Identification of candidate genes in a family with cancer overload by whole-exome sequencing

Background. Approximately 120 out of every 1 million children in the world develop cancer each year. In Turkey, 2500-3000 children are diagnosed with new cancer each year. The causes of childhood cancer have been studied for many years. It is known that many cancers in children, as in adults, cause uncontrolled cell growth, and develop as a result of mutations in genes that cause cancer. Methods. The investigation of family history within this context in the study, a total of 13 individuals consisting of all children and adults in the family were examined using the whole-exome sequencing (WES) with the individuals who were diagnosed with cancer in the family, who were detected to have different cancer profiles, and defined as high risk and to determine the gene or genes through which the disease has developed. Results. At the end of the study, a total of 30 variants with a pathogenic record in the family were identified. A total of 10 pathogenic variants belonging to 8 different genes from these variants have been associated with various cancer risks. Conclusions. A significant scientific contribution has been made to the mechanism of disease formation by studying a family with a high cancer burden and by finding the genes associated with the disease. In addition, by the results obtained, family members with cancer predisposition were selected after a risk analysis conducted in this family, and the necessary examinations and scans were recommended to provide an early diagnostic advantage. © 2022, Turkish National Pediatric Society. All rights reserved

Right of privacy in Turkish tax law

Devletin üstün konumda olduğu vergilendirme ilişkisinde, her ne kadar mükellefin ödevleri ağır bassa da, mükellefe idare karşısında bazı haklar da tanınmıştır. Çünkü devletin vergilendirme yetkisini kullanarak gerçekleştirdiği müdahaleler karşısında, mükelleflerin tamamen korunmasız kalması düşünülemez. Bu amaçla ortaya çıkan mükellef haklarından biri de mahremiyet hakkıdır. Hemen her ülkede olduğu gibi Türkiye’de de, idarenin mükellefler hakkında neredeyse sınırsız denebilecek boyutlarda bilgi toplama yetkisi bulunmaktadır. İdarenin sahip olduğu bu yetkiyi dengeleyen ve vergi mükellefini koruyan tek düzenleme ise, mükellefler için bir “hak”, yükümlüleri için ise bir “yasak” teşkil eden vergi mahremiyetidir. Bu hak ile mükelleflere, vergi idaresinde bulunan gizli bilgilerinin başkalarıyla paylaşılmayacağı ve kullanılmayacağı güvencesi sağlanmaktadır. Çünkü bu bilgilerin gizli kalmasıyla, mükelleflerin maddi ve manevi pek çok menfaati korunmaktadır. Vergi mahremiyeti hakkı temel olarak kişinin sır alanını korumayı amaçlasa da, aynı zamanda bu hak ile vergi idaresinin güvenilirliğine de katkı sağlanmış olur. Son yıllarda, bilgi teknolojilerindeki ve kişisel verilerin korunması konusundaki gelişmeler ise her alanda olduğu gibi vergilendirme alanında da mahremiyetin önemini artırmıştır. Vergi mahremiyeti hakkının doğurduğu sır saklama yükümlülüğü bir sözleşmeden değil, kanundan kaynaklanmaktadır. Türk vergi hukukunda mükelleflerin mahremiyet hakkını gözeten başlıca hukuki düzenlemeler, Vergi Usul Kanunu’nun 5. maddesinde yer alan “vergi mahremiyeti” ile Amme Alacaklarının Tahsil Usulünün Hakkında Kanun’un 107. maddesinde yer alan “Sırrın ifşası” hükümleridir. Mahremiyet hakkının kapsamı ve bu hakkın ihlali durumuna bağlanan sonuçlar, bu hakla korunan kişilik değerleri bakımından oldukça önemlidir. Mükelleflerin vergi mahremiyeti hakkına yönelik farkındalığı ve idarenin bu hakka karşı saygılı yaklaşımı ise vergi sistemini olumlu yönde etkileyecek iv unsurlardır.In the taxation relationship in which the government is situated in an outstanding position, the duties of the taxpayers outweigh; however, some rights are also granted to them against the administration. This is because it is impossible to think that the taxpayers remain completely unprotected against the interventions made by the government using its taxation authority. One of the taxpayer rights appearing for this purpose is the right of privacy. As in almost all the countries, the administration has the authority to collect almost unlimited information about the taxpayers in Turkey. The only regulation balancing this authority of the administration and protecting the taxpayer is the tax privacy, which constitutes a “right” for the taxpayers and a “prohibition” for the obligated ones. This right reassures taxpayers of not sharing their confidential information in tax administration with others and not using this information. The reason is that many material and nonmaterial interests