Contributions to the improvement of image quality in CBCT and CBμCT and application in the development of a CBμCT system

During the last years cone-beam x-ray CT (CBCT) has been established as a widespread imaging technique and a feasible alternative to conventional CT for dedicated imaging tasks for which the limited flexibility offered by conventional CT advises the development of dedicated designs. CBCT systems are starting to be routinely used in image guided radiotherapy; image guided surgery using C-arms; scan of body parts such as the sinuses, the breast or extremities; and, especially, in preclinical small-animal imaging, often coupled to molecular imaging systems. Despite the research efforts advocated to the advance of CBCT, the challenges introduced by the use of large cone angles and two-dimensional detectors are a field of vigorous research towards the improvement of CBCT image quality. Moreover, systems for small-animal imaging add to the challenges posed by clinical CBCT the need of higher resolution to obtain equivalent image quality in much smaller subjects. This thesis contributes to the progress of CBCT imaging by addressing a variety of issues affecting image quality in CBCT in general and in CBCT for small-animal imaging (CBμCT). As part of this work we have assessed and optimized the performance of CBμCT systems for different imaging tasks. To this end, we have developed a new CBμCT system with variable geometry and all the required software tools for acquisition, calibration and reconstruction. The system served as a tool for the optimization of the imaging process and for the study of image degradation effects in CBμCT, as well as a platform for biological research using small animals. The set of tools for the accurate study of CBCT was completed by developing a fast Monte Carlo simulation engine based on GPUs, specifically devoted to the realistic estimation of scatter and its effects on image quality in arbitrary CBCT configurations, with arbitrary spectra, detector response, and antiscatter grids. This new Monte Carlo engine outperformed current simulation platforms by more than an order of magnitude. Due to the limited options for simulation of spectra in microfocus x-ray sources used in CBμCT, we contributed in this thesis a new spectra generation model based on an empirical model for conventional radiology and mammography sources modified in accordance to experimental data. The new spectral model showed good agreement with experimental exposure and attenuation data for different materials. The developed tools for CBμCT research were used for the study of detector performance in terms of dynamic range. The dynamic range of the detector was characterized together with its effect on image quality. As a result, a new simple method for the extension of the dynamic range of flat-panel detectors was proposed and evaluated. The method is based on a modified acquisition process and a mathematical treatment of the acquired data. Scatter is usually identified as one of the major causes of image quality degradation in CBCT. For this reason the developed Monte Carlo engine was applied to the in-depth study of the effects of scatter for a representative range of CBCT embodiments used in the clinical and preclinical practice. We estimated the amount and spatial distribution of the total scatter fluence and the individual components within. The effect of antiscatter grids in improving image quality and in noise was also evaluated. We found a close relation between scatter and the air gap of the system, in line with previous results in the literature. We also observed a non-negligible contribution of forward-directed scatter that is responsible to a great extent for streak artifacts in CBCT. The spatial distribution of scatter was significantly affected by forward scatter, somewhat challenging the usual assumption that the scatter distribution mostly contains low-frequencies. Antiscatter grids showed to be effective for the reduction of cupping, but they showed a much lower performance when dealing with streaks and a shift toward high frequencies of the scatter distributions. --------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------A lo largo de los últimos años, el TAC de rayos X de haz cónico (CBCT, de “conebeam” CT) se ha posicionado como una de las técnicas de imagen más ampliamente usadas. El CBCT se ha convertido en una alternativa factible al TAC convencional en tareas de imagen específicas para las que la flexibilidad limitada ofrecida por este hace recomendable el desarrollo de sistemas de imagen dedicados. De esta forma, el CBCT está empezando a usarse de forma rutinaria en varios campos entre los que se incluyen la radioterapia guiada por imagen, la cirugía guiada por imagen usando arcos en C, imagen de partes de la anatomía en las que el TAC convencional no es apropiado, como los senos nasales, las extremidades o la mama, y, especialmente el campo de imagen preclínica con pequeño animal. Los sistemas CBCT usados en este último campo se encuentran habitualmente combinados con sistemas de imagen molecular. A pesar del trabajo de investigación dedicado al avance de la técnica CBCT en los últimos años, los retos introducidos por el uso de haces cónicos y de detectores bidimensionales son un campo candente para la investigación médica, con el objetivo de obtener una calidad de imagen equivalente o superior a la proporcionada por el TAC convencional. En el caso de imagen preclínica, a los retos generados por el uso de CBCT se une la necesidad de una mayor resolución de imagen que permita observar estructuras anatómicas con el mismo nivel de detalle obtenido para humanos. Esta tesis contribuye al progreso del CBCT mediante el estudio de usa serie de efectos que afectan a la calidad de imagen de CBCT en general y en el ámbito preclínico en particular. Como parte de este trabajo, hemos evaluado y optimizado el rendimiento de sistemas CBCT preclínicos en función de la tarea de imagen concreta. Con este fin se ha desarrollado un sistema CBCT para pequeños animales con geometría variable y todas las herramientas necesarias para la adquisición, calibración y reconstrucción de imagen. El sistema sirve como base para la optimización de protocolos de adquisición y para el estudio de fuentes de degradación de imagen además de constituir una plataforma para la investigación biológica en pequeño animal. El conjunto de herramientas para el estudio del CBCT se completó con el desarrollo de una plataforma acelerada de simulación Monte Carlo basada en GPUs, optimizada para la estimación de radiación dispersa en CBCT y sus efectos en la calidad de imagen. La plataforma desarrollada supera el rendimiento de las actuales en más de un orden de magnitud y permite la inclusión de espectros policromáticos de rayos X, de la respuesta realista del detector y de rejillas antiscatter. Debido a las escasas opciones ofrecidas por la literatura para la estimación de espectros de rayos X para fuentes microfoco usadas en imagen preclínica, en esta tesis se incluye el desarrollo de un nuevo modelo de generación de espectros, basado en un modelo existente para fuentes usadas en radiología y mamografía. El modelo fue modificado a partir de datos experimentales. La precisión del modelo presentado se comprobó mediante datos experimentales de exposición y atenuación para varios materiales. Las herramientas desarrolladas se usaron para estudiar el rendimiento de detectores de rayos tipo flat-panel en términos de rango dinámico, explorando los límites impuestos por el mismo en la calidad de imagen. Como resultado se propuso y evaluó un método para la extensión del rango dinámico de este tipo de detectores. El método se basa en la modificación del proceso de adquisición de imagen y en una etapa de postproceso de los datos adquiridos. El simulador Monte Carlo se empleó para el estudio detallado de la naturaleza, distribución espacial y efectos de la radiación dispersa en un rango de sistemas CBCT que cubre el espectro de aplicaciones propuestas en el entorno clínico y preclínico. Durante el estudio se inspeccionó la cantidad y distribución espacial de radiación dispersa y de sus componentes individuales y el efecto causado por la inclusión de rejillas antiscatter en términos de mejora de calidad de imagen y de ruido en la imagen. La distribución de radiación dispersa mostró una acentuada relación con la distancia entre muestra y detector en el equipo, en línea con resultados publicados previamente por otros autores. También se encontró una influencia no despreciable de componentes de radiación dispersa con bajos ángulos de desviación, poniendo en tela de juicio la tradicional asunción que considera que la distribución espacial de la radiación dispersa está formada casi exclusivamente por componentes de muy baja frecuencia. Las rejillas antiscatter demostraron ser efectivas para la reducción del artefacto de cupping, pero su efectividad para tratar artefactos en forma de línea (principalmente formados por radiación dispersa con bajo ángulo de desviación) resultó mucho menor. La inclusión de estas rejillas también enfatiza las componentes de alta frecuencia de la distribución espacial de la radiación dispersa

