliminar, presentamos la evaluación de las frecuencias alélicas obtenidas en 7 sistemas de grupos sanguíneos (A, C, D, K, P, Q y U) y 6 polimorfismos bioquímicos (A1B, Al, Es alcalina, Tf, PGD y PGM) en una muestra de 99 Caballos Criollos del Uruguay (CCU). Los sistemas más polimórficos fueron el sistema D, con 13 alelos siendo los más frecuentes: Ddelo, Dadl y Ddkl, y el locus Tf con 7 alelos siendo los más frecuentes: D y F2. Todos los sistemas electroforéticos se encontraron en equilibrio génico. La variabilidad genética de la muestra estudiada se estimó mediante el Índice de Heterocigosidad esperada, el cual presentó un valor de 0,435. En la muestra analizada se destaca la presencia de la variante TfJ y del alelo Dcfgk, marcadores característicos de la Pura Raza Española (PRE). Se puede concluir que estos datos proporcionan información de que los Caballos Criollos Uruguayos conservan parte del potencial genético de sus ancestros, manteniendo características propias y diferentes a la de las otros Caballos Criollos. En cuanto a la variabilidad genética, a pesar de ser una muestra pequeña, presentó un índice de heterocigosidad bastante alto

Frecuencias génicas de grupos sanguíneos y polimorfismos proteicos en el caballo de raza andaluza: comparación con cuatro razas de caballo americanas

Gene frecuencies at seventeen blood group and protein polymorphism loci for the andalusian horse breed are given. Standard methods of starch and polyacrylamide gel electrophoresis were used to identify inherited variants at the following enzyme and other protein loci: albumin (Al), transferrin (Tf), carboxylesterase (Es), A1B glycoprotein (Xk), vitamin D binding protein (Gc), protease inhibitor (Pi), 6-phosphogluconate dehydrogenase (PGD), phosphoglucomutase (PGM) and glucosephosphate isomerase (GPI). Polyacrylamide gel isoelectric focusing was used for haemoglobin (Hb). Standard hemaglutination and complement mediated hemolysis were used to detect red cell alloantigens at the following loci: A, C, D, K, P, Q and U. These data are used to calculate the effectiveness of the battery of tests for recognizing incorrect paternity (Pex) in this breed and to calculate Nei’s measures of normalized genetic identity (I) and standard genetic distance (D) between two populations (Nei, 1972), applied to studies of breed relationships between Andalusian and Paso Fino, Paso Peruano, Quarter and Morgan horses (Blood group and protein polymorphism gene frequencies for Paso Fino, Paso Peruano, Morgan and Quarter horses are from Trommershausen-Bowling & Clark, 1985).Se presentan las frecuencias génicas de diecisiete loci de grupos sanguíneos y polimorfismos bioquímicos en el caballo Andaluz. Se emplearon métodos estándar de electroforesis en geles de almidón y poliacrilamida para identificar las variantes hereditarias de los siguientes loci proteicos: albúmina (Al), transferrina (Tf), carboxilesterasa (Es), A1B glucoproteína (Xk), proteína de unión a la vitamina D (Gc), inhibidor de proteasas (Pi), 6- fosfogluconato deshidrogenasa (PGD), fosfoglucomutasa (PGM), glucosa-fosfato isomerasa (GPI). Para la hemoglobina (Hb) se utilizó isoelectroenfoque en gel de poliacrilamida. Se emplearon hemólisis mediada por el complemento y hemaglutinación estándar para detectar aloantígenos de grupos sanguíneos de los siguientes loci: A, C, D, K, P, Q y U. Estos datos se utilizan para calcular la eficacia de la batería de tests para reconocer paternidades incorrectas (Pex) en esta raza y para calcular la medidas de identidad genética normalizada (I) y distancia genética estándar de Nei entre dos poblaciones (Nei, 1972), aplicadas a estudios de parentesco entre las razas de caballo Andaluz y Paso Fino, Paso Peruano, Morgan y Cuarto de milla (los valores de frecuencias génicas de grupos sanguíneos y polimorfismos bioquímicos de las razas Paso Fino, Paso Peruano, Morgan y Cuarto de milla proceden de Trommershausen- Bowling y Clark, 1985)

