한국의 세균성 풋마름병 감염 감자에서 분리한 Ralstonia solanacearum의 유전체 해독 및 비교분석

학위논문 (박사)-- 서울대학교 대학원 : 농업생명과학대학 농생명공학부, 2018. 2. 황인규.Ralstonia solanacearum, causal agent of bacterial wilt, is one of the most destructive phytopathogen in the world. Soil-borne this bacterium invades plants mainly through the roots, colonizes and proliferates in the xylem, as the results plants wilt by blocking water. R. solanacearum has unusual broad host range over 450 plant species of 50 botanical families. This bacterium distributed worldwide encompassing tropical, subtropical, and temperate region. With these features, this species are very diverse and complex and call as pathogenic Ralstonia solanacearum species complex (RSSC). This study used 93 RSSC isolates collected from potato bacterial wilt (or brown rot) from 1998 to 2003 in Korea. To investigate the host specific factors by comparative genomic analyses, first, their properties were determined by analyzing of phylotype, biovar, and host range. Of the 93 isolates, 71 isolates determined to phylotype I and these divided into eight isolates of biovar 3 and sixty-three isolates of biovar 4. Twenty-two isolates determined to phylotype IV and these were all biovar 2. This phylotype-biovar classification was consistent with phylogenetic trees based on 16S rRNA and egl gene sequences, in which all biovar 3 and 4 isolates clustered to phylotype I, and all biovar 2 isolates clustered to phylotype IV. Korean phylotype IV isolates were distinct from phylotype I isolates pathologically as well as genetically, which was all phylotype IV isolates were nonpathogenic to peppers. In pathogenicity assays for host range determining, there were four pathotypes: (P) only pathogenic on potato, (PT) pathogenic on potato and tomato, (PTE) pathogenic on potato, tomato, and eggplant, and (PTEPe) pathogenic on all tested crops – potato, tomato, eggplant, and pepper. Based on this host range, twenty-five strains were selected and sequenced whole genome. The newly sequenced 25 Korean genomes were structurally compared with previously published nine genome data using ANI values, pair-wise and multiple genome alignment. As the results, genome sequences were usually conserved among the same phylotypes, but more divergent between phylotype I and IV. After that, to investigate candidate genes responsible for host specificity, functional genome comparisons were performed based on the host range by analyzing of pan-genome and type III secretion system effectors (T3Es). The same pathotype strains exhibited considerable gene repertoires for infection of tomato, eggplant, or pepper. In pan-genome analysis, total 127 genes present only in tomato nonpathogenic strains, 8 genes in tomato pathogenic strains, 5 genes from eggplant nonpathogenic strains, 7 genes from eggplant pathogenic strains, one gene from pepper nonpathogenic strains, and 34 genes from pepper pathogenic strains. In T3Es analysis, RipH3 and RipS3 were found only in the tomato pathogenic strains and RipAC were only in the eggplant pathogenic strains. This study showed that the host range of R. solanacearum required comprehensive actions of various virulence factors involving effectors, secretion systems, attachment, and enzymes, etc.GENERAL INTRODUCTION 1 LITERATURE CITED 9 CHAPTER I. ANALYSIS OF GENETIC AND PATHOGENIC DIVERSITY OF RALSTONIA SOLANACEARUM CAUSING POTATO BACTERIAL WILT IN KOREA ABSTRACT 20 INTRODUCTION 22 MATERIALS AND METHODS 25 1. Collection of isolates and culture conditions 25 2. Isolation of genomic DNA 25 3. Phylotype identification 26 4. Biovar determination 27 5. Detection of rsa1 gene 28 6. Phylogenetic analysis of 16S rRNA and partial endoglucanase (egl) gene sequences 28 7. Host range determination 30 RESULTS 32 1. Determination of biovar, phylotype, and rsa1 gene 32 2. Geographical distribution 38 3. Phylogenetic analysis of 16S rRNA and partial endoglucanase (egl) gene sequences 40 4. Host range determination 44 DISCUSSION 48 LITERATURE CITED 53 CHAPTER II. COMPARATIVE GENOME ANALYSIS OF RALSTONIA SOLANACEARUM CAUSING POTATO BACTERIAL WILT IN KOREA ABSTRACT 60 INTRODUCTION 62 MATERIALS AND METHODS 66 1. Strain selection 66 2. Genome sequencing 69 3. Structural genome comparisons 70 4. COG distribution and Pan-genome Orthologous analysis (POG) 70 5. Effectors prediction 71 6. Genome submission 71 RESULTS 72 1. General genome features 72 2. Structural Genome comparisons: OrthoANI analysis, Pair-wise and Multiple genome alignments 76 3. Clusters of Orthologous Group (COG) distribution 92 4. Functional genome comparison: phylotype-biovar 97 5. Functional genome comparison: host specificity 99 6. Functional genome comparison: T3SS effector 118 DISCUSSION 129 LITERATURE CITED 135 ABSTRACT IN KOREAN 141Docto

