Educomunicação e suas áreas de intervenção: Novos paradigmas para o diálogo intercultural

oai:omp.abpeducom.org.br:publicationFormat/1O material aqui divulgado representa, em essência, a contribuição do VII Encontro Brasileiro de Educomunicação ao V Global MIL Week, da UNESCO, ocorrido na ECA/USP, entre 3 e 5 de novembro de 2016. Estamos diante de um conjunto de 104 papers executivos, com uma média de entre 7 e 10 páginas, cada um. Com este rico e abundante material, chegamos ao sétimo e-book publicado pela ABPEducom, em seus seis primeiros anos de existência. A especificidade desta obra é a de trazer as “Áreas de Intervenção” do campo da Educomunicação, colocando-as a serviço de uma meta essencial ao agir educomunicativo: o diálogo intercultural, trabalhado na linha do tema geral do evento internacional: Media and Information Literacy: New Paradigms for Intercultural Dialogue

ATLANTIC EPIPHYTES: a data set of vascular and non-vascular epiphyte plants and lichens from the Atlantic Forest

Epiphytes are hyper-diverse and one of the frequently undervalued life forms in plant surveys and biodiversity inventories. Epiphytes of the Atlantic Forest, one of the most endangered ecosystems in the world, have high endemism and radiated recently in the Pliocene. We aimed to (1) compile an extensive Atlantic Forest data set on vascular, non-vascular plants (including hemiepiphytes), and lichen epiphyte species occurrence and abundance; (2) describe the epiphyte distribution in the Atlantic Forest, in order to indicate future sampling efforts. Our work presents the first epiphyte data set with information on abundance and occurrence of epiphyte phorophyte species. All data compiled here come from three main sources provided by the authors: published sources (comprising peer-reviewed articles, books, and theses), unpublished data, and herbarium data. We compiled a data set composed of 2,095 species, from 89,270 holo/hemiepiphyte records, in the Atlantic Forest of Brazil, Argentina, Paraguay, and Uruguay, recorded from 1824 to early 2018. Most of the records were from qualitative data (occurrence only, 88%), well distributed throughout the Atlantic Forest. For quantitative records, the most common sampling method was individual trees (71%), followed by plot sampling (19%), and transect sampling (10%). Angiosperms (81%) were the most frequently registered group, and Bromeliaceae and Orchidaceae were the families with the greatest number of records (27,272 and 21,945, respectively). Ferns and Lycophytes presented fewer records than Angiosperms, and Polypodiaceae were the most recorded family, and more concentrated in the Southern and Southeastern regions. Data on non-vascular plants and lichens were scarce, with a few disjunct records concentrated in the Northeastern region of the Atlantic Forest. For all non-vascular plant records, Lejeuneaceae, a family of liverworts, was the most recorded family. We hope that our effort to organize scattered epiphyte data help advance the knowledge of epiphyte ecology, as well as our understanding of macroecological and biogeographical patterns in the Atlantic Forest. No copyright restrictions are associated with the data set. Please cite this Ecology Data Paper if the data are used in publication and teaching events. © 2019 The Authors. Ecology © 2019 The Ecological Society of Americ

Estudo molecular de proteínas estruturais (gp21 e gp46) e regulatórias (HBZ) do HTLV-1 em indivíduos com diferentes perfis clínicos

