Helix Formation and Folding in an Artificial Peptide

We study the relation between $\alpha$-helix formation and folding for a simple artificial peptide, Ala$_{10}$-Gly$_5$-Ala$_{10}$. Our data rely on multicanonical Monte Carlo simulations where the interactions among all atoms are taken into account. The free-energy landscape of the peptide is evaluated for various temperatures. Our data indicate that folding of this peptide is a two-step process: in a first step two $\alpha$-helices are formed which afterwards re-arrange themselves into a U-like structure.Comment: 15 pages, with 9 eps figure

Electron-scale shear instabilities: magnetic field generation and particle acceleration in astrophysical jets

Strong shear flow regions found in astrophysical jets are shown to be important dissipation regions, where the shear flow kinetic energy is converted into electric and magnetic field energy via shear instabilities. The emergence of these self-consistent fields make shear flows significant sites for radiation emission and particle acceleration. We focus on electron-scale instabilities, namely the collisionless, unmagnetized Kelvin-Helmholtz instability (KHI) and a large-scale dc magnetic field generation mechanism on the electron scales. We show that these processes are important candidates to generate magnetic fields in the presence of strong velocity shears, which may naturally originate in energetic matter outburst of active galactic nuclei and gamma-ray bursters. We show that the KHI is robust to density jumps between shearing flows, thus operating in various scenarios with different density contrasts. Multidimensional particle-in-cell (PIC) simulations of the KHI, performed with OSIRIS, reveal the emergence of a strong and large-scale dc magnetic field component, which is not captured by the standard linear fluid theory. This dc component arises from kinetic effects associated with the thermal expansion of electrons of one flow into the other across the shear layer, whilst ions remain unperturbed due to their inertia. The electron expansion forms dc current sheets, which induce a dc magnetic field. Our results indicate that most of the electromagnetic energy developed in the KHI is stored in the dc component, reaching values of equipartition on the order of $10^{-3}$ in the electron time-scale, and persists longer than the proton time-scale. Particle scattering/acceleration in the self generated fields of these shear flow instabilities is also analyzed

Transverse electron-scale instability in relativistic shear flows

Electron-scale surface waves are shown to be unstable in the transverse plane of a shear flow in an initially unmagnetized plasma, unlike in the (magneto)hydrodynamics case. It is found that these unstable modes have a higher growth rate than the closely related electron-scale Kelvin-Helmholtz instability in relativistic shears. Multidimensional particle-in-cell simulations verify the analytic results and further reveal the emergence of mushroom-like electron density structures in the nonlinear phase of the instability, similar to those observed in the Rayleigh Taylor instability despite the great disparity in scales and different underlying physics. Macroscopic ($\gg c/\omega_{pe}$) fields are shown to be generated by these microscopic shear instabilities, which are relevant for particle acceleration, radiation emission and to seed MHD processes at long time-scales

Exportações agrícolas.

A balança comercial vem acumulando déficits elevados, que têm sido compensados pela entrada de capital, atraído pelas altas taxas de juros praticadas no Brasil, as quais, por sua vez, inibem os investimentos e pressionam para baixo a taxa de câmbio. Esse caminho é inadequadon e não oferece segurança para os produtores brasileiros. Não pode, então, perdurar.Na publicação: Eliseu Alves

A neutralidade da tecnologia.

Na programação da Embrapa, as culturas de exportação ocupam lugar de relevo? Claro que sim. As exportações são fundamentais tanto para saldar os compromissos externos do País como para gerar empregos urbanos e no meio rural. Ainda não existe produto agrícola exportado que não tenha sido consumido pelo povo brasileiro, seja direta ou indiretamente, na forma industrializada ou transformada em proteína animal. Assim, são a soja, o café, a cana-de-açúcar, o cacau, os bovinos, os suínos, as aves, o coco, as frutas e as hortaliças.Na publicação: Eliseu Alves

A pesquisa e os ganhos de produtividade em culturas alimentares no Brasil.

Evolução da oferta e demanda; Rumos da pesquisa; Efeitos do aumento da oferta de alimentos; resumo das conclusões.Publicado em: YEGANIANTZ, L. (Org.). Pesquisa agropecuária: perspectiva histórica e desenvolvimento institucional: Eliseu Roberto de Andrade Alves e outros. Brasília, DF: EMBRAPA-DEP, 1985. Coleção Eliseu Alves: Biblioteca da Embrapa Sede

Que fazer antes de difundir a tecnologia? Tema para discussao.

A boa pesquisa requer competente seleção de prioridades, definição de problema, condução da pesquisa e avaliação da tecnologia resultante. Nos primórdios da Embrapa, a avaliação da tecnologia, antes de sua difusão, foi considerada como uma prioridade da empresa. Investiu-se muito em economistas rurais, em métodos quantitativos e sistemas físicos de produção, com a finalidade, entre outras, de criar uma massa crítica de pesquisadores e de métodos nesta área.Na publicação: Eliseu Alves

A importância do milho na agricultura brasileira.

O censo brasileiro de 1980 mostrou implicações em relação a agricultura nacional e, particularmente, em relação a cultura do milho. O ponto fundamental que se encontra nesse censo diz respeito a população nacional que continua a crescer à elevada taxa de 2.48% ao ano. Outro ponto importante é que hoje existe no Brad uma população de 119 milhões de habitantes, cabendo a agricultura brasileira prover easa população de fibras e de alimentos. Esta população, em grande parte, está localizada no meio urbano; cerca de 70% dela vive hoje nas cidades e, pela primeira vez se verifica que o meio rural perdeu população de forma absoluta. Em 1980, cerca de três miihões de pessoas deixaram o meio rural, em relação a 1970. Isto é importante porque o meio rural. em termos relativos. vinha perdendo população dede 1940, mas em termo absolutos. no sentido de ter havido um decréscimo da população nual, é a primeira vez que o fato se registra na história brasileira. Se se considera que a populago mral cresceu à mesma taxa da população do País, ou seja, se se considera que o crescimento da população rural foi de 248% ao ano, o meio nua1 perdeu, na última década, cerca de 14 milhões de pessoas. O mais importante do ponto de vista de política agricola, é saber se a tendência de fluxo migratório tenderá a perdurar na década atual e na próxima.bitstream/item/82199/1/A-importancia-do-milho.pdfColeção Eliseu Alves: Biblioteca da Embrapa Sede

O mercado do milho híbrido: desenvolvimentos recentes.

O mercado de sementes de milho híbrido teve, durante algum tempo, uma única firma brasileira que dominou cerca de 60% de suas vendas. Essa firma, inicialmente de capital brasileiro, posteriormente se associou ao capital estrangeiro. Voltou, há alguns anos, a ser de propriedade de brasileiros. E, recentemente, foi vendida a uma multinacional que está investindo, pesadamente, em Biologia avançada, especialmente, em Engenharia Genética.Na publicação: Eliseu Alves

Vernon Ruttan e a Embrapa.

Vernon W. Ruttan deixou-nos em 18 de agosto de 2008. Sua contribuição à literatura sobre desenvolvimento da agricultura, prioridade de pesquisa, desenvolvimento de instituições e política agrícola é imensa. Muito interessado em ajudar, de fino trato e de grande capacidade de aliar a intuição à capacidade analítica, Vernon Ruttan sempre será, entre nós, lembrado pelos seus inúmeros estudantes e pela contribuição intelectual que deu à criação e evolução da Embrapa.Ponto de vista. Na publicação: Eliseu Alves