Detection of IL28B SNP DNA from Buccal Epithelial Cells, Small Amounts of Serum, and Dried Blood Spots

Background & Aims: Point mutations in the coding region of the interleukin 28 gene (rs12979860) have recently been identified for predicting the outcome of treatment of hepatitis C virus infection. This polymorphism detection was based on whole blood DNA extraction. Alternatively, DNA for genetic diagnosis has been derived from buccal epithelial cells (BEC), dried blood spots (DBS), and genomic DNA from serum. The aim of the study was to investigate the reliability and accuracy of alternative routes of testing for single nucleotide polymorphism allele rs12979860CC. Methods: Blood, plasma, and sera samples from 200 patients were extracted (400 mL). Buccal smears were tested using an FTA card. To simulate postal delay, we tested the influence of storage at ambient temperature on the different sources of DNA at five time points (baseline, 48 h, 6 days, 9 days, and 12 days) Results: There was 100 % concordance between blood, plasma, sera, and BEC, validating the use of DNA extracted from BEC collected on cytology brushes for genetic testing. Genetic variations in HPTR1 gene were detected using smear technique in blood smear (3620 copies) as well as in buccal smears (5870 copies). These results are similar to those for whole blood diluted at 1/10. A minimum of 0.04 mL, 4 mL, and 40 mL was necessary to obtain exploitable results respectively for whole blood, sera, and plasma. No significant variation between each time point was observed for the different sources of DNA. IL28B SNPs analysis at these different time points showed the same results using the four sources of DNA

Effects of eight neuropsychiatric copy number variants on human brain structure

Many copy number variants (CNVs) confer risk for the same range of neurodevelopmental symptoms and psychiatric conditions including autism and schizophrenia. Yet, to date neuroimaging studies have typically been carried out one mutation at a time, showing that CNVs have large effects on brain anatomy. Here, we aimed to characterize and quantify the distinct brain morphometry effects and latent dimensions across 8 neuropsychiatric CNVs. We analyzed T1-weighted MRI data from clinically and non-clinically ascertained CNV carriers (deletion/duplication) at the 1q21.1 (n = 39/28), 16p11.2 (n = 87/78), 22q11.2 (n = 75/30), and 15q11.2 (n = 72/76) loci as well as 1296 non-carriers (controls). Case-control contrasts of all examined genomic loci demonstrated effects on brain anatomy, with deletions and duplications showing mirror effects at the global and regional levels. Although CNVs mainly showed distinct brain patterns, principal component analysis (PCA) loaded subsets of CNVs on two latent brain dimensions, which explained 32 and 29% of the variance of the 8 Cohen’s d maps. The cingulate gyrus, insula, supplementary motor cortex, and cerebellum were identified by PCA and multi-view pattern learning as top regions contributing to latent dimension shared across subsets of CNVs. The large proportion of distinct CNV effects on brain morphology may explain the small neuroimaging effect sizes reported in polygenic psychiatric conditions. Nevertheless, latent gene brain morphology dimensions will help subgroup the rapidly expanding landscape of neuropsychiatric variants and dissect the heterogeneity of idiopathic conditions

Evaluation of porcine reproductive and respiratory syndrome stabilization protocols in 23 French Farrow-to-finish farms located in a high-density swine area.

Porcine reproductive and respiratory syndrome virus (PRRSV) is responsible for reproductive disorders in sows and respiratory problems in pigs, and has a major economic impact. Controlling PRRSV is therefore a priority for the swine industry. Stabilization of a herd, defined as the production of PRRSV-negative pigs at weaning from seropositive sows, is a common method of control, and different protocols have been described in the literature to achieve this stabilization.[br/] The objective of this study was to evaluate wether the combination of mass vaccination of sows and their piglets with a Genotype I modified live virus (MLV) vaccine, with temporal closure to the introduction of replacement animals and unidirectional pig and human flow can result in the production of PRRSV-negative pigs at weaning. The study took place in French farrow-to-finish farms located in a high-density swine area where the disease concerns over 60% of farms and only closely related strains of genotype I have been reported. Twenty-three 100-to-700 sow farrow-to-finish farms were selected prospectively between 2005 and 2014, regardless of their biosecurity level. Those farms adopted a stabilization protocol characterized by the following standardized measures: vaccination of sows, gilts, and piglets with the Genotype I MLV vaccine PORCILIS®PRRS, temporary herd closure, and strict internal biosecurity measures. Monitoring of herd status was then performed using a combination of 3 diagnostic tools: Real-time polymerase chain reaction (RT-PCR), enzyme-linked immunosorbent assay (ELISA), and Open reading frame (ORF) 5 and ORF7 sequencing. The status of finishing units (either active or inactive, meaning PRRSV-positive or PRRSV-negative, respectively) was not considered in this study.[br/] At the end of the monitoring period, considering the results of all the analyses, clinical signs, and epidemiology, 19 farms were considered stable and 1 remained unstable. In 3 farms it was commonly agreed to extend the number of vaccinated batches of piglets, which enabled them to be considered stable at the end of a second round of monitoring. The combination of vaccination of sows and their piglets with a Genotype I MLV vaccine, together with the closure of the farm and a unidirectional pig and human flow, seems to be effective for farrow-to-finish farms even in high-density swine area, even with French PRRSV strains closely related to one another. This research is the first European study examining such a large number of farms, and increased confidence in the results stems from the added value of using the ORF7 and ORF5 sequencing tool.[br/

