Regresión cuantil para predicción de caracteres complejos en bovinos Suizo Europeo usando marcadores SNP y pedigrí

Genomic prediction models generally assume that errors are distributed as normal, independent, and identically distributed random variables with zero mean and equal variance. This is not always true, in addition there may be phenotypes distant from the population mean, which are usually removed when making the prediction. Quantile regression (QR) deals with statistical aspects such as high dimensionality, multicollinearity and phenotypic distribution different from the normal one. The objective of this work was to compare QR using marker and pedigree information with alternative methods such as genomic best linear unbiased prediction (GBLUP) and single-step genomic best linear unbiased prediction (ssGBLUP) to analyze the birth (BW), weaning (WW) and yearling (YW) weights of Braunvieh cattle and simulated data with different degrees of asymmetry and proportion of outliers. The predictive capacity of the models was assessed by cross-validation. The predictive performance of QR both with marker information alone and with information of markers plus pedigree, with the actual dataset, was better than the GBLUP and ssGBLUP methodologies for WW and YW. For BW, GBLUP and ssGBLUP were better, however, only quantiles 0.25, 0.50 and 0.75 were used, and the BW distribution was not asymmetric. In the simulated data experiment, correlations between “true” marker effects and estimated effects, as well as “true” and estimated signal correlations were higher when QR was used compared to GBLUP. The advantages of QR were more noticeable with asymmetric distribution of phenotypes and with a higher proportion of outliers, as was the case with the simulated dataset.Los modelos de predicción genómica generalmente suponen que los errores se distribuyen como variables aleatorias normales, independientes e idénticamente distribuidas con media cero e igual varianza. Esto no siempre se cumple, además puede haber fenotipos distantes de la media poblacional, los que usualmente se eliminan al realizar la predicción. La regresión cuantil (QR) afronta aspectos estadísticos como alta dimensionalidad, multicolinealidad y distribución fenotípica diferente de la normal. El objetivo de este trabajo fue comparar QR utilizando información de marcadores y pedigrí con los métodos alternativos tales como mejor predicción lineal insesgada genómica (GBLUP) y mejor predicción lineal insesgada genómica en un solo paso (ssGBLUP) para analizar los pesos al nacimiento (PN), destete (PD) y al año (PA) de bovinos Suizo Europeo y datos simulados con diferente grado de asimetría y proporción de datos atípicos. La capacidad predictiva de los modelos se evaluó mediante validación cruzada. El desempeño predictivo de QR tanto sólo con información de marcadores como con marcadores más pedigrí, con el conjunto de datos reales, fue mejor que las metodologías GBLUP y ssGBLUP para PD y PA. Para PN GBLUP y ssGBLUP fueron mejores, sin embargo, solo se utilizaron los cuantiles 0.25, 0.50 y 0.75, y la distribución de PN no fue asimétrica. En el experimento de datos simulados, las correlaciones entre efectos de marcador “verdadero” y efectos estimados, así como las correlaciones de señales “verdaderas” y estimadas fueron más altas cuando se usó QR comparado con GBLUP. Las ventajas de QR fueron más notorias con distribución asimétrica de los fenotipos y con mayor proporción de datos atípicos, como fue el caso del conjunto de datos simulados

Experimental data and numerical predictions of a single-phase flow in a batch square stirred tank reactor with a rotating cylinder agitator

Abstract Single-phase flows in stirred tank reactors have useful characteristics for a wide number of industrial applications. Usually, reactors are cylindrical vessels and complex impeller designs, which are often highly energy consuming and produce complicated flow patterns. Therefore, a novel configuration consisting of a square stirred tank reactor is proposed in this study with potential advantages over conventional reactors. In the present work hydrodynamics and turbulence have been studied for a single-phase flow in steady state operating in batch condition. The flow was induced by drag from a rotating cylinder with two diameters. The effects of drag from the stirrer as well as geometrical parameters of the system on the hydrodynamic behavior were investigated using Computational Fluids Dynamics (CFD) and non-intrusive Laser Doppler Anemometry, (LDA). Data obtained from LDA measurements were used for the validation of the CFD simulations, and to detecting the macro-instabilities inside the tank, based on the time series analysis for three rotational speeds N = 180, 1000 and 2000 rpm. The numerical results revealed the formation of flow patterns and macrovortex structures in the upper part of the tank as consequence of the Reynolds number and the stream discharge emanated from the cylindrical stirrer. Moreover, increasing the cylinder diameter has an impact on the number of recirculation loops as well as the energy consumption of the entire system showing better performance in the presence of turbulent flows

A predictive clinical-genetic model of tissue plasminogen activator response in acute ischemic stroke

Wide interindividual variability exists in response to tissue plasminogen activator (t-PA) treatment in the acute phase of ischemic stroke. We aimed to find genetic variations associated with hemorrhagic transformation (HT) and mortality rates after t-PA. We then generated a clinical-genetic model for predicting t-PA response

