Impacto da pandemia de COVID-19 no diagnóstico laboratorial de tuberculose no sul do Brasil

Background and objectives: to understand the impact of the COVID-19 pandemic on tuberculosis (TB) diagnosis in different settings is essential to guide the establishment of appropriate TB control strategies. This study aimed to assess the influence of COVID-19 pandemic in laboratory diagnosis of TB in patients tested and diagnosed for TB. Methods: a data survey was carried out in the database of laboratories that perform TB diagnosis for the public health system in Rio Grande city (Rio Grande do Sul, Brazil). Results: there was a decrease of 1,368 to 735 (reduction of 46.3%) in the number of patients tested for TB in public diagnostic services in 2019 and 2020, respectively, and a decrease of 197 to 119 (reduction of 39.6%) in the number of new TB cases diagnosed. In contrast, the positivity rate was 14.4% in 2019 and 16.2% in 2020. Moreover, it was observed that the laboratory that performs the diagnostic service for Primary Health Care was the most affected, when compared to Tertiary Health Care. Conclusion: as a consequence of measures to control the spread of SARS-CoV-2, there was a reduction in TB testing and in the detection of new cases, especially in Primary Health Care, where patients with less need for hospitalization are received.Justificación y objetivos: comprender el impacto de la pandemia Covid-19 en el diagnóstico de tuberculosis (TB) en diferentes lugares es fundamental para orientar el establecimiento de estrategias adecuadas de control de la TB. El objetivo de este estudio fue evaluar la influencia de la pandemia de COVID-19 en el diagnóstico de laboratorio de TB, en términos de pacientes examinados y diagnosticados de TB. Métodos: los datos fueron recolectados de la base de datos de los laboratorios que realizan el diagnóstico de TB para el sistema público de salud en la ciudad de Rio Grande (Rio Grande do Sul, Brasil). Resultados: hubo una reducción de 1.368 a 735 (reducción del 46,3%) en el número de pacientes sometidos a pruebas de TB en los servicios públicos de diagnóstico en 2019 y 2020, respectivamente, y una reducción de 197 a 119 (reducción del 39,6%) en el número de nuevos casos de TB diagnosticados. Por otro lado, la tasa de positividad fue de 14,4% en 2019 y 16,2% en 2020. Además, se observó que el laboratorio que realiza el servicio de diagnóstico para la Atención Primaria de Salud fue el más afectado, en comparación con la Atención Terciaria de Salud. Conclusiones: como consecuencia de las medidas para el control de la propagación del SARS-CoV-2, hubo una reducción en las pruebas de TB y en la detección de nuevos casos, especialmente en la Atención Primaria de Salud, donde se encuentran los pacientes con menor necesidad de hospitalización.Justificativa e objetivos: compreender o impacto da pandemia COVID-19 no diagnóstico da tuberculose (TB) em diferentes locais é essencial para orientar o estabelecimento de estratégias adequadas de controle da TB. O objetivo deste estudo foi avaliar a influência da pandemia de COVID-19 no diagnóstico laboratorial de TB, em pacientes testados e diagnosticados com TB. Métodos: foi realizado um levantamento de dados no banco de dados de laboratórios que realizam diagnóstico de TB para o sistema público de saúde na cidade de Rio Grande (Rio Grande do Sul, Brasil). Resultados: houve redução de 1.368 para 735 (redução de 46,3%) no número de pacientes testados para TB nos serviços públicos de diagnóstico em 2019 e 2020, respectivamente, e redução de 197 para 119 (redução de 39,6%) no número de novos casos de TB diagnosticados. Em contrapartida, a taxa de positividade foi de 14,4% em 2019 e 16,2% em 2020. Além disso, observou-se que o laboratório que realiza o serviço de diagnóstico para a Atenção Primária à Saúde foi o mais afetado, quando comparado com a Atenção Terciária à Saúde. Conclusão: como consequência das medidas de controle da disseminação do SARS-CoV-2, houve redução na testagem de TB e na detecção de novos casos, principalmente na atenção primária à saúde, onde são recebidos pacientes com menor necessidade de internação

