Generalization of an index of infection intensity in plant disease experiments

Em experimentos de avaliação de doenças em plantas é comum a classificação de indivíduos de cada parcela experimental, segundo classes de uma escala quantitativa discreta, mediante avaliação visual da severidade de doença. O objetivo deste trabalho foi apresentar a generalização de uma medida que associa uma resposta quantitativa denominada índice de intensidade de infecção, o qual é expresso por I=sen2w, a cada distribuição de freqüências obtida nas parcelas, e cuja transformação angular w=arcsen pode ser submetida à análise da variação. Desde que o cálculo de w não envolve os valores ou notas da escala, ele pode ser aplicado também a uma escala qualitativa ordinal.In plant disease experiments, individuals of each experimental unit are commonly classified according to categories of a discrete quantitative scale through visual assessment of disease severity. This paper shows the generalization of a measure that associates a quantitative response called infection intensity index, expressed as I=sen2w, to each distribution of frequencies obtained in the units. Its angular transformation w=arcsen allows the application of the analysis of variance. Since the calculation of w does not involve the values or notes of the scale it can also be used with a qualitative ordinal scale

Validação de método cromatográfico para análises de rotina de trans-resveratrol e quercetina em vinhos tintos

The objective of this work was to validate a fast method with low-solvent use, for the analysis of trans-resveratrol and quercetin in red wines. The wines were prepared, using a classical method, from the grape (Vitis vinifera) cultivars Cabernet Franc, Cabernet Sauvignon, Malbec, Merlot, Petit Verdot, Pinot Noir, Ruby Cabernet, Syrah, Tannat, and Tempranillo. Samples were filtered and analyzed by high-pressure liquid chromatography (HPLC) with a diode array detector (DAD), at 306 and 371 nm, for trans-resveratrol and quercetin, respectively. An octylsilane column was used, and the mobile phase was composed by a gradient of methanol, water, and formic acid. The method was validated according to the following figures of merit:specificity, linearity, limit of detection, limit of quantification, precision, accuracy, and robustness. The proposed HPLC-DAD method may be established for the analysis of trans-resveratrol and quercetin in red wines.O objetivo deste trabalho foi validar um método rápido, com baixo consumo de solventes, para a análise de trans-resveratrol e quercetina em vinhos tintos. Os vinhos foram elaborados por método clássico, a partir das cultivares de uva (Vitis vinifera) Cabernet Franc, Cabernet Sauvignon, Malbec, Merlot, Petit Verdot, Pinot Noir, Ruby Cabernet, Syrah, Tannat e Tempranillo. As amostras foram filtradas e analisadas por cromatografia líquida de alta eficiência (CLAE) com detector de arranjo de diodos (DAD), em 306 e 371 nm, quanto ao trans-resveratrol e à quercetina, respectivamente. Utilizou-se uma coluna octilsilano, e a fase móvel foi composta por um gradiente de metanol, água e ácido fórmico. O método foi validado de acordo com as seguintes figuras de mérito: especificidade, linearidade, limite de detecção, limite de quantificação, precisão, exatidão e robustez. O método CLAE-DAD proposto pode ser implantado para análises de trans-resveratrol e quercetina em vinhos tintos

Desempenho agronômico de videiras com e sem sintomas de viroses, e comparação molecular de isolados virais