Submitted by Ana Maria Fiscina Sampaio ([email protected]) on 2012-05-30T21:42:25Z No. of bitstreams: 1 Aline Cristina Andrade M. EStudo molecular de proteínas estruturadas....pdf: 1507991 bytes, checksum: e5a153c8832e560bcf10d060a63bb47c (MD5)Made available in DSpace on 2012-05-30T21:42:25Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Aline Cristina Andrade M. EStudo molecular de proteínas estruturadas....pdf: 1507991 bytes, checksum: e5a153c8832e560bcf10d060a63bb47c (MD5) Previous issue date: 2012Fundação Oswaldo Cruz. Centro de Pesquisas Gonçalo Moniz. Salvador, Bahia, BrasilO vírus linfotrópico de células T humanas tipo 1, HTLV-1, é conhecido, principalmente, por ser o agente etiológico de uma síndrome neurológica denominada TSP/HAM. Os fatores que definem a manifestação de doença ainda não foram completamente esclarecidos. As glicoproteínas do envelope são altamente conservadas entre os isolados do HTLV-1, no entanto, substituições nucleotídicas na região gênica que codifica para estas proteínas, podem influenciar tanto na infectividade viral como na replicação do vírus. A gp46 possui domínios funcionais já associados à inibição da formação do sincício, à transmissão célula-célula e à produção de anticorpos, enquanto que a gp21 apresenta domínios que permitem a fixação dela à membrana plasmática da célula hospedeira. O HBZ, por sua vez, é relacionado à regulação positiva de fatores de transcrição importantes para o ciclo celular, além de suprimir a transcrição viral mediada por TAX. Estudos recentes revelam correlação entre os níveis dos transcritos do HBZ e a severidade da manifestação da TSP/HAM. Pelo exposto, o objetivo principal do trabalho foi buscar possíveis biomarcadores virais nos diferentes perfis clínicos: assintomáticos e TSP/HAM definidos. Nossos resultados revelaram que a mediana da carga proviral dos indivíduos assintomáticos (ASS) (n = 5) e TSP/HAM (n = 5), foi semelhante (316.227 cópias/106 PBMC). Da caracterização da gp46, obtivemos 146 clones virais: 70 (ASS) e 76 (TSP/HAM). A caracterização molecular revelou uma diversidade genética de 0,4% e 0,6% nos indivíduos ASS e TSP/HAM, respectivamente. Identificamos 5 mutações com freqüência acima de 20% entre os clones de cada grupo. Apenas a mutação S35L foi exclusiva de clones do grupo ASS, três mutações (F14S, N42H, G72S) foram exclusivas de clones do grupo TSP/HAM e apenas uma mutação V247I foi encontrada em clones de ambos os grupos com diferença estatística (p = 0,0014). Apenas a mutação G72S está presente em um domínio funcional (53-75aa) previamente identificado. Tal domínio foi o segundo domínio mais divergente entre os indivíduos TSP/HAM, sendo o RBD o mais divergente em ambos os grupos. Análises físico-químicas revelaram que o alelo mutante para a posição 14 é mais hidrofílico e flexível, e menos antigênico, para as posições 42 e 247, respectivamente. Foi possível identificar 23 e 16 epítopos ligantes de alelos de HLA classe I e II, respectivamente nos domínios 175-209aa e 53-75aa, respectivamente. A análise de domínios potenciais revelou a presença dos mesmos sítios de modificação pós-traducional com diferentes freqüências entre os grupos. Identificamos a troca de estrutura em coil para folha beta na predição da estrutura secundária para as mutações S35L e G72S. Da caracterização molecular da gp21 dispomos apenas de 08 sequências, obtidas de PCR direto, de 4 de indivíduos ASS e 4 de indivíduos TSP/HAM. A análise molecular identificou apenas uma mutação (Y477H) em 7 seqüências. Da caracterização de 10 sequências, obtidas de PCR direto do HBZ, foi possível identificar duas mutações (S9P e T95I), em 100% das sequências, e uma terceira mutação R112C em 66,7% e 25% das sequências oriundas de indivíduos ASS (n = 6) e TSP/HAM (n = 4), respectivamente. A mutação R112C pode ser responsável pela mutação P34L na proteína p12 (ORF-1 de pX). 7 Concluímos, portanto, a observação de 5 mutações mais freqüentes, na gp46, e que estão associadas ao perfil de variação dentro de cada hospedeiro, já que, com exceção da mutação V247I, as demais mutações foram exclusivas de clones de um único hospedeiro. Uma única mutação foi encontrada na gp21 e em relação ao HBZ foi possível identificar 3 mutações sendo que nenhuma delas tinha sido descrita na literatura. Não foi possível associar nenhuma das mutações encontradas ao perfil clínico devido ao reduzido número de indivíduos incluídos no estudo. No entanto, sugerimos que novos estudos sejam conduzidos, para expandir o entendimento da diversidade molecular dessas proteínas, com o aumento no número de indivíduos avaliados, e sobretudo porque acreditamos no potencial destas mutações sugerimos também a avaliação funcional delas