Delirium in the Final Weeks of Terminally Ill Cancer Patients

Background: in terminally ill cancer patients, delirium must be considered to be important clinically and for the quality of life. We reviewed cases of delirium in hospitalized cancer patients with the aim to recognize and treat delirium. Methods: We reviewed retrospectively the medical records of patients admitted with terminal cancer from April 2003 to April 2004 in the department of family medicine, National Health Insurance Corporation Ilsan Hospital. A total of 71 patients were evaluated with age, sex, oncological diagnosis, metastases, morphine (oral morphine equivalents/day, OME) use and amount, sedatives use, duration from delirium to death, and laboratory fi ndings. Analysis was conducted to fi nd the characteristics of delirium patients and to quantify the relationship between delirium and predicting factors. Results: Among 71 cases, those patients who developed delirium were 41 (57.7%). Among them, gastric cancer was the most common diagnosis with 10 patients (24.4%), followed by colon and lung cancers (9: 22%, 5: 12.2%). the patients receiving sedatives or morphines were 24 (58.5%) and 28 (68.3%), respectively. the mean amount of morphine was 168.6 ± 125.5 mg OME/day. Hyperbilirubinemia (4.2 ± 9.2 mg/dL) and hyponatremia (132.5 ± 4.5 mM/L) were found. Not only bone metastasis and the use of morphine or sedatives but serum Na were signifi cant (P = 0.047; P < 0.001; P = 0.069; P = 0.029). By logistic regression analyses, the occurrence of delirium was increased with decreased serum Na (odds ratio [95% CI] 0.798 [0.649-0.981]) and increased use of sedatives (5.955 [1.080-32.835]). Conclusion: in terminally ill cancer patients, the risk factors of delirium were bone metastasis, the use of morphine or sedatives, and serum Na level. Among these, the use of sedatives and serum Na level were independent risk factors.ope

The study on the unfolding aspect of Korean language education research

The purpose of this paper is to investigate the unfolding aspect of Korean language education research from Modem Enlightenment to 2000's by means of examining the learned journal.이 논문은 2002년도 한국학술진흥재단의 지원에 의하여 연구되었음(과제번호: KRF-2002-073-AM1046)

(The) knowledge, beliefs, and behaviors regarding Hepatitis B in college students