The objective of this work was to evaluate the effect of viroses in symptomatic and asymptomatic grapevines on the agronomic variables related to the plant vigor and the enological quality of grapes, and to compare viral isolates obtained from these two conditions. Two experiments were performed with four cultivars. All plants were indexed by real time, reverse transcription‑polymerase chain reaction (RT‑PCR) for the probable occurrence of the following viruses: Grapevine virus A (GVA), Grapevine virus B (GVB), Grapevine virus D (GVD), Grapevine leafroll‑associated virus (GLRaV‑1 to ‑4, GLRaV‑4 strain 5), Grapevine rupestris stem pitting‑associated virus (GRSPaV), and Grapevine fleck virus (GFkV). The evaluated variables were: number of buds burst and not burst, number of branches with or without bunches, total number of buds, number of bunches, fresh bunch weight, total berry weight, rachis weight, number of berries per bunch, average berry weight, total soluble solids, total titratable acidity, pH, pruned branch weight, or rootstock and scion trunk diameters. The negative effects were more pronounced on the plants with virus symptoms; however, it was observed that plants without symptoms were also often infected. The molecular analysis of GRSPaV, GVA, and GLRaV‑2, isolates from symptomatic and asymptomatic plants, resulted in a high percentage of nucleotide identities between homologous isolates.O objetivo deste trabalho foi avaliar os efeitos de viroses em videiras sintomáticas e assintomáticas sobre as variáveis agronômicas relacionadas ao vigor das plantas e à qualidade enológica da uva, e comparar os isolados virais obtidos nessas duas condições. Realizaram-se dois experimentos com quatro cultivares. Todas as plantas foram indexadas, por meio da reação em cadeia da polimerase via transcrição reversa (RT‑PCR) em tempo real, quanto à provável ocorrência dos seguintes vírus: Grapevine virus A (GVA), Grapevine virus B (GVB), Grapevine virus D (GVD), Grapevine leafroll‑associated virus (GLRaV‑1 ao ‑4, GLRaV‑4 estirpe 5), Grapevine rupestris stem pitting‑associated virus (GRSPaV) e Grapevine fleck virus (GFkV). As variáveis avaliadas foram: número de gemas brotadas e não brotadas, número de ramos com ou sem cachos, número total de gemas, número de cachos, massa de cachos frescos, massa total de bagas, massa do engaço, número de bagas por cacho, massa média de baga, sólidos solúveis totais, acidez total titulável, pH, massa de ramos podados ou diâmetros do tronco do porta‑enxerto e da copa. Os efeitos negativos foram mais pronunciados nas plantas com sintomas de viroses; no entanto, constatou-se frequentemente que plantas sem sintomas também estavam infectadas. A análise molecular de GRSPaV, GVA e GLRaV‑2, isolados de plantas sintomáticas e assintomáticas, resultou em alta percentagem de identidade de nucleotídeos entre isolados homólogos

Spatio-temporal dynamics of populations of the citrus leprosis pathossystem under natural epidemic conditions