of the taxpayers are protected by keeping this information confidential. Although the right of tax privacy aims fundamentally to protect the privacy area of the person, it also contributes to the reliability of the tax administration. In recent years, the developments in information technologies and the protection of personal data have also increased the importance of privacy in the field of taxation as in every field. The confidentiality obligation arising from the right of tax privacy does not originate from an agreement, but from the law. In Turkish tax law, primary legal regulations looking after the privacy right of the taxpayers are provisions of the “tax privacy” as specified in Article 5 of the Tax Procedure Law and the “disclosure of secret” in Article 107 of the Law on the Procedure for the Collection of Public Receivables. The scope of the right of privacy and the consequences related to the violation of this right are crucial in terms of the personality values that are protected by this right. The awareness of the taxpayers regarding the right of tax privacy and the respectful approach of the administration against this right vi are factors that will positively affect the tax system.İÇİNDEKİLER KABUL VE ONAY SAYFASI. ...............................................................................................i BİLİMSEL ETİK BEYAN SAYFASI ....................................................................................ii ÖZET ......................................................................................................................................iii ABSTRACT ............................................................................................................................v ÖNSÖZ..................................................................................................................................vii KISALTMALAR..................................................................................................................viii GİRİŞ.......................................................................................................................................1 BİRİNCİ BÖLÜM: GENEL BİLGİLER............................................................................5 1. HAK KAVRAMI.................................................................................................................5 1.1. Tanım ............................................................................................................................5 1.2. Hakkın Korunması ........................................................................................................9 1.3. Hakların Sınıflandırılması...........................................................................................10 1.3.1. Kamu Hakları .......................................................................................................11 1.3.1.1. Negatif Statü Hakları .....................................................................................12 1.3.1.2. Pozitif Statü Hakları ......................................................................................12 1.3.1.3. Aktif Statü Hakları.........................................................................................13 1.3.2. Özel Haklar...........................................................................................................14 2. MÜKELLEF HAKLARI...................................................................................................14 2.1. Mükellef Haklarının Haklar İçerisindeki Yeri............................................................18 2.2. Mükellef Haklarının Gelişimi .....................................................................................19 2.3. Mükellef Hakları Sınıflandırması ...............................................................................24 2.3.1. Genel Mükellef Hakları........................................................................................25 2.3.1.1. Adil, Eşit ve Saygılı Hizmet Alma Hakkı .....................................................25 2.3.1.2. Bilgi Alma Hakkı...........................................................................................26 2.3.1.3. Belirlilik Hakkı ..............................................................................................27 2.3.1.4. Başvuru Hakkı ...............................................................................................28 2.3.1.5. Temsilci Kullanma Hakkı..............................................................................29 2.3.1.6. Özel Hayatın Gizliliği Hakkı.........................................................................30 2.3.1.7. Mahremiyet