Development and validation of high-density SNP array in ducks

Development and validation of high-density SNP array in ducks. XIth European symposium on poultry genetics (ESPG

Développement d’une puce de génotypage haute densité 600K pour le canard commun et le canard de Barbarie

National audienceGenomic selection is widely used for genetic improvement of many plant and animal species. This evaluation method could potentially increase genetic gain in ducks for traits that cannot be measured on selection candidates (lethal, expressed in one sex only, or measured on hybrid duck for purebred selection). Implementation of genomic selection depends on the availability of genotyping tools, such as SNP chips, but so far none were developed neither for common duck (Anas platyrhynchos) nor Muscovy duck (Cairina moschata). This paper describes the assembly of the Muscovy duck genome (the common duck genome is already available), and the design of a 600K Thermo Fisher SNP chip. The common duck genome was used as reference for the assembly of the Muscovy genome: 3702 scaffolds were produced, with a N50 of 2.4 Mb. SNP were identified from sequence data: several Muscovy and common ducks populations (Rouen duck, Mallard duck, Pekin duck), were collected, and 50 samples were pooled independently for each population. After raw quality controls, 8.4 million SNPs and 12.2 million SNP were identified for Muscovy and common ducks respectively. Filters based on Minor Allele Frequence and genome coverage were used, and finally 343 950 SNP were kept for the common duck, and 331 241 SNP for the Muscovy duck.La sélection génomique est aujourd’hui largement utilisée pour l’amélioration génétique des animaux et des plantes. Chez le canard, cette méthode pourrait permettre d’améliorer le progrès génétique pour des caractères non-mesurables sur les candidats à la sélection (létaux, exprimés chez un seul sexe, ou mesurés sur l’hybride pour la sélection des lignées pures). Malgré l’intérêt potentiel de l’utilisation de la sélection génomique chez le canard, aucun outil moderne de génotypage n’est disponible pour les canards commun (Anas platyrhynchos) et de Barbarie (Cairina moschata). Cette étude décrit la finalisation de l’assemblage du génome du canard de Barbarie, et la mise au point d’un outil de génotypage haut-débit et haute-densité pour les 2 espèces : une puce 600K Thermo Fisher SNP. L’assemblage du génome du Barbarie a permis d’obtenir 3702 scaffolds avec un N50 de 2,4 Mb. Les scaffolds ont ensuite été ordonnés en chromosomes, par alignement sur le génome du canard commun. Pour l’identification des SNP, des pools (mélanges) d’ADN de canards colvert, de Rouen, ainsi que de lignées commerciales de canards Pékin et de Barbarie ont été séquencés. Les séquences ont été alignées sur les génomes de référence correspondant. A l’issue des contrôles sur la qualité, 8,4 et 12,2 millions de SNP avec une Minor Allele Frequency (MAF) ≥ 0,05 ont été identifiés pour le canard de Barbarie et pour le canard commun respectivement. Les SNP ont été filtrés afin de maximiser le nombre de marqueurs informatifs par population et d’assurer une bonne couverture du génome. A l’issue de ces tris, 343 950 SNP d’une part et 331 241 SNP d’autre part ont été choisis pour les canards commun et de Barbarie

Adonis, un outil d'acquistion de données. Premier bilan de son déploiement

Résumé. Adonis (Acquisition de DONnéeS à l’Inra) est un outil informatique INRA d’acquisition de données sur des plantes ou des ensembles de plantes repérées spatialement dans des dispositifs agronomiques (laboratoire, serre, champ, verger, forêt...). Le projet Adonis est piloté par la Commission nationale des unités expérimentales (CNUE) avec l’appui de quatre départements et de la Direction du système d’information (DSI). Il a pour ambition de mettre à disposition des expérimentateurs de terrain, un outil informatique permettant i) De fiabiliser l’acquisition de données, ii) de les organiser depuis la conception des dispositifs jusqu’à l’archivage des données saisies, iii) puis de les transférer vers d’autres outils pour leur exploitation. Adonis intègre de manière implicite une démarche d’assurance qualité en recherche (AQR) au profit de l’expérimentateur et des gestionnaires d’expérimentation. Après 2 ans et demi de développement, l’application est opérationnelle et disponible pour les Unités depuis le deuxième semestre 2012. Avec l’aide et le soutien de la Formation permanente nationale (FPN), le programme de formation élaboré a permis de former, en interne, 214 personnes depuis le début du déploiement. En 2014, il y a eu 465 connexions mensuelles, provenant d’une vingtaine d’Unités réparties sur 12 Centres INRA. Pour accompagner le déploiement d’Adonis, différents outils ont été mis en place (site de téléchargement, Mantis, forum) et sont disponibles pour la communauté des utilisateurs. Le réseau de référents Adonis, récemment constitué, permettra de faire le lien entre les utilisateurs et les animateurs-formateurs. Cette application est une opportunité pour les expérimentateurs, essentiellement dans du végétal, afin de fédérer au sein de l’INRA et de partager des méthodes ainsi que des techniques de travail

Practical applications of genomic assignment methods in the avian breeding industry

Practical applications of genomic assignment methods in the avian breeding industry. XIth European symposium on poultry genetics (ESPG