The NeXus data format

NeXus is an effort by an international group of scientists to define a common data exchange and archival format for neutron, X-ray and muon experiments. NeXus is built on top of the scientific data format HDF5 and adds domain-specific rules for organizing data within HDF5 files, in addition to a dictionary of well defined domain-specific field names. The NeXus data format has two purposes. First, it defines a format that can serve as a container for all relevant data associated with a beamline. This is a very important use case. Second, it defines standards in the form of application definitions for the exchange of data between applications. NeXus provides structures for raw experimental data as well as for processed data

Synchrotron radiation nanotomography with phase contrast - A new dimension in the analysis of the osteocyte lacuno-canalicuar network and the extracellular bone matrix

International audienceGesunder humaner Knochen unterliegt einem permanenten Umbau, um sich den mechanischen Anforderungen anzupassen, Mikrofrakturen zu reparieren und das Mineralgleichgewicht zu erhalten. Der Umbauprozess der extrazellulären Matrix wird durch Osteoblasten und Osteoklasten realisiert. Eine bedeutende Rolle bei der Regulierung der Osteoklasten- und Osteoblastenaktivität wird den Osteozyten zugesprochen, welche in einem komplexen Netzwerk von Zelllakunen und Kanalikuli die extrazelluläre Matrix durchsetzen. Auf Phasenkontrast basierende hochauflösende Nano-Computertomografie erlaubt erstmals, sowohl das Zellnetzwerk als auch die direkt angrenzende mineralisierte Matrix in Untersuchungsvolumen, die hinsichtlich ihrer Größe als repräsentativ angesehen werden können, im nativen Zustand (nicht demineralisiert, nicht eingebettet) zu untersuchen.Healthy human bone tissue undergoes a continuous remodeling process to i) repair microdamages, ii) adapt to mechanical boundary conditions, and iii) maintain a constant serum calcium level. Bone remodeling is realized by specialized bone synthesizing and resorbing cells, i. e. osteoblasts and osteoclasts, respectively. Osteocytes play an important role in the regulation of osteoblast and osteoclast activities. Osteocytes are embedded in the extracellular matrix in a complex porous lacunar-canalicular network (LCN). Recently developed high-fidelity phase-contrast nanotomography with synchrotron radiation x-ray sources enabled for the first time the simultaneous assessment of both, LCN and the adjacent extracellular mineralized matrix in close-to-native sample conditions