Hakkı.........................................................................................31 2.3.2. Özel Mükellef Hakları..........................................................................................32 2.3.2.1. Tarh ve Tahsil Aşamasındaki Haklar ............................................................32 2.3.2.2. Vergi Uyuşmazlıklarının Çözümü Sırasında Haklar.....................................34 xii 2.3.2.3. Vergi Denetimi Sırasındaki Haklar ...............................................................35 3. MAHREMİYETE İLİŞKİN KAVRAMLAR....................................................................36 3.1. Mahremiyet Kavramı ..................................................................................................37 3.2. Sır Kavramı.................................................................................................................40 3.2.1. Ticari Sır...............................................................................................................43 3.2.2. Bankacılık Sırrı.....................................................................................................47 3.2.3. Meslek Sırrı ..........................................................................................................48 3.2.4. Müşteri Sırrı .........................................................................................................49 3.2.5. Devlet Sırrı ...........................................................................................................51 3.3. Özel Hayat Kavramı....................................................................................................52 3.3.1. Özel Hayatın Kapsamı..........................................................................................54 3.3.2. Özel Hayatın Korunması......................................................................................57 3.4. Kişisel Veri Kavramı ..................................................................................................60 3.4.1. Kişisel Verilerin Kapsamı ....................................................................................62 3.4.2. Kişisel Verilerin Korunması.................................................................................63 İKİNCİ BÖLÜM: VERGİ MAHREMİYETİ HAKKI VE HUKUKİ ÇERÇEVESİ ..69 1. MAHREMİYET HAKKI ..................................................................................................69 2. VERGİLENDİRME ALANINDA MAHREMİYETİN ÖNEMİ VE VERGİ MAHREMİYETİ HAKKI.....................................................................................................74 2.1. Özel Hayatın Gizliliği ve Vergi Mahremiyeti Hakkı İlişkisi......................................79 2.2. Vergilendirme Alanında Mahremiyetin Korunmasını Gerekli Kılan Nedenler..........81 2.2.1.Vergiye Gönüllü Uyumu Sağlamak ......................................................................81 2.2.2. Vergilendirmede Verimlilik Sağlamak ................................................................82 2.2.3. Devletle Mükellef Arasındaki Güveni Tesis Etmek.............................................83 2.2.4. Haksız Rekabeti Önlemek ....................................................................................84 3. MUKAYESELİ HUKUKTA VERGİ MAHREMİYETİ HAKKI....................................85 3.1. Genel Olarak ...............................................................................................................85 3.2. Amerika Birleşik Devletleri........................................................................................87 3.3. Almanya ......................................................................................................................95 3.4. İngiltere .......................................................................................................................98 3.5. Yeni Zelanda ...............................................................................................................99 3.6. Avustralya .................................................................................................................100 4. VERGİ MAHREMİYETİ HAKKININ HUKUKİ ÇERÇEVESİ...................................102 4.1. Uluslararası Hukuk Düzenlemeleri...........................................................................103 xiii 4.1.1. İnsan Hakları Evrensel Bildirgesi.......................................................................103 4.1.2. Avrupa İnsan Hakları Sözleşmesi ......................................................................104 4.2. Ulusal Hukuk Düzenlemeleri....................................................................................107 4.2.1. 