Identificação de marcadores moleculares ligados ao gene de resistência ao míldio, PpALG1 em Brassica oleracea var tronchuda

Dissertação mest., Engenharia Biológica, Universidade do Algarve, 2009O míldio das Crucíferas, causado pelo oomicete Hyaloperonospora Constant. parasitica (Pers. Ex Fr.) (Constantinescu e Fatehi, 2002), é uma doença que afecta a família Brassicaceae, sobretudo as espécies do género Brassica. Anteriormente, tinha sido identificada uma linha de Couve Algarvia (Brassica oleracea var tronchuda) resistente ao míldio na fase adulta cuja resistência se demonstrou ser controlada por um único gene dominante, designado PpALG1 (Monteiro et al., 2005). Este trabalho teve como objectivo a identificação de marcadores moleculares ligados ao gene PpALG1. Utilizando a estratégia de “Bulked Segregant Analysis” (BSA) para testar marcadores mapeados ao longo do mapa genético de B. oleracea concluiu-se que o gene PpALG1 se encontra ligado no mesmo grupo de ligamento (LG3) onde se encontra localizado o gene de resistência ao míldio, Pp523, identificado numa linha de brócolo. A estratégia de BSA foi novamente utilizada para testar marcadores seleccionados deste grupo, bem como para identificar novos marcadores RAPD ligados ao gene em estudo. Paralelamente foram testados marcadores STS provenientes de clones BAC de B. oleracea, pertencentes a um contig que abarca a região genómica do locus Pp523. No total foram analisados 14 marcadores moleculares polimórficos que aparentavam ligação ao gene PpALG1 nos 97 indivíduos que constituem a população de mapeamentoF2. A análise de segregação destes marcadores foi efectuada utilizando o software JoinMap3.0, da qual resultou um grupo de ligamento de seis marcadores ligados ao locus da resistência PpALG1. Actualmente, a interacção fenotipica hospedeiro-patogéneo está a ser reavaliada na população F3, avaliação a partir da qual serão constituídos novos “bulks” de DNA que permitam identificar marcadores DNA em estreita ligação ao gene PpALG1, condição essencial ao seu isolamento via “mapbased cloning”

A comprehensive assessment of the transcriptome of cork oak (Quercus suber) through EST sequencing

Background: Cork oak (Quercus suber) is one of the rare trees with the ability to produce cork, a material widely used to make wine bottle stoppers, flooring and insulation materials, among many other uses. The molecular mechanisms of cork formation are still poorly understood, in great part due to the difficulty in studying a species with a long life-cycle and for which there is scarce molecular/genomic information. Cork oak forests are of great ecological importance and represent a major economic and social resource in Southern Europe and Northern Africa. However, global warming is threatening the cork oak forests by imposing thermal, hydric and many types of novel biotic stresses. Despite the economic and social value of the Q. suber species, few genomic resources have been developed, useful for biotechnological applications and improved forest management. Results: We generated in excess of 7 million sequence reads, by pyrosequencing 21 normalized cDNA libraries derived from multiple Q. suber tissues and organs, developmental stages and physiological conditions. We deployed a stringent sequence processing and assembly pipeline that resulted in the identification of ~159,000 unigenes. These were annotated according to their similarity to known plant genes, to known Interpro domains, GO classes and E.C. numbers. The phylogenetic extent of this ESTs set was investigated, and we found that cork oak revealed a significant new gene space that is not covered by other model species or EST sequencing projects. The raw data, as well as the full annotated assembly, are now available to the community in a dedicated web portal at http://www.corkoakdb.org. Conclusions: This genomic resource represents the first trancriptome study in a cork producing species. It can be explored to develop new tools and approaches to understand stress responses and developmental processes in forest trees, as well as the molecular cascades underlying cork differentiation and disease response.Peer Reviewe