Les mycoplasmes dans les pathologies respiratoires équines

National audienceIntroduction : Les bactéries du genre Mycoplasma sont de petites bactéries sans paroi dont le diagnostic est rendu complexe de par leur croissance fastidieuse et le peu de voies métaboliques exprimées. Pourtant plus de cent espèces ont été décrites, qu’elles soient commensales, opportunistes ou pathogènes, avec un tropisme essentiellement urogénital ou respiratoire pour ces dernières Chez les chevaux, trois espèces, Mycoplasma (M.) equirhinis, M. pulmonis et M. felis, ont été détectées de façon récurrente dans des prélèvements respiratoires1,2. Leur présence est suspectée par les vétérinaires chez les chevaux présentant une toux chronique et en absence de réponse après un traitement antibiotique3. Cependant, l'implication des mycoplasmes dans les troubles respiratoires chez le cheval n'est pas clairement documentée4. Parmi les échantillons respiratoires équins (lavages bronchoalvéolaires [LBA] et majoritairement lavages trachéaux [LT]), analysés au laboratoire, 15% par an se sont révélés positifs par PCR en temps réel (rt-PCR) à Mycoplasma spp. Cependant, les espèces associées n'ont pas encore été explorées. Objectifs : Cette étude vise à i) développer et valider des outils pour détecter, isoler et identifier les différentes espèces de Mycoplasma dans les échantillons cliniques respiratoires équins et ii) définir ensuite leur prévalence en France en fonction du type de prélèvement et des caractéristiques des chevaux (âge, sexe et race). Matériel et méthodes : Des échantillons négatifs dopés avec des souches dénombrées (M. equirihinis, felis et pulmonis) et/ou une gamme de dilution d'ADN ont été utilisés pour caractériser les méthodes de culture et de rt-PCR. La prévalence des espèces de mycoplasme a été déterminée sur une population de 630 chevaux, prélevés en France en 2020, et présentant des troubles respiratoires. Les souches isolées et les extraits d'ADN positifs ont été identifiés par séquençage de l'ARNr 16S ou par PCR spécifique d'espèce. Résultats : Nos méthodes (culture et PCR permettent de détecter de façon équivalente), à partir d’échantillons qualifiés, les trois espèces de mycoplasmes respiratoires équines. Sur notre panel test, cent-sept chevaux (17%) sont positifs au genre Mycoplasma spp. par au moins une des deux méthodes utilisées. Les mycoplasmes sont davantage détectés dans les LT (19,5%) que dans les LBA (8,4%). L'espèce M. equirhinis est retrouvée dans 81% des échantillons positifs par rt-PCR et 98% des 43 souches isolées. Discussion et Conclusion : La prévalence des mycoplasmes dans les échantillons respiratoires est confirmée et affinée. M. equirhinis est l'espèce prédominante. Sa prévalence varie selon le type d'échantillon, l'âge et la condition d’athlète du cheval

