Clinical Significance Of DNA Repair Genes Expressions In Neurofibromatosis Type 1 Cases

AMAÇ: Nörofibromatozis Tip 1 (NF1), çeşitli fenotiplere sahip, sık görülen otozomal dominant genetik bir hastalıktır. NF1 hastalarının klinik çeşitliliğinin genetik nedeni sorgulanmaktadır. DNA onarım genleri DNA' daki hataların onarımından sorumludur. Bu çalışmada DNA onarım genlerinin ekspresyonunu ve onların NF1 hastalarındaki klinik önemini nörofibrom, hamartomatöz lezyon, diğer tümörler ya da ailesel NF1 varlığı ile karşılaştırarak analiz etmek ve gen ekspresyonları ile klinik bulgular arasında ilişki olup olmadığını belirlemek amaçlandı. YÖNTEMLER: NF1' li hastalar ve NF1 ile birlikte malignitesi olan hastalar çalışmaya alındı. Kontrol grubu olarak da benzer yaş grubundaki her hangi bir hastalığı olmayan çocuklar ve NF1 ile ilgisi olmayan maligniteli olgular oluşturdu. Çalışma toplam 46 olgu içermekteydi: 36 NF1 hastası (30 çocuk; 6 ebeveyn), hiç bir hastalığı olmayan 8 kontrol olgusu, rabdomiyosarkomlu NF1 olmayan 2 kontrol olgusu çalışmaya alındı. Her bir hasta ve kontrol grubundan periferik kandan mononükleer hücre izolasyonu yapıldı. RNA izolasyonu ve cDNA dönüşümünden sonra, her bir olguda Real-Time PCR ile DNA onarımı ile ilişkili 84 genin ekspresyonu (standart array, SABiosciences) belirlendi. Ekspresyonların kontrol grubuna göre kat değişiklikleri ve T test ile p değeri karşılaştırmalı gruplarda değerlendirildi. BULGULAR: Araştırma grubunu 36 NF1 hastası, kontrol grubunu ise 8 sağlam çocuk ve 2 adet de NF1 ile ilişkisi olmayan maligniteli olgu (rabdomiyosarkom) oluşturmaktadır. 8 kontrol olgusunun yaş ortalaması 17±7,03 (10-30 yaş) (ortanca 13 yaş) idi. NF1 olgularının 17' si kadın 19' u erkekti. NF1' li olgularımız için tanı anındaki yaş ortalaması 10,08±8,86 (9 ay- 38 yaş) (ortanca 8 yaş) iken hastalarımızın çalışmaya alınan ebeveynlerinin yaş ortalaması 40,50±1,22 (39-42 yaş) (ortanca40 yaş) idi. 36 hastanın, 17' si nörofibromlu, 17' si hamartomatöz lezyonluydu. 1 hastada rabdomiyosarkom (RMS) gözlenmiş, 1 hasta meme kanseri ve 4 hasta da optik gliomluydu. NF1 olgularında, PNKP, RAD18, XAB2, XRCC3, XRCC4 ve XRCC5 genlerinin ekspresyonu kontrol grup ile karşılaştırıldığında azaldı (p<0.05, T test). Nörofibromlu NF 1 olgularında, nörofibromsuz NF 1 olgularıyla karşılaştırıldığında POLB ekspresyonu artarken; ERCC3,LIG1,MGMT, MRE11A, MPG, MSH6, PARP2, PRKDC, RAD51B, RAD52, RPA3, SMUG1, TREX1, UNG ekspresyonu azaldı. RAD18 ailesel NF 1 varlığında ekspresyonu azalmış ve istatistiksel olarak önemli olduğu saptandı. Malign tümör olgularında NF 1' li ya da NF 1' siz gruplar karşılaştırıldığında gen ekspresyonunda kat değişiklikleri vardı. Maligniteli olgularda DDB2, MGMT, MLH1, POLB UNG, XPA ekspresyonları arttı. NF 1'li RMS olgusu ile NF 1' siz RMS olguları karşılaştırıldığında DDB2, MGMT, MLH1, POLB, UNG, XPA olmak üzere 6 genin ekspresyonu 10 kattan fazla artmış saptandı. SONUÇ: Bulgularımız NF 1 olgularındaki klinik bulgulardan tümör gelişimini öngörmek için DNA onarım sistemi ilişkili gen ekspresyon değişikliklerinin