Genetic characterization of uruguayan creole cattle. II. Study of its genetic variability

Animal genetic diversity is considered essential to sustain the productivity of agriculture. FAO estimates that 30 percent of livestock breeds are at risk of extinction and more than half of these breeds are found in developing countries. Previous genetic research upon American Creole Cattle (Argentina, Colombia, Venezuela, Cuba) valuate these breeds, being considered of interest to maintain and enhance livestock production. In Uruguay, limited by different geographic barriers, about 600 bovines inhabit in hard environment in areas that cannot sustain conventional farming. Aspect of Uruguayan Creole cattle is similar to that observed in certain American and Iberian breeds. Analysis of breed genetic variability involved the utilization of PCR/RFLP technology in 82 DNA samples for milk proteins (casein and lactoglobulin), amplification of 20 samples for CYP21 microsatellite and the use of protein markers such as haemoglobin in 77 animals. Inbreeding index and expected Heterocigosity considering four loci were F= 0.02 and He= 0.487. Genotypic frequency distribution was in accordance with Hardy-Weinberg equilibrium. Genetic variation estimated, reinforced by the low inbreeding index, strengthen the need of preservation of Uruguayan Creole Cattle as a domestic animal genetic resource.Se tomaron muestras de ADN por la metodología PCR/RFLP para las proteínas de la leche caseína y lactoglobulina, 20 muestras para el microsatélite CYP21 (esteroide 21-hidroxilasa) y 77 animales para hemoglobina mediante electroforesis en gel de almidón. Los índices de endogamia y de heterocigosidad correspondieron a F= 0,02 y He= 0,487. Las frecuencias genotípicas se distribuyeron de acuerdo a los valores esperados para el equilibrio H.W. El bajo índice de endogamia obtenido en los 4 loci analizados, la relación entre el número de genotipos homocigotos y heterocigotos, el alto polimorfismo que presentó el microsatélite CYP21, así como la variabilidad observada en la coloración del pelaje, permiten sugerir que, a pesar de ser ésta una reserva aislada geográficamente, ha expresado una variabilidad genética tan importante que justifica su conservación como un recurso genético de animal doméstico. La diversidad genética animal es considerada indispensable para sostener la productividad de la agricultura. La FAO estima que el 30 p.100 de las razas de ganado, corren riesgo de extinción, encontrándose más de la mitad de ellas en países en desarrollo. Antecedentes de estudios genéticos realizados en bovinos Criollos americanos (Argentina, Colombia, Venezuela, Cuba) permiten hoy, revalorizar esta raza para ser utilizada en la explotación agropecuaria. En el Uruguay, existe una reserva de alrededor de 600 animales que habita en una zona húmeda, de sierras y montes, no alterada, limitada por diferentes barreras geográficas. El aspecto morfológico de estos animales se asemeja al de ciertas poblaciones de bovinos Criollos argentinos, venezolanos, colombianos y, a ciertas razas ibéricas. Con el objetivo de estudiar la estructura genética de esta población, se analizaron 8

Microsatellite variation in Spanish Alano dogs

We have studied a sample of 35 spanish alano dogs in order to estimate the level of genetic variability that can be detected by using microsatellites and the efficiency of these genetic markers as tools for parentage testing in this canine population. We have used 4 microsatellites previously described in the literature. All of them were polymorphic, with an average number of 5 alleles/ locus and an average gene diversity (H) of 0,70 ± 0,06, similar to the figures reported in others breeds. Two of the microsatellites showed disa-greement with Hardy-Weinberg proportions, due to a deficit of heterozygotes. We have found in one of the microsatellites alleles that could be breed specific, as they have not been detected in other spanish breeds. The combined exclusion probability detected is higher than 90 percent, suggesting the possibility of using efficiently microsatellites in parentage testing in the spanish alano population.En una muestra de 35 alanos españoles se investigó la utilidad de los microsatélites para detectar variabilidad genética y para el control de paternidad. Los 4 microsatélites utilizados, descritos ya en la bibliografía, resultaron polimórficos, con un número medio de 5 alelos/ locus y una heterocigosis media (H), de 0,70 ± 0,06, similar a la de otras razas caninas. Se ha detectado una desviación del equilibrio Hardy-Weinberg para dos microsatélites debida a un déficit de heterocigotos. En un microsatélite se han detectado alelos inexistentes en otras razas españolas, por lo que podrían ser específicos de raza. La probabilidad acumulada de exclusión de paternidad es superior al 90 p.100, por lo que podrían ser eficaces para estas pruebas en alanos