Prévalence et identifications des mycoplasmes respiratoires équins en France

National audienceIntroduction : Les bactéries du genre Mycoplasma sont de petites bactéries sans paroi dont lediagnostic est rendu complexe de par leur croissance fastidieuse et le peu de voiesmétaboliques exprimées. Pourtant plus de cent espèces ont été décrites, qu’elles soientcommensales, opportunistes ou pathogènes, avec un tropisme essentiellement urogénital ourespiratoire pour ces dernières Chez les chevaux, trois espèces, Mycoplasma (M.) equirhinis,M. pulmonis et M. felis, ont été détectées de façon récurrente dans des prélèvementsrespiratoires1,2. Leur présence est suspectée par les vétérinaires chez les chevaux présentantune toux chronique et en absence de réponse après un traitement antibiotique3. Cependant, l'implication des mycoplasmes dans les troubles respiratoires chez le cheval n'est pas clairement documentée4. Parmi les échantillons respiratoires équins (lavages bronchoalvéolaires [LBA] et majoritairement lavages trachéaux [LT]), analysés au laboratoire, 15% paran se sont révélés positifs par PCR en temps réel (rt-PCR) à Mycoplasma spp. Cependant, lesespèces associées n'ont pas encore été explorées. Objectifs : Cette étude vise à i) développeret valider des outils pour détecter, isoler et identifier les différentes espèces de Mycoplasmadans les échantillons cliniques respiratoires équins et ii) définir ensuite leur prévalence enFrance en fonction du type de prélèvement et des caractéristiques des chevaux (âge, sexe etrace). Matériel et méthodes : Des échantillons négatifs dopés avec des souches dénombrées(M. equirihinis, felis et pulmonis) et/ou une gamme de dilution d'ADN ont été utilisés pourcaractériser les méthodes de culture et de rt-PCR. La prévalence des espèces de mycoplasmea été déterminée sur une population de 630 chevaux, prélevés en France en 2020, etprésentant des troubles respiratoires. Les souches isolées et les extraits d'ADN positifs ont étéidentifiés par séquençage de l'ARNr 16S ou par PCR spécifique d'espèce. Résultats : Nosméthodes (culture et PCR permettent de détecter de façon équivalente), à partird’échantillons qualifiés, les trois espèces de mycoplasmes respiratoires équines. Sur notrepanel test, cent-sept chevaux (17%) sont positifs au genre Mycoplasma spp. par au moins unedes deux méthodes utilisées. Les mycoplasmes sont davantage détectés dans les LT (19,5%)que dans les LBA (8,4%). L'espèce M. equirhinis est retrouvée dans 81% des échantillonspositifs par rt-PCR et 98% des 43 souches isolées. Discussion et Conclusion : La prévalence desmycoplasmes dans les échantillons respiratoires est confirmée et affinée. M. equirhinis estl'espèce prédominante. Sa prévalence varie selon le type d'échantillon, l'âge et la conditiond’athlète du cheval

Detection of Mycoplasma spp. in horses with respiratory disorders

National audienceBacteria belonging to the genus Mycoplasma are often involved in respiratory disorders in their animal hosts Three species have been reported so far from the respiratory tract of horses worldwide Mycoplasma M equirhinis M pulmonis and M felis. Their clinical role remains unclear, partly owing to the lack of standardised detection tool

Detection of Mycoplasma spp. in horses with respiratory disorders

International audienceAbstractBackground: Bacteria belonging to the genus Mycoplasma are small-sized, have no cell walls and small genomes. They commonly cause respiratory disorders in their animal hosts. Three species have been found in the respiratory tract of horses worldwide, that is., Mycoplasma (M.) equirhinis, M. pulmonis and M. felis, but their role in clinical cases remains unclear. Objectives: The aim of this study was to i) develop and validate tools to detect, isolate and identify different Mycoplasma spp. strains in clinical equine respiratory-tract specimens and ii) subsequently define the prevalence of the three species in France depending on sample types and horse characteristics (age, breed, sex). Study design: Validation of a workflow for mycoplasma diagnosis and subsequent prevalence study. Methods: Mycoplasma-free tracheal wash samples spiked with numerated strains and DNA dilutions were used to validate the culture methods and real-time PCR (rtPCR) assay. Isolated strains were identified by 16S rRNA gene sequencing. Prevalences were determined on a population of 616 horses with respiratory disorders, sampled in France in 2020. Results: In total, 104 horses (16.9%) were found to be positive for Mycoplasma spp. by at least one method. M. equirhinis was the predominant circulating species, accounting for 85% of the rt-PCR-positive samples and 98% of the 40 cultured strains. Main limitation: The proposed pre-enrichment procedure improves the sensitivity of detection but hinders the quantification of the initial mycoplasma load in the clinical specimens. Conclusions: Prevalence of mycoplasma varied with age, breed, and type of sample

Les mycoplasmes dans les pathologies respiratoires équines

National audienceDes bactéries du genre Mycoplasma sont détectées par PCR dans 15% des prélèvements respiratoires reçus pour diagnostic à LABÉO. Leur implication dans les troubles cliniques observés est méconnue. Le projet MYCOPAB a pour but de préciser la prévalence des espèces mycoplasmiques et leur rôle éventuel en clinique.Nos résultats confirment une prévalence moyenne de 18% de mycoplasmes dans notre population d’étude. Cette prévalence est supérieure dans les liquides trachéaux par rapport aux lavages broncho-alvéolaires. L’espèce M. equirhinis est majoritairement détectée et isolée

Caractérisation des mycoplasmes respiratoires équins détectés en France en 2020 et 2021

National audienc

Caractérisation des mycoplasmes respiratoires équins détectés en France en 2020 et 2021

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