Bounded Arithmetic in Free Logic

One of the central open questions in bounded arithmetic is whether Buss' hierarchy of theories of bounded arithmetic collapses or not. In this paper, we reformulate Buss' theories using free logic and conjecture that such theories are easier to handle. To show this, we first prove that Buss' theories prove consistencies of induction-free fragments of our theories whose formulae have bounded complexity. Next, we prove that although our theories are based on an apparently weaker logic, we can interpret theories in Buss' hierarchy by our theories using a simple translation. Finally, we investigate finitistic G\"odel sentences in our systems in the hope of proving that a theory in a lower level of Buss' hierarchy cannot prove consistency of induction-free fragments of our theories whose formulae have higher complexity

Concomitant occurrence of Richter transformation and lung cancer in patient with chronic lymphotic leukemia

Pojawienie się objawów systemowych, takich jak chudnięcie, gorączka, lub miejscowych pod postacią szybko narastającej organomegalii u chorego z przewlekłą białaczką limfocytową (CLL) budzi podejrzenie transformacji w chłoniaka o wysokim stopniu złośliwości zwanej zespołem Richtera. Podobne objawy mogą pojawić się w przypadku drugiego nowotworu, którego ryzyko rozwoju u chorych z CLL jest o 10–20% wyższe niż w zdrowej populacji. W pracy przedstawiono przebieg kliniczny oraz trudności diagnostycznoterapeutyczne u 59-letniego chorego, u którego w 2 lata po rozpoznaniu CLL jednoczasowo rozpoznano transformację w chłoniaka Hodgkina oraz niedrobnokomórkowego raka płuca.Development of systemic symptoms such as losing weight, fever or local symptoms such as rapidly growing organomegaly in a patient with chronic lymphocytic leukemia (CLL) suggests transformation to high grade lymphoma known as Richter's syndrome. Similar symptoms can occur in case of second malignancy, which incidence in patients with CLL is 10–20% higher compared to normal population. Here we present a case of a 59-year-old patient who simultaneously developed transformation to Hodgkin's disease and non small cell lung cancer 2 years after CLL diagnosis. Clinical course, diagnostic and therapeutic difficulties in such case is discussed

Zespół wazowagalny jako przyczyna wypadków drogowych

Zespół wazowagalny typowo pojawia się u osób w pozycji stojącej. W piśmiennictwie jest niewiele doniesień o tym, że utrata przytomności może wystąpić także w pozycji siedzącej. Jest to szczególnie groźne dla kierowców lub pilotów, którzy powinni być poinformowani o potencjalnym niebezpieczeństwie omdlenia. Opisujemy chorego, który był sprawcą dwóch wypadków drogowych z powodu zespołu wazowagalnego. W leczeniu zastosowaliśmy z powodzeniem trening pionizacyjny — kontrolny test pochyleniowy wypadł ujemnie

Zespół wazowagalny jako przyczyna wypadków drogowych

Zespół wazowagalny typowo pojawia się u osób w pozycji stojącej. W piśmiennictwie jest niewiele doniesień o tym, że utrata przytomności może wystąpić także w pozycji siedzącej. Jest to szczególnie groźne dla kierowców lub pilotów, którzy powinni być poinformowani o potencjalnym niebezpieczeństwie omdlenia. Opisujemy chorego, który był sprawcą dwóch wypadków drogowych z powodu zespołu wazowagalnego. W leczeniu zastosowaliśmy z powodzeniem trening pionizacyjny — kontrolny test pochyleniowy wypadł ujemnie

Inhibition of GSK3 abolishes bacterial-induced periodontal bone loss in mice

The tissue destruction that characterizes periodontitis is driven by the host response to bacterial pathogens. Inhibition of glycogen synthase kinase 3β (GSK3β) in innate cells leads to suppression of Toll-like receptor (TLR)-initiated proinflammatory cytokines under nuclear factor kappa-light-chain-enhancer of activated B cells (NF-κB) p65 transcriptional control and promotion of cyclic adenosine monophosphate response element-binding (CREB)-dependent gene activation. Therefore, we hypothesized that the cell permeable GSK3-specific inhibitor, SB216763, would protect against alveolar bone loss induced by the key periodontal pathogen, Porphyromonas gingivalis (P. gingivalis), in a murine model. B6129SF2/J mice either were infected orally with P. gingivalis ATCC 33277; or treated with SB216763 and infected with P. gingivalis; sham infected; or exposed to vehicle only (dimethyl sulfoxide [DMSO]); or to GSK3 inhibitor only (SB216763). Alveolar bone loss and local (neutrophil infiltration and interleukin [IL]-17) and systemic (tumor necrosis factor [TNF], IL-6, Il-1β and IL-12/IL-23 p40) inflammatory indices also were monitored. SB216763 unequivocally abrogated mean P. gingivalis–induced bone resorption, measured at 14 predetermined points on the molars of defleshed maxillae as the distance from the cementoenamel junction to the alveolar bone crest (p < 0.05). The systemic cytokine response, the local neutrophil infiltration and the IL-17 expression were suppressed (p < 0.001). These data confirm the relevance of prior in vitro phenomena and establish GSK3 as a novel, efficacious therapeutic preventing periodontal disease progression in a susceptible host. These findings also may have relevance to other chronic inflammatory diseases and the systemic sequelae associated with periodontal infections