The BACTEC MGIT(tm) 320 system as a laboratory tool to diagnose tuberculosis in a Brazilian hospital with a high prevalence of HIV infection

Abstract: INTRODUCTION: The World Health Organization endorses the BACTEC Mycobacterial Growth Indicator Tube (MGIT)(tm) system as a rapid, sensitive, and specific method to diagnostic of tuberculosis. Here, we compared the performance of this system against Ogawa-Kudoh cultures and microscopy. METHODS: A total of 927 samples were obtained between December 2011 and December 2013 from 652 cases of suspected tuberculosis at the School Hospital of the Federal University of Rio Grande in Brazil. RESULTS: The MGIT system confirmed tuberculosis in more cases in less time. CONCLUSIONS: The MGIT system is an effective tool for early diagnosis of tuberculosis, especially in patients with HIV/AIDS

Comparative evaluation of the nitrate reductase assay and the resazurin microtitre assay for drug susceptibility testing of mycobacterium against first line anti-tuberculosis drugs

Tuberculosis remains as a serious infection disease of worldwide distribution, with high morbidity and mortality, mainly in low socio-economic condition countries. The state of emergency of tuberculosis caused by the resistant and multidrug-resistant (MDR) strains, became the main threat to the tuberculosis treatment and control programs. A fast detection method for the resistant strains will allow the implementation of an adequate treatment and contribute for controlling the dissemination of these resistant strains. This study evaluated the performance of the nitrate reductase assay in solid (NRA-LJ) and liquid (NRA-7H9) media, to determine the susceptibility to first line anti-tuberculosis drugs: isoniazid (INH), rifampicin (RMP), ethambutol (EMB) and streptomycin (SMR). Both methods NRA-LJ and NRA-7H9 were evaluated among 18 strains with a known susceptibility profile. The resazurin microtiter assay (REMA) was performed as a reference method. One hundred percent of accordance was observed between NRA-7H9 and REMA for the four tested drugs. When the NRA-LJ method was compared to REMA, the sensitivity and the specificity to INH, RMP, EMB and SMR were 100%, 100 %, 85.7%, 76.9% and 80%, 100%, 75% and 80%, respectively. From the 57 clinical isolates of M. tuberculosis evaluated by NRA-7H9 and REMA, 56 (98.2%) were sensitive to all antibiotics tested (INH, RMP, EMB and SMR) by the NRA-7H9 method, while three of these strains were resistant to INH by REMA. One strain showed resistance to INH and RMP for both methods, and MIC of 1.0 μg/ml to INH for both methods, while MIC of 1.0 and 2.0 μg/ml to RMP for REMA and NRA-7H9, respectively. The three assays showed a high level of agreement for rapid detection of rifampicin and isoniazid resistance. Regarding rapidness, the detection of color change in the NRA method is within instants as compared to the overnight incubation required for the REMA test. NRA might represent an inexpensive and alternative assay for rapid detection of resistance in low-income countries.A tuberculose permanece como uma séria doença infecciosa, com distribuição mundial, alta morbidade e mortalidade, ocorrendo principalmente em paises com baixa condição econômica. O estado de emergência da tuberculose causada por cepas resistentes e multirresistentes tornou-se uma importante ameaça para o tratamento e programas de controle da tuberculose. Uma rápida detecção de cepas resistentes permitirá a implantação de um tratamento adequado e contribuirá para controlar a disseminação destas cepas. Este estudo avaliou a performace do ensaio nitrato redutase em meio sólido (NRA-LJ) e meio líquido (NRA-7H9), para determinar a sensibilidade frente aos fármacos antituberculosos de primeira linha: isoniazida (INH), rifampicina (RMP), etambutol (EMB) and estreptomicina (SMR). Ambos os métodos, NRA-LJ e NRA-7H9, foram avaliados com 18 cepas com conhecido perfil de sensibilidade. O ensaio de microplaca com resazurina (REMA) foi utilizado como método de referência. A concordância observada entre NRA-7H9 and REMA foi de 100% para os quatro fármacos testados. Quando o método NRALJ foi comparado com o REMA, a sensibilidade e especificidade para INH RMP e SMR foram de 100%, 100%, 85,7%, 76,9% e 80%, 100%, 75% and 80%, respectivamente. Dos 57 isolados clinicos de M. tuberculosis avaliados por NRA-7H9 e REMA, 56 (98.2%) foram sensíveis a todos antibióticos testados (INH, RMP, EMB e SMR) pelo método NRA-7H9, enquanto três destas cepas foram resistentes para INH pelo REMA. Uma cepa mostrou resistência para INH e RMP por ambos os métodos, e CMI de 1,0 µg/ml para INH para ambos os métodos, enquanto CMI de 1,0 e 2,0 µg/ml para RMP pelo REMA e NRA-7H9, respectivamente. Os três ensaios mostraram um alto nível ded concordância para uma rápida detecção de resistência a rifampicina e isoniazida. Com relação à rapidez na obtenção dos resultados, a detecção na mudança de cor nos métodos NRA é imediata enquanto para o método REMA é necessário incubar overnight. Os métodos NRA podem representar uma alternativa, de baixo custo e rápida detecção de resistência, em países com poucos recursos