1982 Anayasası...................................................................................................108 4.2.2. 213 Sayılı Vergi Usul Kanunu ...........................................................................111 4.2.3. 6183 Sayılı Amme Alacaklarının Tahsil Usulü Hakkında Kanun .....................113 4.2.4. 5549 Sayılı Suç Gelirlerinin Aklanmasının Önlenmesi Hakkında Kanun .........114 4.2.5. 4458 Sayılı Gümrük Kanunu..............................................................................115 4.2.6. Mükellef Hakları Bildirgesi................................................................................116 4.3. Vergi Mahremiyeti Hakkının Bazı Hukuki Düzenlemelerle İlişkisi ........................118 4.3.1. Kişisel Verilerin Korunması Kanunu .................................................................118 4.3.1.1. Genel olarak.................................................................................................118 4.3.1.2. Kişisel Verilerin Korunması Kanunu ve Vergi Mahremiyeti Hakkı...........121 4.3.2. Bilgi Edinme Hakkı Kanunu ..............................................................................133 4.3.2.1. Genel Olarak................................................................................................134 4.3.2.2. Bilgi Edinme Hakkı Kanunu ve Vergi Mahremiyeti Hakkı ........................135 4.3.2.2.1. Mükelleflerin Kendileri Hakkındaki Bilgileri İstemesi ........................140 4.3.2.2.2.Avukatların Müvekkilleriyle İlgili Bilgileri İstemesi ............................142 4.3.3. Uluslararası Alanda Bilgi Değişimi İçeren Anlaşmalar.....................................145 4.3.3.1. Genel Olarak................................................................................................145 4.3.3.2. Bilgi Değişimi İçeren Anlaşmalar ve Vergi Mahremiyeti Hakkı................149 4.4. Meslek Kanunlarında Vergi Mahremiyeti Hakkı......................................................153 4.4.1. Serbest Muhasebeci Mali Müşavirlik ve Yeminli Mali Müşavirlik Kanunu .....154 4.4.2. Avukatlık Kanunu ..............................................................................................155 ÜÇÜNCÜ BÖLÜM: VERGİ MAHREMİYETİ HAKKININ KAPSAMI...................158 1. HAKKIN KONUSU BAKIMINDAN.............................................................................158 1.1. Vergi Mahremiyeti Hakkının Konusunu Oluşturan Bilgiler ve Özellikleri..............159 1.1.1. Bilgilerin Mükellefe ya da Mükellefle İlgili Kimselere Ait Olması ..................160 1.1.2. Bilgilerin Mükellef ve Mükellefle İlgili Kimselerin Şahıslarına, Muamele ve Hesap Durumlarına, İşlerine, İşletmelerine, Servetlerine ve Mesleklerine İlişkin Olması ......................................................................................................................................162 1.1.3. Bilgilerin Sır veya Gizli Kalması Gereken Bir Nitelikte Olması.......................163 1.1.4. Bilgilerin Görev Dolayısıyla Elde Edilmiş Olması............................................168 2. KİŞİ BAKIMINDAN ......................................................................................................170 xiv 2.1. Vergi Mahremiyeti Hakkının Öznesi........................................................................170 2.2. Vergi Mahremiyeti Hakkına Uymakla Yükümlü Olan Kişiler.................................173 2.2.1. Vergi Muameleleri ve İncelemesi ile Uğraşan Memurlar..................................173 2.2.2. Vergi Mahkemeleri, Bölge İdare Mahkemeleri ve Danıştay’da Görevli Olanlar ......................................................................................................................................177 2.2.3. Vergi Kanunlarına Göre Kurulan Komisyonlara İştirak Edenler.......................178 2.2.4. Vergi İşlerinde Kullanılan Bilirkişiler................................................................179 2.2.5. Vergi Mahremiyetinin İstisnaları Kapsamında Kendilerine Bilgi Verilenler ....180 2.2.6. Elektronik Defter, Belge ve Kayıtların Aktarıldığı Özel Hukuk Tüzel Kişisi ...181 2.2.7. Mükellef Hakları Kurulu Başkanı, Üyeleri ve Personeli ...................................183 2.2.8. 