의학과/석사[한글] B형 간염 바이러스(Hepatitis B virus: HBV)는 국내에서 만성 간질환을 유발하는 가장 많은 원인이다. 현재 전 국민의 약 5~8%가 HBV 보유자로 알려져 있는데, 최근에는 19세 미만 청소년의 경우 적극적인 예방접종으로 HBsAg 양성률이 감소하고 있는 반면, 사회의 주요 활동인력인 20-30대에서는 아직까지 간염 발병률이 높은 편이다. 이에 저자는 향후 백신 접종 등의 HBV의 전염 및 감염을 예방하기 위한 교육의 필요성과 그 내용을 확인하기 위해 대학생들에서 HBsAg 여부에 따른 B형 간염에 대한 지식, 태도, 행동을 조사하였다.2006년 12월 1일부터 2007년 3월 31일까지 연세대학교 건강센터에 내원한 학생들을 대상으로 자가 기입식 설문과 혈액검사를 실시하였다.대상자의 HBsAg 및 Anti-HBs 양성률은 각각 36.6%, 28.7%였으며, HBV 간질환의 가족력은 항원 양성군에서 27명(60%)로 높았으며 그 중 어머니가 간염이 있던 경우가 23명(85.2%)로 가장 많았다. 백신 접종력은 69명(56.1%)에서 있었으나 16명(17.8%)만이 3회 이상 접종하였다. HBsAg 보유 여부에 따른 지식 및 태도는 유의한 차이를 보이지 않았다. 그러나 양성군의 경우 피어싱, 1년간 1명 이상의 성적 파트너, HBsAg 만성 보유자와 함께 생활, 혈액과 관련된 일에 노출, 한의원에서 침을 맞는 등의 고위험 행동이 유의하게 많이 나타났다.HBV의 전염 및 새로운 감염을 예방하기 위해서는 활발한 사회 생활을 시작하는 대학생을 대상으로 한 HBsAg 보유 상태에 따른 예방 및 질병 진행 방지에 대한 교육이 중요하다. [영문]Hepatitis B virus (HBV: Hepatitis B virus) is the most common reason causing chronic liver disease in Korea. HBV carriers are known as about 5-8% from the Korean nation. The prevalence of Hepatitis B have been decreased in adolescent period less than 19 year-old, but it is still high in young adults by their 20s to early 30s, who begin to participate in the society actively.This study is the research for the differences of the knowledge, beliefs and behaviors regarding Hepatitis B in college students between HBV group and non-HBV group. The aim of this study is help for developing the strategies for prevention of Hepatitis B infection and transmission.The self-questionnaires and serologic test for HBV markers were done in 123 students. The questionnaires included geographic data and family history of HBV as well as the following topics:(a) knowledge about vaccines and hepatitis B;(b) attitude about hepatitis B; (c) nine hepatitis B high-risk behaviors.The positive rates of HBsAg and Anti-HBV were 36.6% and 28.8%. The incidence of family history was higher in HBV group (n=27, 60%), mother was the most common (n=23, 85.2%). The persons who were vaccinated against HBV were 23 students (56.1%), but only 16 students (17.8%) were completed with 3rd vaccination. There were a few significant differences in knowledge and attitudes between groups. The high-risk behaviors like piercing, multiple sex partners, living with HBV carriers, exposure to blood during working, acupunctures were higher in HBV group than non-HBV group.Educations for college students who begin to participate in society are one of the most important things for the prevention of Hepatitis B infection and transmission.ope