The Tfj allele in transferrin (Tf) genetic system in spanish pure breed (P.R.E.) horse

In this work we have studied a sample of 3.000 horses belonging to the Spanish Pure Breed (P.R.E.) for the electrophoretic genetic polymorphism of Transferrin locus (Tf). We have shown the presence of the TO allele, with a frequency of 0.021. This allele has appeared combined to the other alleles in the locus, TfD,TfF2,TfH,TfO and TfR, in the following genotypes and proportions, DJ 1.43%, F2J 1.30%, HJ 0.70%, JO 0.17%, JR 0.27% and JJ 0.17% . We have revealed the multiple origin of the TO allele in the present lineages of P.R.E. horses. This study confirms the role played by the TO allele in the genetic profile of P.R.E. horses, where it constitutes a breed genetic marker.Se ha estudiado una muestra de 3.000 caballos de Pura Raza Española (P.R.E.) respecto al polimorfismo genético electroforético del locus Transferrina (Tf). Se ha comprobado la presencia del alelo TfJ, con una frecuencia de 0.021. Dicho alelo se ha presentado en combinación con otros alelos del locus, TfD,TfF2,TfH,TfO and TfR, en los genotipos y proporciones, DJ 1.43%, F2J 1.30%, HJ 0.70%, JO 0.17%, JR 0.27% y JJ 0.17%. Se ha puesto de manifiesto el origen múltiple del alelo TfJ en los linajes actuales de caballos de P.R.E. El presente estudio confirma el papel del alelo TfJ en el perfil genético de los caballos de P.R.E., de los que constituye un marcador genético de raza

Menorquina horse breed: blood groups and biochemical polymorphism

Gene frequencies at five blood group (A, C, D, P and Q) and ten protein polymorphisms (H B, ALB, TF, ES,A1 B, P! GO, PGM,6PGD, GPI) loci are given for a sample of 176 individuals of both sexes, most of them reproducers, of the Menorquina horse breed. This work represents a contribution to the study of the breed using the classical blood genetic markers. These data have been used to estimate the average heterozygosity (Ha) in the sample, the a priori probability of exclusion (PE) of a falsely assigned paternity, and Nei"s genetic distances and identities between the Menorquina breed and the breeds Arab, English Thoroughbred and Spanish Pure Breed, whose passed influence on the Menorquina breed is known.El presente trabajo representa una contribución al estudio de la raza caballar Menorquina a través de los marcadores genéticos sanguineos estándar, grupos sanguíneos y polimorfismo bioqu i mico. Se estudia en 176 individuos, en su mayoría reproductores de ambos sexos, las frecuencias génicas para cinco loci de grupos sanguineos (A, C, D, P y Q) y diez sistemasde polímorfismo bioquímico (H B, ALB, TF, ES, A1 B, PI, GG, PGM, 6FGD, GPi). A partir de estos resultados se estiman la heterocigosidad media (Ha) en la muestra, la probabilidad de exclusión a priori (PE) de una paternidad falsamente asignada y las distancias e identidades géneticas de Nei con respecto a las razas Arabe, Pura Sangre Inglésy Pura Raza Español, cuya pasada influencia sobre la raza Menorquina es conocida