Modification of the TASMIP x-ray spectral model for the simulation of microfocus x-ray sources

The availability of accurate and simple models for the estimation of x-ray spectra is of great importance for system simulation, optimization, or inclusion of photon energy information into data processing. There is a variety of publicly available tools for estimation of x-ray spectra in radiology and mammography. However, most of these models cannot be used directly for modeling microfocus x-ray sources due to differences in inherent filtration, energy range and/or anode material. For this reason the authors propose in this work a new model for the simulation of microfocus spectra based on existing models for mammography and radiology, modified to compensate for the effects of inherent filtration and energy range.The research was supported by the Innovative Medicines Initiative Joint Undertaking under Grant Agreement No. 115337, which comprises financial contributions from the European Union’s Seventh Framework Programme (FP7/2007-2013) and EFPIA companies’ in kind contribution. This work was also partially funded by the AMIT project (CEN-20101014) from the CDTI-CENIT program, projects TEC2010-21619-C04-01, TEC2011-28972-C02-01, and PI11/00616 from the Spanish Ministerio de Ciencia e Innovación. A. Sisniega is funded by an FPU grant from the Spanish Ministerio de Educación.Publicad

Design and development of a co-planar fluorescence and X-ray tomograph

Proceeding of: 2008 IEEE Nuclear Science Symposium Conference Record (NSS '08), Dresden, Germany, 19-25 Oct. 2008Non-contact Fluorescence Oiffuse Optical Tomography (FOOT) is rapidly becoming an important tool for small animal research, since it is able to display the 30 distribution of near infrared fluorescent probes in the whole body. FOOT, like other functional and molecular imaging techniques (PET, SPECT), lacks anatomical information, limiting the resolution of analyses of living systems. Furthermore, anatomical information from the subject under study can be used as a priori information for the FOOT reconstruction algorithm to improve its performance. With these goals in mind, we have built a proof-of-concept FOOT-CT hybrid machine that combines the high-resolution anatomy of CT with the functional information provided by FOOT.This work is partially funded by the CD-TEAM Project, CENIT Program, Spanish Ministerio de Industria, grants from the Ministerio de Educaci6n y Ciencia, projects TEC2007-64731 and TEC2008-06715-C02-01 and by Caja Navarra

Co-Planar FMT-CT

2008 World Molecular Imaging Congress (WMIC 2008), 10-13 september 2008. Nice, Franc

Expanding the dynamic range of flat-panel detectors used in small-animal cone-beam CT: an automated dual-exponsure technique