Estudo genotípico de isolados do HTLV-1 e caracterização do envelope viral, correlacionando com o desenvolvimento de protótipos vacinais

Submitted by Ana Maria Fiscina Sampaio ([email protected]) on 2012-06-01T19:12:10Z No. of bitstreams: 1 Aline Miranda. Estudo genotipico de novos isolados do HTLV1 e caracterizacao do envelope viral....pdf: 1383531 bytes, checksum: 512f94af438412f8fd0032deab12a173 (MD5)Made available in DSpace on 2012-06-01T19:12:10Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Aline Miranda. Estudo genotipico de novos isolados do HTLV1 e caracterizacao do envelope viral....pdf: 1383531 bytes, checksum: 512f94af438412f8fd0032deab12a173 (MD5) Previous issue date: 2008Fundação Oswaldo Cruz. Centro de Pesquisas Gonçalo Moniz. Salvador, Bahia, BrasilEm 1980, a partir de um paciente com linfoma cutâneo de células T, foi isolado o vírus linfotrópico de células T humanas tipo 1, o HTLV-1, que é conhecido, principalmente, por ser o agente etiológico de uma síndrome neurológica denominada TSP/HAM. No Brasil, estima-se que 2,5 milhões de indivíduos estejam infectados pelo HTL V -1, sendo a maior prevalência encontrada na população geral na cidade de Salvador, Bahia. Este estudo foi dividido em duas etapas: a primeira etapa refere-se a um estudo de caracterização do envelope viral utilizando ferramentas de bioinformática; enquanto que a segunda etapa caracteriza-se por ser um estudo de soroprevalência e análise dos novos isolados virais. O estudo de caracterização do envelope viral foi realizado para todas as seqüências nucleotídicas do gene env (n=15), já publicadas no Banco Mundial de seqüências, dando suporte ao programa brasileiro de DST -AIDS. Este estudo de caracterização se baseou na identificação de possíveis epítopos lineares, na caracterização físico-química, na identificação de mutações selecionadas positivamente, e por fim na procura por assinaturas correspondentes às modificações pós-traducionais. Inicialmente, realizamos a triagem de peptídeos previamente identificados no envelope viral, e em seguida a predição de epítopos nestas seqüências peptídicas. Em 12 peptídeos previamente publicados, foram encontrados 12 possíveis epítopos, cuja variação total na composição de aminoácido foi de 9 por cento e 17 por cento para os alelos de HLA classes I e 11, respectivamente. Em 5 dos 12 epítopos a análise físico-química revelou que as mutações presentes foram capazes de aumentar o perfil de antigenicidade da região protéica que continha a mutação. A análise de domínios potenciais mostrou a perda de um sítio de fosforilação (PKC) no epítopo que contém a mutação D197N, e a perda de um sítio de N-glicosilação causada pelas mutações S246Y e V247I em outro epítopo. Além disso, a análise de pressão seletiva revelou 8 sítios selecionados positivamente (ώ = 9,59), usando modelos de máxima verossimilhança. Este estudo ressalta a importância do envelope viral para o sucesso da infecção e para o desenvolvimento de protótipos vacinais, principalmente, porque foi possível identificar sítios selecionados positivamente, e epítopos com características conservativas e potenciais ligantes para um grande número de alelos de HLA. A segunda etapa do trabalho consistiu na caracterização genotípica de novos isolados do HTLV-1 na cidade de Rio Branco-Acre. Para contribuir com dados de soroprevalência do HTL V-I no Brasil, e para discutir sobre a epidemiologia molecular do vírus, 219 doadores de sangue foram triados para a presença de anticorpos específicos contra o vírus. Um único caso de infecção (soroprevalência de 0,46 por cento) foi detectado entre os doadores de sangue atendidos, durante o mês de julho de 2004, na Fundação Hemocentro de Rio Branco-Acre. Seqüenciamos, então, a região L TR total referente a esse isolado viral (ACI81), e submetemos à subtipagem, juntamente com outras 4 seqüências L TR (AC042, AC174, AC069, AC129), também geradas neste trabalho, provenientes, entretanto, de casos de infecção identificados por um trabalho anterior de soroprevalência nesta mesma população. Para os fragmentos totais da região LTR (AC181 e AC042), análises filogenéticas foram realizadas utilizando o programa PAUP, enquanto que os fragmentos parciais (ACI74, AC069, AC129) foram genotipados através de uma ferramenta online de subtipagem. Três seqüências referentes ao gene env (ENV AC57, ENV AC69 e ENV AC204), também foram geradas, neste estudo, utilizando amostras HTLV-1 positivas provenientes de um estudo prévio de caracterização sorológica. Estas foram analisadas para a presença de modificações pós-traducionais. Análises filo genéticas demonstraram que tanto os isolados L TR total, como os parciais foram classificados como pertencentes ao subgrupo Transcontinental do subtipo Cosmopolita, dentro do grupo monofilético A da América Latina para os isolados AC181 e AC042. Comparando a