Los mamíferos amenazados del Paraguay

Se evaluaron 178 especies, excluyendo al tapiti Sylvilagus brasiliensis y al Dasypus septemcinctus (ver capítulo Xenarthra). Entre las especies evaluadas, se resalta que 29 especies fueron catalogadas como ?datos insuficientes? o DI, esto significa que la información disponible sobre estas especies en nuestro país es tan escasa que no podemos definir cuál es su estado de conservación a nivel nacional. Esta situación se debe a que existen pocos registros de la especie hasta el momento, pero la causa de ello es desconocida. Se podría Dar el caso de que la especie dada tenga una población abundante, pero hay pocas investigaciones (o ninguna) realizadas sobre el tema o bien, o caso contrario, que las especies posean pequeños tamaños poblacionales, sean de difícil avistamiento por lo que el esfuerzo de muestreo es escaso o inexistente (no se los busco). Esto resalta la importancia de la investigación en mastozoología para poder tomar decisiones de conservación, ya que, sin investigación científica, es imposible trazar acciones de conservación prácticas y fiables a nivelpaís y regional.Fil: Saldivar, S.. Asociación Paraguaya de Mastozoología; ParaguayFil: Rojas, V.. Asociación Paraguaya de Mastozoología; Paraguay. Asociacion Guyra Paraguay (guyra); Paraguay. Programa Nacional de Incentivo a los Investigadores; ParaguayFil: Giménez, D.. Asociación Paraguaya de Mastozoología; Paraguay. Sociedad para la Preservación de Carnívoros en Peligro y su Estudio Ecológico Internacional; Estados UnidosFil: Abba, Agustin Manuel. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Centro Científico Tecnológico Conicet - La Plata. Centro de Estudios Parasitológicos y de Vectores. Universidad Nacional de La Plata. Facultad de Ciencias Naturales y Museo. Centro de Estudios Parasitológicos y de Vectores; ArgentinaFil: Ayala, R.. Universidad de Buenos Aires; Argentina. Asociación Paraguaya de Mastozoología; ParaguayFil: Barreto, R.. Secretaría del Ambiente; ParaguayFil: Cartes, J.L.. Asociación Paraguaya de Mastozoología; Paraguay. Asociacion Guyra Paraguay (guyra); Paraguay. Programa Nacional de Incentivo a los Investigadores; ParaguayFil: del Castillo, H.. Asociacion Guyra Paraguay (guyra); Paraguay. Programa Nacional de Incentivo a los Investigadores; ParaguayFil: Cuéllar, E.. No especifíca;Fil: de la Sancha, N.U.. Asociación Paraguaya de Mastozoología; Paraguay. Chicago State University; Estados Unidos. Field Museum of National History; Estados UnidosFil: Gamarra de Fox, I.. Asociación Paraguaya de Mastozoología; Paraguay. Secretaría del Ambiente; ParaguayFil: Giordano, A.J.. Sociedad para la Preservación de Carnívoros en Peligro y su Estudio Ecológico Internacional; Estados UnidosFil: Kowalewski, Miguel Martin. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Oficina de Coordinación Administrativa Parque Centenario. Museo Argentino de Ciencias Naturales "Bernardino Rivadavia". Estación Biológica de Usos Múltiples (Sede Corrientes); ArgentinaFil: López, J.. Asociación Paraguaya de Mastozoología; Paraguay. Universidad de Buenos Aires; ArgentinaFil: Martínez, V.. Asociación Paraguaya de Mastozoología; Paraguay. Itaipu Binacional; ParaguayFil: Mujica, N.. Universidad Nacional de Asunción; ParaguayFil: Neris, N.. Asociación Paraguaya de Mastozoología; Paraguay. Secretaría del Ambiente; ParaguayFil: Ortiz, M.L.. Asociación Paraguaya de Mastozoología; ParaguayFil: Ramírez, F.. Asociación Paraguaya de Mastozoología; Paraguay. Fundación Moisés Bertoni; ParaguayFil: Ríos, S.D.. Asociación Paraguaya de Mastozoología; Paraguay. Secretaría Nacional de Cultura; ParaguayFil: Ruíz Díaz, M.. Asociación Paraguaya de Mastozoología; ParaguayFil: Sánchez, J.. Asociación Paraguaya de Mastozoología; Paraguay. Universidad Nacional de Asunción; ParaguayFil: Smith, P.. Asociación Paraguaya de Mastozoología; Paraguay. Programa Nacional de Incentivo a los Investigadores; ParaguayFil: Stevens, R.. Texas Tech University; Estados UnidosFil: Teta, Pablo Vicente. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Oficina de Coordinación Administrativa Parque Centenario. Museo Argentino de Ciencias Naturales "Bernardino Rivadavia"; ArgentinaFil: Thompson, J.J.. Asociación Paraguaya de Mastozoología; Paraguay. Asociacion Guyra Paraguay (guyra); ParaguayFil: Torres, J.. Asociación Paraguaya de Mastozoología; ParaguayFil: Velázquez, M.. Asociación Paraguaya de Mastozoología; Paraguay. Fundación Moisés Bertoni; ParaguayFil: Velilla, M.. Asociación Paraguaya de Mastozoología; Paraguay. Asociacion Guyra Paraguay (guyra); Paraguay. Programa Nacional de Incentivo a los Investigadores; ParaguayFil: Villalba, L.. Asociación Paraguaya de Mastozoología; Paraguay. Wildlife Conservation Society; ParaguayFil: Weiler, A.. Asociación Paraguaya de Mastozoología; Paraguay. Programa Nacional de Incentivo a los Investigadores; Paraguay. Universidad Nacional de Asunción; Paragua