Analizando datos RNA-Seq en procariotas: una revisión para no expertos

La secuenciación de transcritos con RNA-Seq es hoy en día una de las técnicas más populares en los estudios transcriptómicos. Relativamente reciente, esta técnica ha permitido la ecuenciación de transcritos de RNA en una escala y profundidad no alcanzada por otras técnicas anteriores. Sin embargo, el alcance de las conclusiones que se pueden sacar depende estrictamente de un proceso adecuado, desde el diseño experimental hasta el análisis bioinformático de los datos. Dadas las diferencias en el proceso transcripcional de las células eucariotas y procariotas, el análisis de RNA-Seq deberá tener ciertas consideraciones dependiendo del tipo de organismo estudiado. En esta revisión se exponen los principales factores a tener en cuenta para lograr un análisis de RNA-Seq consistente, replicable y concluyente, enfocándose específicamente en organismos procariotas.RNA-Seq is nowadays the method of choice for the sequencing of transcripts and transcriptomes in the field of molecular biology and gene expression assays. Until recently, this technique has allowed for the sequencing of RNA transcripts in an unprecedented scale and depth never reached in previous years; nevertheless, the reach and validity of the conclusions generated will depend strictly on an adequate experimental design and a robust analysis of the data. Given the inherent differences between prokaryotes and eukaryotes, the RNA-Seq analysis should take into account the type of organism studied. In this review we present the main factors to take into consideration when designing a consistent analysis for this type of data in prokaryotes, from the experimental design to the in silico analysis of the generated data

Maestría en Biología Computacional - una apuesta de Uniandes al futuro de la ciencia en el país

Notas: Ciencias biológicasEl uso de técnicas computacionales y herramientas matemáticas en biología ha aumentado enormemente en los últimos años, principalmente debido a la capacidad desarrollada para registrar datos en grandes volúmenes. Esto ha generado un nuevo perfil de investigador de las ciencias biológicas, que se caracteriza por tener habilidades en modelamiento matemático de sistemas y procesos, así como en ciencias computacionales. Los nuevos biólogos no solamente necesitan saber cómo realizar experimentos en el laboratorio, sino cómo enfrentarse al manejo e integración de cantidades masivas de datos, y además deben estar en capacidad de construir modelos matemáticos que describan los sistemas biológico

El uso de nuevas tecnologías de la genómica para defender nuestros cultivos

La biología está viviendo una era revolucionaria. Hasta hace una década, obtener la secuencia del genoma de un organismo era aún una tarea que muy pocos laboratorios del mundo podían realizar. Hoy en día no solo es posible, sino que se ha masificado a tal nivel esta práctica que el público general se le vende la idea de secuenciar su genoma a bajos costo

Problemas fitopatológicos en especies de la familia Solanaceae causados por los géneros <i>Phytophthora</i>, <i>Alternaria</i> y <i>Ralstonia</i> en Colombia. Una revisión.

<p align="justify">La familia Solanaceae es considerada el tercer taxa botánico más importante a nivel agronómico, hecho que ha generado que mundialmente se invierta un gran esfuerzo en estudiar la biología, ecología y diversidad de hábitats de muchas de sus especies. En Colombia, las especies más cultivadas son comúnmente atacadas por patógenos que limitan la producción y la calidad final del producto. El presente documento expone la recopilación de los estudios publicados realizados en Colombia, referentes a las enfermedades causadas por tres de los patógenos más importantes que afectan la familia Solanaceae: <i>Phytophthora</i>, <i>Alternaria</i> y <i>Ralstonia</i>.</p&gt

Problemas fitopatológicos en especies de la familia solanaceae causados por los géneros phytophthora, alternaria y ralstonia en colombia. una revisión.

La familia Solanaceae es considerada el tercer taxa botánico más importante a nivel agronómico, hecho que ha generado que mundialmente se invierta un gran esfuerzo en estudiar la biología, ecología y diversidad de hábitats de muchas de sus especies. En Colombia, las especies más cultivadas son comúnmente atacadas por patógenos que limitan la producción y la calidad final del producto. El presente documento expone la recopilación de los estudios publicados realizados en Colombia, referentes a las enfermedades causadas por tres de los patógenos más importantes que afectan la familia Solanaceae: Phytophthora, Alternaria y Ralstonia

RNA-Seq Data Analysis in Prokaryotes: A Review for Non-experts

ABSTRACT RNA-Seq is nowadays the method of choice for the sequencing of transcripts and transcriptomes in the field of molecular biology and gene expression assays. Until recently, this technique has allowed for the sequencing of RNA transcripts in an unprecedented scale and depth never reached in previous years; nevertheless, the reach and validity of the conclusions generated will depend strictly on an adequate experimental design and a robust analysis of the data. Given the inherent differences between prokaryotes and eukaryotes, the RNA-Seq analysis should take into account the type of organism studied. In this review we present the main factors to take into consideration when designing a consistent analysis for this type of data in prokaryotes, from the experimental design to the in silico analysis of the generated data. ANALIZANDO DATOS DE RNA-Seq EN PROCARIOTAS: UNA REVISIÓN PARA NO EXPERTOS RESUMEN La secuenciación de transcritos con RNA-Seq es hoy en día una de las técnicas más populares en los estudios transcriptómicos. Relativamente reciente, esta técnica ha permitido la secuenciación de transcritos de RNA en una escala y profundidad no alcanzada por otras técnicas anteriores. Sin embargo, el alcance de las conclusiones que se pueden sacar depende estrictamente de un proceso adecuado, desde el diseño experimental hasta el análisis bioinformático de los datos. Dadas las diferencias en el proceso transcripcional de las células eucariotas y procariotas, el análisis de RNA-Seq deberá tener ciertas consideraciones dependiendo del tipo de organismo estudiado. En esta revisión se exponen los principales factores a tener en cuenta para lograr un análisis de RNA-Seq consistente, replicable y concluyente, enfocándose específicamente en organismos procariota