diversidade genética das seqüências de HTLV-1, geradas neste trabalho, com outras seqüências virais em infecções em Salvador, Fortaleza e Peru, foi possível encontrar uma menor distância genética entre as cepas de Rio Branco, quando comparadas com as cepas de Fortaleza e do Peru, e uma maior distância genética, quando comparadas com cepas de Salvador. A análise de domínios potenciais mostrou a presença de sítios de fosforilação para PKC nas posições 31O-312aa e 342¬344aa; um sítio de fosforilação para CK2 na posição 194-197aa; sítios de N-glicosilação nas posições 222-225aa, 244-247aa e 272-275aa; e por fim, um sítio de miristilação na posição 327¬338aa. Os achados moleculares nos permitem sugerir uma possível origem Pré-Colombiana do vírus nesta população, sem, no entanto, descartar completamente a possibilidade de introdução Pós-Colombiana.The Human T cell lymphotropic virus type 1, HTLV-1, was isolated, in 1980, from a pacient affected by a T cell cutaneous lymphoma, and it is mainly associated to the development of a neurological disorder called TSP/HAM. About 2.5 million of individuals are HTLV-1 infected, in Brazil, and the grater prevalence into general population is registered in Salvador city, Bahia state. This study was performed in two stages: the first one refers to an study of viral envelope caracterization, using bioinformatics tools; while the second one, is a seroprevalence investigation and viral isolates caracterization. The env gene characterization study was carried out to evaluate the molecular pattern of all available Brazilian human T-cell lymphotropic virus type 1 Env (n = 15) nucleotide sequences via epitope prediction, physico-chemical analysis, and protein potential sites identification, giving support to the Brazilian AIDS vaccine program. In 12 previously described peptides of the Env sequences, 12 possible epitopes were found. The total variation on the amino acid composition was 9% and 17% for human leukocyte antigen (HLA) class I and class II Env epitopes, respectively. In 5 of the 12 Env epitopes the physico-chemical analysis demonstrated that the mutations magnified the antigenicity profile into the mutation region. The potential protein domain analysis of Env sequences showed the loss of a CK-2 phosphorylation site caused by D197N mutation in one epitope, and the loss of a N-glycosylation site caused by S246Y and V247I mutations in another epitope. Besides, the analysis of selective pressure have found 8 positive selected sites ( = 9.59) using the codon-based substitution models and maximum-likelihood methods. These studies underscore the importance of this Env region for the virus fitness, for the host immune response and, therefore, for the development of vaccine candidates. To contribute further with the HTLV-1 seroprevalence in Brazil, and to discuss the virus molecular epidemiology in this Amazon population (Rio Branco-Acre), 219 blood donors were screened for HTLV-1- specific antibodies. It was only detected a single case of infection (0.46% seroprevalence) among blood donors, screened during July 2004, at FUNDACRE. We have submitted this unique HTLV-1 positive sample (AC181) and four others positive samples (AC042, AC174, AC069, AC129) originated in a previous serological study, in the same population, to the sequencing of the complete LTR region, and submitted to genotyping, To assess molecular epidemiology, Neighbor-joining and Maximum Likelihood phylogenetic analyses of complete LTR region sequences (AC181 and AC042) were performed with PAUP* software, while the partial LTR fragments (AC129, AC174 and AC069) were genotyped using the online subtyping tool. Three envelope sequences (ENV57, ENV69, ENV204) were also generated, in this study, from HTLV-1 positive samples from a previous serological study, and analyzed using the Prosite tool to determinate potential protein sites. Phylogenetic analysis demonstrated that the total and partial LTR strains belong to the Transcontinental subgroup of the Cosmopolitan subtype, inside the Latin American cluster A, for the isolates AC181 and AC042. Calculating the genetic diversity among the HTLV-1 sequences, generated in this report, and sequences described in infection cases in Salvador, Fortaleza e Peru, it was possible to find a close relationship between Rio Branco and Fortaleza or Peru sequences. The potential protein site analysis showed, that all env sequences encoded two PKC phosphorylation sites at amino acid (aa) positions 310-312 and 342-344, one CK2 phosphorylation site at 194-197aa, three N-glycosylation sites at 222-225aa, 244-247aa and 272-275aa, and a single N-myristylation site at 327-338aa.These findings allow to infer about a possible virus introduction in this population through a Pre-Columbian human migration, although we can not exclude a possible Post- Columbian introductio