Biochemical polymorphisms in horses

Have been analysed haemoglobin (flb), albumin (Al), esterase (Es-al) and transferrin (Tf) types of 168 horses belonging to thoroughbred (English), Arab, Spanish and Breton breeds and their cross-breeds English-Arab and Spanish-Breton. We have found all the three haemoglobin types (AA, Aa, and aa); the most common was AA type. The lowest frequency was aa, it only appeared in one Spanish horse. Have been found all the three albumin phenotypes (IF, FS" and SS). The most common was FS phenotype, the least was FF which was absent from thorough-bred. The most common allele was Als. Of the seven possible phenotypes of alkaline esterase (Gahne, 1966) have been found four (F, I, Fl and IS). The most common was I phenotype, which was pre-sent in all the investigated breeds. The least common allele was L followed byEsF. Have beend discovered all the six transferrins alleles reported by Braend & Stormont (1964). The most common allele was Tf, followed by TfD. Of the two-try one possible phenotypes have been seen fifteen (DD, DF; DH, DM, DR, FE, FM; F0, FR, HM, HO, HR, and RR). The most common phenotypes were DF and FF; the most rare was DR, which only appeared in ne Spanish horse. Data"s analysis accomplished, we think it is possible to differenciate between light and draught horses. Taking into account results from contingency tables, we are unable to find association between breds and polymorphism of tranferrins (Tf locus display the greatest number of alleles and therefore it would provide the largest information), we don"t dare to play any categorical affirmation from results of the others polymorphisms, and we prefer to wait for the results from polymorphism of acid esterase and prealbumins we are going to investigate and the values of genetic distances.Se han estudiado los tipos de hemoglobina (Hb), albúmina (Al), esterasa-alcalina (Es-al) y transferrina (Tf) en 168 caballos pertenecientes a las razas inglesa, árabe, española y bretona y a los cruces anglo-árabe e hispano-bretón. Han aparecido los tres tipos de hemoglobina (AA, Aa y aa) y predomina el tipo AA. El menos frecuente ha sido el aa, que solo se presento en un caballo español. Se han encontrado los tres posibles fenotipos de albúminas (FF, FS, y SS). El mas abundante es el FS, seguido del SS; y el menos frecuente, el FF, el cual falta en los caballos ingleses. Como alelo más frecuente destaca el Als. De los siete fenotipos posibles de esterasa alcalina (Gahne, 1966) se han descubierto cuatro (F, I, Fl e IS). El fenotipo mas frecuente ha sido el I, presente en todas las razas y cruces investigados. Como alelo menos frecuente figura el Es seguido del EsF. Se han revelado los seis alelos de transferrina descritos por Braend y Stormont (1964). El alelo mas frecuente ha sido el TfF, seguido del Tf D. De los 21 fenotipos posibles se vieron 15 (DD, DF, DH, DM, DO, DR, FF, FH, FM, FO, FR, HM, HO, HR y RR). Los fenotipos mas comunes son el DF y el FF. El más raro, el DR, que solo se presento en un caballo español. Realizado el análisis de los datos creemos que se puede distinguir entre poblaciones ligeras y pesadas. Teniendo en cuenta los resultados de las tablas de contingencia, al no encontrar asociación, a ningún nivel de significación entre razas y el polimorfismo de transferrina, que es, de los loci estudiados, el que mayor número de alelos presenta y, como consecuencia, el que mayor información podría aportar, no nos atrevemos a establecer ninguna afirmación categórica a partir de los resultados de los otros polimorfismos y preferimos esperar los resultados de los demás polimorfismos en estudio (Es-acida y prealbúminas) y el conocimiento de las distintas genéticas

Relationship between metal concentration (Fe, Cu, Zn) and different serum polymorphisms in the spanish horse

The blood serum concentration of the metals Fe, Cu, and Zn has been studied in a population of sixty Spanish horses, as well as the genetic polymorphisms of albumin (Al), transferrine (Tf) and alcaline esterase (Est-al) and acid (Est-ac). With the data obtained, the elementary analysis of quantitative characteristics is carried out (metal concentration: Fe, Cu, Zn). The differences between the metal concentration and each of the polymorphisms studied is determined through variance analysis to infer possible relationships. The,X"2 equilibrium for different polymorphisms is also obtained and the heterozygosis is calculated for each locus as well as for the population as a whole.Se ha estudiado una población de 60 caballos españoles, la concentración en suero sanguínea de metales Fe, Cu y Zn, así como los polimorfismos genéticos de albúmina, esterasa ácida y alcalina y transferrina. Con los datos obtenidos se realiza el análisis estadístico elemental de los caracteres cuantitativos (concentración de los metales). Se determina la diferencia entre la concentración de metal y cada uno de los polimorfismos, mediante análisis de varianza, para inferir posibles relaciones. Se obtiene el X2 de, equilibrio para ellos, diferentes polimorfismos y se calcula la heterozigosis para cada locus así como para el conjunto de la población