rolü olabileceğini göstermiştir. POLB nörofibrom varlığı belirteci, DDB2, MGMT, MLH1, POLB UNG, XPA malign tümör gözlenme belirteci olmaya aday genler olarak saptandı. Bu genlerin ekspresyonlarının daha geniş seri NF1li ve maligniteli olgularda çalışılması uygundur. OBJECTIVE: Neurofibromatosis Type 1 (NF1) is a a common autosomal dominant genetic disorder that has a variable phenotype. The genetical causes of clinical variability of NF1 patients is questioned. DNA repair genes are responsible for proofreading the missing in the DNA. We aimed to analyze expression of DNA repair genes and their clinical significance in NF1 patients; comparing exsistance of neurofibroma or hamartomatous lesions or other tumours or existance of NF1 in the family. The other aim of this study was to determine whether any relationship between gene expressions and clinical findings. METHODS: NF1 patients and malignancy with NF1 pateints were included and in this study. In the control gruop children that they are in the similar age group and they have no disease and no malignacy group were included. This study included total 46 cases. 36 NF1 patients (30 children; 6 parents), 8 control cases without any disease, two control cases with rhabdomyosarcoma without NF1 were included in this study. The mean age of control group was 17±7,03 (10-30 age) (median 13 age). In the NF1 pateints gruop 17 of them are female, and 19 are male. The mean age at diagnosis is 10,08±8,86 (9 months- 38 age)(median age 8) for children and 40,50±1,22 (39-42 age) (median age 40) for parents. Among 36 patients, 17 had neurofibromas, 17 had hamartomatous lesions. Rhabdomyosarcoma (RMS) was observed in one patient, breast cancer in one patient and four patients suffered optic glioma. Peripheral blood was obtained from each cases and mononuclear cells were separated. After RNA isolation and cDNA converting, expressions of 84 genes related with DNA Repair in standard array (SABiosciences) were determined by Real-Time PCR for each case. Fold changes and p values compared with control groups and fold changes evaluated with T test and p value in the comperative groups. RESULTS: 36 NF1 patients, 8 healthy children as a control and 2 cases no NF1 relationship with malignancy (rhabdomyosarcoma) were included in the study group. In NF1 cases PNKP, RAD18, XAB2, XRCC3, XRCC4 and XRCC5 genes were downregulated compared with control group. In NF1 cases having neurofibromas, POLB was over expressed; while ERCC3, LIG1, MGMT, MRE11A, MPG, MSH6, PARP2, PRKDC, RAD51B, RAD52, RPA3, SMUG1, TREX1, UNG were downregulated compared with the NF1 cases without neurofibromas (p<0.05, T test). RAD18 is the downregulated and statistical significant gene for existence of NF1 in the family. There are gene expression fold change differences determined when malign tumor cases with/without NF1 were compared. DDB2, MGMT, MLH1, POLB UNG, XPA are increased.   CONCLUSION: Our results may point toward a role of gene expression changes of DNA repair system to be predictive for clinical manifestations in NF1 cases