Inferences about the global scenario of human T-cell lymphotropic virus type 1 infection using data mining of viral sequences

Human T-cell lymphotropic virus type 1 (HTLV-1) is mainly associated with two diseases: tropical spastic paraparesis/HTLV-1-associated myelopathy (TSP/HAM) and adult T-cell leukaemia/lymphoma. This retrovirus infects five-10 million individuals throughout the world. Previously, we developed a database that annotates sequence data from GenBank and the present study aimed to describe the clinical, molecular and epidemiological scenarios of HTLV-1 infection through the stored sequences in this database. A total of 2,545 registered complete and partial sequences of HTLV-1 were collected and 1,967 (77.3%) of those sequences represented unique isolates. Among these isolates, 93% contained geographic origin information and only 39% were related to any clinical status. A total of 1,091 sequences contained information about the geographic origin and viral subtype and 93% of these sequences were identified as subtype “a”. Ethnicity data are very scarce. Regarding clinical status data, 29% of the sequences were generated from TSP/HAM and 67.8% from healthy carrier individuals. Although the data mining enabled some inferences about specific aspects of HTLV-1 infection to be made, due to the relative scarcity of data of available sequences, it was not possible to delineate a global scenario of HTLV-1 infection

Inferences about the global scenario of human T-cell lymphotropic virus type 1 infection using data mining of viral sequences

Submitted by Ana Maria Fiscina Sampaio ([email protected]) on 2014-06-04T17:50:24Z No. of bitstreams: 1 Araujo TH Inferences about....pdf: 432396 bytes, checksum: 7e7a0ebdfa463339e9afa88c8c9f9e45 (MD5)Made available in DSpace on 2014-06-04T17:50:24Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Araujo TH Inferences about....pdf: 432396 bytes, checksum: 7e7a0ebdfa463339e9afa88c8c9f9e45 (MD5) Previous issue date: 2014Fundação Oswaldo Cruz. Centro de Pesquisa Gonçalo Moniz. Salvador, BA, BrasilFundação Oswaldo Cruz. Centro de Pesquisa Gonçalo Moniz. Salvador, BA, BrasilFundação Oswaldo Cruz. Centro de Pesquisa Gonçalo Moniz. Salvador, BA, BrasilUniversidade Federal da Bahia. Instituto de Ciências da Saúde. Salvador, BA, BrasilHuman T-cell lymphotropic virus type 1 (HTLV-1) is mainly associated with two diseases: tropical spastic paraparesis/HTLV-1-associated myelopathy (TSP/HAM) and adult T-cell leukaemia/lymphoma. This retrovirus infects five-10 million individuals throughout the world. Previously, we developed a database that annotates sequence data from GenBank and the present study aimed to describe the clinical, molecular and epidemiological scenarios of HTLV-1 infection through the stored sequences in this database. A total of 2,545 registered complete and partial sequences of HTLV-1 were collected and 1,967 (77.3%) of those sequences represented unique isolates. Among these isolates, 93% contained geographic origin information and only 39% were related to any clinical status. A total of 1,091 sequences contained information about the geographic origin and viral subtype and 93% of these sequences were identified as subtype “a”. Ethnicity data are very scarce. Regarding clinical status data, 29% of the sequences were generated from TSP/HAM and 67.8% from healthy carrier individuals. Although the data mining enabled some inferences about specific aspects of HTLV-1 infection to be made, due to the relative scarcity of data of available sequences, it was not possible to delineate a global scenario of HTLV-1 infection