Alterations in brain function induced by dextromethorphan at adolescence in rats

의과학과/석사[한글] Dextromethorphan (DM) 은 1950년부터 비의존성 진해제로 널리 사용되면서 안정성이 입증된 약물이다. 그러나 청소년층 사이에서 DM의 대량투여로 의한 환각작용이 인지되었고, 최근에는 한국 청소년층에서도 남용사례의 심각성이 보고되었다. DM은 흥분성 아미노산 수용체중 NMDA (N-methyl-D-aspartate) 수용체의 비경쟁적 억제제이다. NMDA 수용체 억제제는 뇌의 해마부위에서 주도되는 학습기능에 저해 효과를 초래하며, 어린시기의 반복적 투여는 학습과 기억능력에 있어서 영구적 장애를 초래한다는 보고들이 있다. 따라서, 청소년기 DM의 남용(과량의 반복적 투여)에 의한 학습과 기억능력의 장애효과를 예측할 수 있으나, 지금껏 이에 대해 보고된 바는 없다. Glucocorticoid와 estrogen은 해마 신경세포의 기능에 대해 보호 또는 유해 효과를 나타내는 것으로 보고되었다. 본 연구에서는 DM 남용이 청소년기 뇌신경계에 미치는 유해효과와 이에 대한 glucocorticoid 및 난소호르몬의 역할을 조사하였다. DM의 유해효과에 대한 glucocorticoid의 영향을 알아보기 위해 생후 4주의 수컷 랫트에게 10일간 DM을 투여한 후, 이어서 3주간 corticosterone을 투여하였다. 또한 난소가 적출된 암컷 랫트에서 DM의 학습장애효과를 검색함으로써 해마기능에 대한 estrogen의 영향을 살펴보았다. 학습장애 효과는 수중미로학습과 방사상미로학습 행동으로 조사하였고, 각 실험군의 해마부위에서 NMDA 수용체의 필수적 소단위인 NMDAR1 발현변화를 면역조직화학법과 western blot 방법으로 분석하였다. 본 연구의 결과는 다음과 같다. &#8228; 수컷 랫트의 청소년기 dextromethorphan에 의한 기억력 손상에 대한 glucocorticoid의 효과 1. 생후 90일에 수중미로학습을 실시한 결과, DM 투여군에서 기억력 손상효과 관찰되었으며, corticosterone 투여에 의해 이러한 기억력 손상효과가 회복된 것으로 나타났다. 2. 해마의 NMDAR1 western blot 결과, DM군에서 NMDAR1 발현이 증가되었으며, 이러한 증가는 corticosterone 투여에 의해 억제되었다. 3. 방사상미로학습 행동검색에서는 실험군과 대조군간의 유의한 차이가 관찰되지 않았다. 4. 해마의 조직검사 소견에서 신경세포의 형태 및 분포양상은 각 군간의 차이는 관찰되지 않았다. &#8228; 암컷 랫트의 청소년기 dextromethorphan에 의한 기억력 손상에 대한 난소의 역할 1. 생후 38일에 수중미로학습을 실시한 결과, DM 투여군에서 기억력 손상효과가 관찰되었으며, 난소 적출군에서는 DM에 의한 기억력 손상효과가 나타나지 않았다. 2. Estradiol이 공급된 난소 적출군에서는 DM에 의한 기억력 손상효과가 관찰되었다. 3. 해마의 NMDAR1 western blot 결과, DM 투여군에서 NMDAR1 단백발현이 대조군에 비해 증가하였다. 4. 난소적출군의 NMDAR1 발현양상에는 DM의 효과가 나타나지 않았다. 5. Estradiol이 공급된 난소 적출군의 NMDAR1 발현양상에서도 DM의 효과는 관찰되지 않았다. 본 연구결과를 종합해 보면, 청소년 시기의 DM 경험은 기억능력의 장기적 손상을 초래할 수 있음을 알 수 있었다. 이와 같은 기억능력의 장애효과는 해마부위에서 NMDA 수용체 발현의 변화와 관련이 있을 것으로 사료되었다. 또한 암컷 랫트의 연구결과로부터, DM의 약물작용에 대한 estrogen 효과는 NMDA 수용체 발현변화와 무관한 것으로 보이며, 그 상세작용기전은 추가연구를 통해 규명되어야 할 것으로 사료된다. [영문]Dextromethorphan (DM), a widely used antitussive agent and non-competitive antagonist of NMDA (N-methyl-D-aspartate) receptor, has been recently abused among adolescences. We previously observed that repeated administration of DM during adolescent period impairs water maze learning of rats in late age, parallel with a loss in the hippocampal neurons. NMDA receptor antagonism has been reported to impair the performance of spatial learning tasks. Corticosterone modulates the neurons in the hippocampus and the prefrontal cortex, which implicated in spatial learning. The hippocampal function is known to be sexually dimorphic, and we previously reported a sex difference in behavioral and neurochemical effects of DM given at adolescence. Both estrogen and NMDA receptor have been implicated in the neural plasticity of the hippocampus. In this study, we examined the effects of chronic corticosterone on spatial learning and the hippocampal