[Poster] 4th European Molecular Imaging Meeting, Barcelona, Spain, May 27 - 30, 2009This work is supported in part by Ministerio de Ciencia e Innovación (TEC2008-06715 and TEC2007-64731), EU-FP7 project FMTXCT-201792 and CD-TEAM project (CENIT program).Publicad

Investigation of Different Sparsity Transforms for the PICCS Algorithm in Small- Animal Respiratory Gated CT

Data Availability Statement: All relevant data are available from the Zenodo database, under the DOI: http://dx.doi.org/10.5281/zenodo.15685.Respiratory gating helps to overcome the problem of breathing motion in cardiothoracic small-animal imaging by acquiring multiple images for each projection angle and then assigning projections to different phases. When this approach is used with a dose similar to that of a static acquisition, a low number of noisy projections are available for the reconstruction of each respiratory phase, thus leading to streak artifacts in the reconstructed images. This problem can be alleviated using a prior image constrained compressed sensing (PICCS) algorithm, which enables accurate reconstruction of highly undersampled data when a prior image is available. We compared variants of the PICCS algorithm with different transforms in the prior penalty function: gradient, unitary, and wavelet transform. In all cases the problem was solved using the Split Bregman approach, which is efficient for convex constrained optimization. The algorithms were evaluated using simulations generated from data previously acquired on a micro-CT scanner following a high-dose protocol (four times the dose of a standard static protocol). The resulting data were used to simulate scenarios with different dose levels and numbers of projections. All compressed sensing methods performed very similarly in terms of noise, spatiotemporal resolution, and streak reduction, and filtered back-projection was greatly improved. Nevertheless, the wavelet domain was found to be less prone to patchy cartoon-like artifacts than the commonly used gradient domain.This work was partially funded by the RICRETIC network (RD12/0042/0057) from the Ministerio de Economía y Competitividad (www.mineco.gob.es/) and projects TEC2010-21619-C04-01 and PI11/00616 from Ministerio de Ciencia e Innovación (www.micinn.es/). The research leading to these results was supported by funding from the Innovative Medicines Initiative (www.imi.europa.eu) Joint Undertaking under grant agreement n°115337, the resources of which comprise financial contributions from the European Union's Seventh Framework Programme (FP7/2007-2013) and EFPIA companies ("in kind contribution"). The funders had no role in study design, data collection and analysis, decision to publish, or preparation of the manuscript

Simulation of mechanical misalignments in a cone-beam micro-CT system

Proceeding of: 2008 IEEE Nuclear Science Symposium Conference Record (NSS '08), Dresden, Germany, 19-25 October 2008X-ray CT images usually show artefacts due not only to physical effects -e.g., beam hardening-, but also to misalignments that remain after mechanical calibration. These artefacts become particularly noticeable in the case of high spatial resolution systems and in hybrid systems, such as PETCT, SPECT-CT scanners, which rely on a correct registration of emission and CT data. Hence, slight mechanical misalignments affect the quality of the CT images and any attenuation correction methods or further quantification based on them. We implemented a computer simulator of these artefacts on a conebeam, flat-panel based micro-CT scanner. Using this simulator, we studied the effect of these different misalignments (pitch and roll tilts, skew and shifts) on reconstructed images.This work is partially funded by the CD-TEAM Project, CENIT Program, Spanish Ministerio de Industria, and with grants from the Ministerio de Educaci6n y Ciencia, projects TEC200764731 and TEC2008-06715-C02-01

Corrección empírica de primer y segundo orden del artefacto de endurecimiento de haz en imágenes de micro-TAC

Actas de: XXIX Congreso Anual de la Sociedad Espñaola de Ingeniería Biomédica (CASEIB 2011). Cáceres, 16-18 Noviembre 2011.Los artefactos más comunes producidos por el fenómeno físico de endurecimiento de haz en imágenes obtenidas en un tomógrafo de rayos X son: "cupping", en volúmenes homogéneos y bandas oscuras, en presencia de objetos densos. Este trabajo presenta un esquema de corrección completa para ambos artefactos: un primer paso implementa una corrección de "cupping" por medio de un método de corrección de primer orden: linealización sobre los datos de proyección; en un segundo paso, se aplica un algoritmo de corrección de segundo orden sobre la imagen ya reconstruida para eliminar las bandas oscuras. En todo el proceso se elimina la necesidad de conocer el espectro de la fuente de rayos X. Ambos métodos han sido validados en maniquíes homogéneos y heterogéneos compuestos por dos materiales distintos, además de estudios de pequeño animal (ratas y ratones de laboratorio) adquiridos en un tomógrafo de rayos X para pequeños animales (micro-TAC) diseñado en el laboratorio. Los resultados demuestran la validez del esquema de corrección.Este trabajo ha sido financiado por el Ministerio de Ciencia e Innovación (proyectos CENIT AMIT, TEC 2008-06715-C02-1, RD07/0014/2009, TRA2009 0175 y Red RECAVA) y por la Comunidad de Madrid y Fondos FEDER (programa ARTEMIS S2009DPI-1802).Publicad