Avaliação comparative dos métodos nitrato redutase e microdiluição com resazurina para testar a sensibilidade do mycobacterium tuberculosis frente aos anti-tuberculosos de primeira linha

Submitted by Thainã Moraes ([email protected]) on 2012-09-04T20:17:14Z No. of bitstreams: 1 COMPARATIVE EVALUATION OF THE NITRATE REDUCTASE ASSAY AND THE RESAZURIN.pdf: 44522 bytes, checksum: 5a47ed7f3d2d6bbd46ca87e498a1b292 (MD5)Approved for entry into archive by gabriela rosa([email protected]) on 2012-09-05T17:39:20Z (GMT) No. of bitstreams: 1 COMPARATIVE EVALUATION OF THE NITRATE REDUCTASE ASSAY AND THE RESAZURIN.pdf: 44522 bytes, checksum: 5a47ed7f3d2d6bbd46ca87e498a1b292 (MD5)Made available in DSpace on 2012-09-05T17:39:20Z (GMT). No. of bitstreams: 1 COMPARATIVE EVALUATION OF THE NITRATE REDUCTASE ASSAY AND THE RESAZURIN.pdf: 44522 bytes, checksum: 5a47ed7f3d2d6bbd46ca87e498a1b292 (MD5) Previous issue date: 2008Tuberculosis remains as a serious infection disease of worldwide distribution, with high morbidity and mortality, mainly in low socio-economic condition countries. The state of emergency of tuberculosis caused by the resistant and multidrug-resistant (MDR) strains, became the main threat to the tuberculosis treatment and control programs. A fast detection method for the resistant strains will allow the implementation of an adequate treatment and contribute for controlling the dissemination of these resistant strains. This study evaluated the performance of the nitrate reductase assay in solid (NRA-LJ) and liquid (NRA-7H9) media, to determine the susceptibility to first line anti-tuberculosis drugs: isoniazid (INH), rifampicin (RMP), ethambutol (EMB) and streptomycin (SMR). Both methods NRA-LJ and NRA-7H9 were evaluated among 18 strains with a known susceptibility profile. The resazurin microtiter assay (REMA) was performed as a reference method. One hundred percent of accordance was observed between NRA-7H9 and REMA for the four tested drugs. When the NRA-LJ method was compared to REMA, the sensitivity and the specificity to INH, RMP, EMB and SMR were 100%, 100 %, 85.7%, 76.9% and 80%, 100%, 75% and 80%, respectively. From the 57 clinical isolates of M. tuberculosis evaluated by NRA-7H9 and REMA, 56 (98.2%) were sensitive to all antibiotics tested (INH, RMP, EMB and SMR) by the NRA-7H9 method, while three of these strains were resistant to INH by REMA. One strain showed resistance to INH and RMP for both methods, and MIC of 1.0 μg/ml to INH for both methods, while MIC of 1.0 and 2.0 μg/ml to RMP for REMA and NRA-7H9, respectively. The three assays showed a high level of agreement for rapid detection of rifampicin and isoniazid resistance. Regarding rapidness, the detection of color change in the NRA method is within instants as compared to the overnight incubation required for the REMA test. NRA might represent an inexpensive and alternative assay for rapid detection of resistance in low-income countries.A tuberculose permanece como uma séria doença infecciosa, com distribuição mundial, alta morbidade e mortalidade, ocorrendo principalmente