A leprose dos citros, causada por Citrus leprosis vírus (CiLV), é uma doença endêmica nas regiões produtoras do estado de São Paulo que causa sérios prejuízos à produção. O vírus é transmitido exclusivamente pelo ácaro Brevipalpus phoenicis e medidas de controle da doença visam principalmente reduzir a população do vetor através de aplicações de acaricidas. Apesar do controle da doença ser determinado por meio de amostragens da população do ácaro, não há nenhum estudo de longo prazo que correlacione a população do vetor com a incidência da doença. O objetivo deste trabalho foi caracterizar os padrões de crescimento temporal e os padrões espaciais da distribuição do ácaro e da doença e estabelecer uma associação entre as duas populações. A população do ácaro e os sintomas de leprose foram monitorados durante três anos sob condições naturais de epidemia, em um talhão de laranja doce, variedade Valência enxertada sobre limão cravo, A população de B. phoenicis apresentou flutuações, mas com picos crescentes ao longo do período. As oscilações na sua densidade dependeram principalmente da fenologia das plantas e menos das condições climáticas. O crescimento da incidência da doença foi lento e seguiu comportamento logístico. Apesar de não ser sistêmica a leprose dos citros comporta-se como poliética com acúmulo de inoculo de ano para ano. A infecção em ramos é a principal causa do caráter cumulativo da doença. Através de regressão logística, a probabilidade de doença foi modelada em função de covariáveis construídas de forma a captar informação da vizinhança das plantas no tempo passado a respeito da incidência do ácaro e da própria doença. Não houve correlação entre o nível de doença numa avaliação e a quantidade de ácaros em avaliações anteriores, em períodos pregressos de até 70 dias. O padrão espacial de plantas com sintomas foi altamente agregado e não correspondeu à distribuição espacial de plantas infestadas pelo ácaro, que foi fracamente agregada. A probabilidade de infestação e de infecção nas plantas foi modelada como dependente do estado das plantas vizinhas, quanto às próprias características, através de modelos autologísticos. A probabilidade de plantas estarem infestadas pelo ácaro não depende de sua vizinhança estar ou não hospedando a praga, ao mesmo tempo. Já a probabilidade de doença em uma árvore depende de árvores vizinhas estarem doentes naquele momento. O padrão espacial da incidência de plantas com sintomas visíveis provavelmente reflete o padrão de infestação pelos ácaros contaminados por CiLV, pois existe uma subpopulação de vetores inserida na população de B. phoenicis. O controle da doença baseado na população de B. phoenicis, não é portanto, recomendável. A amostragem para a tomada de decisão de controle deve ser pautada pela presença de sintomas e ácaros e não somente pela presença de ácaros.Citrus leprosis, caused by Citrus leprosis virus (CiLV), is a disease endemic to the producing regions of the state of São Paulo, where it has a heavy impact on production. The virus is transmitted exclusively by the Brevipalpus phoenicis mite and disease control measures aim to reduce the vector population mainly by acaricide applications. Although the disease control is based on mite population samplings, there are no long-term studies available that correlate the vector population with the disease incidence. The objective of this study was to characterize temporal and spatial growth patterns of the mite, disease distribution and the association between the two populations. The mite population and citrus leprosis symptoms were monitored for three years under natural epidemic conditions, in a sweet orange stand of the variety Valencia, grafted unto Citrus limonia Osbeck. The B. phoenicis population presented fluctuations, although with increasing peaks along the study period. The oscillation density depended more on the tree phenology than on climate conditions. The disease incidence increased slowly under a logistic model. Although citrus leprosis is not systemic, it has a polietic performance and builds up inoculum year after year. The infection of branches is the main cause of the cumulative nature of the disease. The disease probability was modeled by a covariable constructed to capture information of the trees surroundings in the past, concerning mite incidence and the disease itself. There was no correlation between the disease level in one evaluation and the mite quantity in earlier evaluations, in antecedent periods of up to 70 days. The spatial pattern of trees with symptoms was highly aggregated and did not correspond to the spatial distribution of miteinfested trees, which was weakly aggregated. The probability of tree infestation and infection was modeled as dependent of the state of the surrounding trees through autologistic models. The probability of mite infestation of a tree does not depend on whether the neighbor trees host the pest or not, but on whether the neighbor trees are diseased at that moment. A vector subpopulation is inserted in the B. phoenicis population. The spatial pattern of tree incidence with visible symptoms probably reflects the infestation pattern by CiLV-contaminated mites. Sampling for decision taking regarding disease control must be based on the presence of symptoms as well as of mites, rather than on the mite population only

Generalização de um índice de intensidade de infecção em experimentos de avaliação de doenças em plantas Generalization of an index of infection intensity in plant disease experiments

Em experimentos de avaliação de doenças em plantas é comum a classificação de indivíduos de cada parcela experimental, segundo classes de uma escala quantitativa discreta, mediante avaliação visual da severidade de doença. O objetivo deste trabalho foi apresentar a generalização de uma medida que associa uma resposta quantitativa denominada índice de intensidade de infecção, o qual é expresso por I=sen²ômega, a cada distribuição de freqüências obtida nas parcelas, e cuja transformação angular ômega=arcsen I0,5 pode ser submetida à análise da variação. Desde que o cálculo de ômega não envolve os valores ou notas da escala, ele pode ser aplicado também a uma escala qualitativa ordinal.<br>In plant disease experiments, individuals of each experimental unit are commonly classified according to categories of a discrete quantitative scale through visual assessment of disease severity. This paper shows the generalization of a measure that associates a quantitative response called infection intensity index, expressed as I=sen²omega, to each distribution of frequencies obtained in the units. Its angular transformation omega=arcsen I0,5 allows the application of the analysis of variance. Since the calculation of omega does not involve the values or notes of the scale it can also be used with a qualitative ordinal scale

Exploratory data analysis: identification of a single outlier in experiments designed in randomized blocks