Molecular study of HBZ and gp21 human T cell leukemia virus type 1 proteins isolated from different clinical profile infected individuals.

Submitted by Ana Maria Fiscina Sampaio ([email protected]) on 2014-06-04T12:54:34Z No. of bitstreams: 1 Mota-Miranda ACA Molecular study of HBZ....pdf: 136604 bytes, checksum: 7ba88357a68622e23fedaa32936ce20e (MD5)Made available in DSpace on 2014-06-04T12:54:34Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Mota-Miranda ACA Molecular study of HBZ....pdf: 136604 bytes, checksum: 7ba88357a68622e23fedaa32936ce20e (MD5) Previous issue date: 2013Fundação Oswaldo Cruz. Centro de Pesquisa Gonçalo Moniz. Salvador, BA, Brasil / Escola Bahiana de Medicina e Saúde Pública. Salvador, BA, Brasil /Universidade Federal da Bahia. Instituto de Ciências da Saúde. Salvador, BA, BrasilFundação Oswaldo Cruz. Centro de Pesquisa Gonçalo Moniz. Salvador, BA, BrasilFundação Oswaldo Cruz. Centro de Pesquisa Gonçalo Moniz. Salvador, BA, BrasilFundação Oswaldo Cruz. Centro de Pesquisa Gonçalo Moniz. Salvador, BA, BrasilFundação Oswaldo Cruz. Centro de Pesquisa Gonçalo Moniz. Salvador, BA, Brasil / Escola Bahiana de Medicina e Saúde Pública. Salvador, BA, Brasil /Universidade Federal da Bahia. Instituto de Ciências da Saúde. Salvador, BA, BrasilFundação Oswaldo Cruz. Centro de Pesquisa Gonçalo Moniz. Salvador, BA, Brasil / Escola Bahiana de Medicina e Saúde Pública. Salvador, BA, BrasilFundação Oswaldo Cruz. Centro de Pesquisa Gonçalo Moniz. Salvador, BA, BrasilHuman T cell leukemia virus type 1 (HTLV-1) is associated with a neurological syndrome named tropical spastic paraparesis/HTLV-associated myelopathy (TSP/HAM) and the disease progression involves viral factors. The gp21 glycoprotein is involved in envelope trafficking and membrane targeting while the bZIP protein is indispensable for cell growth and proliferation. This study aimed to assess the molecular diversity of gp21 and HBZ proteins in TSP/HAM and healthy carriers. DNA samples from HTLV-1-infected individuals were submitted to PCR and sequencing, and the molecular analyses were performed using bioinformatics tools. From eight gp21-analyzed sequences one amino acid change (Y477H) was associated with the switch of a helix to coil structure at secondary structure prediction. From 10 HBZ analyzed sequences, two amino acid changes were identified (S9P and T95I) at the activation domain. One mutation (R112C) located at the nuclear localization signal was present in 66.7% and 25% of healthy carriers (HC) and TSP/HAM groups, respectively. This is the first report of mutations in the HBZ region. These polymorphisms might be important for viral fitness