Kemoradyoterapıye bağlı ototoksısıte ve darbepoetının etkısı

This study aims to determine andevaluate whether the administration of Darbepoetin (DPO) has a preventiveeffect against ototoxic effects due to cisplatin on Wistar rats. DPO’spotential protective effect against ototoxicity will be examined throughnuclear factor (erythroid-derived 2)-like 2 (Nrf2) and target genes.In the study; 28 wistar albino rats were used to form, control, cisplatin(16mg/kg IP ), DPO (25 ug/kg, IP), DPO administered before cisplatin groups, Apoptoticcell death was determined by TUNEL analysis by in situ hybridization in eartissue; caspase 3, 8, 9 levels immunohistochemical methods, Nrf-2 and Nrf-2associated with NrQ2 antioxidant and iNOS, nNOS, protein expressions will bestudied by tissue immunohistochemical methods. Each group will be evaluated incomparison.&nbsp; With cisplatin application,hearing loss was detected in all frequencies showing ototoxic effects comparedto the control group. In the examinations performed at the level ofimmunohistochemical tissue, structural changes in the inner ear, necrosis andnecroptosis in the brain and nerve tissues were detected in the ciplatin group.Effects of darbopeotin on nitric oxide system while cisplatin prevented theinner ear and brain damage, both apoptotic protein expressions and nrf-2,associated with oxidative stress, on NQO1 was also detected.In this study, ototoxicity,which consists of cisplatin has been shown at functional level. Darbopoetin hasbeen shown to protect against inner ear and brain damage due to cisplatinreducing apoptosis, increasing anti-oxidant protein levels, preventingoxidative stress.</p

The role of autophagy in colon cancer and drug rezistance

Amaç: Kolorektal karsinom dünyada üçüncü en sık gözlenen kanserdir. Otofaji, hücresel proteinlerin otofajik vakuoller aracılığı ile lizozomal degredasyonudur. Otofaji gelişimde, uzun yaşamda ve kanser gibi pek çok hastalığın patogenezinde büyük rol oynamaktadır. Tümör gelişimi ve uyarılması üzerine bazı etkiler gösterdiği saptanmıştır. Bu çalışmanın amacı, otofajinin, otofaji ilişkili protein beclin-1'in ve kolorektal kanserin klinikopatolojik özellikleri ile ilişkisinin belirlenmesidir. Yöntem: Kolorektal kanser hasta doku örnekleri Dokuz Eylül Üniversitesi Tıp Fakültesi Genel Cerrahi Ana Bilim Dalı'ndan elde edildi. Tümör ve eşlenik normal doku örnekleri 36 kolorektal kanser hastadan elde edildi. Beclin-1 proteini, kolon kanser doku örneklerinde otofaji varlığını göstermek için western blotting yöntemi kullanılarak belirlendi. Beclin-1 ekspresyonu ile invazyon, metastaz ve evreyi içeren klinikopatolojik özellikler arasındaki ilişki araştırıldı. Bulgular: Beclin-1 protein ekspresyonu hem tümör hem de eşlenik normal doku örneklerinin çoğunda saptandı. Hastaların üçünde hem tümör hem de normal doku örneklerinde beclin-1 ekspresyonu saptanmadı. Beclin-1 protein ekspresyonu yalnızca iki hastanın tümör dokusunda ve dört normal doku örneğinde belirlendi. Buna karşın, kolorektal kanser hastalarının klinikopatolojik özellikleri ile beclin-1 protein ekspresyonu arasında herhangi bir korelasyon saptanmadı. Sonuç: Bu çalışmanın sonuçları otofajinin kolorektal karsinogenezisde işe karııştığını önermektedir. Genişletilmiş çalışmaların yapılması otofaji ve kolorektal kanser ile ilişkili klinikopatolojik özellikleri belirlemede faydalı olabilecektir. Objective: Colorectal cancer is the third common cancer in the world. Autophagy is a lysosomal degradation of cellular proteins via autophagic vacuols. Autophagy has a major role in pathogenesis of many diseases such as development, long life and cancer. It is confirmed that it has some effects both on tumour development and induction. The aim of this study was to determine the autophagy, related protein beclin-1, and correlation with clinicopathologic characteristics of colorectal cancer. Method: Colorectal cancer patient tissue samples were collected from Dokuz Eylul University Medical Faculty Surgery Department. Tumor and corresponding normal tissue specimens were obtained from thirthysix colorectal carcinoma patients. Beclin-1 protein determined with western blotting detection method, in order to indicate of the existence of autophagy in colon cancer tissue samples. Beclin-1 expression and relationship of clinicopathologic characteristics, including invasion, metastasis and stage, were investigated. Results: Beclin-1 protein expression was determined mostly in both tumour and conjugate normal tissue samples of human colorectal cancer patients. In both tumor and normal tissue samples of three patients showed no expression of beclin-1. Beclin-1 protein expression was determined in only two patient's tumor tissues and four of normal tissue samples. However, any significant correlation was not found among the beclin-1 protein expression and clinicopathologic characteristics of the colorectal cancer patients. Conclusion: The results of this study suggested that autophagy is involved in colorectal carcinogenesis. The largest studies could be beneficial for determination of autophagy and related clinicopathologic characteristics of colorectal cancer