6183 Sayılı Kanun Kapsamında Mahremiyet Hakkına Uymakla Yükümlü Olan Kişiler...........................................................................................................................184 3. SÜRE BAKIMINDAN....................................................................................................187 4. VERGİ MAHREMİYETİ HAKKININ İSTİSNALARI.................................................190 4.1. Beyan Edilen Bazı Matrah ve Vergilerin İlanı..........................................................193 4.2. Vergi ve Ceza Miktarlarının Açıklanması ................................................................195 4.3. Vergi Levhası Alınması ............................................................................................198 4.4. Sahte veya Muhteviyatı İtibariyle Yanıltıcı Belge Düzenleyenlerin veya Kullananların Meslek Odalarına Bildirilmesi..................................................................201 4.5. Adli ve İdari Soruşturmalar Nedeniyle Talep Edilen Bilgilerin Verilmesi ..............204 4.6. Bankalara Yapacakları Vergi Tahsiline Yönelik Bilgi Verilmesi ............................209 4.7. Kamu Kurum ve Kuruluşlarına Görevleri Gereği Zorunluluk ve Süreklilik Arz Eden Bilgilerin Verilmesi..........................................................................................................209 4.8. VUK Madde 153/A Gereği Yapılacak Duyurular ....................................................217 4.9. 6183 Sayılı Kanun’da Yer Alan İstisnalar................................................................218 4.10. Vergi Mahremiyeti Hakkının İstisnalarının Kötüye Kullanılması..........................220 5. VERGİ DENETİM YOLLARINDA VERGİ MAHREMİYETİ HAKKI ......................222 5.1. Yoklamada Vergi Mahremiyeti ................................................................................223 5.2. Vergi İncelemesinde Vergi Mahremiyeti..................................................................227 5.3. Aramada Vergi Mahremiyeti ....................................................................................244 5.4. Bilgi Toplamada Vergi Mahremiyeti........................................................................249 5.4.1. Vergi İdaresinin Bilgi Toplama Yolları .............................................................250 5.4.1.1. Kişiler Bakımından Bilgi Toplamanın Kapsamı .........................................252 5.4.1.1.1. Mükellefin Kendisinden Bilgi Toplama ...............................................253 xv 5.4.1.1.2. Mükellef Dışındaki Kişi ve Kurumlardan Bilgi Toplama ....................255 5.4.1.2. Konu Bakımından Bilgi Toplamanın Kapsamı ...........................................259 5.4.2. Vergi İdaresi Nezdindeki Bilgilerin Saklanması................................................263 5.4.3. Bilgi Teknolojileri ve Vergi Mahremiyeti..........................................................269 6. TEBLİGAT AŞAMASINDA VERGİ MAHREMİYETİ HAKKI..................................275 6.1. Posta ile Tebligatta Vergi Mahremiyeti ....................................................................279 6.2. Memur Vasıtası ile Tebligatta Vergi Mahremiyeti...................................................280 6.3. Dairede veya Komisyonda Yapılan Tebligatta Vergi Mahremiyeti .........................281 6.4. İlan Yoluyla Tebligatta Vergi Mahremiyeti..............................................................281 6.5. Elektronik Ortamda Tebligatta Vergi Mahremiyeti..................................................283 7. YARGILAMA AŞAMASINDA VERGİ MAHREMİYETİ HAKKI.............................285 DÖRDÜNCÜ BÖLÜM: VERGİ MAHREMİYETİ HAKKININ İHLALİ .................289 1. GENEL OLARAK...........................................................................................................289 2. VERGİ MAHREMİYETİ HAKKININ İHLALİNİN SONUÇLARI .............................291 2.1. İdare Hukukundan Doğan Sonuçlar..........................................................................292 2.1.1. İdarenin Mali Sorumluluğu ................................................................................292 2.1.2. Disiplin Sorumluluğu .........................................................................................298 2.2. Ceza Hukukundan Doğan Sonuçlar..........................................................................305 2.2.1. Vergi Mahremiyetinin İhlali Suçu......................................................................305 2.2.1.1. Suçun Faili...................................................................................................307 2.2.1.2. Suçun Mağduru............................................................................................312 2.2.1.3. Suçun Konusu..............................................................................................313 2.2.1.4. Suçun Unsurları ...........................................................................................314 2.2.1.4.1. Kanuni U

MEME VE OVER KANSERİNE GENETİK YAKLAŞIM