Human retrovirus codon usage from tRNA point of view: therapeutic insights

Submitted by Ana Maria Fiscina Sampaio ([email protected]) on 2014-11-13T16:24:23Z No. of bitstreams: 1 Frias D.G. Human.pdf: 1564997 bytes, checksum: f165a32def8564d25b1536d70bad953f (MD5)Approved for entry into archive by Ana Maria Fiscina Sampaio ([email protected]) on 2014-11-13T16:24:34Z (GMT) No. of bitstreams: 1 Frias D.G. Human.pdf: 1564997 bytes, checksum: f165a32def8564d25b1536d70bad953f (MD5)Made available in DSpace on 2014-11-13T16:37:27Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Frias D.G. Human.pdf: 1564997 bytes, checksum: f165a32def8564d25b1536d70bad953f (MD5) Previous issue date: 2013Bahia State University. Salvador, BA, BrasilFederal University of Bahia. Salvador, BA, Brasil / Bahia Schoolof Medicine and Public Health. Bahia Foundation for Science Development. Salvador, BA, BrasilFederal University of Bahia. Salvador, BA, Brasil / Bahia School of Medicine and Public Health. Bahia Foundation for Science Development. Salvador, BA, BrasilBahia State University. Salvador, BA, BrasilUniversity of KwaZulu-Natal. Africa Centre for Health and Population Studies. Doris Duke Medical Research Institute. Nelson Mandela School of Medicine. College of Health Sciences. Durban, South AfricaBahia Schoolof Medicine and Public Health. Bahia Foundation for Science Development. Salvador, BA, Brasil / Fundação Oswaldo Cruz. Centro de Pesquisas Gonçalo Moniz. Salvador, BA, BrasilFundação Oswaldo Cruz. Centro de Pesquisas Gonçalo Moniz. Salvador, BA, BrasilThe purpose of this study was to investigate the balance between transfer ribonucleic acid (tRNA) supply and demand in retrovirus-infected cells, seeking the best targets for antiretroviral therapy based on the hypothetical tRNA Inhibition Therapy (TRIT). Codon usage and tRNA gene data were retrieved from public databases. Based on logistic principles, a therapeutic score (T-score) was calculated for all sense codons, in each retrovirus-host system. Codons that are critical for viral protein translation, but not as critical for the host, have the highest T-score values. Theoretically, inactivating the cognate tRNA species should imply a severe reduction of the elongation rate during viral mRNA translation. We developed a method to predict tRNA species critical for retroviral protein synthesis. Four of the best TRIT targets in HIV-1 and HIV-2 encode Large Hydrophobic Residues (LHR), which have a central role in protein folding. One of them, codon CUA, is also a TRIT target in both HTLV-1 and HTLV-2. Therefore, a drug designed for inactivating or reducing the cytoplasmatic concentration of tRNA species with anticodon TAG could attenuate significantly both HIV and HTLV protein synthesis rates. Inversely, replacing codons ending in UA by synonymous codons should increase the expression, which is relevant for DNA vaccine desig

Re-mapping the molecular features of the human immunodeficiency virus type 1 and human T-cell lymphotropic virus type 1 Brazilian sequences using a bioinformatics unit established in Salvador, Bahia, Brazil, to give support to the viral epidemiology studies

The analysis of genetic data for human immunodeficiency virus type 1 (HIV-1) and human T-cell lymphotropic virus type 1 (HTLV-1) is essential to improve treatment and public health strategies as well as to select strains for vaccine programs. However, the analysis of large quantities of genetic data requires collaborative efforts in bioinformatics, computer biology, molecular biology, evolution, and medical science. The objective of this study was to review and improve the molecular epidemiology of HIV-1 and HTLV-1 viruses isolated in Brazil using bioinformatic tools available in the Laboratório Avançado de Sáude Pública (Lasp) bioinformatics unit. The analysis of HIV-1 isolates confirmed a heterogeneous distribution of the viral genotypes circulating in the country. The Brazilian HIV-1 epidemic is characterized by the presence of multiple subtypes (B, F1, C) and B/F1 recombinant virus while, on the other hand, most of the HTLV-1 sequences were classified as Transcontinental subgroup of the Cosmopolitan subtype. Despite the high variation among HIV-1 subtypes, protein glycosylation and phosphorylation domains were conserved in the pol, gag, and env genes of the Brazilian HIV-1 strains suggesting constraints in the HIV-1 evolution process. As expected, the functional protein sites were highly conservative in the HTLV-1 env gene sequences. Furthermore, the presence of these functional sites in HIV-1 and HTLV-1 strains could help in the development of vaccines that pre-empt the viral escape process