Online in silico validation of disease and gene sets, clusterings or subnetworks with DIGEST

Given the constraints faced in the development of new drugs, the importance of drug repurposing has reached unprecedented levels. A key aspect of effective drug repurposing lies in the discovery of disease mechanisms and the identification of clusters of diseases with shared mechanistic characteristics. While various methods exist for computing candidate disease mechanisms and clusters, the absence of ground truth presents challenges in validating these predictions through in silico means. This obstacle significantly impedes the widespread adoption of in silico prediction tools, as experimentalists often hesitate to conduct wet-lab validations without clearly quantified initial plausibility. To address this issue, we introduce DIGEST (in silico validation of disease and gene sets, clusterings or subnetworks). DIGEST is a Python-based validation tool that offers multiple avenues for utilization. It is accessible as a web interface through https://digest-validation.net, as a stand-alone package, or via a REST API. DIGEST streamlines the process of in silico validation by providing fully automated pipelines. These pipelines encompass critical components such as disease and gene ID mapping, enrichment analysis, comparisons of shared genes and variants, and background distribution estimation. Additionally, DIGEST incorporates functionality to automatically update the external databases utilized by the pipelines. By employing DIGEST, users gain the ability to assess the statistical significance of candidate mechanisms in terms of functional and genetic coherence. The tool enables the computation of empirical P-values with ease, requiring only a few simple clicks. With its comprehensive and user-friendly features, DIGEST greatly facilitates the evaluation of candidate mechanisms, empowering researchers to quantify the plausibility of predicted mechanisms in a robust and efficient manner.Book of abstract: 4th Belgrade Bioinformatics Conference, June 19-23, 202

Oznaczanie stężenia antygenu rakowo-zarodkowego w okresie okołooperacyjnym u chorych na raka jelita grubego w Polsce

Introduction. Carcinoembryonic antigen (CEA) concentration is often elevated during the course of colorectal cancer. Assessment of the CEA level in this group of patients is recommended pre- and post-surgery, during systemic therapy, and further follow-up. A high preoperative level of CEA is a negative prognostic factor. The aim of the study was to determine the prevalence of CEA evaluation in the perioperative diagnostics in patients with colorectal cancer in Poland. Materials and methods. The analysis included 620 patients with stage III colorectal cancer, who underwent radical surgery in five Polish oncological centres during 2000–2014. The analysis of the clinical practice concerning the determination of CEA was based on the available medical records involving the pre- and post-operative period. Results. The determination of the CEA level before the surgery was performed in only 200 patients (32%), and in 528 patients (85%) following resection and before starting the adjuvant systemic chemotherapy. In 74% of patients the preoperative CEA level exceeded 5 ng/mL (median 10.5 ng/mL; standard deviation 4.4–22.5). After the surgical procedure in more than 85% of patients the CEA level was within to the recommended normal value of 5 mg/mL (median 1.9; standard deviation 1.1–3.4). Conclusions. Preoperative CEA level is scarcely determined in patients with colorectal cancer in Polish centres, which may impede further monitoring of the disease course. These results suggest the need for better adherence to the recommendations concerning the pre- and postoperative diagnostics in this group of patients.Wstęp. W przebiegu raka jelita grubego często dochodzi do wzrostu stężenia krążącego antygenu rakowo-zarodkowego (CEA). Ocenę stężenia CEA w tej grupie chorych zaleca się przed zabiegiem operacyjnym i po nim, w trakcie leczenia systemowego oraz w ramach dalszej obserwacji. Wysokie stężenie CEA przed zabiegiem operacyjnym jest niekorzystnym czynnikiem rokowniczym. Celem niniejszego artykułu jest ocena częstości określania stężenia CEA w diagnostyce okołooperacyjnej chorych na raka jelita grubego w Polsce. Materiał i metody. Do analizy włączono 620 chorych na raka okrężnicy w III stopniu zaawansowania, których w latach 2000–2014 poddano radykalnemu leczeniu operacyjnemu w pięciu polskich ośrodkach onkologicznych. Na podstawie dostępnej dokumentacji medycznej, obejmującej okres przed po zabiegiem chirurgicznym i po nim, przeanalizowano praktykę kliniczną dotyczącą oznaczania stężenia CEA. Wyniki. Oznaczenie stężenia CEA przed zabiegiem operacyjnym wykonano zaledwie u 200 chorych (32%), a po zabiegu przed rozpoczęciem pooperacyjnej chemioterapii — u 528 chorych (85%). U 74% chorych stężenie CEA przed zabiegiem przekraczało 5 ng/ml (mediana10,5 ng/ml; odchylenie standardowe 4,4–22,5). Po zabiegu operacyjnym u ponad 85% chorych stężenie CEA zawierało się w granicach przyjętej normy 5 ng/ml (mediana 1,9; odchylenie standardowe 1,1–3,4). Wnioski. W praktyce klinicznej polskich ośrodków onkologicznych jedynie u niewielu chorych na raka jelita grubego określa się stężenie CEA przed zabiegiem operacyjnym, co może utrudniać późniejsze monitorowanie przebiegu choroby. Uzyskane wyniki wskazują na konieczność większego przestrzegania zaleceń dotyczących diagnostyki przed- i pooperacyjnej w tej grupie chorych