Viral AlkB proteins repair RNA damage by oxidative demethylation

Bacterial and mammalian AlkB proteins are iron(II)- and 2-oxoglutarate-dependent dioxygenases that reverse methylation damage, such as 1-methyladenine and 3-methylcytosine, in RNA and DNA. An AlkB-domain is encoded by the genome of numerous single-stranded, plant-infecting RNA viruses, the majority of which belong to the Flexiviridae family. Our phylogenetic analysis of AlkB sequences suggests that a single plant virus might have acquired AlkB relatively recently, followed by horizontal dissemination among other viruses via recombination. Here, we describe the first functional characterization of AlkB proteins from three plant viruses. The viral AlkB proteins efficiently reactivated methylated bacteriophage genomes when expressed in Escherichia coli, and also displayed robust, iron(II)- and 2-oxoglutarate-dependent demethylase activity in vitro. Viral AlkB proteins preferred RNA over DNA substrates, and thus represent the first AlkBs with such substrate specificity. Our results suggest a role for viral AlkBs in maintaining the integrity of the viral RNA genome through repair of deleterious methylation damage, and support the notion that AlkB-mediated RNA repair is biologically relevant

Bioinformatics and functional analysis define four distinct groups of AlkB DNA-dioxygenases in bacteria

The iron(II)- and 2-oxoglutarate (2OG)-dependent dioxygenase AlkB from Escherichia coli (EcAlkB) repairs alkylation damage in DNA by direct reversal. EcAlkB substrates include methylated bases, such as 1-methyladenine (m1A) and 3-methylcytosine (m3C), as well as certain bulkier lesions, for example the exocyclic adduct 1,N6-ethenoadenine (εA). EcAlkB is the only bacterial AlkB protein characterized to date, and we here present an extensive bioinformatics and functional analysis of bacterial AlkB proteins. Based on sequence phylogeny, we show that these proteins can be subdivided into four groups: denoted 1A, 1B, 2A and 2B; each characterized by the presence of specific conserved amino acid residues in the putative nucleotide-recognizing domain. A scattered distribution of AlkB proteins from the four different groups across the bacterial kingdom indicates a substantial degree of horizontal transfer of AlkB genes. DNA repair activity was associated with all tested recombinant AlkB proteins. Notably, both a group 2B protein from Xanthomonas campestris and a group 2A protein from Rhizobium etli repaired etheno adducts, but had negligible activity on methylated bases. Our data indicate that the majority, if not all, of the bacterial AlkB proteins are DNA repair enzymes, and that some of these proteins do not primarily target methylated bases

Dimensjonering og standardisering av strekkpåkjente søyleføtter

Master's thesis in Structural engineeringDet er i denne oppgaven sett på dimensjonering av søyleføtter påkjent av en kombinasjon av skjær-, strekk- og momentbelastning. Denne situasjonen er særlig aktuell for innfestningen av søyler som inngår i vindavstivningssystem med stålfagverk. Denne type knutepunkter er svært arbeidskrevende å dimensjonere fordi de involverer et stort antall basiskomponenter og dimensjonering både i betong og stål. Det er derfor søkt å lage en standardisert metode for dimensjonering av denne type knutepunkter i denne oppgaven. Det er gjort et litteratursøk i et stort antall kilder. En teoridel er sammenfattet på bakgrunn av disse, og er ment å danne et grunnlag for dimensjoneringen av denne type knutepunkter. Foruten dimensjoneringsgrunnlaget, er det utført en diskusjonsdel med den hensikt å lande på en løsning som kan brukes som standardløsning. Et intervju på byggeplass er gjennomført med dette i sikte. På bakgrunn av diskusjonen er det valgt å benytte en søylefot bestående av ei fotplate med overstore hull sveist til søyla, fire innstøpte forankringsbolter med endeforankring, plateskiver sveist til fotplata for skjæroverføring og justeringsmuttere for høydejustering som standardløsning. Det er så utviklet et dimensjoneringsskjema i Mathcad hvor man ved hjelp av relativt få inndata kan finne nødvendig minimumsgeometri og tilhørende kapasiteter av løsningene for forskjellige søyletverrsnitt. Dersom det ønskes en annen geometri enn minimumsgeometrien, kan dette ordnes relativt enkelt. Ønskes økte kapasiteter kan man øke forankringslengden, fotplatetykkelsen og/eller avstand mellom forankringsboltene. Som hjelp til dimensjoneringsprosessen er det lagd et sett med dimensjoneringstabeller. I disse er minimumsgeometrien til løsningene for de forskjellige søyletverrsnitt oppsummert med tilhørende kapasiteter. Tabellene gjelder for et utvalg søyletverrsnitt og boltestørrelser. For hver boltestørrelse er kapasitetene for et visst intervall av strekkrefter gitt. Disse tabellene er ment som hjelp til å finne en utgangsverdi for dimensjonering i Mathcad-dokumentet. Dette er nyttig fordi dimensjoneringen i Mathcad-dokumentet delvis er en “prøve og feile”-prosess. Til slutt er det utviklet en komponent i BIM-programmet Tekla av den standardiserte søylefoten. Dette kompletterer på mange måter standardiseringen, og gjør den anvendbar i dagens ingeniørhverdag. Inndata i denne komponenten kan hentes ut fra Mathcad-dokumentet eller dimensjoneringstabellene. Til sammen utgjør dimensjoneringsskjemaet, tabellene og Tekla-komponenten en praktisk og anvendelig metode for å dimensjonere søyleføtter med strekkbelastning

The iron(II)- and 2-oxoglutarate (2OG)-dependent

Bioinformatics and functional analysis define four distinct groups of AlkB DNA-dioxygenases in bacteri