em paises com baixa condição econômica. O estado de emergência da tuberculose causada por cepas resistentes e multirresistentes tornou-se uma importante ameaça para o tratamento e programas de controle da tuberculose. Uma rápida detecção de cepas resistentes permitirá a implantação de um tratamento adequado e contribuirá para controlar a disseminação destas cepas. Este estudo avaliou a performace do ensaio nitrato redutase em meio sólido (NRA-LJ) e meio líquido (NRA-7H9), para determinar a sensibilidade frente aos fármacos antituberculosos de primeira linha: isoniazida (INH), rifampicina (RMP), etambutol (EMB) and estreptomicina (SMR). Ambos os métodos, NRA-LJ e NRA-7H9, foram avaliados com 18 cepas com conhecido perfil de sensibilidade. O ensaio de microplaca com resazurina (REMA) foi utilizado como método de referência. A concordância observada entre NRA-7H9 and REMA foi de 100% para os quatro fármacos testados. Quando o método NRALJ foi comparado com o REMA, a sensibilidade e especificidade para INH RMP e SMR foram de 100%, 100%, 85,7%, 76,9% e 80%, 100%, 75% and 80%, respectivamente. Dos 57 isolados clinicos de M. tuberculosis avaliados por NRA-7H9 e REMA, 56 (98.2%) foram sensíveis a todos antibióticos testados (INH, RMP, EMB e SMR) pelo método NRA-7H9, enquanto três destas cepas foram resistentes para INH pelo REMA. Uma cepa mostrou resistência para INH e RMP por ambos os métodos, e CMI de 1,0 µg/ml para INH para ambos os métodos, enquanto CMI de 1,0 e 2,0 µg/ml para RMP pelo REMA e NRA-7H9, respectivamente. Os três ensaios mostraram um alto nível ded concordância para uma rápida detecção de resistência a rifampicina e isoniazida. Com relação à rapidez na obtenção dos resultados, a detecção na mudança de cor nos métodos NRA é imediata enquanto para o método REMA é necessário incubar overnight. Os métodos NRA podem representar uma alternativa, de baixo custo e rápida detecção de resistência, em países com poucos recursos

Clonal diversity of M. tuberculosis isolated in a sea port city in Brazil

Genotyping tools have been widely used to study the occurrence of outbreaks and to identify the patterns of transmission of Mycobacterium tuberculosis strains. The clonal diversity of 65 clinical isolates of M. tuberculosis was determined by PCR methods. The Double Repeat Element method (DRE-PCR) and spoligotyping identified 45 and 26 distinct patterns respectively. Among these, LAM (38%) was the most frequent lineage, followed by Haarlem (31%) and T (20%). Five orphan patterns were not present in the SITVIT database. Mycobacterial interspersed repetitive units (MIRU) using 12 loci revealed 46 distinct patterns. MIRU loci 10, 23, 26 and 40 had the highest discriminatory power. The high genetic diversity found among M. tuberculosis isolates in this study suggests a high level of recent TB transmission, indicating an endemic mode of TB transmission and a putative importation of new TB genotypes. In addition, the high diversity among the isolates could indicate early detection of the infection in patients and an efficient rate of cure