A análise exploratória de dados é hoje considerada uma etapa imprescindível e simultânea às análises conclusivas, que têm por base modelos usuais em análise de dados. A moderna análise da variância, sem dúvida, envolve o cálculo e avaliação de resíduos. Dentre os aspectos comumente considerados em uma análise de resíduos, situa-se o reconhecimento e avaliação de "outliers". No entanto, em delineamentos experimentais, esse reconhecimento é feito, geralmente, através de métodos informais. Isso se deve ao fato de que, com raras exceções, o desenvolvimento do estudo dos "outliers" disponível na bibliografia tem estado basicamente preso aos modelos de regressão ou às amostras isoladas. Este estudo visou apresentar uma sequência de procedimentos que levam à identificação de um único "outlier" e promover sua adaptação, através do modelo linear de Gauss-Markov, aos delineamentos em blocos casualizados, tão úteis na pesquisa agropecuária. Apresentou-se também a análise exploratória de dados, bem como um procedimento remediador, para dados de exemplos numéricos, buscando evidenciar algumas das sequelas causadas pela presença de um único valor aberrante e, a medida do possível, como amenizá-lasThe exploratory data analysis today is considered a simultaneous and indispensable phase to a conclusive analysis that has a base usual models in data analysis. The modern analysis of variance, without question, envolves the calculation and evaluation of residuals. Among the commonly considered aspects in a residuals analysis, one can find the reconnaissance and evaluation of outliers. However, in experimental designs the reconnaissance is done, generally, through informal methods. This occurs because, with rare exceptions, the development of the outliers study, available in the literature, has been basically connected to the regression models and to isolated samples. This study aimed to show a series of procedures that lead to the identification of a single outlier and promote its adaptation, through Gauss-Markov's linear model, to the randomized blocks designs, very useful on the agriculture research. Exploratory data analysis was also presented, as well as a helpful procedure, for numerical examples data, seeking to show some of the effects caused by the presence of a single outlier and, as much as possible, how to the

Exploratory data analysis: identification of a single outlier in experiments designed in randomized blocks

A análise exploratória de dados é hoje considerada uma etapa imprescindível e simultânea às análises conclusivas, que têm por base modelos usuais em análise de dados. A moderna análise da variância, sem dúvida, envolve o cálculo e avaliação de resíduos. Dentre os aspectos comumente considerados em uma análise de resíduos, situa-se o reconhecimento e avaliação de "outliers". No entanto, em delineamentos experimentais, esse reconhecimento é feito, geralmente, através de métodos informais. Isso se deve ao fato de que, com raras exceções, o desenvolvimento do estudo dos "outliers" disponível na bibliografia tem estado basicamente preso aos modelos de regressão ou às amostras isoladas. Este estudo visou apresentar uma sequência de procedimentos que levam à identificação de um único "outlier" e promover sua adaptação, através do modelo linear de Gauss-Markov, aos delineamentos em blocos casualizados, tão úteis na pesquisa agropecuária. Apresentou-se também a análise exploratória de dados, bem como um procedimento remediador, para dados de exemplos numéricos, buscando evidenciar algumas das sequelas causadas pela presença de um único valor aberrante e, a medida do possível, como amenizá-lasThe exploratory data analysis today is considered a simultaneous and indispensable phase to a conclusive analysis that has a base usual models in data analysis. The modern analysis of variance, without question, envolves the calculation and evaluation of residuals. Among the commonly considered aspects in a residuals analysis, one can find the reconnaissance and evaluation of outliers. However, in experimental designs the reconnaissance is done, generally, through informal methods. This occurs because, with rare exceptions, the development of the outliers study, available in the literature, has been basically connected to the regression models and to isolated samples. This study aimed to show a series of procedures that lead to the identification of a single outlier and promote its adaptation, through Gauss-Markov's linear model, to the randomized blocks designs, very useful on the agriculture research. Exploratory data analysis was also presented, as well as a helpful procedure, for numerical examples data, seeking to show some of the effects caused by the presence of a single outlier and, as much as possible, how to the