NMDAR1 expression in male rats, and of estrogen in female rats. Male rats received 10 daily injection of DM (40 mg/kg, i.p.) from PND 28 through 37, and three weeks of daily corticosterone (40 mg/kg, s.c.) was followed afterwards. Female rats received ovariectomy or sham operation on PND 21, and daily injection of DM (40 mg/kg, i.p.) was given from PND 28 through 37. A group of ovariectomized females received daily injection of 17 beta-estradiol (1㎍ in 200 ㎕ of sesame oil as a vehicle, s.c.) from PND 24 through 37 and of DM from PND 28 through 37. Control rats received vehicle injections at each drug injection. Rats were subjected to the Morris water maze and or radial arm maze tasks 24 h after the last drug injection, and then sacrificed for immunohistochemical and western blot analyses of the brain tissues 24 h after the final session of behavioral tests. Following results were obtained : In the male study, 1. Repetitive high dose DM at adolescence impairment in probe trial of the Morris water maze task, up-regulated the hippocampal expression of NMDAR1 in male rats. 2. Chronic corticosterone followed after the repetitive DM ameliorated DM-induced impairment in the maze learning, reversed the DM-induced increase in the hippocampal NMDAR1 expression. 3. No significant difference was found among the experimental groups in the radial arm maze task. 4. Neither DM nor corticosterone appeared to alter the neuronal density or morphology of pyramidal neurons in the hippocampal formation. In the female study, 1. Repetitive high dose DM at adolescence produced impairment in probe trial of the Morris water maze task, up-regulated the hippocampal expression of NMDAR1 in female rats. 2. Either DM-induced impairment in the maze test or up-regulation of the hippocampal NMDAR1 expression was not found in the ovariectomized female rats. 3. The DM-induced impairment in water maze learning, but not NMDAR1 up-regulation, was revived with estrogen replacement in the ovariectomized female rats. These results demonstrate that repetitive high dose DM at adolescence impairs spatial memory and up-regulates the hippocampal expression of NMDAR1 both in male and female rats. It is suggested that the DM-induced impairment in water maze learning may correlate with increased NMDAR1 expression in the hippocampus. Chronic glucocorticoids may ameliorate the DM-induced spatial memory impairment, at least partly, through its potential action in down-regulating NMDAR1 expression in the hippocampus. It appears that estrogen may take a role in the DM-induced memory impairment in female rats. Although the action of ovarian hormones appears to be required for DM-induced up-regulation of the hippocampal NMDAR1 expression, the NMDAR1 up-regulation may not be and essential factor for the DM-induced spatial memory impairment in female rats.ope