Hastalıkta ve Sağlıkta Hücre Ölümü- Mekanizmaları ve Deneysel Araştırma Modelleri

Solid Kanserler ve Hücre Ölümü</p

Klinisyenler İçin Temel Onkoloji

In human cells, molecular events within our genetic information and its functional reflections take place between the DNA-RNA-Protein triangle. Many genetic and epigenetic changes occur in carcinogenesis and progression, especially mutations in DNA. Gene expression and microRNAs that are important in gene-mRNA expression and regulation; Next generation RNA sequencing, microarrays, and quantitative-Real-Time PCR methods are used. Basic oncologic research methods such as mass spectrometric proteomic analysis and western-blotting are used in the determination of protein expression. In order to reveal protein differences-oncoproteoforms in clinical oncology, the use of top-down proteomics and immunoprecipitation approaches is on the scientific schedule.&nbsp;</p

Tıbbi Onkoloji Özel Konular- Kanser ve Sıvı Biyopsi

Sıvı biyopsiler, doku dışındaki vücut sıvılarında bulunan DNA, RNA ve protein yapıdaki moleküllerin non-invazif olarak eldesi ile hastaların tanı, takibi ve tedavisi açısından kullanışlı biyobelirteç olma özelliği taşıyan moleküllerdir. Toplumda bireylerin taranarak değişik hastalıklar için riskli bireylerin tanımlanması, izlemi ve tedaviyi öngörme açısından sıvı biyopsi temelli biyobelirteçler kullanıma girmeye başlamıştır. İdeal bir biyobelirteç, non-invazif ya da minimum invazif işlemlerle hastadan kolayca elde edilebilmeli, stabil olarak vücut sıvılarında bulunmalı ve hastalık durumu ile değişim gösteren özelliklerde ve hastalığa spesifik olmalıdır. Kodlamayan RNA'lar fizyolojik ve gelişimsel süreçleri ve hastalıkları regüle eden, değişik tipte, yeni tanımlanmaya başlayan RNA tipleridir. Kodlamayan RNA'lar uzunluklarına göre uzun kodlamayan ve kısa kodlamayan RNA'lar olarak başlıca iki kısma ayrılmaktadır. Kodlamayan RNA'lar özellikle dolaşımda stabil olarak bulunmaları nedeniyle başta kanser olmak üzere değişik hastalıklarda sıvı biyopsi kavramı içinde değerlendirilebilecek moleküler belirteçler olarak karşımıza çıkmaktadır. Bu bölümde dolaşımdaki sıvı biyopsiler ve kodlayıcı olmayan RNA'ların onkoloji alanında kullanımları ve özellikleri hakkında bilgi verilmektedir.Liquid biopsies are a molecular biomarker that is useful in terms of diagnosis, follow-up and treatment of patients by non-invasively obtaining DNA, RNA and protein-structured molecules in body fluids other than tissues. Liquid biopsy-based biomarkers have started to be used in terms of identifying, monitoring and predicting treatment of individuals at risk for various diseases by screening individuals in the community. The ideal biomarker should be easily obtained from patients non-invasively or minimally invasively, be stably expressed in body fluids, and be disease-specific, with levels changing with disease progression. Non-coding RNAs are different types of newly identified RNAs that regulate physiological and developmental processes and diseases. Non-coding RNAs appear as molecular markers that can be evaluated within the concept of liquid biopsy in various diseases, especially cancer, due to their stable presence in the circulation. In this section, information given about the use and properties of liquid biopsies and non-coding RNAs in circulation in the field of oncology.</p