Tüm dünyada kanser insidansı oldukça hızlı bir şekilde artmaktadır. Özellikle kadınlarda sıklıklagörülen meme ve yumurtalık kanserleri, dünya çapında kanser morbiditesi ve mortalitesinin önemli nedenlerindendir. Globocan 2018 verilerine göre; her yıl 2.088.849 (%11.6) kişi yeni meme kanser tanısıalırken; 295.414 (%1.6) kişi over kanserine yakalanmaktadır. Meme kanseri tanısı alan vakalar %6.6ölüm oranı ile 5. en yüksek mortalite oranına sahip kanserdir. Kadınlarda ise; hem insidans hem demortalite açısından meme kanseri 1. sırada, over kanseri ise 8. sırada bulunmaktadır. Türkiye'de memekanseri ve over kanser insidansı son yıllarda neredeyse iki kat artış göstermiştir. Genel popülasyondakimeme kanser vakalarında BRCA1/2 mutasyon oranı %3-8 olarak saptanmasına rağmen over kanser hastalarının yaklaşık %10-15'inde ve meme kanseri hastalarının %5-10'unda kalıtsal meme ve yumurtalıkkanseri sendromuna (HBOC) karakterize bir BRCA1/2 gen mutasyonu tanımlanmıştır. Çalışmalar,BRCA1'in HBOC'da gözlenen mutasyonların %0.7 ila %29'unu ve BRCA2'nin %1.5 ila %25'ini oluşturduğunu göstermektedir. Bu nedenle risk altındaki bireylerin belirlenmesi, bu kişilere genetik danışmanlık verilmesi ve BRCA gen testine uygun bireylerin seçilerek teste yönlendirilmesi oldukça önemlidir vebir o kadar da zor bir süreçtir. Çoğu gelişmiş ülkede, meme veya yumurtalık kanseri gelişme riski yüksekolan bireylere BRCA mutasyon testinden önce genetik danışmanlık hizmeti mutlaka verilir. Genetik danışmanlık, kişilerin tıbbi geçmişlerinin sorgulanması ve kayıt altına alınması, aile hikayelerinin doğruve eksiksiz bir şekilde değerlendirilmesi ve genetik test için doğru bireylerin seçimi açısından uygulanması gereken oldukça önemli bir süreçtir

KOLOREKTAL KANSERLERİNDE GENETİĞİN ROLÜ

Giriş: GLOBOCAN 2018 verilerine göre, kolorektal kanser (CRC) dünyada en ölümcül üçüncü ve en sık teşhisedilen dördüncü kanserdir. Kolorektal kanser vakası özellikle gelişmekte olan ülkelerde dünya çapındaistikrarlı bir şekilde artmaktadır. Bununla birlikte, erken teşhis ve taramalar ve tedavi seçeneklerindeki songelişmeler, artan insidans karşısında bile, gelişmiş ülkelerde CRC mortalitesini azaltmıştır. Genetik test vedaha iyi aile öyküsü dokümantasyonu, neoplazmaya kalıtsal yatkınlığı olanların önleyici tedbirler almasınısağlayabilir.Amaç: Çalışmanın amacı; kolorektal kanserinde kalıtsal kanser sendromlarını tanımlamak, genetik faktörlerinrolünü göstermek ve tedavi planlamasına yansımalarına dikkat çekmektir.Yöntem: Çalışma kapsamında İstanbul Üniversitesi, Onkoloji Enstitüsü, Kanser Genetiği Bölümü’ne başvurankolorektal kanser tanılı hastalara genetik danışmanlık polikliniği kapsamında genetik yaklaşım stratejilerininnasıl olması ile ilgili NCCN kılavuzları dikkate alınmıştır. 17 hastada yeni nesil dizileme yöntemi ileABRAXAS1, APC, ATM, BARD1, BRCA1, BRCA2, BRIP1, CDH1, CHEK2, EPCAM, MLH1, MSH2,MSH6, MRE11A, MUTYH, NBN, PALB2, PMS2, PMS2CL, PIK3CA, PTEN, RAD50, RAD51C, RAD51D,STK11, TP53, XRCC2 genlerini içeren herediter kanser paneli kullanılarak genetik mutasyonlartanımlanmıştır.Bulgular: Kolorektal kanser tanılı genetik mutasyon taraması yapılmış hastaların %35.3’ünde (6/17) MSH2(HET, EX:9; c.1436delG pSer479Met fs*3), APC (HET, EX:16, c.7343C>G p.Pro2448Arg rs769559189) veCHEK2 (HET, EX:4; c.470T>C, p.Ile157Thr, rs17879961) genlerinde mutasyonlar saptanmıştır. Toplam 6kişide görülen bu mutasyonlardan biri MSH2 biri CHEK2 genlerinde görülürken APC genindeki mutasyonaynı aileye mensup 4 kişide saptanmıştır. Bu ailede Ailesel Adenomatoz Polipozis Sendromu olduğubelirlenmiştir.Sonuç: Çalışma sonucuna göre kolorektal kanserlerinde kalıtsal kanser genlerinden MSH2, CHEK2 ve APCgenlerinde mutasyon görülmüştür. Böylece kolorektal kanserlerinde genetik mutasyon görülen herediterkanser genleri ve ilişkili sendromlar tanımlanmış ve ayrıca bu kişilere klinik yaklaşım stratejilerinin nasılolması gerektiği belirlenmiştir

Retinoblastoma gene pathway and cancer

Retinoblastoma (RB) is known as one of the common primary malignant intraocular tumor of childhood which occurs in 1% of all tumors in infancy. There are two main forms of RB; genetic and sporadic. RB1 gene mutation analysis have significant importance for determining alternative treatment options to reduce the risk of secondary malignancy especially increased with EBRT (External Beam Radiotherapy) treatment in patients with the germline mutation of RB1 gene (genetic form) and increase the survival rate. In recent studies on the RB pathway have shown that function of RB gene is inactivated in many cancers. The retinoblastoma gene pathway is mostly mutated, if not all human tumors. Recent proteomic data suggests that many unknown pathways affect pRB regulation. Understanding of the RB pathway will give us a chance discovering novel targets and cancer therapeutics for cancer treatments