고려시대 시화집에 드러난 詩意識 연구 : 詩의 效用論을 중심으로

학위논문(석사)--서울大學校 大學院 :國語敎育科,1996.Maste

트위터(Twitter)와 전자민주주의

행사명 : 지역정보화의 새로운 패러다임 모색을 위한 학술대회 발표논문

영상으로 제시된 물리적 불가능 현상에 대한 아동의 인지

학위논문(석사)--서울대학교 대학원 :소비자아동학과 아동가족학전공,2000.Maste

Teachers' Perception and Actual Conditions of Gender Education through Moral Classes

학위논문(석사) -- 서울대학교대학원 : 사범대학 윤리교육과, 2022. 8. 김형렬.본 연구는 도덕과 수업을 통한 젠더 교육에 대해 논의한다. 한국 사회에서는 온라인을 중심으로 전개된 젠더 갈등의 영향이 심화되고 있다. 한국의 젠더 갈등은 특히 청년 세대를 중심으로 전개되고 있으며 청소년에게도 영향력을 발휘하고 있으므로, 이에 대한 교육적인 접근이 필수적으로 요구된다. 그러나 양성평등교육은 명칭상의 한계와 독립적인 지위를 확보하지 못하는 문제로 인해 젠더 관련 주제를 다루는 실질적인 교육활동으로 실천되지 못하고 있다. 또한 2025년 이후 예정된 학교 변화는 젠더 교육 활동이 도덕과 수업을 통해 이루어져야 함을 시사한다. 따라서 본 연구에서는 한국의 도덕·윤리과 교사들을 대상으로 하는 설문 조사를 통해 도덕 수업을 통한 젠더 교육의 가능성을 검토하였다. 연구 결과, 도덕·윤리과 교사들은 도덕과 수업을 통한 젠더 교육이 강화되어야 한다는 데 공감대를 형성하고 있으며 젠더 교육의 실행 주체로서 책임을 느끼고 있었다. 그러나 필요성 인식에 비해 관련된 수업의 빈도는 낮은 것으로 나타났으며, 이에는 도덕과 교과서의 내용 부족, 주제 및 대상 학생에 따른 교사효능감의 차이, 젠더 교육 관련 전문성 훈련 경험 부족 등이 원인으로 작용하고 있다. 이러한 연구 결과에 기초하여 본 연구에서는 다음과 같이 제언한다. 첫째, 도덕과 교육의 젠더 관련 내용 요소가 강화되어야 한다. 둘째, 젠더의 주제를 다룰 수 있는 도덕 교육적 관점과 전략을 취해야 한다. 셋째, 도덕 교사의 젠더 교육 역량 증진을 위한 지원이 필요하다.This study discusses practical methods of gender education. Korean society is suffering from the influence of gender conflicts developed online. The gender conflict in Korea is especially unfolding around the youth generation and is also exerting influence on students. Therefore, an educational approach to this is inevitable. However, there is a disadvantage in that gender equality education in Korea, which is composed from a comprehensive perspective, is difficult to practice as a practical educational activity. In addition, school changes scheduled for after 2025 suggest that value delivery should be made through moral classes. Therefore, this study examines the possibility of gender education through moral classes through a survey of moral teachers in Korea. Moral teachers formed a consensus that gender education through moral classes should be strengthened, and they felt a strong responsibility as the execution entity of gender education. However, on the one hand, it is required to prepare various support measures to revitalize gender education through moral classes. In this study, it is argued that the curriculum should be improved, moral education strategies should be considered, and administrative support should be provided.제 1 장 서론 1 제 1 절 연구의 필요성과 목적 1 제 2 절 연구 문제와 논문의 구성 12 제 2 장 이론적 배경 14 제 1 절 젠더 교육의 의미 14 1. 젠더(gender)의 의미 14 2. 우리 사회의 젠더 이해 18 3. 왜 젠더 교육인가? 24 제 2 절 도덕과 교육과정과 젠더 교육 35 1. 독립된 영역으로서 젠더 교육의 요청 35 2. 도덕과 수업을 통한 젠더 교육의 필요성 37 3. 현행 도덕과 교육과정의 한계 41 제 3 절 교사와 교육적 실천의 관계 54 1. 교사의 인식과 교육적 실천의 관계 54 2. 교사효능감과 교육적 실천의 관계 56 제 3 장 연구 방법 62 제 1 절 연구의 대상 및 도구 62 제 2 절 조사 도구 및 분석 방법 63 1. 조사 도구 63 2. 분석 방법 68 제 4 장 연구 결과 69 제 1 절 젠더 교육에 대한 도덕 교사의 인식 69 1. 젠더 교육의 성격 및 필요성에 대한 인식 69 2. 교사의 성별에 따른 젠더 인식의 차이 75 제 2 절 학교 현장의 젠더 교육 실태 79 1. 젠더 교육의 실시 빈도 및 배경 79 2. 젠더 교육에 대한 교사효능감 83 제 3 절 젠더 교육의 개선 방향 87 제 5 장 연구 논의 91 제 1 절 요약 및 논의 91 제 2 절 도덕 교육적 함의 94 1. 도덕과 교육에서의 젠더 관련 내용 요소의 강화 필요성 94 2. 젠더의 주제를 다루는 도덕 교육적 관점과 전략 104 3. 도덕 교사의 젠더 교육 역량 증진을 위한 지원 112 제 3 절 연구 한계와 후속 연구 제언 113 제 6 장 결론 116 참고문헌 118 Abstract 128석